COVID is characterized by clusters, rather than sustained transmission like e.g. flu. This determines variability in numbers (high) and actions we should take (early and decisive).

A short thread on the article of @zeynep about overdispersion 1/6

( example transmission👇)
2/6 Overdispersion (the k parameter @zeynep talked about) indicates there's more spread in the numbers than expected. This means that, compared to flu:

- more people don't transmit the disease at all
- more people are superspreaders, infecting a lot of people.
3/6 as a consequence, outcomes differ greatly between regions pure by chance: some get lucky, and some are flooded with cases _under the same circumstances_.

But with only few cases, far more regions can escape an exploding COVID epidemic compared to flu. Good news.
4/6 When you let cases rise, it becomes increasingly difficult to control the epidemic. The chance of having no new cases after 10 steps (40-50 days) decreases dramatically with rising # infections. So the longer you wait, the more effort it takes to gain control again.
5/6 As @zeynep wrote, R can be suppressed by:
- early, rigorous contact tracing to identify clusters
- distance, masks, sanitation, ventilation, ...

Or, if you don't want that:
- long and painful lockdowns when hospitals get flooded with patients…
6/6 Japan, Taiwan, New Zealand, South Korea, ... show us it's possible to have a relative normal life and healthy economy if you take action in time. "In time" being the crucial factor here (looking at you, EU and US...)

Code + extra explanation:…

• • •

Missing some Tweet in this thread? You can try to force a refresh

Keep Current with Joris Meys

Joris Meys Profile picture

Stay in touch and get notified when new unrolls are available from this author!

Read all threads

This Thread may be Removed Anytime!


Twitter may remove this content at anytime! Save it as PDF for later use!

Try unrolling a thread yourself!

how to unroll video
  1. Follow @ThreadReaderApp to mention us!

  2. From a Twitter thread mention us with a keyword "unroll"
@threadreaderapp unroll

Practice here first or read more on our help page!

More from @JorisMeys

25 Sep
Belgium, we need to talk about testing. Ever since the beginning of september, positive test ratios have been going up. On top of that, the past days the number of tests levelled off while number of cases slowed down.

This is not just worrisome, this is scary. 1/4 Image
2/4 False positives (FP) go down when positive test ratio rises: there's less healthy ppl in your test population to be a FP. But there's a growing chance for false negatives. Net result: with rising positive test ratios we underestimate growth.

More:… Image
3/4 Now we seem to reach a saturation point in testing as well. This is the data for Brussels by age group. A sudden plateau in the evolution of a pandemic often points to a complete saturation of test and/or reporting capacity. Image
Read 5 tweets
21 Sep
1/3 De meeste besmettingen in deze nieuwe golf gebeuren bij jongeren en jongvolwassenen, ook als je kijkt naar besmettingen per 100,000 inwoners in elke leeftijdscategorie.

Het lijkt alsof de besmetting van bij jongeren zich verspreidt naar andere leeftijdscategorieën, maar... Image
2/3 ... het percentage verandering ten opzichte van de week daarvoor, laat duidelijk zien dat ook bij de leeftijdsgroep 40-70 de stijging is ingezet rond 1 september. Dus ik zou niet te hard roepen op jongeren, @jdceulaer 😎 Image
3/3 caveat: de cijfers liggen lager bij de hoogste leeftijdscategorieën, waardoor een kleine verandering een grote % stijging geeft. De situatie voor 80-plussers is minder dramatisch dan de tweede grafiek laat uitschijnen, maar meer verontrustend dan de eerste doet vermoeden.
Read 4 tweets
20 Sep
1/7 There's always people complaining about false positives when you show positive test rates. Yet, when positive test rates go up, the fraction of false positives (aka false discovery rate) goes down. A short thread.

More detail in this blog post:… Image
2/7 False positives are healthy. So if you have more infected people in your testing population, there's less healthy people to be a false positive. Hence, the proportion of false positives goes down. The rise is not due to false positives but more infections among tested people.
3/7 Keep in mind you can't have more false positives than positive tests. Belgium reported a positive test ratio as low as 0.6% at one point. This means specificity has to be at least 99.4%, assuming all these tests were false positives. So there's that.

Read 7 tweets
15 Sep
1/n Spelen met @sciensano data tijdens de middagpauze. In deze grafiek de verandering in gemiddeld aantal besmettingen per dag (berekend over 7 dagen) ten opzichte van een week eerder.

Sterkste stijgers: 10-19 jaar en 30-39 jaar. Bewijst niets, is wel verontrustend.
2/n Evolutie van aantal testen en positiviteitsratio. Het aantal testen stijgt, maar _lijkt_ het stijgend aantal gevallen te volgen. Er zijn ook procentueel terug meer positieve testen. Voor verdere analyse heb ik opsplitsing per leeftijd etc nodig, @sciensano
3/n Leeftijdscategorieën vanaf 70 jaar (de grootste risicopatiënten) laten ook een stijging zien, zei het minder uitgesproken dan de andere categorieën (let op de schaal rechts!!!!)
Read 6 tweets
14 Sep
1/5 Experten zijn in toenemende mate bezorgd over de evolutie van COVID in België. Opsplitsing naar leeftijdsgroep (per 100k inwoners) toont :

- besmetting verspreidt van 20-29 jaar naar andere leeftijden
- Duidelijke stijging bij middelbare scholieren sinds opening scholen.
2/5 De stijging van het aantal gevallen versnelt ook. Dit geeft aan dat de epidemie niet onder controle is. Als we niet ingrijpen, kan de verspreiding blijven versnellen, en zitten we terug in een situatie waar lockdown de enige optie wordt...
3/5 Neen, dit ligt niet aan het feit dat we meer testen. Het aantal testen stijgt vanwege contact tracing. Het percentage positieve testen stijgt ook. Mocht de stijging het gevolg zijn van meer testen, verwacht je dat dit percentage gelijk blijft of zelfs wat daalt.
Read 5 tweets
11 Sep
1/3 Bij de stijging van het aantal covid gevallen wordt vaak verwezen naar het feit dat we meer testen. Maar zo eenvoudig ligt het niet:

- Meer testen kan meer infecties vinden als ze er zijn.
- Meer infecties doet ook meer testen door contact tracing (cfr 2e helft juli)
2/3 Vergeleken met de eerste helft van augustus hebben we nu relatief minder positieve testen. merk op dat in de 2e helft het aantal testen steeg terwijl het aantal cases daalde. Image
3/3 Code beschikbaar op github. Dit is een shiny app, dus je hoeft die niet eens te downloaden. In R gebruik je:

Read 4 tweets

Did Thread Reader help you today?

Support us! We are indie developers!

This site is made by just two indie developers on a laptop doing marketing, support and development! Read more about the story.

Become a Premium Member ($3/month or $30/year) and get exclusive features!

Become Premium

Too expensive? Make a small donation by buying us coffee ($5) or help with server cost ($10)

Donate via Paypal Become our Patreon

Thank you for your support!

Follow Us on Twitter!