28/ Le tableau des mutants en Angleterre: on saura dans quelque jours si le P.1 de Manaus y est arrivé et si B.1.617 'indien' y croit plus vite que la souche du Kent (B1.1.7)
29/ La représentation des cas cumulé semble déjà indiquer que P.1 dite de Manaus et B1.617 dite indienne croissent au même rythme, autour de 2x la souche sauvage contre 1.4 pour la souche B1.1.7 dite anglaise.
30/ En Europe, la Belgique et les Pays-Bas (qui ont perdu l'habitude de faire tout ce que fait l'Allemagne) sont les premiers points d'entrée des souches P.1 dite de Manaus et B1.617 dite indienne.
31/ USA: des doses de vaccin et de l'aide en matériel médical pour l'Inde.
washingtonpost.com/politics/us-to…
32/Dr Bankata, directeur du Batra Hospital, Delhi:
Notre réserve d'oxygène est épuisée. Nous sommes seulement en mesure de fournir de l'oxygène aux patients en soins intensifs. Les autorités de Delhi ne sont pas en mesure de nous fournir de l'oxygène.
33/ Le gouverneur provincial Yogi Adityanath tente de museler le personnel hospitalier sur la pénurie d'oxygène.
telegraphindia.com/india/coronavi…
34/ Aider l'Inde.
nytimes.com/2021/04/28/wor…
35/ Aider le sous-continent indien.
36/ Olivier Véran sur BFM: "il n'y a aucun cas identifié en France métropolitaine."
Ben non, le virus sait lire les petites affichettes à l'aéroport: il sait qu'il n'est pas le bienvenu.
37/ Toujours ce sens du timing qui dénote l'incapacité à produire autre chose qu'une pantomime ubuesque.
Un cas de variant "indien" en Nouvelle Aquitaine.
nouvelobs.com/coronavirus-de…
38/ Et deux dans les Bouches du Rhone.
lefigaro.fr/sciences/covid…
39/ Et deux qui font cinq, en plus des étudiants indiens arrivés à Roissy et partis en bus en Belgique.
On doit donc, en réalité, en être à 20 à 100 cas du mutant.
mediapart.fr/journal/france…
40/ L'Inde a atteint la sursaturation de ses moyens hospitaliers. Il ne reste que les mesures d'urgence à mettre en œuvre…
Tribune.
scroll.in/article/993572…
41/ 300 000 nouveaux cas par jour.
Les parkings de New-Delhi transformés en crématorium.
42/ Les voitures transformées en lits de réa. Les morts devant la porte des hostos, faute de lits et d'oxygène.
43/ Le suivi anglais étant bien meilleur qu'en France, on peut suivre les croissances des souches
- B.1.617 (Inde) +30% en une semaine
- P.1 (Manaus) +27% en une semaine
- B.1.135 (Sud-Africain) +9% en une semaine
gov.uk/government/pub…
44/ 400 cas au Royaume-Uni de B1.617 (Inde).
Les scientifiques sonnent l'alarme, dans le temps même où l'Angleterre, grâce à une politique agressive sur les vaccins et à un confinement suivi, semblait sortie d'affaire.
theguardian.com/world/2021/apr…
45/ Résultats préliminaires (encore plus fort que le preprint: la publication sur Twitter) sur l'échappement immunitaire de la souche indienne. B1.617.
Plutôt bonne nouvelle.
46/ Article dans BMJ. Pourquoi l'Inde subit-elle un nouveau pic épidémique aussi massif? Est-ce "la faute au variant" ou la faute à Modi, pour n'avoir mis en place aucune mesure de réduction de risque de transmission dans le moment d'accalmie?
bmj.com/content/373/bm…
47/ Pour procéder à 15 crémations par jour, avec le risque de manipulation des corps, il ne reste que les intouchables.
vice.com/en/article/y3d…
48/ Pourquoi on ne doit pas prendre un exemple de cluster pour en tirer une leçon définitive (dans un sens ou dans l'autre) sur l'échappement vaccinal des variants.
⬇️
49/ Témoignage depuis l'exil
motherjones.com/politics/2021/…
50/ Séro-prévalence en Inde en décembre et janvier.
papers.ssrn.com/sol3/papers.cf…
51/ Podcast de Drosten, très long et très peu informatif — pas un mot sur la contagiosité relative de B.1.61 et B1.1.7 dans un développement si long, c'est très curieux — créant un épouvantail pour le dénoncer ensuite.
inf-covid.blogspot.com/2021/05/varian…
52/J'analyse la causerie de Drosten comme ceci: les faits bruts, c'est pour l'instant la possibilité de souches mutantes plus contagieuses (un facteur 2 entre P.1 et la souche sauvage) mais il ne développe que des propos rassurants sur l'immunité croisée (avec peu de faits).
