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Maître Pandaï Profile picture
@Panda31808732
Dec 20, 2020 • 152 tweets • 43 min read • Read on X
L'ECDC : « L'analyse préliminaire au Royaume-Uni suggère que cette variante est significativement plus transmissible que les variantes circulant précédemment, avec un potentiel estimé d'augmenter le R de 0,4 ou plus »

ecdc.europa.eu/en/publication…
« Nous exhortons les autorités sanitaires et laboratoires à analyser et séquencer les isolats de virus pour identifier les cas de cette nouvelle variante. Les personnes présentant un lien épidémiologique avec les cas de cette nouvelle variante ou des historiques de voyage...
... vers des zones connues pour être affectés devraient être immédiatement identifiées pour que l'on teste, isole et suive leurs contacts afin d'arrêter la propagation de la nouvelle variante. »
« En résumé, le NERVTAG [New and Emerging RespiratoryVirus Threats Advisory Group] est modérément confiant sur le fait que VUI-202012/01 présente une augmentation substantielle dans la transmissibilité comparé aux autre variantes »

khub.net/documents/1359…
Ils écrivent que "les études de corrélation" entre les valeurs du R et la détection de cette variante "suggèrent" une augmentation en valeur absolue du R "entre 0,39 et 0,93".
« Qu’ils transportent des personnes ou des marchandises, les vols, bateaux et trains en provenance du Royaume-Uni ne peuvent plus rejoindre le sol français à compter de minuit ce dimanche. »

lemonde.fr/planete/articl…
Le gouvernement français étant dans l'anticipation depuis le premier jour, il a très certainement un excellent plan au cas où une variante plus transmissible de SARS-CoV-2 débarque en France. Peut-il nous le communiquer ?
A-t-on même une veille digne de ce nom ici pour suivre le virus par son génome ?
La liste des pays coupant les liaisons avec le Royaume-Uni.

Autant dire qu'on ne peut pas exclure que cette variante soit déjà présente sur le sol français. À quelques jours de Noël, c'est génial, rebondissement de maître du scénariste de 2020.

Au milieu des dizaines de milliers d'infections quotidiennes, dont à peine 25 à 35% sont détectées, comment va-t-on faire pour identifier les porteurs de cette nouvelle variante peut-être plus transmissible ? Comment va-t-on faire pour éviter que Noël ne lui serve de tremplin ?
D'après Véran, pas de signe de la nouvelle variante sur les 500 derniers virus séquencés en France.

En résumé :

Les experts du NERVTAG disent être maintenant encore plus confiants sur le fait que la nouvelle variante est plus transmissible.

Synthèse de ce qu'on sait et de ce qu'on ne sait pas sur B.1.1.7.

Muge Cevik est membre du NERVTAG.

La montée en puissance de B.1.1.7 parmi les cas positifs :

« Le Professeur Andrew Hayward, du NERVTAG, a dit que l'émergence de la nouvelle variante de Covid-19 était "la plus mauvaise nouvelle" de la pandémie jusqu'à présent »

au.news.yahoo.com/coronavirus-ne…
« Une modélisation statistique de la relation entre la fréquence de détection de VOC [la nouvelle variante] et le nombre de reproduction Rt indique que VOC est significativement associée à un nombre de reproduction plus élevé »

assets.publishing.service.gov.uk/government/upl…
Ils estiment une augmentation du R de 0,5 à 0,6, avec un intervalle allant de +0,4 à +0,7.

« Par exemple, une zone avec un Rt de 0,8 sans la nouvelle variante aurait un un Rt de 1,32 {95% IC: 1,19—1,50} s'il n'y avait que la nouvelle variante [en circulation] »
Génial, on va donc l'importer avec tous les faux négatifs.

« Le ministère de la Santé a confirmé que quatre cas de la variante du nouveau coronavirus, qui circule au Royaume-Uni, ont été détectés en Israël. »

3 en quarantaine, le dernier d'origine encore inconnue.

fr.timesofisrael.com/israel-confirm…
2 cas possibles de B.1.1.7 à Hong Kong (deux étudiants de retour du Royaume-Uni).

reuters.com/article/us-hea…
« Nous estimons que VOC 202012/01 est 56% plus transmissible (95% CI sur 3 régions : 50-74%) que les variants préexistants de SARS-CoV-2. »

Ils n'ont pas trouvé de preuve de moindre ou plus grande sévérité.

