Faire sa biblio dans #PubMed sans s'arracher les cheveux: un (long) thread

👇
⚠ PrĂ©caution d'emploi (1/2)

Les trucs et astuces qui suivent ne sont valables que pour une utilisation « au quotidien » de PubMed. N'utilisez pas les outils qui suivent pour réaliser une revue systématique ou une méta-analyse !!!!
⚠ PrĂ©caution d'emploi (2/2)

Tout ceci est destinĂ© Ă  faire des recherches rapides, sans se prendre la tĂȘte et sans y passer des heures.

Ca ne remplace *Ă©videmment pas* l'aide que peut vous apporter un(e) documentaliste en santĂ© pour des recherches plus fines. đŸ€“
PubMed, c'est quoi ?

C'est un moteur de recherche qui permet d'interroger une immense base de données bibliographiques dans le champ médical et des sciences de la santé (incluant MEDLINE).

Dans PubMed, vous trouverez ~33 millions de références bibliographiques issues d'un peu plus de 30 000 revues.

Environ 1,3 million de nouvelles rĂ©ferences sont ajoutĂ©es chaque annĂ©e 😹

nlm.nih.gov/bsd/medline_pu

A tel point qu'il est devenu humainement impossible de suivre la littérature de maniÚre exhaustive.

Rien qu'en 2019, prĂšs de 28 000 revues systĂ©matiques de la littĂ©rature ont Ă©tĂ© publiĂ©es 😳
Cette orgie de littérature médicale peut parfois submerger les internes et les jeunes (ou moins jeunes) hospitalo-universitaires
D'autant plus que, contrairement aux personnels de recherche dont c'est la seule activitĂ© au quotidien, les HU doivent jongler entre la clinique, l'enseignement et la recherche. 😓
Comment faire pour gagner en efficacitĂ© dans #PubMed et faire rapidement le tour d'un sujet pour un topo de service, une thĂšse de mĂ©decine, un mĂ©moire de DIU ou mĂȘme l'intro d'un article ? đŸ€”

Lisez la suite pour le savoir !
L'idée, c'est qu'on perd du temps quand on essaye de penser à tout à la fois: mieux vaut diviser votre sujet en plusieurs petits morceaux.

C'est à ça que servent les "P.I.C.O"
P.I.C.O, ça veut dire "Patient, Intervention, ContrÎle, Outcome" et ça décrit une maniÚre de diviser les questions de recherche clinique

📄mclibrary.duke.edu/sites/mclibrar

On peut étendre un petit peu cette approche P.I.C.O pour y ajouter deux éléments supplémentaires:

(1) une pathologie d'intéret ou une indication clinique
(2) des concepts ou des mots-clés à exclure
Prenez l'essai REHAB-HF dont les résultats ont été publiés récemment dans le @NEJM par Dalane Kitzman et al.

nejm.org/doi/full/10.10

Que se passe-t-il quand on sĂ©pare les Ă©lĂ©ments qui ont trait aux patients, Ă  la pathologie d'intĂ©rĂȘt, Ă  l'intervention, au groupe contrĂŽle, et aux outcomes ?
On obtient quelque chose qui ressemble à ça...
On retrouve d'ailleurs un certain nombre de mots-clés et de concepts dans la fiche #PubMed de l'article et dans le protocole déposé sur #ClinicalTrials

pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33999544/
clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT02

Prenons un autre exemple.

On cherche Ă  savoir si les anticoagulants oraux d'action directe (AOD) augmentent le risque d'hĂ©morragie intracrĂąnienne chez les patients ĂągĂ©s traitĂ©s pour fibrillation atriale, par rapport Ă  un traitement par antivitamine K (AVK). đŸ€”
Une fois qu'on a nos P.P.I.C.O.E, il ne nous reste plus qu'Ă  assembler tout ça dans une requĂȘte #PubMed aux petits oignons et c'est parti !
Une fois sur la page web de PubMed, cliquez sur "Advanced" pour accéder au fonctionnalités avancées du moteur de recherche.