53/ Peut-être craint-il que l'idée (fausse) d'un échappement vaccinal total puisse freiner la campagne de vaccination, absolument nécessaire — mais pas suffisante: il faut des mesures de réduction de risque.
54/ Au cas où ce ne soit pas clair, je ne mets pas à jour ce thread par peur, mais avant tout par empathie vis-à-vis de ce qui se passe là-bas et en miroir, ce qui se passe ici, avec ce "haut-plateau" auquel certains semblent s'accoutumer.
lemonde.fr/planete/articl…
55/ La désinfectin des surfaces par drone, quand la transmission par fomite est négligeable et que le soleil plus les propriétés anti-virales du mucus suffisent à désactiver le virus…
Alors que l'investissement manque dans les techniques éprouvées de réduction de risque.
56/ Le reportage de CNN est difficilement visionnable. Je ne sais pas s'il faut en passer par le choc pour alerter, ou si c'est indécent. Je sais en revanche qu'il faut alerter.
57/ La syndémie est hors de contrôle en Inde: il faut minimalement des masques et des tests pour contenir le désastre.
washingtonpost.com/outlook/2021/0…
58/ La catastrophe sanitaire s'abat sur le Népal, en propagation à partir de l'Inde.
theguardian.com/world/2021/may…
59/ La vitesse de développement au Népal…
60/ Inde, Brésil: le coût humain engendré par la mise au rebut des scientifiques et de l'approche rationnelle.
J'ajoute volontiers la France à la liste.
nature.com/articles/d4158…
61/ Maudit soit Modi.
Le désastre indien permet de mieux apprécier la nature d'une syndémie: la démolition du système de santé et l'obscurantisme de ce dirigeant national-identitaire, illibéral et autoritaire en est la cause profonde, autant que le virus.
jacobinmag.com/2021/05/narend…
62/ Mise à jour de l'évolution en Angleterre. La souche indienne B.1.617 explose. Le P.1 et le B.1.351 stagnent, confirmant d'après moi qu'il ne s'agit pas de la souche de Manaus, ni de celle en Ile-de-France.
63/ Trois régions.
Regardez bien la zone rouge: c'est le variant dominant en France, B1.1.7 "anglais", 1,5 fois plus contagieux que la souche de Wuhan.
64/ Et trois autres régions.
B.1.617 est un B1.1.7 au carré.
65/ Les clusters du variant B.1.617 en Angleterre inquiètent au sein du système de santé publique — demeuré excellent pour les données épidémiques, malgré le thatchérisme.
theguardian.com/world/2021/may…
66/ 11 foyers épidémiques indépendants de B.1.617 en France ont été détectés, avec une attention accrue à l'endiguement par Test-Trace-Isolate.
santepubliquefrance.fr/maladies-et-tr…
67/ Pour des raisons liées à la variabilité de l'infectiosité, les sous-épidémies de souches mutantes nucléent sur des évènements super-propagateurs, un peu comme ça…
Oh, wait.
lancs.live/news/lancashir…
68/ Beaucoup de courbes ici montrant qu'il en va de B.1.617 comme de P.1: ce sont des catégories trop vastes. B.1.617.2 est celui qui croit très vite.
69/ Celui-ci vous divertira. Ou pas. B.1.617.2 étant en train de prendre l'exact chemin de B1.1.7 (la souche anglaise), on peut savoir qu'on en est à l'équivalent de la mi-novembre en Angleterre, pour le variant anglais.
70/ Traduit en termes français, nous sommes au même stade qu'au tout début janvier pour B1.1.7: celui où on pouvait commencer à prévoir, avec fiabilité, les mois qui sont effectivement survenus, avec la percée de mars, 2 mois et demi après.
71/ On commence à ne même plus avoir à faire les calculs compliqués: dans deux mois et demi, les deux variants Inde et Manaus seront hégémoniques. Selon les mesures sanitaires et le taux de vaccination, nous aurons un automne de sortie de crise…
… ou de flambée épidémique.
72/ Regardez la courbe en rouge. C'est la proportion de variant indien à Londres.
73/ Regardez la courbe en rouge. C'est la proportion de variant qui n'est par B1.1.7 (le variant du Kent) donc qui est potentiellement le variant indien et ses potes.
Source:
assets.publishing.service.gov.uk/government/upl…
74/ Mais est-ce que ça pourrait être des gens arrivés d'Inde, vous demandez vous? 50% à Londres: non. D'ailleurs, 41 cas sur les 191 (oui, ce sont des petits nombres car ils ont tenu une politique sanitaire efficace, cette fois) ont voyagé.
