1/26
Nouvelles données hebdomadaires publiées par l'ONS 🇬🇧.
Toujours la même rengaine mais toujours aussi précieuses car ce sont les seules données cliniques reflétant la circulation virale réelle, et indépendantes de l'abandon du dépistage virologique !
2/26
Pour rappel, les données présentées via SPF, trackers... sont uniquement issues des tests de dépistage/diagnostic en forte ↘️ par rapport aux phases antérieures de la pandémie.
L'ONS s'appuie au contraire sur des enquêtes en pop générale
3/26
Les données de circulation virale réelle (ONS) sont disponibles ici :
ons.gov.uk/peoplepopulati…

Pour les données "apparentes" (tests de dépistage/diagnostic) :
OWD UK : ourworldindata.org/local-covid-uk
Gov UK : coronavirus.data.gov.uk/details/testin…
4/26
Les données de l'ONS vont jusqu'au 24/09/2022 et commencent donc à couvrir la période de nouvelle ↗️ des admissions hospitalières.
On commence en comparant le taux de positivité des tests 🔵 VS prévalence réelle des infections dans la population 🟠
5/26
On voit le taux de positivité des tests 🔵 ↗️ plus rapidement que la prévalence réelle des infections 🟠.
Causes :
A) Les infections ↗️ plus rapidement que le testing
B) Le testing est de +en+ focalisé sur les malades (= ↗️ proba de test +)
6/26
Du point de vue quantitatif, le ratio entre prévalence réelle 🟠 et positivité apparente 🔵 est désormais de 0,3.
On a donc un rapport de ~3,3 entre ces deux indicateurs, qui permet d'estimer facilement la prévalence réelle à partir du taux de positivité.
7/26
Au 24/09, cela correspond à ~1 personne sur 40 à 50 (selon la nation UK) infectée par SARS-CoV-2, et ceci est actuellement en ↗️ dans quasiment toutes les tranches d'âges
8/26
Si on regarde individuellement chaque indicateur, on remarque un "réçit" totalement différent selon la source des données.
On commence par les données des tests (telles que celles de SPF, trackers...) 🔵
9/26
On pourrait croire que les vagues d'infections sont de + en + petites, et que le virus est en voie de disparition, avec des pics de positivité de + en + faibles... Et mêmes en apparence plus faibles que les pics de 2020 et 2021...
10/26
Mais on oublie alors de vous indiquer que la source de cet indicateur dépend des politiques de dépistage et d'adhésion de la population au testing !
Et de ce côté là, non seulement le testing s'est effondré, mais dépend+++ de TAG peu sensibles
coronavirus.data.gov.uk/details/testin…
11/26
Il faut donc regarder la prévalence réelle des infections 🟠 (enquête épidémio ONS).
Le constat est très différent !
Les vagues d'infections ne ↘️ absolument pas, et même aux "creux" de 2022, on reste proche des pics de 2020 et 2021 🤷‍♂️
12/26
Comparons ensuite la prévalence réelle des infections 🟠 VS incidence apparente via les tests de dépistage/diagnostic 🔵.
ATTENTION : pas de comparaison quantitative ici, puisqu'on a d'un côté une prévalence et de l'autre une incidence.
Uniquement visualiser les tendances
13/26
Le constat est également flagrant !
Alors que les infections ↗️ dans la population 🟠, leur détection via les tests de dépistage/diag reste quasiment en plateau au plus bas 🔵
Mission accomplie pour les sapeurs de Santé publique = documentation épidémio détruite 🤡
14/26
J'insiste sur ce point car il sera désormais très difficile de documenter la réalité de l'épidémie.
Pourtant l'épidémie est toujours là, et son impact dépend de la circulation virale réelle (pas "apparente")...
15/26
Nous aurons donc des impacts hospitaliers et de mortalité mais sans documentation virologique.
Cela sera une voie royale pour les pseudo-médecins amateurs de narratifs non-sourcés, qui pourront apposer le réçit de leur choix sur des données lacunaires.
#charlatans
16/26
Et ce sera également une voie royale pour les complotistes/antivax qui pourront incriminer l'étiologie de leur choix dans ces impacts... Et il n'y aura plus aucun argument épidémiologique objectif à leur opposer puisque le thermomètre est cassé.
Bravo ! 🤡
17/26
Sans même évoquer le handicap que cela crée pour suivre les variants, anticiper les mises à jour vaccinales...
De toute façon, si on parle de variant, on est un "covido dingo", et la population ne se vaccine plus (bien aidée des médecins qui militent contre les rappels) 🤡
18/26
Je rappellerai tout de même ce que l'OMS recommande pour cette fin d'année = ↗️↗️ la surveillance épidémiologique et le testing...
theguardian.com/world/2022/jul…
19/26
Ainsi que sur les conclusions de l'étude la plus récente et la plus vaste sur l'intérêt+++ des rappels vaccinaux (avec un délai objectif de 4 mois pour éviter une ↘️ de la protection acquise)...
20/26
Pour terminer, mettons en parallèle la prévalence réelle des infections 🟠 (enquête épidémio ONS), avec les indicateurs hospitaliers 🟢 (nouvelles admissions ou patients hospitalisés)...
21/26
Les données dispo s'arrêtant au 24/09, elles ne couvrent que le début de la nouvelle ↗️ hospitalière.
On peut cependant voir que sur les 3 vagues déjà survenues en 2022, on ne constate pas de ↘️ progressive du ratio entre prévalence des infections et impact hospitalier...
22/26
Il faudra suivre leur évolution mais tenir compte des facteurs confondants tels que :
A) répartition des infections dans chaque classe d'âge (puisque le risque d'hospitalisation varie selon l'âge)...
23/26
B) ↘️ progressive de l'immunité acquise en lien avec l'absence de rappel vaccinal récent pour de +en+ de citoyens.
Situation d'ailleurs inédite puisque :
pour Delta, on sortait des D2
pour BA.1, on sortait des D3
pour BA.2, D4 chez >40% des patients-cibles...
24/26
Depuis, le temps passe et la production d'anticorps neutralisants ↘️ dans la population puisque ce sera le 1er hiver sans vaccination récente à grande échelle, ni mesures barrières...
25/26
A quoi va s'ajouter :
C) échappement immunitaire des nouveaux variants (qui s'ajoute à la ↘️ d'immunité physiologique à distance de l'immunisation)
26/26
Bref, prudence dans la lecture/interprétation des données épidémio.
Si source = seuls tests de dépistage/diag = ne reflète plus la circulation virale réelle.
La documentation épidémio est précieuse et APOLITIQUE !!!
>>> enquêtes épidémio et surveillance des eaux usées