🔗 pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/advanced/
Vous pouvez Ă©videmment construire votre requĂȘte comme on joue aux Lego, en combinant les diffĂ©rents mots-clĂ©s, les termes MeSH, les filtres, etc.

Ca marche bien, c'est reproductible, les documentalistes en santé vont vous adorer si vous faites ça.
Oui, sauf que...

Ben ça me paraßt irréaliste d'attendre que des non-spécialistes se souviennent de toutes ces étapes et de toutes les petites subtilités de PubMed et MEDLINE.

Franchement, quand on ne passe pas sa vie sur PubMed, ça devient vite galÚre et on perd patience !
InspirĂ© par le rayon "dĂ©veloppement personnel" de mon libraire et par le nombre incroyable de bouquins qui nous exhortent Ă  ne plus nous prendre la tĂȘte, je suis arrivĂ© Ă  la conclusion qu'on pouvait faire plus simple.

Plus simple et plus efficace.
Pour faciliter la vie des internes, des chef(fe)s de clinique et des MCU autour de moi, j'ai crĂ©Ă© un petit "bidule" sur Excel qui permet d'accĂ©lĂ©rer sĂ©rieusement les choses. 😉

A télécharger ici: docs.google.com/spreadsheets/d

En gros, il vous suffit de télécharger le fichier et de suivre les 3 étapes suivantes:

Etape 1: renseignez les mots-clé PPICOE
Etape 2: ajoutez les termes MeSH correspondant
Etape 3: appliquez des filtres si vous le souhaitez
Etape 4: il n'y a pas d'Ă©tape 4 😆
Et pis c'est tout. C'est fini. Un copier-coller dans la barre de recherche de PubMed et l'affaire est dans le sac ! 😎
Ca paraĂźt un peu trop beau pour ĂȘtre vrai, non?
Bon, en réalité l'étape 2 peut vous poser problÚme si vous n'avez jamais entendu parler des termes MeSH.
Le MeSH, kéckecéssa?

Pas de panique, @DocToBib (aka @Ludochand) a concoctĂ© une sĂ©rie de 4 vidĂ©os trĂšs bien faites qui expliquent tout. đŸ“œïžđŸ“ș

En gros, MeSH c'est une nomenclature de termes médicaux qui veut dire "Medical Subject Headings".

en.wikipedia.org/wiki/Medical_S

C'est un thésaurus dans lequel les termes médicaux sont rassemblés (cancer = malignancy = tumour = neoplasm) et classés les uns par rapport aux autres (neoplasm > digestive neoplasms > GI neoplasms > stomach neoplasms).

đŸ“ș
Il existe un moteur de recherche en anglais qui est trĂšs bien fait et qui permet de retrouver le terme MeSH correspondant Ă  un mot du language courant

ncbi.nlm.nih.gov/mesh
Mais si vous ĂȘtes un peu fĂąchĂ©(e) avec l'anglais, le @CISMeF_QDN est lĂ  pour vous 😊

cismef.org/cismef/
GrĂące Ă  l'outil HeTOP (hetop.eu/hetop/), vous pouvez trouver en 1 clic la traduction du mot-clĂ© qui vous intĂ©resse et connaĂźtre le terme MeSH qui s'y rapporte. 👏

Par exemple "fibrillation auriculaire" = "fibrillation atriale", avec comme terme MeSH "atrial fibrillation"
Il existe Ă©galement un MeSH bilingue français/anglais mis Ă  disposition par @Inserm đŸ‡«đŸ‡·đŸ‡ŹđŸ‡§

mesh.inserm.fr/FrenchMesh/
Là encore, le mot-clé "fibrillation auriculaire" est associé à son synonyme "fibrillation atriale" et renvoie au terme MeSH "atrial fibrillation" ainsi qu'à sa définition en anglais.

ncbi.nlm.nih.gov/mesh/68001281
Vous voyez que derriĂšre le terme "atrial fibrillation" se cachent en rĂ©alitĂ© un grand nombre de synonymes qui vont ĂȘtre capturĂ©s d'un seul coup en utilisant le MeSH.
Pour en savoir plus, allez sur la chaĂźne Youtube de @DocToBib

