1/50
Les enquêtes épidémiologiques de l'ONS 🇬🇧 sont une vraie mine d'or.
Leurs données sont en accès libre, ainsi que celles du PHE/UKHSA.
Voici un thread pour illustrer une fraction des informations qu'on peut en tirer...
2/50
Tout d'abord les sources :
A) OWD pour les données d'incidence via les tests de dépistage/diagnostic
ourworldindata.org/local-covid-uk
B) les rapports du PHE/UKHSA et leurs archives
gov.uk/government/pub…
C) Enquêtes épidémio de l'ONS avec les datasets
ons.gov.uk/peoplepopulati…
3/50
Déjà évoqué plusieurs fois, les enquêtes épidémio de l'ONS permettent d'avoir une estimation de la circulation virale RÉELLE, contrairement aux tests de dépistage/diagnostic qui ne montrent qu'une fraction de l'incidence et prévalence des infections
4/50
Les dépistages/diagnostics sont un mauvais outil épidémiologique. Ils sont restreints à certains patients, limités dans leur déploiement, dépendant de l'adhésion de la population aux stratégies de dépistage...
Ils ne reflètent qu'une fraction de la réalité.
5/50
Au contraire, les enquêtes épidémiologiques s'appuient sur un échantillon représentatif de la population (âge, sexe, lieu de résidence, statut immunitaire, mode de vie, secteur d'activité...)
6/50
Ceci permet d'estimer la circulation virale RÉELLE, indépendamment de l'adhésion au dépistage.
Ces enquêtes constituent un complément indispensable à la documentation épidémiologique d'une épidémie.
Au UK 🇬🇧, elles constituent le "pillar 4"
gov.uk/government/pub…
7/50
Le Québec dispose aussi d'un tel outil depuis 2022 :


En France, après >2 ans de pandémie, nous n'avons apparemment toujours pas compris que l'épidémio basées sur les seuls tests de dépistage/diagnostic est bancale... et pas qu'un peu ! 😅
8/50
A partir de l'ensemble des archives de l'ONS + PHE/UKHSA, il est possible de reconstituer l'évolution de l'incidence RÉELLE des infections par SARS-CoV-2, depuis fin avril 2020 jusqu'à présent... et de comparer avec l'incidence perçue via les tests
9/50
On commence avec l'Ecosse (dernière à avoir déployé les enquêtes de l'ONS) :
voici l'incidence "perçue" via les tests (publiée dans les média, sur les sites de tracking...) 🟦 ; et l'incidence RÉELLE obtenue via les enquêtes de l'ONS 🟧
10/50
Tout d'abord, on remarque que les "pics" d'incidence perçus via les tests 🟦, et sur lesquels les débats de café du commerce se sont multipliés depuis 2 ans, ont toujours été en retard sur les pics réels 🟧
11/50
Si vous ne disposez que des données issues des tests de dépistage/diagnostic 🟦, vous ne pouvez construire qu’un raisonnement bancal sur l'évolution de l'épidémie, ses mécanismes et sur les mesures à prendre/évaluer...
12/50
Autre info, l'incidence perçue via les tests 🟦 a toujours été très inférieure à l'incidence RÉELLE 🟧.
Pour illustrer cela, voici le ratio "perçue/réelle" au cours du temps.
On remarque que depuis 2022, la population n'est plus testée suffisamment
13/50
En effet, jusqu'à 2022, l'incidence réelle 🟧 était ~2 à 3x plus élevée que l'incidence perçue 🟦, avec des "pics" de sous-estimation jusqu'à x4-x5 durant les vagues épidémiques.
Depuis 2022, l'incidence réelle est >6x supérieure à l'incidence perçue 🟦
14/50
On continue avec l'Irlande du Nord (avant-dernière à être intégrée dans les enquêtes de l'ONS) :
Toujours pareil, incidence perçue via les tests 🟦, et incidence réelle 🟧
(exprimées comme chez nous en nouveaux cas / semaine / 100k habitants)
15/50
Toujours le retard des pics perçus via les tests.
Mais aussi une nette illustration de la problématique actuelle de sous-estimation majeure de la circulation virale (et donc une sous-estimation majeure du risque sanitaire que chacun doit désormais gérer en autonomie)
16/50
Alors que l'incidence "officielle" présentée via les média/trackers/autorités... semble revenue sous la barre des 1000 cas / semaine / 100k, elle est en réalité en forte ↗️ à >6000 cas / semaine / 100k 🤷‍♂️
17/50
Si on reprend la représentation graphique du ratio perçue/réelle, on réalise un peu mieux à quel point la circulation virale est sous-estimée si on ne réalise pas d'enquête épidémiologique :
18/50
On passe ensuite au Pays de Galles (seconde nation du UK à avoir intégré les enquêtes de l'ONS).
