Thread by @jorgemo1999

Dicen que la PCR no sirve para detectar el coronavirus 🦠 Pues veamos como funciona la prueba.

#hilo 👇🏼

La prueba de diagnóstico del coronavirus se trata de una variante de la PCR usual: la RT-qPCR. Esta última se diferencia en que el material de partida es ARN y se necesita una retrotranscriptasa (RT) para convertir el ARN en ADN, sigue...

que es el material que necesita la ADN polimerasa, enzima estrella de la PCR. Además, mientras se da la amplificación, se va cuantificando la cantidad de ADN tras cada ciclo de amplificación.

Pues bien, primero de todo, debemos tomar la muestra para analizarla. Para ello se utiliza un frotis nasofaríngeo 👄👃Ahí es donde se puede encontrar el coronavirus durante la infección.

Posteriormente, se llevan las muestras al laboratorio y se inactivan los virus lisándolos, rompiendolos. Después, se purifica el ARN de la muestra. Si el paciente tiene coronavirus, su material genético estará aquí ya que es un virus de ARN.

Una vez ya tenemos el ARN procedemos a realizar la PCR.

La PCR consiste básicamente en amplificar (multiplicar) un fragmento concreto de ADN 🧬 de manera específica. Para ello utilizamos cebadores específicos que se unen exclusivamente a una secuencia del ADN a amplificar.

Se emplean 2 cebadores por región a amplificar, directo (->) y reverso (<-). Así conseguimos que solo sea el fragmento que deseamos el que se multiplica y no más. (Foto anterior)

A partir de estos cebadores, nuestra enzima estrella, la Taq ADN polimerasa, comienza a “copiar” la secuencia del ADN a partir de los cebadores. Estas copias se realizan muchas veces en los llamados ciclos ♻️

Como la Taq polimerasa necesita ADN para copiar y el coronavirus es un virus de ARN, se necesita una enzima que copia el ARN en ADN: la retrotranscriptasa. Este paso es anterior al de la amplificación.

El número de copias crece de manera exponencial de la forma 2^x. Así, si tenemos 1 copia, luego tenemos 2, luego 4, 8, 16, etc.

En la qPCR somos capaces de medir ese número de copias midiendo la cantidad de luz que absorbe el ADN ya que las bases nitrogenadas del ADN absorben luz. En la gráfica, a la izquierda se ve la fluorescencia (que es proporcional a la cantidad de ADN) y abajo se ven los ciclos

En vez de usar la absorbancia del ADN, también podemos usar moléculas fluorescentes que se intercalen en el ADN y medir esa fluorescencia que será proporcional a la cantidad de ADN 🧬

Ambas variaciones de la PCR le dan el nombre de RT-qPCR.

RT = retrotranscriptasa
q = cuantitativa

Para realizar la prueba se utilizan placas de 384 pocillos. Cada muestra se realiza en duplicado y además se emplean varios controles:

NTC: non template control, solo se pone en el pocillo los cebadores, las enzimas y los nucleótidos (forman el nuevo ADN) Esto para ver si los cebadores hibridan el uno con otro y podrían dar falsos positivos.

Control negativo: cultivo celular humano no infectado. Se usa para ver si el ARN humano puede dar positivo.

Control positivo: se emplea un plásmido que contiene la secuencia del virus. Se debe amplificar, se usa para saber si funcionan bien enzimas y cebadores.

Para la detección del coronavirus se emplean 3 tipos se cebadores distintos, esto es, que detectan 3 fragmentos diferentes del ARN coronavirus.

Para que el resultado sea positivo deben amplificarse los 3 fragmentos.

En resumen:

1- Se puede amplificar y detectar el coronavirus. Concretamente su material genético

2- Podemos estar bastante seguros de que lo que se amplifica es el coronavirus, se emplean 3 secuencias diferentes. Es muy difícil que todas coincidan en otro organismo que no sea🦠

Así que antes de decir cualquier cosa, hay que informarse. Además, informarse bien 🤦🏽‍♂️ Como siempre, haced caso a los profesionales. Y lo que diga una persona sola, por muy premio Nobel que tenga, no tiene más valor que lo que diga toda la comunidad científica 🧑🏻‍🔬 y médica 🧑🏾‍⚕️