cmmid.github.io/topics/covid19…
« Nos estimations suggèrent que des mesures de contrôle d'intensité similaire au confinement national appliqué en Angleterre en Novembre 2020 ne réduiraient probablement pas le Rt sous 1, à moins que les écoles primaires, secondaires et universités ne soient aussi fermées »
Un cas confirmé de B.1.1.7 trouvé en quarantaine à Singapour, et 11 autres (également en quarantaine) ont eu un résultat préliminaire positif pour ce variant. Tous en provenance d'Europe.

reuters.com/article/us-hea…
« "Compte tenu de la nature exceptionnelle de la mutation du virus et de son impact potentiel", la Chine "a suspendu les vols avec le Royaume-Uni après une solide évaluation", a annoncé le ministère chinois des Affaires étrangères. »

rtbf.be/info/monde/det…
« La mutation du coronavirus découverte au Royaume-Uni a été détectée pour la première fois en Suisse, a annoncé l'OFSP. Deux Britanniques testés positifs en étaient porteurs. »

rts.ch/info/11848863-…
B.1.1.7 détecté pour la première fois en Allemagne, sur une femme revenue du Royaume-Uni il y a 5 jours.

lefigaro.fr/sciences/allem…
B.1.1.7 détecté au Japon.

"Selon le ministère de la Santé, les 5 patients ont été infectés dans un aéroport et ont été placés en quarantaine."

leparisien.fr/societe/corona…
La France vient aussi de trouver un cas.

Merci à @Veillechouette pour le signalement.

« Après la France hier, c'est en Espagne que plusieurs cas du variant britannique du Sars-CoV-2 ont été découverts. Il s'agit de personnes arrivées récemment à Madrid depuis le Royaume-Uni »

francetvinfo.fr/sante/maladie/…
« Le Japon a annoncé samedi qu'il allait fermer temporairement ses frontières aux étrangers ne résidant pas dans le pays après la détection sur son territoire d'un variant du coronavirus potentiellement très contagieux. »

midilibre.fr/2020/12/26/cor…
« Les citoyens japonais et les résidents étrangers pourront continuer à entrer au Japon mais devront montrer un test négatif 72 heures avant leur voyage et seront placés en quarantaine pendant deux semaines après leur arrivée »
Note du PHE sur le nouveau variant (VOC).

Ils n'ont pas trouvé de différence significative au niveau des hospitalisations, des décès à J+28 ou des réinfections.

En revanche, le VOC a un taux d'attaque secondaire plus élevé (15,1 contre 9,8%).

assets.publishing.service.gov.uk/government/upl…
... même si cette augmentation de la proportion des contacts infectés lorsque le cas index est infecté par le VOC reste à confirmer avec une comparaison plus robuste.

Évaluation des risques liés aux variants VOC 202012/01 et 501.V2 (Afrique du Sud) par l'ECDC :

• probabilité d'introduction et de propagation en Europe : élevée
• impact sur les hospitalisations et décès : élevé
• en conséquence, risque général : élevé
ecdc.europa.eu/en/publication…
B.1.1.7 détecté aux États-Unis, et ce n'est pas un cas importé...

Une prépublication de l'Imperial College confirme les analyses précédentes sur la plus grande transmissibilité de B.1.1.7.

Ils trouvent que le R durant le deuxième confinement Outre-Manche était de 0,92 [0,86—1,06] pour les autres variants contre 1,45 [0,91—1,89] pour le VOC. Les mêmes mesures échouaient donc à casser sa croissance exponentielle.

imperial.ac.uk/media/imperial…
Ils trouvent que les moins de 20 ans sont plus affectés par le VOC. Ce déplacement observé est « petit mais statistiquement significatif ». Cela pourrait être dû au seul fait que la passoire scolaire était ouverte pendant leur confinement.
« L'avantage substantiel de transmission que nous avons estimé pour le VOC comparé aux lignées précédentes pose des défis majeurs concernant le contrôle en cours du Covid-19 au Royaume-Uni et ailleurs dans les mois à venir. »
« Les mesures de distanciation sociale devront être plus strictes que ce qu'elles auraient été autrement. Une inquiétude particulière concerne la possibilité de maintenir la transmission sous contrôle en laissant les écoles ouvertes en janvier 2021. »
Prof. Axel Gandy, de l'Imperial College : « Il y a une énorme différence dans la facilité avec laquelle ce variant se propage. C'est le changement du virus le plus grave depuis le début de l'épidémie. »

bbc.com/news/health-55…
B.1.1.7 domine ou est en passe de dominer un peu partout en Angleterre. Aucune région épargnée.