Quant Ă  l'Ă©tape 3, elle est vraiment trĂšs simple: il s'agit d'appliquer des filtres pour sĂ©lectionner une pĂ©riode d'intĂ©rĂȘt ou un type d'Ă©tude en particulier.
Vous avez peut-ĂȘtre, par exemple, envie de ne sĂ©lectionner que des Ă©tudes publiĂ©es depuis 2015
Ou alors d'Ă©viter les Ă©tudes qui, du fait de leur design ou du type de donnĂ©es qu'elles mobilisent, apportent un faible niveau de preuve... 😉
Vous vous intĂ©ressez peut-ĂȘtre uniquement aux Ă©tudes menĂ©es sur l'ĂȘtre humain ? Ou au contraire exclusivement aux Ă©tudes sur modĂšles animaux ou aux Ă©tudes in-vitro ?
Bref, c'est pas sorcier: cliquez sur les menus déroulants pour choisir vos filtres.

Vous pouvez aussi choisir de ratisser trĂšs large en sĂ©lectionnant "Tout type d'articles" et "Pas de critĂšre d'exclusion" đŸ€“
Une fois que c'est fait, Ctrl+C / Ctrl+V et c'est terminé !
Le résultat de votre recherche s'affiche
Vous noterez que les filtres programmés dans Excel sont identiques à ceux de #PubMed

Si par exemple vous Ă©largissez la requĂȘte Ă  tout type d'Ă©tude dans Excel et que vous filtrez ensuite pour ne retenir que les RCT dans PubMed, vous retrouvez exactement les mĂȘmes articles. 😎
Un conseil : si vous utilisez PubMed plus de 3 fois par an, créez-vous un compte utilisateur. Vous verrez que ça vous rendra un sacré service !
L'enregistrement de votre compte utilisateur prend 1 minute montre en main. Vous pouvez vous connecter avec votre compte Google, Outlook, ORCID, etc.

account.ncbi.nlm.nih.gov/signup/
Vous ĂȘtes rattachĂ©(e) Ă  une unitĂ© INSERM ? Cliquez sur "More signup options" et cherchez INSERM. Ca vous connectera automatiquement. 👍
L'intĂ©rĂȘt principal d'avoir un compte utilisateur, c'est que l'on peut trĂšs facilement :
(1) retrouver ses requĂȘtes rĂ©centes
(2) enregistrer des requĂȘtes "favorites"
(3) se créer des filtres personalisés
(4) tenir sa propre biblio Ă  jour

On va revenir lĂ -dessus tout Ă  l'heure
Mais d'abord revenons Ă  nos moutons...

En appliquant notre requĂȘte copiĂ©e-collĂ©e depuis Excel, nous avons trouvĂ© 268 rĂ©fĂ©rences.
Comment les exporter vers un logiciel de type EndNote, Zotero ou Mendeley ?
Chacun voit midi Ă  sa porte, et je sais que #Zotero est extrĂȘmement populaire chez les Ă©tudiant(e)s en mĂ©decine.

Personnellement, je trouve que ses fonctionnalités sont un cran en-dessous de ce que propose #Mendeley et que ça plante trÚs souvent...
Au risque de m'attirer les foudres de la Twittosphùre.... 😬
Quel que soit le logiciel que vous utilisez, le principe est le mĂȘme: cliquez sur "Send to" puis sur "Citation manager".
Vous pouvez décider d'exporter tous les résultats, uniquement les résultats qui sont affichés sur la page en question, ou alors une pré-sélection d'articles que vous avez cochés au préalable.
Une fois le fichier enregistré sur votre ordinateur, il ne vous reste plus qu'à l'importer dans Mendeley/Zotero
Avec Zotero comme avec Mendeley, vous pouvez également importer les références grùce à un petit Add-on à installer dans votre navigateur Internet

đŸ“ș
Vous pouvez aussi choisir d'enregistrer la liste des références (ou une pré-sélection) directement dans PubMed.

Dans le language PubMed, on appelle ça une *collection*. Allez savoir pourquoi...

