Thread by @Locuste_

🐞 Mini-thread 🐞

Puisque l'émergence de B.1.1.529 a mis le monde en panique, votre coccinelle doit vous en toucher deux mots.

On va commencer par éclaircir (un peu) le charabia ci-dessous.

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https://twitter.com/miamalan/status/1463846528578109444

🐞Premier black point :

Le RBD et le NTD sont deux régions de la protéine Spike.

(Ci-dessous, à gauche, D614, la souche sauvage apparue à Wuhan ; à droite, G614, le variant majoritaire lors de la première vague en Europe.)

Le RBD c'est la région de Spike qui se lie directement avec notre récepteur cellulaire ACE2.
Il s'agit donc d'un point chaud que tous les observateurs surveillent comme le lait sur le feu. Une mutation du RBD peut augmenter son affinité pour ACE2 et donc l'infectiosité du virus.

Des mutations dans le RBD peuvent aussi mettre à mal sa reconnaissance par le système immunitaire... et rendre moins efficace la fixation de nos anticorps qui étaient prévus pour combattre la version précédente du RBD.

Dit simplement : les anticorps développés grâce à la vaccination ou après une infection antérieure pourraient aussi moins bien se fixer au nouveau RBD, et donc empêcher moins efficacement sa liaison avec ACE2.

Ce qui pose problème si le taux d'anticorps circulants est faible.

Le NTD, lui, n'entre pas directement en contact avec ACE2, mais toute mutation modifiant sa structure est également susceptible d'induire une moindre reconnaissance et une neutralisation moins efficace.

Or, dans le cas de ce variant, les mutations observées semblent préoccupantes en ce qu'elles pourraient permettre au virus de résister - au moins partiellement - aux anticorps monoclonaux, si précieux pour les gens chez qui le vaccin a été inefficace.

🐞 Deuxième black point :

Le site de clivage de la furine, j'en ai jamais parlé sur Twitter.
La furine est une protéase de nos cellules.
Elle pré-découpe la protéine Spike au moment de l'assemblage du virus néo-formé dans notre cellule (ou juste avant sa libération).

L'endroit de la protéine Spike qui se fait cliver est appelé le site de clivage de la furine.

Une protéine Spike pré-découpée par la furine, c'est une protéine Spike plus compatible avec l'enzyme TMPRSS2 censée lui faire subir un deuxième clivage lors d'une infection ultérieure.

Illustration : Markus Hoffmann.

Pour en savoir plus sur le rôle de TMPRSS2, rendez-vous ici :

https://twitter.com/Locuste_/status/1431939878565126148

Si Spike n'est pas prédécoupée par la furine, elle esquive TMPRSS2 et choisira la voie endosomale, plus longue, pour se faire cliver par une autre protéase.

nature.com/articles/d4158…

Peut-être que des mutations proches du site de clivage la furine augmentent l'affinité entre Spike et la furine. Or, plus de Spike(s) prédécoupées veut dire plus de Spike(s) calibrées pour TMPRSS2, donc plus de Spike(s) susceptibles de nous infecter rapidement.
Infectiosité ↗️.

🐞 Troisième black point :

Une délétion c'est une perte d'un ou plusieurs (ribo)nucléotides.

Ici, ça concerne un morceau du gène ORF1ab codant entre autres pour la protéine non structurale 6 (NSP6).

Cette mutation pourrait aider NSP6 à court-circuiter encore un peu plus la réponse immunitaire médiée par les interférons.

Une réponse immunitaire peu efficace entraînera l'augmentation de l'infectiosité et de la transmissibilité du virus.

🐞 Quatrième black point :

La nucléocapside est formée par la protéine N autour de l'ARN viral.
Cette protéine N est très immunogène. Lors d'une infection, le système immunitaire est beaucoup plus focalisé sur elle que sur Spike, qu'il faut pourtant combattre en priorité.

⬆️Crédit : Juckel D, et al. Med Sci (Paris).2020;36(6-7):633-641.

Les mutations observées sur le nouveau variant pourraient là aussi augmenter son infectiosité.

Rien de bien réjouissant, vous l'aurez compris.

Ce variant porte un nombre de mutations jamais observé peut-être (à vérifier), et qui sont susceptibles de lui conférer moult avantages, notamment sur les points cruciaux de l'infectiosité et de la « résistance au vaccin ».

Par résistance au vaccin je veux dire que le virus serait en mesure d'échapper au moins en partie à l'immunité acquise par la vaccination et/ou par une infection antérieure.

Maintenant, je tiens à préciser que même si tout semble couler de source, ça reste très théorique.

Il faut attendre de voir ce que ça donne dans la vie réelle !

Alors bien sûr, la vitesse à laquelle ce variant devient hégémonique dans son berceau ne rend pas très optimiste.

Il faudra surveiller sa capacité à s'implanter dans d'autres territoires. Vérifier que son explosion actuelle n'est pas juste le fait isolé de super-contaminateurs (effet fondateur).

Je me souviens que d'autres variants ont un peu contesté la suprématie de Delta en Amérique du sud, alors que ce dernier écrasait tout dans le reste du monde.

Parfois, des régions du globe ont leur propre dynamique, sans qu'on sache trop pourquoi...

Mais j'insiste : l'ascension de ce variant sud-af qu'on ne connaissait pas il y a trois jours semble impressionnante.

Espérons que ce soit un pétard mouillé comme d'autres avant lui.

Malheureusement, je ne crois pas que couper les liaisons aériennes avec l'Afrique du sud ou d'autres pays ait beaucoup de sens aujourd'hui, surtout si c'est temporaire. Cela ressemble typiquement à la pseudo-mesure qu'on prendrait pour se donner bonne conscience

mais ça n'a aucun intérêt, à moins de la prolonger toute une vie.

Or, on sait bien que ça, ils ne le feront jamais.
(Qui ça « ils » ? Demandez-leur, c'est pas à moi de le dire.)

De toute manière, ça ne fonctionnerait pas sans que tous les pays du monde s'engagent à nous emboîter le pas sur la durée.

Enfin et surtout, ce variant est peut-être déjà sur le territoire.
S'il est vraiment plus contagieux que Delta, son expansion est inéluctable.

Le plus utile maintenant, c'est de se préparer à l'esquiver.

Ainsi, pour finir sur une note d'espoir, je vais reprendre les termes du regretté Damien Barraud, qui disait à l'époque du variant Alpha : « Ce nouveau variant ne sait pas déchirer vos masques avec ses griffes, ni s'accrocher aux rideaux pour ne pas sortir d'une pièce

que vous aérez. C'est donc entre vos mains. Don't do shit ! »

On regrettera cependant la pauvreté voire l'absence de communication de l'exécutif sur les aérosols...

Wait and see, Tikki.