75/ La scientifique en chef de l’OMS, Soumya Swaminathan, alerte sur le variant B.1.617, plus contagieux et avec une résistance partielle aux anticorps.
nouvelobs.com/coronavirus-de…
76/ Quel est le taux d'incidence réel en Inde?
77/ Un thread d'estimation de l'avantage de la souche mutante "indienne", que je vais traduire et adapter ci-dessous.
78/ D'après la base de données, très incomplète, de GISAID, en Inde, B.1.617.2 a un avantage sur le variant britannique B.1.1.7 de 10% par jour.
79/ Les données anglaises, ajustées, donne en gros la même chose, même si c'est difficile de démêler infectiosité et évasion immunitaire: B.1.617.2 serait 1,6 plus contagieux que B.1.1.7 donc 2.4 fois plus contagieux que la souche de Wuhan.
assets.publishing.service.gov.uk/government/upl…
80/ Dans cette hypothèse, ce serait cette souche mutante indienne B.1.617.2 qui deviendrait hégémonique, devant P.1 de Manaus, au cœur de l'été, remplaçant B1.1.7. Autant dire qu'on attend la prochaine étude flash avec impatience.
81/ Modi a eu un an pour préparer l'Inde à affronter une nouvelle vague de Covid, au lieu de quoi…
foreignpolicy.com/2021/05/10/cov…
82/ Les mesures précieuses de @trvrb sur l'avantage comparatif de B1.617. Regardez l'Angleterre, qui célèbre aujourd'hui sa première journée sans mort du Covid.
83/ En Inde, B.1.617.2 est maintenant hégémonique, avec un avantage sur B1.1.7 qui fait froid dans le dos.
84/ Le milieu scientifique, face à la souche mutante indienne B.1.617, plus transmissible, aimerait que l'échappement immunitaire soit sans conséquence majeure sur l'efficacité vaccinale.
Résumé dans les News de Nature.
nature.com/articles/d4158…
85/ J'ouvre une parenthèse éthique. Du fait que nous avons besoin de convaincre une large part de la population d'aller se faire vacciner pour qu'on en sorte, et on sait la variété politique des anti-vax, il y a une tendance à pousser les affirmations plus loin que ce qu'on sait.
86/ Pour ma part j'essaye de concilier des choses disparates pragmatiquement:
• les vaccins ARNm constituent une trouvaille fantastique
• la captation du travail de recherche fondamentale publique sur cette technique par des entreprises privées qui se goinfrent m'insupporte
87/ • je ne vois aucune raison de ne pas rapporter des faits au prétexte qu'il faut que la population se vaccine pour qu'on se sorte le cul des ronces
• on ne s'en sortira pas sans vaccination des pays pauvres
• on ne s'en sortira pas sans mesure complémentaires
88/ La croissance extrêmement rapide de l'épidémie de B.1.617.2 (variant "indien") en Angleterre peut-il remettre en cause la réouverture du pays?
theguardian.com/world/2021/may…
89/ Cluster de B.1.617.2 (variant "indien") à l'aéroport de Singapour, où la vaccination est massive (92%). Un suivi avec un code couleur pour les vaccinés et non vaccinés.
channelnewsasia.com/news/singapore…
90/ J'ai du me frotter les yeux…
Parmi le personnel d'entretien de l'aéroport, ce monsieur de 88 ans.
91/ Les courbes absolues du variant "indien" B1.617.2 en Angleterre.
92/ La mutation P681R, évoquée en début de thread, transforme le site furine en un site polybasique, ce qui contribue à une plus grande infectivité et à élargissement du tropisme cellulaire.
Un thread:
93/ Les mutations L452R/E484Q/P681R augmentent la fusion cellulaire formant des syncytia.
biorxiv.org/content/10.110…
94/ SARS-CoV-2 spike protein dictates syncytium-mediated lymphocyte elimination
nature.com/articles/s4141…
95/ Confusion, une fois de plus, à l'OMS sur l'interprétation à donner à la vague meurtrière en Inde.
lemonde.fr/planete/articl…
96/ La montée de B.1.617.2 à l'hégémonie en Inde est stupéfiante de rapidité. Il devient de plus en plus évident que les propos rassurants émis par différents épidémiologistes ne reposaient sur rien d'autre que leur conviction/espoir qu'on en sorte.
97/ Tout pointe vers la reproduction pour la troisième fois d'une même erreur du monde politique et des épidémiologistes qui les fréquentent un peu trop: ignorer les faits épidémiques et les alertes, pendant qu'il est temps.