đŸ“ș @DocToBib
Cliquez sur "Send to" puis "Collection". Vous pouvez soit créer une nouvelle liste, soit ajouter les références à une liste déjà existante (pour mettre à jour votre biblio par exemple).
Ca y est, votre nouvelle liste "Articles AOD vs. AVK" est crĂ©Ă©e ! đŸ„łđŸ™Œ
Pour changer les paramÚtres de cette liste, allez sur votre compte utilisateur (page "My NCBI"). Vous pouvez notamment décider de rendre cette liste publique afin de la partager avec vos collÚgues.
Une fois la liste rendue "publique", PubMed gĂ©nĂšre un lien unique que vous pouvez partager avec qui vous voulez. ✉

C'est une fonctionnalitĂ© trĂšs pratique quand on travaille Ă  plusieurs sur un article ou sur un protocole.😉
Vous pouvez Ă  tout moment la rebasculer en mode "privĂ©", ce qui aura pour consĂ©quence de couper l'accĂšs Ă  votre liste pour les autres utilisateurs. đŸ•”ïžâ€â™‚ïž
DerniĂšre option: enregistrer les articles dont vous ĂȘtes co-auteur dans votre propre bibliographie
A l'usage, c'est trĂšs pratique: un clic, et on retrouve tous les articles qu'on a Ă©crit ! đŸ€“
Par exemple, un nom au hazard... 😇
Ce thread commence Ă  ĂȘtre un peu long, non ? 😂
Bien souvent, vous ne crĂ©ez pas une requĂȘte PubMed pour une seule occasion: vous avez peut-ĂȘtre envie de pouvoir mettre Ă  jour votre biblio, ou de suivre en quasi temps rĂ©el les publications sur votre sujet favoris ?

Je propose trois solutions. Pas une. trois ! đŸ€Ż
Solution n°1 - Simple et efficace:

Enregistrez une version datĂ©e du fichier Excel dans lequel vous avez construit votre requĂȘte. La prochaine fois que vous avez besoin de mettre Ă  jour votre biblio, un simple copier-coller suffira !
Solution n°2 - Pour épater le chef de service

Lancez la recherche, puis cliquez sur "Advanced". Vous pouvez alors télécharger un fichier qui contiendra tous les informations dont vous avez besoin pour reprendre la recherche une prochaine fois.
Solution n°3 - Pour devenir un(e) pro de PubMed

Vous pouvez non seulement enregistrer votre requĂȘte, mais aussi demander Ă  PubMed de sauvegarder les rĂ©sultats... et mĂȘme de vous envoyer un mail rĂ©gulier pour vous tenir au courant des nouveaux articles sur le sujet ! đŸ„ł
Par exemple, je m'intĂ©resse depuis plusieurs annĂ©es Ă  la problĂ©matique de la prescrition de chimiothĂ©rapie dans le dernier mois de vie des patients avec des cancers avancĂ©s. Depuis 2015, PubMed m'envoie tous les mois la liste des articles pertinents (en fonction de ma requĂȘte)
LĂ  encore, il y a un gros avantage Ă  avoir un compte utilisateur: vous pouvez retrouver toutes vos alertes au mĂȘme endroit, les modifier, les supprimer, etc.
Pour modifier une requĂȘte (par exemple si vous vous rendez compte qu'il faudrait ajouter un mot-clĂ©), c'est un jeu d'enfant...
Vous ĂȘtes toujours lĂ  ? Je ne vous ai pas (encore) perdu en route ? 😉

Alors accrochez vous pour la derniĂšre partie de ce thread sur #PubMed
Construire des requĂȘtes sur PubMed c'est bien, mais parfois ça ne suffit pas: l'objectif de ce thread est de vous montrer une approche vite-fait-bien-fait, au prix d'une petite perte de sensibilitĂ© dans les rĂ©sultats.

Mais on peut compter sur l'effet boule de neige đŸ€“
Grùce aux algorithmes intégrés dans PubMed, vous pouvez retrouver des articles "similaires" à ceux que vous avez déjà identifiés.

