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DuXpa6

Dec 10 • 45 tweets • 24 min read

[THREAD🧵] NULLE SOLITUDE MICROBIOLOGIQUE

T’as sûrement entendu qu’avec les mesures d’hygiène ou de distanciation, on “risque de sous-stimuler” notre système immunitaire. Sauf que des microorganismes capables de stimuler l’immunité, on en est pleins à craquer. [22 tweets]
👇👇👇

[1/22] Sur les millions d’espèces de bactéries ou de champignons, d’amibes, etc., seule une toute petite fraction est capable, s’ils entrent dans notre organisme, d’y survivre, s’y multiplier, ET d’y provoquer des effets néfastes —pathologiques [1]. (références à la fin)

[2/22] Le reste? Les autres microorganismes (l’immense majorité) ne sont pas pathogènes [2] MAIS peuvent être capables d’entrer dans notre organisme, d’y survivre, s’y multiplier, sans provoquer de pathologies et en coexistant avec notre système immunitaire sans être éradiqués.

[3/22] Dans un fil précédent⬇️, je t’avais expliqué qu’un microorganisme n’est pas “intrinsèquement pathogène”, mais que ce statut dépend à la fois du microorganisme, de l’hôte et des circonstances (conditions physiologiques, environnementales, etc.).

https://twitter.com/duxpacis/status/1545507138981748736?s=20&t=0FzVAz0TOLz-FAQ3xdpRsw

[4/22] Certains microorganismes, donc, ne provoquent pas d’effets néfastes —du moins tant que notre système immunitaire peut les canaliser. On les appelle des commensaux. Ils peuvent être un avantage contre les pathogènes [3-6] et contribuent à notre immunité globale [7].

[5/22] Des milliards de microorganismes vivent avec toi. Ce “microbiote” [8] se construit dès la naissance [9,10]⬇️, moment à partir duquel bactéries, champignons et virus commencent à coloniser tous les recoins de cet immense organisme qui est le tien… et le leur.

[6/22] Comprends bien: le microbiote, ce sont TOUS les microorganismes qui vivent avec nous. Il y a une partie de ces êtres minuscules qui sont permanents et qui une fois entrés restent là toute notre vie; d’autres sont transitoires, et ça dépend de bcp de facteurs [2].

[7/22] On estime que chez un adulte, il existe au moins autant de cellules bactériennes que de cellules humaines[11], représentant des milliers d’espèces différentes. Pour les champignons[12,13], c’est moins clair. Pour les virus, c’est probablement plus encore[14].

[8/22] Si tu t’imaginais que les animaux sont uniquement constitués de “cellules animales” et les humains de “cellules humaines”, c’est raté. En fait, il n’y a pas un seul animal, plante, ou autre multicellulaire qui ne soit colonisé par une armée de microorganismes [2].

[9/22] Rien que sur la peau, on trouve des milliers d’espèces bactériennes, fongiques (champignons) et virales [15], composition qui change selon les endroits qu’on fréquente, l’hygiène, les activités de la journée, etc [16,17]. Certaines sont assez stables.

[10/22] La cavité buccale [18], le système respiratoire [19] et d’autres cavités ouvertes directement sur l’extérieur [20,21] sont elles aussi colonisées par une microflore absolument gigantesque, elle aussi dynamique et changeante (alimentation, qualité de l’air, etc.).

[11/22] Le microbiote intestinal est un peu plus stable, mais extrêmement diversifié[22,23]: bactéries, archées [24,25], protozoaires, champignons et virus. L’intestin est AUSSI —en plus d’un organe d’assimilation des nutriments—, un organe de “stockage” des microbes [2].

[12/22] Je simplifie, mais la colonisation par un microbiote est indispensable au bon développement du système immunitaire, mais aussi à un état de santé plus stable, à une assimilation des nutriments et un métabolisme plus efficaces [2,26-29].