98/ Les clusters de Singapour:
- B.1.617: 6 clusters (taille: 46, 44, 11, 4, 4, 3)
- B.1.351: 3 (taille: 8, 7, 7)
- P.1: 1 (taille: 5)
- B.1.525: 1 (taille: 3)
Il faut tout faire pour endiguer B.1.617.2 à chaque fois qu'il apparaitra en France, par du "Test-Trace-Isolate".
99/ Compte-rendu du Monde sur la croissance rapide de B.1.617.2, la souche "indienne", en Angleterre. Un revers pour la politique du tout vaccinal de Bojo…
lemonde.fr/planete/articl…
100/ Stratégie de l'autruche: 24 clusters de B1.617.2 contre 11 la semaine précédente. Pour ne pas laisser dire qu'on avait prévenu, la souche mutante "indienne" n'est toujours pas "variant d'intérêt" de sorte qu'on ne connait pas l'étendue de la passoire.
leparisien.fr/societe/sante/…
101/ La croissance de B1.617.2 en Angleterre n'est pas lié au milieu social dans lequel il se transmet. Il est intrinsèquement 1,5 fois plus transmissible que B1.1.7.
Nous sommes en France à l'équivalent B1.1.7 de la seconde moitié de janvier.
assets.publishing.service.gov.uk/government/upl…
102/ Une mine de données dans ce compte-rendu.
assets.publishing.service.gov.uk/government/upl…
103/ On constate qu'en Angleterre, les mesures de quarantaine et de tests n'ont pas été prises sérieusement, et donc, c'est reparti.
104/ En France, le problème n'est déjà plus la passoire à l'arrivée, faute d'une quarantaine sérieusee, mais on a les premiers clusters engendrés par des personnes n'ayant pas voyagé en Inde.
bfmtv.com/sante/au-moins…
105/ Un thread (dont je partage pas l'analyse) questionnant le fait que B1.617.2 soit 1,5 fois plus transmissible que B1.1.7. Par soucis de rendre compte de la dispute.
106/ Ce syndrome touche la frange la plus scientiste et techno-optimiste depuis 16 mois. Au lieu de regarder le scenario central, et de prendre des précautions, l'idée est de trouver toujours une raison statistiquement irrelevante pour ne pas regarder les faits.
107/ Je trouve ça intéressant de lire ici ces modulations de l'interprétation des faits, selon les subjectivités. Cela pointe vers une chose très importante en science: personne n'est "expert" et détiendrait individuellement une capacité de dire vrai.
108/ C'est par la dispute, par le collectif, que l'on élabore petit à petit des choses plus fiables…
Je me satisfait que les services de santé anglais sonnent l'alarme avant d'avoir des certitudes scientifiques, surtout quand on a vu l'histoire de B1.1.7
109/ Bojo pointe tout à fait correctement, et dans les temps, les incertitudes mais aussi le probable… Le variant "indien" est un variant "anglais" au carré.
110/ In french, we don't say "variant indien B.1.617.2", we say "suspicions de variant indéterminé parmi les tests criblés" and I think it's beautiful.
geodes.santepubliquefrance.fr/#bbox=131642,6…
111/ Au delà, de la sale blague, je pense qu'il faut soustraire 8% de bruit de fond/ratage du ciblage, et que le reste pourrait être le variant indien. C'est totalement irresponsable de ne pas l'inscrire comme variant d'intérêt à détecter.
Irresponsable.
112/ Les vaccins sont "presque aussi efficaces" sur le variant indien B.1.617.2.
thetimes.co.uk/article/vaccin…
113/ L'inconnue sur le rapport de transmissibilité entre B.1.617.2 et B1.1.7 conduit l'Angleterre a devoir se préparer à une nouvelle vague.
Si le rapport est de 1.3 (hypothèse médiane favorable), ce sera grave.
S'il est de 1.5 comme en Inde, un désastre.
theguardian.com/world/2021/may…
114/ A propos de la mutation P681 trouvée plusieurs fois déjà par des variants.
medrxiv.org/content/10.110…
115/ A propos des dérèglements immunitaires causés par B.1.617.2.
nationalgeographic.com/science/articl…
116/ Je stocke ici ce papier qu'on me pointe sur le site polybasique évoqué plus haut.
veterinaryresearch.biomedcentral.com/articles/10.11…
117/ Résumé de l'AFP sur le mutant indien. On y lit bien qu'on ne sait pas encore grand chose.
information.tv5monde.com/info/covid-19-…
118/ Mesures in vitro de la neutralisation de B.1.617.
biorxiv.org/content/10.110…
119/ B.1.617.2 grimpe en flèche dans les tests séquencés à New-York.
www1.nyc.gov/assets/doh/dow…
120/ Bolton, près de Manchester, connait une poussée de variant anglais B.1.617.2 dans la zone de plus faible vaccination, propagée par le milieu scolaire.
bbc.com/news/health-57…
121/ La controverse se poursuit entre les résolument optimistes qui veulent croire que B.1.617.2 n'est pas plus infectieux que B1.1.7 mais qu'il se propage en Angleterre dans des milieux particuliers.