C'est une fonctionnalitĂ© qui a beacoup gagnĂ© en performance ces derniĂšres annĂ©es, mais qui reste parfois un petit peu frustre. 😱
C'est lĂ  que @CoCites rentre en scĂšne...
Cocites, c'est un outil qui rĂ©volutionne la recherche bibliographique en inversant la logique habituelle: on ne recherche pas des mots-clĂ©s ni mĂȘme des articles citĂ©s par un article "index", on cherche des co-citations đŸ€Ż

cocites.com
Imaginez un article "I" dont on sait qu'il est pertinent sur un sujet précis. Imaginez que cet article "I" cite trois articles A, B et C.

@CoCites va rechercher les articles qui ont le plus souvent été co-cités par ces articles A, B et C.
Dans cet exemple fictif, on a:

3 articles cités uniquement par A
2 articles cités uniquement par C
1 article co-cité par A & B (= 2 co-citations)
1 article co-cité par B & C (= 2 co-citations)
1 article co-cité par A, B & C (= 3 co-citations)
L'idée, c'est que plus un article aura de co-citations par rapport à un article index ("query article"), plus il y a de chances que ces deux articles soient trÚs proches en termes de contenu et de thématique.

Référence historique (1973):
asistdl.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/as

Ce concept de co-citation Ă©tait connu depuis longtemps mais nĂ©cessitait un temps considĂ©rable pour ĂȘtre mis en oeuvre Ă  la main.

Grùce aux gigantesques bases de citations qui existent aujourd'hui, @cecilejanssens a créé un algorithme trÚs performant

Une mise en perspective intéressante également :

thebibliomagician.wordpress.com/2021/07/15/cit

Pour l'utiliser, c'est trÚs simple: installez l'add-on dans GoogleChrome ou Firefox. Une petite icone s'affichera alors sous les références dans PubMed, Google Scholar, Web of Science, etc.
Dans notre requĂȘte PubMed sur le risque d'hĂ©morragie intracrĂąnienne avec AOD vs. AVK, la troisiĂšme rĂ©fĂ©rence affiche 37 co-citations. Un clic, et voilĂ  !
Un autre outil qui change la maniÚre dont on réfléchit à la recherche bibliographie: @ConnectedPapers

connectedpapers.com
Reprenons notre exemple précédent: si vous copiez-collez le DOI ou le PMID d'un article, @ConnectedPapers l'identifie et vous propose de visualiser la "galaxie" des articles qui l'entoure. Tout cela fonctionne grùce à des algorithmes d'IA

connectedpapers.com/about
Pour finir, quelques trucs et astuces pour aller (encore) plus loin
Les tutoriels de la National Library of Medicine

youtube.com/playlist?list=

Les trùs nombreux tutoriels de @DocToBib, sur PubMed mais aussi sur Scopus, Zotero, etc. 🙌

youtube.com/user/doctobib
Les "Clinical Queries" pour faire des recherches sur des maladies ou des traitements précis

pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/clinical/
PubMed2XL, pour exporter des résultats de PubMed (liste de PMIDs) dans une base de données structurée

Extraordinairement pratique quand on veut extraire des données et faire une analyse quantitative rapidement.

pubmed2xl.com
Pour citer un article "à la volée" (sans passer par Zotero/Mendeley), par exemple pour l'envoyer à un collÚgue ou pour insérer une référence dans PowerPoint
Petit rappel : ce thread ne mentionne que PubMed, mais il existe bien sûr d'autres bases bibliographiques, dont certaines contiennent également les citations (Web of Science).

PubMed c'est juste la partie émergée de l'iceberg hein..
Et je le répÚte parce que je sens venir les remarques des spécialistes de l'information scientifique: les astuces données dans ce thread ne S'APPLIQUENT PAS AUX REVUES SYSTEMATIQUES !!!!
C'est tout pour moi. Ces 2-3 tweets m'auront pris plus de temps que je ne le pensais 😁

Si vous z'avez des questions, des remarques ou des commentaires (Ă©ventuellement constructifs...), ne vous privez pas !
J'en profite pour remercier @p_ameline @Ludochand et @Vincent_d_A, qui ont trĂšs gentiment fait des propositions pour amĂ©liorer ce petit outil. 🙏
Merci Ă  celles et ceux qui m'ont envoyĂ© leurs trucs & astuces ces derniers jours: @BrigitteGirault, @NBouscaren, @TheDamienDaily, @p_ameline et les autres 🙌

Si vous avez d'autres "combines", je suis preneur ! 😉

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More from @lucasmorin_eolc

13 Oct
All the articles for the special issue of @PalliativeMedJ on "Big data for #PalliativeCare and End-of-Life Care Research" are now published!

