Thread by @Panda31808732

[Prépublication] Étude remarquable et édifiante sur les infections persistantes (> 2 mois) par SARS-CoV-2 au Royaume-Uni à partir de l'enquête de l'ONS.

Les auteurs estiment que le virus persiste pendant >2 mois chez 0,1 à 0,5% des infectés.

medrxiv.org/content/10.110…

"L'émergence de variants hautement divergents de SARS-CoV-2 a été un trait caractéristique de la pandémie de Covid. Quoique les origines évolutives de ces variants soient toujours matière à spéculation, de multiples preuves...

... pointent vers des infections chroniques persistantes comme leur source la plus probable"

"En particulier, les infections chez des patients immunodéprimés qui ne peuvent pas éliminer le virus pourraient conduire à une persistance pendant plusieurs mois, voire années, avant de potentiellement semer de nouvelles épidémies en communauté"

"La persistance de SARS-CoV-2 durant les infections chroniques expose la population virale aux réponses immunitaires de l'hôte et à d'autres pressions sélectives tels que les traitements sur des périodes de temps prolongées"

"Ces changements adaptatifs intra-hôte peuvent conduire à des taux évolutifs élevés, particulièrement dans les régions-clés de la protéine de Spicule qui sont souvent associées à l'échappement immunitaire et des taux élevés de transmission"

"Malgré les implications significatives des infections persistantes pour la santé publique, l'incertitude règne encore sur leur fréquence au sein de la population générale, leur durée, leur potentiel pour l'évolution adaptative et leur contribution au Covid long"

"De façon notable, respectivement 9% [2/23], 9% [19/219] et 8% [8/208] des séquences d'infections persistantes par B.1.1.7, Delta et BA.1 ont été prélevées des semaines après que le lignage majeur correspondant...

... ait chuté à 1% ou moins de la fréquence des séquences de l'étude ONS-CIS. La plus longue était par BA.1 et a duré au moins 193 jours"

"Nous avons trouvé des preuves suggérant une transmission de la part de 11 individus avec une infection persistante : nous avons identifié 2 ménages dont 2 membres avaient des infections persistantes concomitantes, et dans 9 autres ménages...

... un membre a été testé positif 10 jours après un échantillon positif séquencé collecté depuis une personne avec une infection persistante du même ménage"

"Nous avons observé un signal fort de sélection positive sur le Spicule, avec presque 9 fois plus de mutations non-synonymes par rapport aux mutations synonymes."

"Avec un total de 7 mutations non-synonymes, ORF8 avait le nombre le plus élevé de mutations non-synonymes par base, suivi par le Spicule avec 61 mutations non-synonymes"

"La stratégie de prélèvements de l'ONS-CIS étant basée sur un dépistage représentatif des individus au Royaume-Uni quel que soit leurs symptômes, nous pouvons estimer le % d'infections persistantes et qui durent plus de 60 jours en population générale."

"Cela requiert de faire des suppositions sur le nombre d'infections persistantes ratées en raison du prélèvement mensuel (et hebdomadaire). En prenant 2 scénarios extrêmes sur la proportion de jours où le virus est séquençable durant une infection persistante, nous estimons...

... qu'approximativement 0,1 à 0,5% des infections deviennent persistantes pour 60 jours ou plus"

[Note : en supposant que 90% de la population française a été infectée en 2022, les mêmes taux donneraient 60 000 à 300 000 infections persistantes à >2 mois l'année dernière.]

"Les individus avec infections persistantes sont restés largement asymptomatiques durant les stades ultérieures de l'infection avec, en moyenne, 2 symptômes de moins dans les derniers jours au moment du prélèvement par rapport au premier prélèvement. Ils ont également...

... de façon consistante, déclaré très peu ou pas de symptômes après le premier échantillon positif"

"En comparaison, les individus réinfectés par le même lignage majeur ne déclaraient en moyenne qu'un symptôme de moins au prélèvement de la réinfection par rapport au premier prélèvement"

"En corrigeant des confondants, nous avons trouvé (...) une probabilité 55% plus élevée [95% IC : 7 à 125%] de déclarer un Covid long à >12 semaines parmi les individus avec une infection persistante par rapport aux contrôles, mais pas de preuve de différence à >26 semaines"

À côté des 381 infections persistantes, "nous n'avons identifié que 60 réinfections par le même lignage majeur que l'infection primaire, suggérant que l'immunité au même variant reste forte après l'infection, au moins jusqu'à ce que le lignage soit éteint."

"Le nombre élevé d'infections persistantes que nous avons découvert est frappant étant donné l'hypothèse principale d'après laquelle de nombreux variants préoccupants ont émergé partiellement ou totalement pendant des infections chroniques chez des individus immunodéprimés"

"Étant donné que l'ONS-CIS est une étude de surveillance en communauté, nos observations suggèrent que le bassin de personnes qui pourraient abriter une infection à long terme, et donc être des sources potentielles de variants divergents, pourrait être bien plus élevé...

... que ce que l'on pensait généralement"

"Ces infections persistantes dans la communauté générale pourraient aussi aider à expliquer la détection précoce de lignages cryptiques dans les eaux usées, longtemps avant qu'elles ne se propagent dans la population"

"Parmi les individus identifiés avec une infection persistante, nous avons trouvé des preuves fortes de sélection positive et d'évolution parallèle, particulièrement sur le spicule et ORF1ab."

"Dans le cas le plus extrême, nous avons observé une infection persistante avec 33 substitutions en 4 mois, dont 20 non-synonymes"

"Potentiellement plus remarquable, cependant, était notre découverte d'infections virales démontrant des dynamiques évolutives latentes, sans changements de génome pendant 2 mois ou plus. À notre connaissance, c'est la première étude à démontrer que des taux d'évolution...

... ralentis pourraient être une issue courante d'une infection persistante. Les facteurs causant ces taux d'évolution bas sont inconnus, mais une explication possible est une infection de cellules à longue durée de vie."

"Les résultats suggèrent que les infections persistantes pourraient contribuer à la pathophysiologie du Covid long, comme le prouve l'observation de protéine de spicule S1 circulant dans un sous-ensemble de patients Covid long des mois après la première infection"

"L'association entre infection persistante et Covid long n'implique pas que toute infection persistante peut conduire à un Covid long (seul 9% des individus avec une infection persistante en déclaraient un), et ne signifie pas non plus...

... que tous les cas de Covid long sont dus à une infection persistante."