« Cela montre la rapidité avec laquelle [le variant] se propage géographiquement. Une leçon importante pour les pays qui ont identifié des cas ou des importations et qui essayent de contenir [le variant]. Une action agressive et rapide est nécessaire. »

La fréquence de B.1.1.7 augmente également au Danemark.

D'après le point hebdo de SPF, un deuxième cas de B.1.1.7 a été trouvé en France : « Deux cas du nouveau variant du SARS-CoV-2 détecté au Royaume-Uni ont été rapportés en France, ainsi qu’un cas du nouveau variant détecté en Afrique du Sud. »

santepubliquefrance.fr/maladies-et-tr…
On continue les importations...

« Le variant britannique du coronavirus, "c'est vraiment l'inquiétude du moment", a confirmé l'épidémiologiste Arnaud Fontanet, (...) plaidant pour une "surveillance extrêmement agressive" des cas et un "contact tracing vraiment exhaustif". »

francetvinfo.fr/sante/maladie/…
Peut-on savoir quel est le plan du gouvernement pour empêcher B.1.1.7 de devenir dominant au fil du temps en France ? (Regarder Outre-Manche pour voir ce qui se passe quand on n'a pas de plan.)

Pour archivage.

Les données du traçage anglais confirment la transmissibilité supérieure de B.1.1.7, avec des taux d'attaque secondaire 30 à 50% plus élevés.

assets.publishing.service.gov.uk/government/upl… Image
Plus contagieux = plus dangereux.

B.1.1.7 en France : « l'étude du Centre national de référence des virus respiratoires de Lyon, attendue en début de semaine, permettra d'estimer le nombre de cas suspects sur notre territoire. »

leparisien.fr/politique/covi…
Et oui...

« Selon une information obtenue par RTL, 200 cas confirmés de cette souche plus contagieuse [B.1.1.7] sont désormais détectés chaque jour en France.

Ces 200 nouveaux cas par jour correspondent à 1% des contaminations journalières. »

rtl.fr/actu/bien-etre…
« Si l'on compare la vitesse de propagation actuelle de ce mutant en France à celle au Royaume-Uni lors de son apparition, le variant britannique pourrait être présent chez la moitié des malades d'ici 5 semaines. »
« [Véran précise] que ces résultats soulignent "une dispersion territoriale qui fait qu'il n'y a pas de région qui concentrerait de nombreux cas" »

Ça veut aussi dire qu'il y a transmission communautaire un peu partout...

bfmtv.com/sante/covid-19…
Bientôt sur vos écrans.

« La comparaison des courbes entre la Grande-Bretagne, le Danemark et la Suisse montre de fortes similitudes, avec un décalage dans le temps. Il faut s'attendre à une croissance exponentielle, avec un doublement des cas chaque semaine. »
« Les cas liés aux virus mutés représentent désormais entre 2% et 5% des échantillons séquencés en Suisse, a précisé Martin Ackermann, président de la task force Covid-19. Ces chiffres se basent notamment sur des séquençages aléatoires menés dans différentes régions du pays. »
D'après le CDC, B.1.1.7 pourrait être dominant en mars aux États-Unis.

nytimes.com/2021/01/15/hea…
Et en France aussi, B.1.1.7 pourrait exercer une forte pression en mars (voire dès février, dans les pires scénarios).

Modélisation tirée du dernier avis du Conseil scientifique (12/01).

solidarites-sante.gouv.fr/IMG/pdf/avis_c… Image
En l'absence d'interventions, « nous estimons que le variant [B.1.1.7] deviendrait dominant en France entre fin février et mi-mars, en fonction de l'évolution épidémique et de l'augmentation estimée de la transmissibilité du VOC. »

epicx-lab.com/uploads/9/6/9/…
« Dans le meilleur des cas et en supposant une augmentation de 50% de la transmissibilité du VOC, nous atteindrions le pic d’hospitalisations de la deuxième vague d’ici fin mars, si aucune intervention n’était mise en place. »
« Ces résultats soutiennent la nécessité de mesures de distanciation sociale renforcées pour faire face à la menace du VOC. Accélérer la campagne de vaccination aidera à atténuer la courbe dans les prochains mois et réduire les hospitalisations »
« [B.1.1.7] continue de se répandre à travers le monde. Il était présent la semaine dernière dans 60 pays et territoires, soit 10 de plus qu'au 12 janvier, a indiqué l'OMS mercredi 20 janvier ».

francetvinfo.fr/sante/maladie/…
La proportion de SGTF/SGTL, utilisée comme proxy pour détecter B.1.1.7, augmentait de 70% (95% CI 63-76%) chaque semaine au Portugal. Si la tendance persiste, B.1.1.7 pourrait représenter jusqu'à 60% des cas début février.

virological.org/t/tracking-sar… Image
Ils ne trouvent pas de changement significatif dans la distribution d'âge des cas de B.1.1.7.