Thread:
122/ Pour mémoire, en janvier et février, ici, certains n'ont cessé de regarder les fluctuations journalières épidémiques globale en ignorant les faits les plus massifs: la montée de B1.1.7 était directement mesurée, coïncidant avec la croissance en Angleterre…
Factuelle.
123/ Le temps de doublement de B1.617.2 est de quatre jours. Il sera hégémonique en Angleterre (où on séquence beaucoup contrairement à la politique de l'autruche française) dans quelques jours/semaines.
theguardian.com/world/2021/may…
124/ Ca va commencer à être très très dur pour ceux qui invoquent des hypothèses improbables et tentent d'interpréter des fluctuations journalières pour ne pas voir les tendances.
Pour moi, ça, c'est du béton armé:
125/ 56% des séquençages en Angleterre ne sont pas du B1.1.7 (anglais). 54% sont du B.1.617.2 (indien). L'avantage de contamination est de 60%, comme au Japon, comme à Singapour, comme partout. L'avantage de croissance est de 13% par jour.
gov.uk/government/pub…
126/ BBC Radio 4 et ses accents britanniques délicieux.
Concerns about rise in Indian variant cases.
"Vaccination won't help in the immediate term but it will help build Covid resilience over the next two to three weeks."
bbc.co.uk/sounds/play/p0…
127/ Les vaccins fonctionnent contre le variant qui ravage l'Inde.
nature.com/articles/d4158…
128/ Je ne retrouve pas ce papier dans mes threads alors que je suis sur de l'avoir posté.
Tant pis, c'est plutôt une bonne nouvelle sur l'immunité vaccinale.
biorxiv.org/content/10.110…
129/ Arrêtez de mettre la propagation du variant indien sur le dos des hésitations à se faire vacciner. La plupart des personnes atteintes, à l'hôpital, avaient une dose… et une dose ce n'est pas suffisant.
theguardian.com/world/2021/may…
130/ La stratégie vaccinale seule, sans investissement dans la réduction de risque, est en train d'amener l'Angleterre, déjà à genoux, vers une nouvelle vague ou de nouvelles restrictions. Nous sommes deux semaines derrière eux.
theguardian.com/politics/live/…
131/ Il faut absolument renforcer les séquençages et séparer les deux variants les plus menaçants: celui dit de Manaus et celui dit "indien".
bfmtv.com/sante/covid-19…
132/ A Bolton, les hospitalisations augmentent en flèche. +20% en 24h. L'hôpital repasse en saturation des réas ordinaires et ouvre une extension Covid.
independent.co.uk/news/health/bo…
133/ Il n'y a plus aucun doute, maintenant, que l'explication rassuristo-scientiste (et teintée de racisme) d'une contagion limitée au milieu des immigrés indiens est fausse. Les classes d'âge les moins vaccinées sont plus contaminées — avec un effet de l'Ecole.
134/ Il faut dire qu'en Angleterre, le masque n'est pas obligatoire en primaire, ou limité aux couloirs… On a de la chance, ici, que les obscurantistes de la @sf_pediatrie et Blanquer n'aient pas fait plus de dégâts encore.
135/ Je vous remets la courbe, parce qu'elle montre maintenant sans le plus petit doute que B.1.617.2, c'est un variant anglais au carré.
1,6 fois plus transmissible que B1.1.7 (anglais=Kent) qui lui même était 1,5 ou 1,6 fois plus transmissible que la souche sauvage de Wuhan.
136/ B.1.617.2 monte en Allemagne avec un doublement toutes les semaines, et en était à 1,6% la première semaine de mai.
rki.de/DE/Content/Inf…
137/ B.1.617.2 doit être maintenant majoritaire en Grande Bretagne et bientôt hégémonique. Extrapolations.
assets.publishing.service.gov.uk/government/upl…
138/ Deux doses de vaccin (lesquels?) produisent 81% de protection contre la forme symptomatique du variant indien B.1.617.2 (et contre la circulation en voies hautes?).
ft.com/content/a70d42…
139/ Cela devient vraiment une mauvaise habitude de ne pas produire de document scientifique, avec un appareil de preuves, mais de produire de la communication. Ici, c'est aggravé par le fait que les détails sont… dans un thread Twitter.