Idem :
incidence perçue via les tests 🟦 ; incidence réelle via les enquêtes épidémio 🟧
19/50
Idem, pics réels 🟧 plus précoces que les pics perçus via les tests 🟦 (sur lesquels les décisions sanitaires sont prises 🤦‍♂️🤷‍♂️)...
Et toujours une forte sous-estimation de la circulation virale.
En 2022, l'incidence RÉELLE 🟧 est 20x fois > à l'incidence via les tests 🟦
20/50
Dans de telles conditions, comment voulez-vous acquérir une compréhension fiable de l'épidémie, ou évaluer correctement les risques, si vous ne réalisez pas d'enquêtes épidémiologiques en parallèle des tests de dépistage/diagnostic ???
21/50
Enfin l'Angleterre (où les enquêtes pilotes ont débuté dès la fin de la 1ère vague en 2020).
Toujours la même représentation, incidence perçue via les tests 🟦 versus incidence réelle via l'ONS 🟧
22/50
L'Angleterre est l'Etat le plus peuplé du UK 🇬🇧 et fournit donc des données plus robustes.
Toujours le retard des pics perçus via les tests 🟦, et toujours une forte sous-estimation de l'incidence réelle 🟧 (sous-estimée d'un facteur x12 en 2022) 🤷‍♂️
23/50
Les données anglaises permettent aussi de compléter avec d'autres informations liées aux variants en circulation, et aux données immunologiques (séroprévalence = % de population ayant développé des anticorps anti-N, acquis uniquement via infection)...
24/50
On peut par exemple voir que la grande vague d'infections de fin 2021 a débuté avec Delta.
L'incidence réelle a atteint 3000 cas/semaine/100k avant qu'Omicron ne devienne majoritaire...
25/50
Cela montre que cette grande vague n'est pas uniquement liée à la transmissibilité accrue d'Omicron, mais aussi à un changement des comportements individuels (abandon des mesures barrières), puisque l'incidence réelle a décollé même sous la domination de Delta...
26/50
Omicron a la particularité d'être doté d'un fort échappement immunitaire, ce qui lui permet d'être ~30x moins neutralisé par nos anticorps que Delta.
Ceci a 2 conséquences :
A) transmissibilité décuplée
B) virulence APPARENTE ↘️
27/50
J'insiste sur ce dernier point, car en circulant préférentiellement chez des sujets immunisés (via son échappement immunitaire), Omicron infecte donc préférentiellement des personnes à moindre risque de formes sévères de COVID (puisque immunisées)...
28/50
L'exemple de Hong-Kong 🇭🇰 montre à quel point Omicron est dangereux dans une population insuffisamment vaccinée !
Seulement ~50% des >60 ans avec 2 doses, et primo-vaccinations majoritairement incomplètes (pas assez de 3èmes doses).
29/50
La contre-partie qui a été largement détournée/déformée/désinformée par les partisans de l'immunité hybride ou immunité par infection, c'est qu'Omicron ne fait pas progresser la séroprévalence, et ne construit pas la fameuse "immunité collective" !...
30/50
Avant de discuter du pourquoi, revenons aux données d'incidence réelle 🟧 et de séroprévalence anti-N 🟪 (acquise via l'infection uniquement).
On peut voir une forte ↗️ de séroprévalence vers fin 2021 (de ~23% à 36%).
Mais à qui est-elle due ???
31/50
Si on lit "bêtement" les courbes, on répond : "c'est dû à Omicron puisque la ↗️ de séroprévalence est simultanée à l'essor d'Omicron".
Mais si on tient compte du fonctionnement de notre système immunitaire, on n'a pas la même conclusion...
32/50
Le UKHSA le rappelle d'ailleurs dans ses rapports présentant ces données de séroprévalence :
la séroconversion (production d'anticorps suite à l'infection) ne survient qu'au moins 2 à 3 semaines après l'infection 🤷‍♂️...
assets.publishing.service.gov.uk/government/upl…
33/50
Alors pour aider à comprendre ce décalage, j'ai refait le graphique précédent, mais en avançant les points de séroprévalence 🟪 de 2,5 semaines pour les réaligner sur l'incidence réelle 🟧 à laquelle ils correspondent (= alignement avec les infections causales)
34/50
Oops... !