"Nos données suggèrent que les patients [infectés par B.1.1.7] ont une probabilité plus élevée d'avoir une charge virale supérieure au moment du prélèvement"
L'augmentation de la fréquence de B.1.1.7 dans les génomes séquencés est relativement similaire au Danemark, au Royaume-Uni et aux États-Unis.

« Le foyer de contagion au Covid-19 découvert en banlieue sud de Pékin comprend deux cas [de B.1.1.7] ont annoncé mercredi les autorités sanitaires locales. »

lefigaro.fr/flash-actu/cov…
B.1.1.7 est officiellement présent dans chaque région métropolitaine en France.

La progression de B.1.1.7 au Danemark (prévalence par semaine dans les génomes séquencés).

files.ssi.dk/covid19/status… Image
Comme au Portugal plus haut, on est sur du +70% par semaine.

Pas de certitude encore, mais d'après une analyse préliminaire du NERVTAG, en plus d'être plus transmissible, B.1.1.7 *pourrait* présenter une létalité supérieure.

« Plusieurs nouvelles analyses concordent néanmoins pour rapporter une sévérité augmentée de la maladie chez les personnes infectées avec le VOC B.1.1.7 comparé aux personnes infectées avec les variants non-VOC. »

assets.publishing.service.gov.uk/government/upl…
Les analyses de sensibilité en faisant varier divers indicateurs de pression hospitalière « n'ont pas substantiellement changé la mesure de l'effet ».
Conclusion de leur papier : « Il y a une possibilité réaliste que le VOC B.1.1.7 soit associé à un risque accru de décès comparé aux virus non-VOC. »

Pour avoir une réponse définitive, il faudra attendre plus de données, et de meilleure qualité.
« Oslo et 9 municipalités voisines vont imposer des mesures de confinement strict, incluant la fermeture des commerces non-essentiels, après [la découverte d'un foyer de B.1.1.7] »

thelocal.no/20210123/norwa…
Ça pourrait être chaud dès le mois prochain en IDF...

« [B.1.1.7] représente près de 9,4 % sur un échantillon de 1 080 cas dépistés en Ile-de-France entre les 11 et 21 janvier, ce qui augure d’une prochaine hausse "très significative" du nombre de malades, ont expliqué des médecins de l’APHP »

lemonde.fr/planete/articl…
Augmentation de la fréquence de B.1.1.7 en Suisse, "comme attendu selon les estimations de son avantage de transmission au Royaume-Uni".

B.1.1.7 en IDF : « Aujourd'hui, je peux vous dire que nous sommes sur un taux de circulation de 14 % en Île-de-France sur un échantillon quand même très significatif. »

francebleu.fr/infos/sante-sc…
« En outre, ce variant [B.1.1.7] serait encore plus contagieux que ce que l’on craignait  : la contagiosité supplémentaire ne serait pas de 30 %, mais de 65 %. »

Et du coup, ils attendent quoi pour tout fermer ?

Projection de l'augmentation de la fréquence des variants N501Y (principalement du B.1.1.7, un peu de B.1.351, P.1 pas encore détecté) à Genève.

En se basant sur les résultats de la deuxième "enquête flash," Véran évoque une augmentation de la fréquence de B.1.1.7 de 50% chaque semaine en France.

francetvinfo.fr/sante/maladie/…
Aux Pays-Bas, environ la moitié des infections sont dues à B.1.1.7. Ils estiment que B.1.1.7 est 49% plus contagieux que les souches sauvages, et était encore en croissance exponentielle avec un R un peu sous 1,3 à la mi-janvier.

dutchnews.nl/news/2021/02/c…
Augmentation de la fréquence de B.1.1.7 à Amsterdam.

B.1.1.7 en Île-de-France : « "On était plutôt aux alentours de 6% le 7 janvier et on est monté à 15-20 % la semaine dernière", a détaillé [Rémi Salomon]. Il va devenir dominant, on le sait, dans les 15 jours, les 4 semaines qui viennent (…). »

lemonde.fr/planete/articl…
En comparant deux cohortes (l'une infectée par B.1.1.7, l'autre non), Public Health England trouve un risque relatif de décès 1,65 fois plus élevé pour B.1.1.7, avec un intervalle très large qui va de 1,21 à 2,25 fois plus.

assets.publishing.service.gov.uk/government/upl… Image
Bientôt sur vos écrans au printemps. Image
La mutation E484K, également présente chez B.1.351 et P.1 et associée à de l'échappement immunitaire, a été détectée dans 11 séquences de B.1.1.7.

