The writing phase of my PhD has begun. I am writing it in @rstudio using @xieyihui excellent #bookdown package. I am hosting it live on eliaseythorsson.github.io/phd_thesis/ as I write. Any and all criticisms, tips and encouragements are appreciated. Daily commits. Here goes nothing.
Next step is to sort out citation issues, and figure out how to keep protected data off github while still being able to use it in the bookdown rendering
A few hours of troubleshooting later: @mendeley_com's bibtex generator turned out to create a duplicate entry with same citation key for same journal article in the My Library and in a Group I was a part of. No indication that this would happen. Error only occured with...
... @xieyihui's bookdown::pdf_book but not bookdown::gitbook. @JabRef_org was for some reason unable to detect the duplicate even though it was manually "findable" in a texstudio. Fun morning. Still completely love this set up and the bookdown package.
@github, @xieyihui is there any smart solution to keeping the data files locked away (private, secure but backed up) but still accessible to the #bookdown project, in such away that all my code is accessible but the raw files are not?
• • •
Missing some Tweet in this thread? You can try to
force a refresh
We recently published a research letter on SARS-CoV-2 re-infection rates in JAMA Open Network. While working on the problem I realised that obtaining valid estimates was more complex than I had anticipated. Some thoughts on SARS-CoV-2 epidemiology (1/9) jamanetwork.com/journals/jaman…
2/9 Obvious questions to ask with re-infection rates are: i) does time from initial infection effect rates? ii) does vaccine status and time from last vaccine dose effect rates? iii) what are the rates by age group?
3/9 Starting with time from initial infection ("waning"), we immediately run into problems. SARS-CoV-2 infections come in waves, with relatively few infections in between. This creates strong non-linear effects with certain intervals being much more likely than others
Hér má nálgast skýrslu sem inniheldur frumgreiningu á innlögnum eftir bólusetningarstöðu frá september til byrjun janúars 2022. Mikið enn ógert, m.a. ítarleg greining á forsendum, tenging við eldri gögn. Líta skal á þróun frekar en punktmöt drive.google.com/file/d/11WHrWh…
Það sem skín í gegn er að bólusetning skiptir sköpum. Áhætta allra aldurshópa á alvarlegum veikindum (gróflega skilgreint sem þörf á spítalainnlögn eða flutning á gjörgæslu) hefur lækkað verulega síðustu 30-45 daga
Skoða þarf gögnin betur eftir afbrigði, ítarlegri gögn um alvarleika (lífsmörk, blóðmælingar, og þörf fyrir viðbótarsúrefni), og meta þarf breytingar á hlutfalli smita sem greinist með PCR (rannsókn @decodegenetics). Skoða þarf tíma frá bóluefnisskammti og hvort vernd dvíni
Ákvörðunin sem lá/liggur fyrir byggir gróflega á eftirfarandi forsendum: 1) kallar núverandi ástand á inngrip? 2) er líklegt að inngripið beri árangur? 3) hvað kostar inngripið? 4) er hlutfall 2)/3) ásættanlegt?
Öfunda ekki þá sem þurfa að ákveða en skil samt ekki ákvörðunina
Svarið við 1) er augljóslega já. Það er ekki hægt að keyra á velvilja starfsfólks gjörgæslunnar, legudeilda og göngudeildarinnar endalaust. Fjöldi yfirvinnutíma fyrir þorra starfsfólks er að nálgast ígildi auka 100% starfs. 50% allra aðgerða hefur verið frestað sl. vikur
Það er við 2) sem ég á bágt með að skilja. Er einhver ástæða til að halda að 10 manna takmarkanir frekar en 20 breyti nokkru? Eru skemmti- og veitingastaðir að drífa faraldurinn áfram? Miklu skynsamlegra hefði verið að ráðast á rót vandans: mönnun og innviði LSH
Nú mun sami farsi hefjast eins og í hverri bylgju Covid-19 hingað til. Sóttvarnalæknir mun benda á að bylgjan er í vexti og við þurfum að hefja aðgerðir til að verja spítalakerfið gegn hruni. Fólk mun þá hrópa: "En sjáið hvað eru fáir inniliggjandi!"
Þeir sem greinast leggjast inn á spítala að miðgildi 7 dögum seinna (IQR 6-10) og á gjörgæslu að miðgildi 10 dögum seinna (IQR 9-15). Jafnvel ef við brygðumst við núna mun bylgjan halda áfram að vaxa í einhverjar vikur, mynstur sem er hreinlega eðli smitsjúkdóma
Markmiðið er að bregðast við ÁÐUR en margir eru inniliggjandi á spítala og gjörgæslu. Við höfum 2ja ára reynslu af Covid-19. Það er fáránlegt að halda áfram rökræðum við fólk sem virðist ekki geta lært af reynslunni.
Iceland is unfortunately experiencing the beginning of its fifth wave of Covid-19. An interesting anecdote is the large gap in infections among 13-17 year olds, who recently become eligible for vaccination (august-september) of whom roughly 70% accepted
In fact, no vaccinated child has been diagnosed with Covid-19 during the 4th and, now likely 5th, wave of infections in Iceland. This is in keeping the notion that vaccines protect maximally against infection soon after vaccination
Vaccines and specifically boosters might therefore be a reasonable strategy to break waves of Covid-19 by boosting subgroups of the population that are likely to be drivers of spread. Who these groups are would need to be identified
Hefði verið gagnlegt að setja 4144 tilkynningar um aukaverkanir í samhengi. Það voru gefnir 556302 skammtar, svo 4144/556302 = 0.7%. Til samanburðar eru ~1% líkur á "nýrnakvillar sem geta valdið bjúgmyndun, bólgur í nýrum og nýrnabilun" við töku íbúfens visir.is/g/20212173262d…
Reiknað sem hlutfall af gefnum skömmtum þá breytist túlkunin á fjölda tilkynninga á hverja bóluefnisgerð verulega
Pfizer 2125/324628 = 0.65%
Astrazeneca 766/115471 = 0.66%
Janssen 576/53706 = 1.1%
Moderna 587/62497 = 0.94%