La quasi totalité du bond de séroprévalence observé fin 2021 est en fait induit par des infections liées au variant Delta ! 🤷‍♂️
Depuis qu'Omicron est dominant, on voit au contraire que la séroprévalence anti-N ne progresse plus.
Pourquoi ???
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La réponse réside dans l'échappement immunitaire d'Omicron.
Cette caractéristique lui permet de circuler préférentiellement chez les sujets déjà immunisés, qui sont aussi ceux qui s'exposent le plus aux contaminations...
36/50
Ces individus se retrouvent infectés par Omicron, mais ils étaient déjà séropositifs auparavant du fait de leurs comportements à risque, défaut d'adhésion aux mesures barrières...
Ils constituent un "pool" qui s'infecte régulièrement à chaque vague
37/50
Une fraction de ce pool est perçue via les données issues des tests de dépistage/diagnostic 🟦 et constitue la partie émergée de l'iceberg des réinfections :
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D'ailleurs, depuis l'essor d'Omicron, on constate que le taux de réinfections a été multiplié par ~10 :
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En circulant préférentiellement dans ce pool à infections récurrentes, Omicron ne fait pas progresser la séroprévalence dans la population puisqu'il circule chez des sujets déjà séropositifs...
C'est le 1er élément de réponse.
40/50
Mais alors pourquoi ne voit-on pas la séroprévalence anti-N progresser malgré tout dans le reste de la population qui n'a été immunisée que par la vaccination ???
Cela dépend du délai entre vaccination et infection (et aussi du nombre de doses reçues)...
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Après 3 doses, on dispose d'un fort stock d'anticorps neutralisants qui décroit progressivement avec le temps.
Ces anticorps n'empêchent pas d'être infecté, mais s'ils sont en quantité suffisante, ils limitent fortement l'invasion virale...
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Si l'infection par Omicron survient peu de temps après la vaccination (surtout après 3ème dose), on dispose alors d'un stock important d'anticorps neutralisants qui empêchent l'infection de s'étendre au-delà de la sphère ORL ou dans les tissus profonds...
43/50
L'infection n'induit alors que peu ou pas de stimulation du système immunitaire adaptatif (lymphocytes T et B notamment).
Ainsi il ne se produit pas de séroconversion anti-N suite à cette infection...
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De plus, si on a encore beaucoup d'anticorps neutralisants au moment de l'infection, les particules virales sont alors suffisamment recouvertes d'anticorps (neutralisées) pour empêcher leur détection par de nouveaux lymphocytes = pas de séroconversion anti-N...
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Tout ceci met à mal la stratégie de "l'immunité hybride" qui voudrait qu'après primo-vaccination complète (3 doses), on ne maintienne plus notre protection que par des infections récurrentes 😅🤡
"Pour éviter de tomber malade... Tombons tous malades", ça ne marche pas
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Enfin, pour ~20 à 25% des individus, notamment les plus jeunes et ceux qui font des infections totalement asymptomatiques, il n'y a pas de stimulation de l'immunité adaptative lors de l'infection.
Ils contrôlent leur infection via la réponse interféron...
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Ces individus ne séroconvertissent pas après leur infection (ni en anti-N, ni en anti-S), car leur immunité innée (réponse interféron) suffit à juguler l'invasion virale.
Contrairement à l'immunité adaptative, l'immunité innée n'a pas de mémoire et n'est pas "boostable"
48/50
Là encore, l'infection de ces individus ne fait pas progresser la séroprévalence (~20 à 25% de la pop mais variable car certains variants possèdent des mutations leur permettant de contourner la réponse interféron).
49/50
Par contre, ce qui est certain, c'est que la circulation virale est massive, fortement sous-estimée actuellement, et que même si elle ne fait pas ↗️ la séroprévalence, elle fait avancer l'évolution virale vers tjs+ de transmissibilité et tjs+ d'échappement immunitaire.
50/50
Nous nous reposons sur nos lauriers acquis via la campagne de 3èmes doses, puis nous nous laissons doucement bercer par l'illusion d'une circulation virale de bas niveau.
Ainsi nous allons laisser l'immunité acquise s'étioler avec le temps...
Ne soyez pas surpris 😉

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Mar 24
1/13
Le nouveau rapport hebdomadaire du PHE est publié.
Il comporte de nouvelles données d'efficacité vaccinale avec évolution post-D3 selon l'âge, et comparaison BA.1 versus BA.2.
Quelques surprises...
assets.publishing.service.gov.uk/government/upl…
2/13
On entend souvent les populistes de tous bords, appeler à ne plus administrer les rappels vaccinaux qu'aux seuls patients très âgés ou très "fragiles".