"Des informations préliminaires suggèrent plus d'un évènement d'acquisition" (= acquisitions indépendantes de la même mutation).
Comme attendu, lorsque l'on ajoute E484K à B.1.1.7, on observe une réduction de l'activité neutralisante des anticorps.

(En bleu, le type sauvage.)

"C'est un exemple d'évolution convergente. Ces mutations ont évolué de façon indépendante encore et encore parce qu'elles sont favorables au virus."

"Et nous ne devrions pas nous attendre à ce que le procédé s'arrête magiquement ici. Quand nous vaccinerons [plus largement], le virus sera encore plus sous pression de sélection, favorisant des mutations capables d'échapper à la réponse immunitaire."

"La seule façon d'empêcher cela, c'est d'éliminer la transmission. (...) Laisser la transmission du virus continuer [en masse] conduira à plus d'adaptation et plus de mutations avec des propriétés différentes. Nous ne pouvons pas nous permettre ce risque."
Au Danemark, B.1.1.7 est toujours en croissance exponentielle alors même que le confinement strict (avec écoles fermées) contrôle le type sauvage. Ils prolongent donc le confinement (au moins) jusqu'en mars.

« À première vue, la courbe des infections Covid au Danemark semble assez rassurante. (...) Mais ne vous-y trompez pas. (...) "Si vous regardez nos modèles, c'est le calme avant la tempête." »

sciencemag.org/news/2021/02/d…
« Les données ne sont pas rassurantes. La meilleure estimation des scientifiques danois, c'est que B.1.1.7 se propage 1,55 fois plus vite que les variants précédents. (...) Pour éviter qu'il ne devienne hors de contrôle...
... le pays devra rester en confinement — voire ajouter de nouvelles mesures de contrôle — jusqu'à ce qu'une large partie de la population ait été vaccinée. »
Au 27 janvier, 13,8% de B.1.1.7 parmi les PCR+ en France.

Il "est présent dans 20% des tests positifs en Île-de-France, en Bretagne et dans le Grand-Est."

francetvinfo.fr/sante/maladie/…
« En France, le 3 février, les [trois] variants totalisent 21,3% du nombre de nouveaux cas, selon un document remis le 5 février par l'Assurance maladie aux laboratoires de biologie médicale. »

lefigaro.fr/sciences/covid…
« Selon Thomas Fatome (...) nous sommes à 19% pour [B.1.1.7] et à 2,3%, en cumul pour [B.1.351 et P.1] »

À ce rythme de croissance [+50% par semaine], les nouveaux variants seront donc majoritaires d'ici 3 semaines dans l'Hexagone »
Mise à jour de l'ascension de B.1.1.7 en Suisse, avec le Danemark pour comparaison. Ils estiment une augmentation de la transmissibilité de 57% (95% IC: 42%-72%) à Genève et 53% (95% IC: 36%-71%) à Zurich.

Pour archivage, l'obscurantisme criminel de Macron (en page 2 du Canard Enchaîné du 3 février) : Image
Jusqu'ici, tout va bien.

Mise à jour de la prépublication de la LSHTM sur B.1.1.7. Selon les méthodes utilisées, ils estiment une transmissibilité supérieure de 43 à 82% (sensiblement identique à ce qu'ils trouvaient lors de la première version du papier).

« Les modèles statistiques variés donnent des estimations légèrement différentes pour le taux de croissance [de B1.1.7], reflétant différentes hypothèses et structures de modèle, mais tous identifient un taux de croissance substantiellement augmenté. »

cmmid.github.io/topics/covid19…
« Nous projetons que de larges résurgences du virus se produiront probablement suite à la levée des mesures de contrôle. »
« Pour comprendre les possibles mécanismes biologiques pour la dynamique observée, nous avons considéré 5 hypothèses (…) :
• transmissibilité accrue
• période infectieuse plus longue
• échappement immunitaire
• susceptibilité accrue chez les enfants
• temps de génération plus court »
« Nous identifions la transmissibilité accrue comme le modèle le plus parcimonieux, mais soulignons que les 5 mécanismes explorés ici ne sont pas mutuellement exclusifs et pourraient opérer de concert. »
« Par contraste, un modèle sans ces différences de transmissibilité entre [B.1.1.7 et les variants pré-existants] était incapable de reproduire les motifs observés dans les données, particulièrement pour décembre 2020.
Ceci souligne davantage encore que des changements dans les motifs de contacts ne peuvent pas expliquer la propagation de B.1.1.7. »
Surveillance génomique aux États-Unis : « Nous avons trouvé que la détection [de B.1.1.7] augmentait à un taux similaire à celui observé ailleurs, avec un temps de doublement [de ~10 jours] et une transmission accrue de 35-45% »