140/ En particulier, additionner AstraZeneca et Pfizer comme s'ils avaient évidemment la même efficacité est éthiquement problématique, surtout quand aucun fait vérifiable n'est produit dans la sphère scientifique.
#ShowMeTheData
141/ La mise à jour des projections de l'Institut Pasteur sont volontairement optimistes, pour être en raccord avec le discours de l'exécutif. Elles intègrent l'accélération de la vaccination mais pas des ingrédients plus importants.
modelisation-covid19.pasteur.fr/loosening/Mise…
142/ Sont absents:
- l'effet des différents mutants
- le possible plafonnement de l'acceptation du vaccin loin avant l'immunité de groupe
- la représentation de la circulation du virus (taux d'incidence) qui détermine les mutations
143/ Un point de vue plus réaliste sur la vaccination.
⬇️
144/ Que cachait la manœuvre de publication dans FT des résultats d'immunisation avec une prise de moyenne sur AZ et Pfizer?
khub.net/documents/1359…
Ceci:
AZ: 60% pour B.1.617.2 contre 66% pour B.1.1.7
Pfizer: 88% pour B.1.617.2 contre 93% pour B.1.17
145/ Cela veut dire que le vaccin marche encore, qu'il faut se vacciner, mais qu'il faut impérativement des investissements, enfin, dans la réduction de risque.
L'efficacité vaccinale contre B.617.2 serait entre B.1.1.7 (anglais) et B.1.351 (sudaf).
assets.publishing.service.gov.uk/government/upl…
146/ L'histoire épidémique de B.617.2 en Angleterre est trop courte pour avoir déjà les cas très graves. Pour l'instant, sous cette réserve importante, les conséquences de B.617.2 sont les mêmes que B.1.1.7.
assets.publishing.service.gov.uk/government/upl…
147/ Mise à jour sur les variants expurgée des données de transmission en milieu scolaire. La capacité de contamination x1,6 de B.617.2 est maintenant un fait. Les semeurs de doute sur la possibilité d'un effet de milieu ont fait perdre du temps.
assets.publishing.service.gov.uk/government/upl…
148/ Le variant B.617.2 sera hégémonique dans quelques semaines. Sa dynamique ne montre rigoureusement aucun signe de freinage. Il se comporte… exactement comme on attend qu'il se comporte.
assets.publishing.service.gov.uk/government/upl…
149/ Les données occultée par le cabinet de Bojo. La flambée épidémique à Bolton a été alimentée par la suppression du masque en milieu scolaire.
150/ C'est une leçon pour nous: du fait de la couverture vaccinale des plus jeunes, l'Etat doit investir d'urgence dans les mesures de sécurisation sanitaire, de la maternelle à l'Université.
151/ Singapour a été un havre à l’abri de la syndémie.
Singapour a du mal à endiguer le variant indien B.1.617.2.
washingtonpost.com/world/asia_pac…
152/
Ce tableau donne le taux de croissance de différents variants avec une dénomination qui n'est pas celle que j'utilise d'ordinaire.
Sauras-tu les retrouver?
assets.publishing.service.gov.uk/government/upl…
153/ Je ne suis pas seul à trouver que c'est léger, du point de vue éthique et du point de vue scientifique, l'annonce sur l'efficacité des vaccins.
154/ Dynamique de remplacement de B1.1.7 par B.1.617.2 en Angleterre. C'est donc trop tard pour l'endiguer là bas, mais peut-être pas en France ?
155/ Malgré la qualité des données anglaises, la croissance de B.1.617.2 a été masquée par l'habitude de tracer le nombre de cas total, plutôt que de tracer variant par variant…
156/ A Paris, le célèbre "variant indéterminé" issu du refus politique de séquencer correctement pour ne pas avoir les faits épidémiques a atteint un tiers de contamination.
geodes.santepubliquefrance.fr/#bbox=131642,6…
157/ Je ne comprends pas comment il est possible, quand on voit le coup humain, social, économique de l'erreur faite en laissant monter B1.1.7 en janvier et février, de reproduire cet aveuglement.
En Ile-de-France, 20% de variant mystère.
158/ Une des choses qu'il faut que tout le monde comprenne VITE, à partir de la flambée anglaise, c'est que la protection vaccinale quantitativement importante arrive 15 jours après la seconde dose, pas au jour de la première dose…
Les élections régionales nous polluent.
159/ Je vais m'obliger à la complétude pour donner les barres d'erreur interprétatives.
En tordant bien fortement les faits parce qu'on ne veut pas croire que ça repart, comme en septembre, comme en janvier, on peut aussi produire ce type d'analyse.