Les données en vie-réelle risquent de les contrarier (encore une fois ! 😅)...
3/13
Le PHE présente pour la 1ère fois, l'évolution de l'efficacité vaccinale contre les hospitalisations avec 3 séries de données :
ECDS = admissions aux urgences POUR covid
SUS-2 = hospit >=2j POUR covid
SUS-Severe = SUS-2 + ventilation ou réanimation POUR covid
Read 13 tweets
Mar 18
1/28
Comme tous les vendredis, l'ONS 🇬🇧 publie les résultats de son enquête épidémiologique en population générale.
Cette semaine, l'ONS fournit les données allant jusqu'au 09/03/2022 :
ons.gov.uk/peoplepopulati…
2/28
Contrairement aux tests de dépistage/diagnostic (seuls outils utilisés en France), les enquêtes épidémio en population générale ne sont pas soumises aux biais induits par un manque de recours aux tests, ou restrictions à certains patients
gov.uk/government/pub… Image
3/28
Ces enquêtes épidémiologiques sont donc un complément indispensable pour avoir une estimation de la circulation virale RÉELLE.
Les données de l'ONS confirment semaine après semaine, qu'il y a un grand écart entre l'incidence perçue et l'incidence réelle
Read 28 tweets
Mar 16
1/4
Sur ces données d'excès de mortalité en 🇿🇦, on ne constate pas de SOUS-mortalité après les pics de SUR-mortalité = pas d'effet "moisson" évident...
2/4
L'effet "moisson" traduit le fait que les morts d'un pic épidémique sont en fait "uniquement" des morts précoces chez des individus qui seraient morts de toute façon peu de temps après (d'où un "creux" ensuite puisqu'ils ne peuvent pas mourir une 2ème fois)...
3/4
Comme on peut le constater sur ces données en 🇿🇦, on ne constate pas de "creux" de mortalité (sous-mortalité) après les pics d'excès de mortalité associés à chaque vague de covid...
Read 4 tweets
Mar 13
1/16
Bcp de critiques suite à mon thread sur l'intérêt des 4èmes doses vaccinales.
Je comprends mais il faudrait quand même se rappeler qu'on doit raisonner non pas sur un nombre de doses, mais sur les corrélats de protection 🤷‍♂️...
2/16
En tant que soignants, la vaccination contre la grippe est faite chaque année. Si vous avez 20 ans de carrières, vous avez donc au moins 20 doses de vaccin anti-grippal, sans compter la primo-vaccination et les autres vaccins...
3/16
Oui, pour la covid, nous aurons des doses itératives (à quelle fréquence, je n'en sais rien), mais quelques détails à ne pas oublier :
A) contrairement à la grippe, SARS-CoV-2 circule toute l'année = exposition continuelle...
Read 16 tweets
Mar 13
1/38
Hier, le Premier Ministre a enfin évoqué le déploiement des 4èmes doses vaccinales...
Mais encore une fois au pied du mur, et avec une limitation aux >80 ans qui restera un mystère pour moi.
Quelques éléments pour illustrer le problème...
2/38
Le PHE 🇬🇧 dispose des données d'hospitalisations et décès (à 28 ou 60 jours) pour COVID, en fonction de l'âge et du statut vaccinal.
Voici la comparaison des données en semaine 3 (plus ancienne publi avec données pour dose 3), et semaine 10 (publi la plus récente)...
3/38
Voici les liens pour accéder aux rapports complets :
semaine 3 : assets.publishing.service.gov.uk/government/upl…
semaine 10 : assets.publishing.service.gov.uk/government/upl…
Read 39 tweets
Mar 11
1/19
Comme chaque vendredi, l'ONS 🇬🇧 vient de publier son enquête épidémiologique en population générale.
Via le dépistage sur des échantillons représentatifs de population, ces enquêtes reflètent la circulation virale RÉELLE
ons.gov.uk/peoplepopulati…
2/19
Je ne redéveloppe pas le distinguo entre incidence "apparente" via les tests de dépistage/diagnostic (qui sous-estiment+++ la circulation virale) et l'incidence réelle via les enquêtes épidémio.
Déjà évoqué récemment ici :
3/19
Cette semaine, on dispose des données virologiques jusqu'au 6 mars 2022 pour les 4 pays du Royaume-Uni.
Voici les courbes comparées entre les données de ces enquêtes (circulation virale réelle 🟧), et tests de dépistage/diagnostic (circulation apparente 🟦)...
Read 19 tweets

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