De Omicron variant wint heel snel terrein in Nederland en landen om ons heen. De internationale discussie gaat over besmettelijkheid, verminderde immuniteit, en boosters. Wat is de samenhang tussen die factoren en Omicron? 🧵
2/

Een extreem belangrijke disclaimer: dit draadje is 100% bedoeld als uitleg. Op geen enkele manier zijn de cijfers en analyses te interpreteren als voorspelling, prognose, of verwachting. De getallen zijn puur ter illustratie en doen geen recht aan de realiteit.
3/

Voor dit draadje heb ik een SEIRS model in elkaar gezet. Dat is een transmissiemodel wat door modelleurs wordt gebruikt om potentiële uitkomsten bij uitbraken te modelleren, zoals bijv. het RIVM ook doet.

Uitgebreide uitleg RIVM hier: rivm.nl/documenten/bes…
4/

Ik gebruik een extreem simplistisch SEIRS model wat geen recht doet aan de realiteit (opnieuw: puur ter illustratie). Het idee is dat mensen vatbaar (S), besmet maar nog niet besmettelijk (E), besmettelijk (I), hersteld (R), en opnieuw vatbaar (S, door afnemende immuniteit).
5/

Ik doe een set aannames die redelijk gegrond zijn in de literatuur, maar niet recht doen aan de complexe realiteit (opnieuw, dit draadje is ter illustratie, geen prognose).

Aannames hieronder te lezen.
6/

Uiteraard gebruik ik ook data als input voor het model. Hier baseer ik me zoveel mogelijk op de analyses van het RIVM of andere onderzoekers.
7/

Ik modelleer met een ‘leaky vaccine’. Oftewel, als de effectiviteit tegen infectie 80% is, zal van een groep van 100 mensen dus 80 in de ‘hersteld’ groep komen en 20 zullen in de ‘vatbaar’ groep blijven hangen.
8/

Dit zijn vrij simpele aannames: In het model zijn mensen dus vatbaar of gevaccineerd/besmet, krijgen daardoor bescherming, en over tijd neemt die bescherming weer af (in gelijke mate).
9/

We laten het Delta virus nu los in de samenleving (waarbij Delta 100% van de besmettingen veroorzaakt). Door te weinig maatregelen groeit het aantal besmettingen erg snel en piekt op 103.000 per dag op dag 45.
10/

Door de grote hoeveelheid infecties zijn er op een bepaald moment zoveel mensen al besmet of hersteld dat het aantal infecties vanzelf daalt (ja, tijdelijke groepsimmuniteit dus). Maar doordat immuniteit afneemt over tijd wordt de groep ‘vatbaren’ vanzelf weer gevuld.
11/

Dit zien we hier dus op de lange termijn. Op dag 110 zitten we op ongeveer 30.000 infecties per dag maar daarna stijgt het opnieuw en pieken we opnieuw op dag 220. Deze golven herhalen zich tot we een stabiel niveau bereiken rond dag 500: het virus is nu 100% endemisch.
12/

Nu vervangen we de Deltavariant voor de Omicronvariant. Stel dat de Omicron variant zo’n 50% beter is in het omzeilen van onze immuniteit. Dan neemt de bescherming tegen infectie af van 75% naar 37.5%.
13/

In dit scenario belanden we op dag 36 op ongeveer 199.500 infecties. De tweede piek (weer rond dag 220 ongeveer) is nu ~81000 (in plaats van 70000). Vooral de eerste piek is dus hoger. Daarna zullen de pieken wel wat hoger zijn maar het stabiliseert op hetzelfde niveau.
14/

Stel dat we in staat waren geweest om iedereen morgen te boosteren en de bescherming tegen infectie gaat van 75% naar 90% (zie PHE data rechts) en de immuniteit tegen Omicron wordt ook wat beter (van 50% reductie naar 30% reductie). Dan is de piek 128.000 infecties per dag.
15/

De eerste conclusie is: de afnemende immuniteit door Omicron-variant (en 50% reductie is realistisch) heeft een enorme impact op het aantal besmettingen per dag. Boosteren, daarentegen, kan dat effect wel enigszins dempen (maar zeker niet helemaal).
16/

Wat betekent dat voor het aantal ziekenhuisopnames? Stel dat de effectiviteit tegen opname voor 70+ rond de 70% ligt en voor 70- ligt die rond de 90%. We kiezen weer deze verschillende scenario’s (Delta, Delta met boosteren, Omicron, Omicron met boosteren).
17/

Als we de Deltavariant loslaten zonder boosteren (dus immuniteit neemt af over tijd), pieken we op 218 opnames per dag. Daarna daalt het weer tot de volgende golf eraan komt en stijgt het weer mee maar is de piek dus ook lager.
18/

