Johannesburg (Gauteng, Südafrika) erlebt derzeit einen sprunghaften Anstieg an Covid-19.

Von November sind aus dieser Region erst sieben Mutationsanalysen öffentlich. Alle scheinen eine völlig neue Variante von SARS-CoV2 zu sein mit über 30 (!!!) Mutationen in Spike!
Ausserhalb Johannesburgs finden sich derzeit nur 3 Fälle dieser Variante in Botswana. Hoffen wir, dass es sich um einen Laborfehler oder Zufall handelt.
Spike Mutationen: A67V, H69del, V70del, T95I, G142D, V143del, Y144del, Y145del, N211del, L212I, ins214EPE, G339D, S371L, S373P, K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, E484A, Q493R, Q498R, G496S, T547K, D614G, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K, L981F
Die Aktuellen Zahlen aus Südafrika finden sich bei @nicd_sa , mehr Information zu B.1.1.529 (hoffentlich müssen wir uns den Code nicht merken) auch hier:
theguardian.com/world/2021/nov…

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25 Nov
B.1.1.529 Update 25. November:
- Neue Sequenzen, die Gesamtzahl von Proben mit B.1.1.529 steigt auf ~40.
- in mehreren Provinzen mit PCR weitere Fälle
- Korrelation mit explosionsartigem Anstieg der Fälle in Gauteng
- Die unvorstellbar vielen Mutationen verändern Spike komplett. Image
Schauen wir die Mutationen im Spike Protein von B.1.1.529 genauer an. Punktmutationen blau, Deletionen oder die Insertion von 3 Aminosäuren in Rot. Die Furin-Schnittstelle hat 2 Mutationen, NTD und RBD viele. Image
In der NTD finden sich wie bei anderen Varianten viele Deletionen. Hier ist auch die Insertion von Aminosäuren EPE in Position 214 anzutreffen. Diese Region ist eine wichtige Antikörper-Bindestelle. Image
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13 Nov
Wer sich heute ansteckt, ist in einer Woche in der Statistik. Zwei Wochen später eventuell auf Intensiv, dort für mehrere Wochen. Die jetzige Überlastung ergibt sich daraus, dass wir vor 3 Wochen 3000 Fälle am Tag hatten.

Sehenden Auges in die humanitäre Katastrophe! 😭
(1/6)
Alles erwartet. Delta ist doppelt so infektiös, die 2*Impfung wirkt nicht 100%, viel zu wenige sind geimpft. Und Delta führt viel öfter ins Krankenhaus!

Maßnahmen und deren Implementierung gelingen am besten, wenn die Situation unter Kontrolle ist!
(2/6)
13000 Positive heute und ein R-Wert von 1,3 geben viel Gelegenheit für Neuansteckung, die Werte in 5-7 Tagen.

Das Virus arbeitet an dem Status quo der nächsten Woche, unsere Maßnahmen basieren auf dem Stand der letzten Woche! 🥺
(3/6)
Read 6 tweets
19 Oct
Mutanten-Update!
In Großbritannien breitet sich die von Delta abstammende Linie AY.4.2 stark aus, sie hat zusätzlich die Mutationen Y145H und A222V in Spike. Die Auswertung der in GISAID eingemeldeten Delta Proben zeigt es deutlich. Vorteil gegenüber Delta etwa 10-15%.
(1/4)
In Kontinentaleuropa wurden bisher vergleichsweise nur geringe Zahlen dieser erstmals in UK beschriebenen Variante gesehen, nehmen aber auch hier zu. Gesamt UK: ~20 000; Gesamt Kontinentaleuropa: ~1000; (2/4)
Dabei sind sie schon in vielen Ländern anzutreffen. Ganzgenome dieser Variante sind für Österreich bisher 2 gemeldet, hinzu kommen etwa 30 Teilgenomsequenzen (SARSeq). (3/4)
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