medrxiv.org/content/10.110… Image
Pré-publication de la LSHTM. Après ajustement de divers variables (âge, sexe, ethnicité, localité, niveau de vie, etc.), ils estiment que B.1.1.7 est associée à un risque 35% (12–64%) plus élevé de décès.

medrxiv.org/content/10.110…
Comme au Danemark, aux Pays-Bas le type sauvage est en décroissance (R autour de 0,8) tandis que B.1.1.7 reste en exponentielle (R autour de 1,1). Le tout donne un plateau (avant, ça descendait). Autour de 60% des infections seraient dues à B.1.1.7.

nltimes.nl/2021/02/09/cor…
"L’avantage de transmissibilité inféré du VOC est +41% [intervalle de crédibilité 95% 35-46%] sur le nombre de reproduction."

« Le nombre de reproduction inféré des non-VOC étant proche de 1 (...), le VOC augmente en incidence dans toutes les régions grâce à la transmissibilité accrue »

lpsm.paris/smile/document…
« Le VOC augmente en fréquence, deviendra majoritaire de la fin février à début avril selon les régions. Lorsque le variant sera dominant, le nombre de cas progressera exponentiellement au rythme dicté par le nombre de reproduction du variant. »
« Le variant Bristol a été défini par le NERVTAG comme le variant Kent [B.1.1.7] avec la mutation E484K.

Mardi, Public Health England déclarait avoir identifié 21 cas du variant Bristol. »

bbc.com/news/uk-englan…
Mise à jour du NERVTAG.

« Nous rapportons ici des analyses supplémentaires et mises à jour, qui ensemble renforcent le résultat antérieur d'une sévérité augmentée de la maladie chez les personnes infectées [par B.1.1.7] comparé aux autres variants »

assets.publishing.service.gov.uk/government/upl…
« Il y a des limitations potentielles dans toutes les données utilisées, mais prises ensemble ces analyses indiquent qu'il est probable que B.1.1.7 soit associé à un risque augmenté d'hospitalisation et de décès comparé à l'infection par [d'autres variants du virus] »
La fréquence de B.1.1.7 continue d'augmenter au Danemark, au rythme attendu.

"Le variant britannique est attendu devenir majoritaire fin février-début mars en France, avec une grande
hétérogénéité géographique (...). En l'absence de mesures de contrôle renforcé, une croissance rapide des cas est attendue dans les semaines à venir."
epicx-lab.com/uploads/9/6/9/…
L'Île-de-France étant la région la plus en avance, elle servira d'éclaireur... Image
La fréquence de B.1.1.7 double quasiment chaque semaine en Allemagne.

Le R de B.1.1.7 est estimé vers 1,3 en Allemagne, contre un peu moins de 0,9 pour le type sauvage.

Estimation en France :

Le mécanisme biologique exact derrière l'avantage de transmission de B.1.1.7 n'est pas encore clair. Cette pré-publication suggère une période infectieuse plus longue. Sur la base de 7 cas seulement, donc à confirmer.

B.1.1.7 est devenu majoritaire au Danemark. Le nombre de cas est en augmentation depuis quelques jours.

Commentaire dans le tweet suivant : "Ce que nous voyons est exactement ce que les scientifiques attendaient et avaient prédit"

Après ajustement par divers variables, cette prépublication du SSI au Danemark trouve que l'infection par B.1.1.7 est associée à un risque augmenté d'hospitalisation de 64% comparé aux autres lignages.

papers.ssrn.com/sol3/papers.cf…
Ils ne trouvent pas de signes d'une charge virale nettement supérieure parmi les infections par B.1.1.7 ("différence mineure de Ct entre B.1.1.7 et les autres variants").
En France, où B.1.1.7 représente l'écrasante majorité des variants présents.