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Oct 6
1/38
Au prétexte de "l'urgence", on s'est habitué à une Science "quick and dirty" depuis 3 ans, au prix de la qualité.
Non seulement dans la conception des études, mais surtout dans les interprétations/commentaires qui en sont faits...
2/38
Dans ce thread, je vais juste illustrer brièvement le problème avec quelques exemples, en repartant d'un échange discourtois datant d'hier.
Cet échange illustre également comment l'argument d'autorité est utilisé à tort et à travers pour éviter la confrontation aux données
3/38
Tout est parti de ce tweet que j'ai vu passer dans ma timeline au sujet d'une étude focalisée sur la relation entre réponse T-spécifique et risque d'infection par SARS-CoV-2.
Voici le commentaire lu pour cette étude, et le lien vers celle-ci :
nature.com/articles/s4146… Image
Read 38 tweets
Oct 1
1/7
Dans quelques semaines, les données de l'ONS 🇬🇧, avec la prévalence réelle des infections par SARS-CoV-2 dans la population générale, permettront de couvrir la période actuelle associée à une ↗️ des hospitalisations covid au UK...
2/7
Ces données seront intéressantes+++ pour évaluer le degré de DÉcorrélation entre incidence ou prévalence "perçue" VS incidence ou prévalence réelle (c'est déjà documenté+++ depuis des mois), mais surtout la corrélation entre prévalence réelle et hospitalisations !...
3/7
Ces données seront précieuses pour avoir une évaluation fiable de l'impact des nouveaux variants en terme de charge hospitalière.
Elles devront être prudemment interprétées à la lumière d'au moins 3 facteurs épidémio extrinsèques qui évoluent dans le temps...
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Sep 28
1/13
Quand j'évoque la prévalence+++ de la COVID dans la population (>>> aux autres viroses), je reçois assez souvent des commentaires du style : "ben alors c'est d'autant plus une raison de ne plus en parler puisqu'il n'y a pas de vague en réa ou de mortalité"...
2/13
Encore hier quand j'ai évoqué l'étendue des contaminations sur 2022, montrant que >>45% de la pop a déjà été infectée par les lignages Omicron en seulement 8 mois...
3/13
Alors sur la question des "tsunamis" hospitaliers, heureusement nous n'en voyons plus.
Le résultat des campagnes de vaccination est sans appel. On le voit encore avec les rappels réguliers qui permettent de compenser l'échappement immunitaire...
Read 13 tweets
Sep 27
1/4
L'EMA étend la recommandation pour Evusheld en traitement curatif précoce (chez les malades à risque de forme grave).
Ça part d'un bon sentiment = ↘️↘️ leur risque de progression vers une forme sévère.
Le problème est le timing... 😅
20minutes.fr/sante/4001425-…
2/4
BA.5 (actuellement dominant), est résistant à Evusheld.
Il n'est sensible qu'au Bebtelovimab (dont la commercialisation est réservée aux USA 🇺🇸)...
3/4
BA.2.75.2, qui fait partie des variants avec un avantage sélectif actuel sur BA.5 (donc potentiellement amené à le remplacer), est également résistant à Evusheld...
biorxiv.org/content/10.110…
Read 4 tweets
Sep 27
1/19
L'hiver 2022/2023 risque d'être "comique" sur le plan épidémiologique.
1er hiver pandémique sans aucune mesure barrière, avec les viroses hivernales usuelles ET la COVID dont l'incidence/prévalence écrasent toutes les autres MAIS avec un testing sous-dimensionné+++...
2/19
Vous allez me dire qu'on fait bien une surveillance uniquement syndromique pour la grippe, alors pourquoi pas pour la COVID ?
Savez-vous différencier CLINIQUEMENT une grippe d'une COVID simple ??? 😅
Le hic est :
incidence/prévalence COVID >>> grippe...
3/19
Beaucoup de médias continuent de présenter les données d'incidence COVID et de les comparer dans le temps ou entre pays, sans même comparer les taux de dépistage, et donc sans indiquer que ces taux sont sous-estimés+++ en raison de l'effondrement du dépistage... ImageImage
Read 19 tweets
Sep 24
1/13
Petite observation du jour.
Ce samedi matin, j'ai traversé 4 arr. de Lyon.
En m'incluant, seulement 9 personnes masquées, dont :
3 FFP2 et 6 masques chir
3 masques sous le menton
<<1% de la pop
Pas forcément représentatif, juste un constat du quotidien...
2/13
Pourtant, le virus circule toujours, et à des niveaux toujours bien plus élevés que ceux de 2020/2021.
Je vous renvoie aux études de l'ONS qui rappellent que l'incidence observée via les tests (trackers, médias, SPF...) sous-estime+++ l'incidence réelle...
Read 13 tweets

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