Als we eenmalig zouden boosteren (nu dus) tegen de Deltavariant, maar daarna niet meer, zien we het volgende effect: de komende golf wordt gedempt (piek op 165 per dag) maar de volgende piek wordt weer hoger (want boostereffect is tijdelijk).
19/

In het scenario van de Omicronvariant (50% reductie in bescherming tegen infectie, 20% reductie in bescherming tegen opname) komen we dan op 627 opnames per dag uit. Dat is onder de aanname dat Omicron net zo virulent is (dus niet milder).
20/

Nu draaien we weer het scenario waarin iedereen vandaag wordt geboosterd, waardoor bescherming tegen infectie toeneemt en bescherming tegen Omicron toeneemt. In dat scenario komen we uit op 316 opnames per dag.
21/

Samenvattend: de Omicron variant kan door het vermogen om immuniteit te omzeilen serieus veel schade aanrichten, vs. de Deltavariant. Maar o.a. boosters kunnen helpen om de klap een stuk te verminderen.
22/

De rest van de klap zullen we zelf op moeten vangen: door middel van gedrag (zoals reductie van het aantal contacten), basismaatregelen, of interventies die het aantal contacten dwingend omlaag brengen.
23/

Daarnaast zagen we het effect van afnemende immuniteit: de golven zullen terugkomen maar worden steeds meer gedempt door ontstane immuniteit (boosters of infecties). Dempen impliceert niet dat het virus weg gaat, maar mogelijk ontstaat er een vorm van stabilisatie.
24/

Of die stabilisatie acceptabel is, is een maatschappelijke en politieke discussie. In welke mate boosters, basismaatregelen, of verdere interventies de golven verder moeten onderdrukken is dan ook een cruciaal onderdeel van een lange termijn perspectief en strategie.
25/

En voor de derde keer: alle getallen zijn ter illustratie. De realiteit is dat effecten van vaccins en/of infecties met andere varianten (en combi van vaccins + infecties) een variatie in bescherming opleveren tegen Omicron. Maar de algemene lijn blijft staan.
26/ Referenties

Code voor model: github.com/mzelst/covid-1…

Rozhnova et al. (2021): nature.com/articles/s4146…

Contactenmatrix data: eurosurveillance.org/content/10.280…
Nabrander: het RIVM heeft afgelopen week verschillende 'what if' scenario's doorgerekend mbt de Omicron variant. Die zullen komende week worden gepubliceerd (advies en technische briefing): ik kijk daar zelf naar uit (want kwaliteit is een stuk hoger dan dit gepruts 🙃)!

• • •

Missing some Tweet in this thread? You can try to force a refresh
 

Keep Current with Marino van Zelst🌱

Marino van Zelst🌱 Profile picture

Stay in touch and get notified when new unrolls are available from this author!

Read all threads

This Thread may be Removed Anytime!

PDF

Twitter may remove this content at anytime! Save it as PDF for later use!

Try unrolling a thread yourself!

how to unroll video
  1. Follow @ThreadReaderApp to mention us!

  2. From a Twitter thread mention us with a keyword "unroll"
@threadreaderapp unroll

Practice here first or read more on our help page!

More from @mzelst

14 Dec
Deze week nog steeds veel discussie over hoge aantallen Omicron besmettingen, maar weinig ziekenhuisopnames: 'Omicron is milder'.

Exponentiële groei met vertraging tussen besmetting en opname zorgt ervoor dat je dit niet zomaar kunt concluderen.🧵
We hebben een fictief land met op de eerste dag:

100 Delta besmettingen (met R = 1.1)
10 Omicron besmettingen (met R = 1.8)

Kans op ziekenhuisopname is bij allebei hetzelfde (!)

Na 35 dagen: veel meer Omicron besmettingen, maar bij opnames zien we nog geen verschil. Huh? Image
We wachten nog even 15 dagen. En nu is het cumulatieve aantal opnames bij Omicron al veel groter.

Let wel: het totale aantal opnames op dag 50 is nog steeds het resultaat van de besmettingen t/m dag 36.

Dus het stijgt nu wel harder, maar het lijkt nog steeds beperkt. Toch? Image
Read 6 tweets
13 Dec
#COVID19NL #Zorginfarct

Positief getest: 13.844
Totaal: 2.894.209 (+13.783 ivm -61 corr.)

Perc. positief 05 dec - 11 dec: 23,7%

Opgenomen: 183
Huidig: 2.118 (-2)

Opgenomen op IC: 29
Huidig IC Nederland: 630 (-12)
Huidig IC Duitsland: 20 (+0)

Overleden: 28
Totaal: 20.140 Image
Geconstateerde besmettingen per gemeente 👇

🟧 0 / 352 gemeentes

🛑 0 / 352 gemeentes

🟣 1 / 352 gemeentes

⚡ 350 / 352 gemeentes

Zie de eerste afbeelding voor een uitgebreide legenda

[13 Dec] #COVID19NL

raw.githack.com/mzelst/covid-1… ImageImageImageImage
Opgenomen patiënten met positieve test per (woon) gemeente

(bron: Stichting NICE / RIVM)

[13 Dec] #COVID19NL ImageImageImageImage
Read 7 tweets
12 Dec
#COVID19NL #Zorginfarct

Positief getest: 16.671
Totaal: 2.880.426 (+16.588 ivm -83 corr.)