Very happy to be a guest editor, together with Bregje Onwuteaka-Philipsen @amsterdamumc.

Let's see what's inside! [THREAD] 👇
1/ Editorial: The promise of big data for palliative and end-of-life care research

journals.sagepub.com/doi/full/10.11

2/ Estimating the current and future prevalence of life-limiting conditions in children in England

The prevalence of children with a life-limiting condition has risen over the last 17 years and is predicted to increase in the future

journals.sagepub.com/doi/full/10.11
 @lornafraser10
Read 11 tweets
24 Nov 20
RÚgle n°1: Une base de données est un rectangle qui contient un patient par ligne et une variable par colonne
C'est simple: chaque ligne est une observation (un patient, un hĂŽpital, un participant Ă  votre enquĂȘte) et chaque colonne correspond Ă  une information que vous avez mesurĂ©e (sexe, Ăąge, date de naissance, score x ou y, etc.)
Read 52 tweets
24 Nov 20
Comment créer une base de données avec Excel ?

[Thread]
Je passe réguliÚrement des heures à reformatter des fichiers de données envoyés par les investigateurs cliniques ou les étudiants avec lesquels je collabore et pour lesquels je fais une partie des analyses statistiques.

C'est une galĂšre sans nom...
Read 7 tweets
29 Aug 20
Cardiovascular and Renal Outcomes with Empagliflozin in Heart Failure.

Randomized, double-blind, parallel-group, placebo-controlled trial including 3730 with class 2–4 heart failure and EF ≀40% receiving standard therapy

1/n

nejm.org/doi/full/10.10
 Image
Treatment of interest:

Empagliflozin, an inhibitor of the sodium-glucose co-transporter-2 (SGLT-2) currently used for patients with type-2 diabetes.

Approved by EMA in May 2014 and by the FDA in August 2014. Cost of a month supply in the US: ~450$
Trial design:

Randomized, double-blind, parallel-group (1:1), placebo-controlled trial including patients from 520 centers in 20 countries.

For a detailed description and rationale, see Packer M, et al. Eur J Heart Fail, 2019. 21: 1270-1278 onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.10

Read 23 tweets
3 Apr 20
New paper on hydroxychloroquine for Covid-19:

"No evidence of rapid antiviral clearance or clinical benefit with the combination of hydroxychloroquine & azithromycin in patients with severe COVID-19 infection", by Molina et al. at Saint Louis Hospital (Paris đŸ‡«đŸ‡·)

[Thread]
Let's have a look.

To read the paper, just click here:
sciencedirect.com/science/articl

First things first:

This is a journal pre-proof, not a preprint. What does that mean? Well, simply that the paper has been peer-reviewed and accepted for publication in the journal, but it's not yet a definitive version: it still needs copyediting and typesetting.
Read 30 tweets
31 Mar 20
A new randomized trial evaluating the efficacy of hydroxychloroquine has been posted yesterday on @medrxivpreprint. So, what's the deal here? [Thread]

medrxiv.org/content/10.110


1/ Image
First, let's start by reminding everyone out here that this is a #preprint. It means that the paper has not (yet) undergone the peer-review process that will evaluate its merits and weaknesses.

👉medrxiv.org/content/what-u


2/ Image
A quick recap about the design:
- Design: double-blind, randomized parallel-group trial (1:1)
- Intervention: hydroxychloroquine 400 mg/d for 5 days
- Control: usual care
- Recruitment: 4 to 28 February 2020
- Location: Renmin University Hospital, Wuhan (single-centre)

3/
Read 29 tweets

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