160/ Pour les autres, qui ont déjà vécu ce type de discours de croyance dans le miracle à la rentrée de septembre et pendant les mois de janvier et février, il y a les faits: partout où B.1.617.2 est installé, le temps de doublement est très court…
161/ A Bolton, la distribution des cas montre clairement par où B.1.617.2 se propage: sont touchés les gamins scolarisés et leurs parents.
Mais cela pose la question de l'œuf et de la poule, comme dirait Blanquer et Pécuchet.
162/ Si on suit la propagation dans le temps, on a la réponse… Non, les jeunes ne se contaminent pas plus chez eux qu'à l'Ecole. L'Ecole est le lieu de contamination primordial, avec les lieux de restauration collective.
Quand investirons-nous dans la sécurisation sanitaire?
163/ Au n°115 du thread, il a été question des champignons noirs. S'ajoutent aux dérèglements immunitaires la contagion par des champignons blancs.
independent.co.uk/asia/india/bla…
164/ Traduction de Slate.
slate.fr/story/209522/c…
165/ Ce thread, dont je vais emprunter quelques illustrations ci-après, explique bien les incertitudes scientifiques — qui ne devraient en aucun cas mener, d'après moi, à des retards de réaction politique.
166/ B.1.617.2 est déjà recensé au Danemark (mais pas en France) et est pour l'instant très bas.
167/ En Californie, B.1.617.2 croit, faisant décliner la fraction de P.1 (mais lequel des variants de cette catégorie?) preuve directe de ce que B.1.617.2 a une transmissibilité plus grande.
168/ A Bolton, où le temps de doublement est entre 5 et 7 jours, il est demandé à la population de ne pas voyager.
theboltonnews.co.uk/news/19325835.…
169/ Les études flash, fondés sur le séquençage, vont devenir hebdomadaires. Le criblage ne parvenant plus à distinguer les variants, à cause des mutations communes, les personnes contaminées ne sauront plus que ces mutations…
leparisien.fr/societe/sante/…
170/ Une synthèse sur B.1.617.2 dans la rubrique journalistique de Nature, agglomérant les points de vue des optimistes béats et de ceux qui essaient démêler les faits.
nature.com/articles/d4158…
171/ La stratégie Zéro-Covid en œuvre.
9 cas de B.1.617 (si je lis bien entre les lignes) à Victoria, en Australie, conduisent à remettre les masques et à lancer le dépistage pour endiguer la résurgence.
NEUF CAS.
9news.com.au/national/coron…
172/ La stratégie Zéro-Covid en œuvre.
Suspension immédiate des liaisons aériennes entre la Nouvelle Zélande et l'Australie.
news.com.au/travel/travel-…
173/ Preprint sur l'efficacité des vaccins, montrant qu'ils fonctionnent face à B.1.617.2 mais qu'il faut de la réduction de risque.
Pfizer: 1 dose -> 33% protection 2 doses -> 88% protection
AZ vaccine: 1 dose -> 33% protection 2 doses -> 60% protection
medrxiv.org/content/10.110…
174/ Evolution des variants aux Etats-Unis. Un thread dont je vais commenter quelques figures.
175/ Dans l'Illinois, on voit la dynamique rapide de B.1.617.2 (Inde) qui apparait. La montée de P.1 (Manaus) se poursuit. Regardez les rapports de croissance:
x1,7 pour P.1 (moins que les premières données) et x3.4 pour B1.617.2
176/ A New-York, P.1 croit plus rapidement, au rythme attendu, et même plus vite que B1.617, qui fait son apparition.
La qualité des données contraste avec la politique de l'autruche française.
177/ Globalement, les données se ressemblent un peu partout.
178/ Mesures absolues (nombre de cas).
Dans beaucoup d'Etats, P.1 plafonne malgré son aventage de transmissibilité. La menace principale semble être B.1.617 si les mesures (masque) ne sont pas levées trop tôt.
179/ Pour le variant de Manaus P.1, l'alerte avait porté ses fruits très vite, avec la fermeture des lignes aériennes et un semblant de quarantaine.
Pour B.1.617.2, maintenant hégémonique en Angleterre, l'exécutif se réveille à peine de sa torpeur.
francetvinfo.fr/sante/maladie/…
180/ L'OMS a fait une mise à jour sur les variants menaçants. Voilà la carte des territoires où B.1.617.2 est arrivé.
who.int/publications/m…
181/ On n'apprend pas grand chose de plus, mais il y a cette synthèse bienvenue des références donnant des informations quantitative sur l'immunisation.
182/ Je me répète, mais le variant indien B.1.617.2 croit vite et est majoritaire en Angleterre. Du fait des régionales qui approchent l'exécutif ne fait rien, pas même le faire détecter plutôt que de le laisser en "variant indéterminé".