santepubliquefrance.fr/maladies-et-tr… Image
En France : « Nous avons estimé que le variant 501Y.V1 [B.1.1.7] était 59% (95% CrI: 54—65%) plus transmissible que les lignages classiques, de façon cohérente avec les estimations du Royaume-Uni »

eurosurveillance.org/content/10.280…
« Au fur et à mesure que la prévalence de [B.1.1.7] augmente, nous nous attendons à ce que le Reff soit respectivement 39% (95% CrI: 33–45%) et 56% (95% CrI: 50–62%) plus élevé, le 1er mars et le 1er avril, qu'attendu si seuls des lignages classiques circulaient » Image
Aux États-Unis aussi, le plateau global dissimule la croissance exponentielle de B.1.1.7 (encore minoritaire, peut-être >20% au plan national). À voir si l'immunité (vaccination plus avancée et infections passées) amortit le choc en avril-mai.

nytimes.com/interactive/20…
C'est en Floride que B.1.1.7 est le plus en avance. Au Texas, la souche représente environ ~30% des infections, et l'australopithèque au pouvoir vient de tout lever en mode yolo...

[Prépublication LSHTM] B.1.1.7 est associé à un risque de décès 1,67 fois plus élevé (95% IC : 1,34—2,09).

"Pour tous les 3 morts dans une population avec les virus circulant auparavant, on s'attend à 5 morts dans une population similaire avec [B.1.1.7]"

medrxiv.org/content/10.110…
Étude portant sur deux cohortes appariées de 54 906 PCR+ au Royaume-Uni, les uns infectés par B.1.1.7, les autres non.

B.1.1.7 est associée à un risque de décès 1,64 fois plus élevé (95% CI : 1,32—2,04).

bmj.com/content/372/bm… Image
[Prépublication] B.1.1.7 est associée à un risque 2 fois plus élevé d'admission en soins critiques (95% CI: 1,59—2,49) et à un risque 1,6 fois plus élevé de décès (95% CI: 1,25—2,03) comparé aux virus précédemment en circulation.

medrxiv.org/content/10.110… Image
@threadreaderapp unroll
« Les vacances scolaires semblent avoir ralenti la progression [de B.1.1.7] en février »

Donc si les vacances scolaires ralentissent l'épidémie, ça veut dire que la réouverture des écoles......

medrxiv.org/content/10.110…
Mise à jour du papier de la LSHTM analysant un jeu de données avec 2,2 millions de tests positifs et plus de 17 000 décès Covid en Angleterre. Les auteurs estiment que B.1.1.7 est associée à un risque de décès 61% (42–82%) plus élevé.

nature.com/articles/s4158… Image
Plus que leur précédent résultat, donc...

Ces résultats sont par ailleurs en phase avec ceux des autres études, compilées plus haut.

En Ontario, sur la base de 5617 cas index (dont 1318 VOC), taux d'attaque secondaire à domicile 1,31 fois plus élevé (95% CI : 1,14—1,49) pour les VOCs comparé aux virus précédents. L'effet est amplifié chez les cas index a- et pré-symptomatiques.

medrxiv.org/content/10.110…
En Ontario aussi, ils trouvent des risques augmentés d'admission à l'hôpital, en réanimation et de décès pour B.1.1.7 (qui représente "plus de 90%" de leurs cas de VOC).

covid19-sciencetable.ca/sciencebrief/c… Image
« L'augmentation du risque est particulièrement prononcée 14 à 28 jours après le diagnostic de l'infection à SARS-CoV-2, ce qui engendrera des délais jusqu'à ce que le fardeau complet devienne apparent pour le système de santé »

covid19-sciencetable.ca/wp-content/upl… ImageImageImage
Étude sur les contaminations à domicile au Danemark portant sur 5241 ménages avec un cas index, dont 808 avec B.1.1.7. Les auteurs trouvent que la transmissibilité à domicile de B.1.1.7 est 1,5 à 1,7 fois supérieure à celle des autres lignages.

medrxiv.org/content/10.110… Image
Aux États-Unis, B.1.1.7 est devenue majoritaire avec une prévalence de 59,2% (95% CI : 56,1—62,2) du 28 mars au 10 avril. Données non entièrement consolidées.

covid.cdc.gov/covid-data-tra… Image

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Nov 15
« Le parquet, jugeant Marine Le Pen au "centre" d’un "système organisé" visant à faire du Parlement européen la "vache à lait" du Front national (FN), a prononcé mercredi de sévères réquisitions à son encontre : 5 ans de prison, dont 3 avec sursis...

lemonde.fr/societe/articl…
... 300 000 euros d’amende et 5 ans d’inéligibilité avec exécution provisoire – c’est-à-dire avec application immédiate même en cas d’appel – ce qui pourrait, si les juges suivent les procureurs, l’empêcher de se présenter à la prochaine élection présidentielle. »
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Read 8 tweets
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Nov 10
Une étude intéressante et détaillée au Québec sur le Covid long chez les soignants, principalement contracté sous "Omicron" (à 78%), ses facteurs de risque et les demandes de soin associées.

