Hal ini berlaku pada 1470 apabila Raja Muhammad, putera Sultan Mansor Shah dengan Puteri Lela Wangsa, diangkat menjadi Sultan Pahang bergelar Sultan Muhammad Shah, menggantikan wakil baginda, Dato’ Seri Bija Diraja.
Sejahtera atasnya dan atas segala keluarganya dan segala sahabatnya dan segala umatnya.
Selepas 1613, Kesultanan Johor Riau Lingga berada di bawah pe-ngaruh Aceh akibat krisis dasar luar kedua-dua kerajaan negeri Melayu itu terhadap Portugis di Kota Melaka dan Belanda.
Pemerintahan Pahang selepas Bendahara Tun Abdul Majid diwarisi Bendahara Tun Muhammad, Bendahara Tun Koris, Bendahara Wan Ali bergelar Bendahara Seri Wak Raja, Bendahara Wan Mutahir dan Bendahara Wan Ahmad.