[13/22] Et il y a aussi des milliers de milliards de particules virales établies dans un organisme sain [30-35]: le virome. Des virus de bactéries [36] (bactériophages) ou d’eucaryotes (infectant des cellules eucaryotes). Source schéma: nature.com/articles/s4157…

[14/22] On y trouve des virus parfaitement capables d’entrer et de se reproduire dans des cellules humaines, mais aussi des virus animaux, des virus de champignons et des virus de plantes, certainement amenés par la nourriture (plantes, champignons et animaux infectés).

[15/22] Les virus colonisent l’organisme à partir du moment de la naissance et peut être, pour certains, même in utero sans qu’on en soit certains [31]. Comme beaucoup ne semblent pas causer de maladies, on considère que ces colonisations comme « asymptomatiques » [34].

[16/22] Tout comme le microbiote bactérien ou fongique, le virobiote/virome aide la mise en place du système immunitaire et à son intégrité [32,33]. Par ailleurs, les virus de bactéries, archées, champignons, protozoaires que nous hébergeons participent à la régulation…👉

[17/22] …des populations de microorganismes du microbiote tout autant qu’ils peuvent empêcher la multiplication d’organismes pathogènes— par infection de ces derniers [36].

[18/22] En fait, le microbiote est unique chez chaque individu —humains comme autres organismes possédant un microbiote. Ses effets (avantages, inconvénients, etc.) sur la santé, le développement, l’immunité, etc. est aussi divers que sa composition [2].

[19/22] Il est bien clair qu’en + des bactéries, champignons et autres spores présents dans l’air que nous respirons, ceux du sol qui peuvent nous coloniser, y a aussi tous ceux sur et dans les plantes ou tissus animaux que nous touchons, ou mangeons.

https://twitter.com/duxpacis/status/1535356551422263296?s=20&t=UA4a1Y0qif-gutoBZSoiNA

[20/22] Les insectes, également, sont dotés de leur propre microbiote/virome (exemple ici avec les moustiques 👉[37,38]) et chaque morsure ou piqûre est une porte d’entrée de ces microorganismes dans nos corps, où ils peuvent être pathogènes ou s'installer sans l'être.

[21/22] Bref… Là, j’espère que tu comprends que NON, il n’arrive JAMAIS —même avec des masques ou du gel hydroalcoolique— que nous soyons “sous-exposés” aux microorganismes. Le fait qu’ils soient pathogènes ou non ne change pas grand-chose.
👉Pourquoi ?

[22/22] On le verra une autre fois, mais la manière dont les commensaux stimulent notre système immunitaire est proche de ce que font les pathogènes —ils sont en fait très similaires entre eux, à part le fait que les pathogènes peuvent échapper à l’immunité.

[22 addendum] ... d'où le fait qu'ils soient pathogènes.

[FIN] Voilà. IL N’Y A PAS DE SITUATION DANS LAQUELLE NOUS SERIONS SOUS-EXPOSES A DES MICROORGANISMES CAPABLES DE SOLLICITER LE SYSTEME IMMUNITAIRE. C’est IMPOSSIBLE.

Merci de ton attention, et à bientôt !

[REFERENCES] Comme d’habitude, je te mets les références. Comme il y en a 38 (oui, je sais…), je les mets en fichier image⬇️, et celles avec des hyperliens, je te les mets en-dessous, pour que tu puisses y accéder.

Références⬇️

[1] Méthot PO, Alizon S. Virulence. 2014;5(8):775-85. doi: 10.4161/21505594.2014.960726.
[2] Marc-André Selosse, Jamais seul, Actes Sud, 2017
[3] Khan R, et al. Front Immunol. 2019;10:1203. doi: 10.3389/fimmu.2019.01203.

[4] Abt MC, Pamer EG. Curr Opin Immunol. 2014;29:16-22. doi: 10.1016/j.coi.2014.03.003.
[5] Leshem A, et al. Mol Cell. 2020;78(4):597-613. doi: 10.1016/j.molcel.2020.03.001.
[6] Sassone-Corsi M, Raffatellu M. J Immunol. 2015;194(9):4081-7. doi: 10.4049/jimmunol.1403169.