Perc. positief 04 dec - 10 dec: 24%

Opgenomen: 218
Huidig: 2.120 (+11)

Opgenomen op IC: 33
Huidig IC Nederland: 642 (+8)
Huidig IC Duitsland: 20 (-1)

Overleden: 39
Totaal: 20.112
Geconstateerde besmettingen per gemeente 👇

🟧 0 / 352 gemeentes

🛑 1 / 352 gemeentes

🟣 1 / 352 gemeentes

⚡ 350 / 352 gemeentes

Zie de eerste afbeelding voor een uitgebreide legenda

[12 Dec] #COVID19NL

raw.githack.com/mzelst/covid-1…
Opgenomen patiënten met positieve test per (woon) gemeente

(bron: Stichting NICE / RIVM)

[12 Dec] #COVID19NL
Read 7 tweets
11 Dec
#COVID19NL #Zorginfarct

Positief getest: 17.828
Totaal: 2.863.838 (+17.712 ivm -116 corr.)

Perc. positief 03 dec - 09 dec: 24%

Opgenomen: 301
Huidig: 2.109 (-39)

Opgenomen op IC: 41
Huidig IC Nederland: 634 (-1)
Huidig IC Duitsland: 21 (+1)

Overleden: 70
Totaal: 20.074
Geconstateerde besmettingen per gemeente 👇

🟧 0 / 352 gemeentes

🛑 0 / 352 gemeentes

🟣 1 / 352 gemeentes

⚡ 351 / 352 gemeentes

Zie de eerste afbeelding voor een uitgebreide legenda

[11 Dec] #COVID19NL

raw.githack.com/mzelst/covid-1…
Opgenomen patiënten met positieve test per (woon) gemeente

(bron: Stichting NICE / RIVM)

[11 Dec] #COVID19NL
Read 7 tweets
10 Dec
#COVID19NL #Zorginfarct

Positief getest: 17.562
Totaal: 2.846.126 (+17.471 ivm -91 corr.)

Perc. positief 02 dec - 08 dec: 23,5%

Opgenomen: 273
Huidig: 2.148 (-56)

Opgenomen op IC: 52
Huidig IC Nederland: 635 (+9)
Huidig IC Duitsland: 20 (+2)

Overleden: 85
Totaal: 20.004 Image
Geconstateerde besmettingen per gemeente 👇

🟧 0 / 352 gemeentes

🛑 0 / 352 gemeentes

🟣 1 / 352 gemeentes

⚡ 351 / 352 gemeentes

Zie de eerste afbeelding voor een uitgebreide legenda

[10 Dec] #COVID19NL

raw.githack.com/mzelst/covid-1… ImageImageImageImage
Opgenomen patiënten met positieve test per (woon) gemeente

(bron: Stichting NICE / RIVM)

[10 Dec] #COVID19NL ImageImageImageImage
Read 7 tweets
10 Dec
CBS heeft het aantal overlijdensgevallen bijgewerkt t/m week 48 van 2021. In week 48 overleden er 4306 mensen. Dat is 41.6% meer dan verwacht.

Een draad over de sterfte per week en sterfte door corona + sterfte door het zorginfarct.
2/

Ik kijk naar:

1) Oversterfte adhv historische gemiddeldes (tweet 3/4)
2) Sterfte door corona met een dynamisch linear model (DLM) (tweet 5)
3) Sterfte door corona met model gebaseerd op plaats van overlijden (tweet 6)

De uitleg kun je hier vinden: github.com/mzelst/covid-1…
3/ De oversterfte in week 48 (29 november - 05 december):

1) Methode CBS: 1264
2) Methode RIVM (25 november - 01 december): 1301.5

(grafieken CBS / RIVM)
Read 12 tweets

Did Thread Reader help you today?

Support us! We are indie developers!


This site is made by just two indie developers on a laptop doing marketing, support and development! Read more about the story.

Become a Premium Member ($3/month or $30/year) and get exclusive features!

Become Premium

Too expensive? Make a small donation by buying us coffee ($5) or help with server cost ($10)

Donate via Paypal

Or Donate anonymously using crypto!

Ethereum

0xfe58350B80634f60Fa6Dc149a72b4DFbc17D341E copy

Bitcoin

3ATGMxNzCUFzxpMCHL5sWSt4DVtS8UqXpi copy

Thank you for your support!

Follow Us on Twitter!

:(