5-6% des soignants étaient affectés à l'été 2023.

inspq.qc.ca/sites/default/…Image
L'étude s'appuie sur 2 questionnaires :

a) le questionnaire électronique, avec 21 518 répondants et un taux de réponse bas (6%)
b) le questionnaire téléphonique, avec 4995 répondants et un taux de réponse beaucoup plus élevé (69%)
Les échantillons :

Questionnaire électronique :
81% de femmes
Âge moyen : 45,9 ans
42,5% présentaient au moins une comorbidité

Questionnaire téléphonique :
79% de femmes
Âge moyen : 42,4 ans
41,5% présentaient au moins une comorbidité
Read 38 tweets
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Oct 3
[S39-2024] Point hebdomadaire sur les infections respiratoires du 23 au 29 septembre 2024.

Activité C*vid stable ou en légère hausse sur les indicateurs ville/hôpital, pic possiblement atteint. Image
Niveau national de SARS-CoV-2 dans les eaux usées en S39

2022 : 7115
2023 : 7570
2024 : 6200 Image
[Note : la moyenne nationale des ~20 dernières semaines a été pas mal changée (sur le niveau absolu, pas la tendance) par l'inclusion de 42 stations supplémentaires. Je laisse momentanément les anciens chiffres sur 12 stations tels que donnés dans le bulletin SPF.]
Read 9 tweets
Maître Pandaï Profile picture
Sep 4
Ça fait 2 ans que je demande chaque semaine aux gens ici s'ils ont eu le début des symptômes d'une infection respiratoire. Fil sur les résultats. Graphique des réponses au sondage "Avez-vous eu le début des symptômes d'une infection respiratoire (ex. angine, Covid, grippe, rhume, etc.) cette semaine ?" évoluant en parallèle au taux d'incidence des consultations pour infection respiratoire aiguë (réseau Sentinelles)
Entre septembre 2023 et la semaine dernière, j'ai obtenu en moyenne ~580 votes.

Les réponses ont continué à tracer une courbe épidémique proche de celle des consultations pour infection respiratoire aiguë chez les médecins généralistes (réseau Sentinelles).
Par saison (l'automne démarrant au 1er septembre, l'hiver au 1er décembre, 1e printemps au 1er mars, l'été au 1er juin) :

Entre les 2 années, pas de différence particulière sur l'automne et l'hiver, où les 3 vagues d'infections respiratoires suivent les rentrées scolaires. Avez-vous eu le début des symptômes d'une infection respiratoire (ex. angine, Covid, grippe, rhume, etc.) cette semaine ? % oui (moyenne par saison) Automne 2022 28,4 Hiver 2022-2023 26,6 Printemps 2023 19,5 Été 2023 14 Automne 2023 25,8 Hiver 2023-2024 23,9 Printemps 2024 18,6 Été 2024 16,6
Read 15 tweets
Maître Pandaï Profile picture
Aug 20
"Les protéines laissées dans le sillage du Covid bien après l'infection initiale peuvent faire chuter les niveaux de cortisol dans le cerveau, inflammer le système nerveux et préparer ses cellules immunitaires à hyper-réagir lorsqu'un autre facteur de...

colorado.edu/today/2024/08/…
... stress survient, selon de nouvelles études sur animaux."

"L'étude, publiée dans le journal Brain Behavior and Immunity, apporte un nouvel éclairage sur ce qui pourrait sous-tendre les symptômes neurologiques du Covid long."
"Le cortisol est un agent anti-inflammatoire critique, aide à convertir les aliments en énergie, est important pour réguler la pression sanguine et le cycle veille-sommeil et aider à contrôler la réponse immunitaire aux infections."
Read 5 tweets
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Jul 25
« L'épidémie de Covid-19 sera forcément scrutée de près pendant les Jeux olympiques de Paris. (...) Le Tour de France a déjà donné le ton ces dernières semaines, avec plusieurs abandons causés par des symptômes de la maladie. »

francetvinfo.fr/les-jeux-olymp…
« Les masques ont même refait leur apparition dans le peloton et les organisateurs avaient finalement imposé le port d'une protection à tous les acteurs de la course en contact avec des coureurs, comme les journalistes et les invités. »
« La fédération française de judo, de son côté, avait annoncé il y a deux semaines que son stage de préparation avait été écourté, en raison d'un cas de Covid-19 qui touchait l'un des participants. »
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