[7] Zitvogel L, Kroemer G. Nat Rev Immunol. 2021;21(10):615. doi: 10.1038/s41577-021-00606-y
[8] Gilbert JA, et al. Nat Med. 2018;24(4):392-400. doi: 10.1038/nm.4517.
[9] Derrien M, et al. Trends Microbiol. 2019;27(12):997-1010. doi: 10.1016/j.tim.2019.08.001.

[10] Lim ES, et al. Trends Microbiol. 2016;24(10):801-810. doi: 10.1016/j.tim.2016.06.001.
[11] Bonfante P, et al. Curr Opin Microbiol. 2019;49:18-25. doi: 10.1016/j.mib.2019.08.004.
[12] Sender R, et al. PLoS Biol. 2016;14(8):e1002533. doi: 10.1371/journal.pbio.1002533.

[13] Bonfante P, et al. Curr Opin Microbiol. 2019;49:18-25. doi: 10.1016/j.mib.2019.08.004.
[14] Mokili JL, et al. Curr Opin Virol. 2012;2(1):63-77. doi: 10.1016/j.coviro.2011.12.004.
[15] Byrd AL, et al. Nat Rev Microbiol. 2018;16(3):143-155. doi: 10.1038/nrmicro.2017.157.

[16] Saheb Kashaf S, et al. Nat Microbiol. 2022;7(1):169-179. doi: 10.1038/s41564-021-01011-w.
[17] Grice EA, et al. Nat Rev Microbiol. 2011;9(4):244-53. doi: 10.1038/nrmicro2537.
[18] Willis JR, et al. Microorganisms. 2020;8(2):308. doi: 10.3390/microorganisms8020308.

[19] Man WH, et al. Nat Rev Microbiol. 2017;15(5):259-270. doi: 10.1038/nrmicro.2017.14.
[20] Mendling W. Adv Exp Med Biol. 2016;902:83-93. doi: 10.1007/978-3-319-31248-4_6.
[21] Jones-Freeman B, et al. Mucosal Immunol. 2021;14(4):779-792. doi: 10.1038/s41385-020-00372-5.

[22] Rinninella E, et al. Microorganisms. 2019;7(1):14. doi: 10.3390/microorganisms7010014.
[23] Fan Y, et al. Nat Rev Microbiol. 2021;19(1):55-71. doi: 10.1038/s41579-020-0433-9.
[24] Un peu de vulgarization sur les archées: museum.toulouse.fr/-/rencontre-du…

[25] Geesink P, et al. Nat Microbiol. 2022;7(1):10-11. doi: 10.1038/s41564-021-01031-6.
[26] Zitvogel L, et al. Nat Rev Immunol. 2021;21(10):615. doi: 10.1038/s41577-021-00606-y.
[27] Gensollen T, et al. Science. 2016;352(6285):539-44. doi: 10.1126/science.aad9378.

[28] Ivanov II, et al. 2022;40:559-587. doi: 10.1146/annurev-immunol-101320-011829.
[29] Ansaldo E, et al. Annu Rev Immunol. 2021;39:449-479. doi: 10.1146/annurev-immunol-093019-112348.
[30] Stockdale SR, et al. Curr Opin Virol. 2021;51:164-171. doi: 10.1016/j.coviro.2021.10.001.

[31] Bushman F, et al. Curr Opin Virol. 2021;48:17-22. doi: 10.1016/j.coviro.2021.03.004.
[32] Spencer L, et al. Front Cell Infect Microbiol. 2022;12:836706. doi: 10.3389/fcimb.2022.836706.
[33] science.org/content/articl…

[34] Rascovan N, et al. Annu Rev Microbiol. 2016;70:125-41. doi: 10.1146/annurev-micro-102215-095431
[35] Liang G, et al. Nat Rev Microbiol. 2021;19(8):514-527. doi: 10.1038/s41579-021-00536-5.
[36] Lawrence D, et al. Viruses. 2019;11(7):587. doi: 10.3390/v11070587.

[37] Harvey E, et al. Nat Rev Microbiol. 2022;20(6):321-334. doi: 10.1038/s41579-021-00665-x.
[38] Nanfack Minkeu F, et al. Viruses. 2018;10(5):222. doi: 10.3390/v10050222.