Il est plus que temps d'alerter fort.
183/
Non, rien.
184/ Appel dans The Lancet à des actions urgentes en Inde.
thelancet.com/journals/lance…
185/ L'Inde de N le Modi dans l'abîme du Covid-19.
lemonde.fr/international/…
186/ Extrait du nouveau rapport sur les variants du RKI. B.1.617.2 n'augmente que légèrement en Allemagne, à un taux beaucoup plus faible qu'au Royaume-Uni. Quelques pistes dans le podcast de Drosten.
187/ Mise à jour de la situation en Angleterre. J'extrais quelques graphes.
188/ Ben voilà.
C'est une nouvelle vague.
189/ Avec une nouveauté: la vaccination protège en partie les plus âgés.
190/ D'après le bulletin épidémique, le variant indien aurait été endigué à chacun des 46 "épisodes".
santepubliquefrance.fr/maladies-et-tr…
191/ Retour en Angleterre. Le ministre sommé de faire paraitre les données sur la propagation des variants dans les écoles, où le masque a été prématurément enlevé.
theguardian.com/education/2021…
192/ Angleterre: les hospitalisations remontent.
193/ L'Angleterre a atteint les 3/4 de B.1.617.2, le variant indien. Au moins, eux, disposent de ces mesures.
theguardian.com/world/2021/may…
194/ Je ne vois pas par quel miracle, avec une pareil nombre de cas liés au fait d'avoir refusé d'agir début janvier, quand il était temps, le call-center qui retrace vaguement les contacts pourrait contenir B.1.617.2.
D'ailleurs…
nicematin.com/sante/variant-…
195/ L'avis du conseil scientifique sur B.1.617.2 est sorti, qui fait un point sur le variant dit indien et sa propagation en Angleterre. Pour la première fois, en l'absence d'articles et de preprint ce sont… les graphes de Twitter qui sont présentés.
solidarites-sante.gouv.fr/IMG/pdf/avis_c…
196/ Rien à redire.
Ce qui doit être dit, est dit.
197/ Recommandations pour essayer de ralentir le flux depuis l'Angleterre — plus difficile qu'avec le Brésil..
198/ J'exagère. Il y a une biblio complète.
Mais ça me fait quand même marrer, que Twitter fasse coexister le meilleur et le pire, pendant cette syndémie.
199/ Sur la vague de "champignon noir" engendrée par B1.617.2 en Inde.
scientificamerican.com/article/why-de…
200/ C'est quand même une situation assez folle. Quand un gros papier de l'équipe Drosten sort dans Science, il est pratiquement obsolète (enfin, les décalages temporels sont une nouveauté).
B1.1.7 est plus infectieux… Oui, on avait remarqué.
charite.de/en/service/pre…
201/ Mesures de l'échappement de B.1.617.2 aux anticorps monoclonaux.
biorxiv.org/content/10.110…
202/ +48% de cas (+4182) en une semaine en Angleterre, et les morts ont repris.
R=1.35
…
203/ Quel est le bilan humain de la syndémie en Inde?
nytimes.com/interactive/20…
204/ A noter. Au 1) de ce thread, il est question de E484Q qui n'est pas une mutation présente sur B.1.617.2 qui a en même temps, de l'évasion immunitaire et de l'hyper-transmissibilité.
Un variant "anglais" au carré.
205/ Un hybride entre le variant indien B.1.617.2 et le variant anglais B1.1.7 détecté au Vietnam.
Une leçon de darwinisme en temps réel.
reuters.com/world/asia-pac…
206/ Synthèse dans libé sur l'hybride apparu au Vietnam.
liberation.fr/societe/sante/…
207/ L'hybride du Vietnam conduit à des charges virales exhalées énormes, avec un temps d'incubation fortement raccourci. Il s'est répandu rapidement dans toutes les provinces, avec des évènements de superspreading.
vnexpress.net/viet-nam-xuat-…
208/ D'ici quelques jours, on devrait malheureusement pouvoir quantifier la transmissibilité de cette nouvelle souche hybride du Vietnam.
209/ Retour en Angleterre.
Les analyses carrées des scientifiques, lucides, se sont heurtées aux relativistes et à ceux qui se fient plus à la réputation de ceux qui prennent position qu'aux faits et aux idées…
Il y a deux mois.
theguardian.com/commentisfree/…
210/ Une fois de plus, l'analyse lucide aura été prise en tenaille entre les (techno)-scientistes qui ont cru trop tôt à la fin de l'épidémie alors que la campagne vaccinale était très partielle, et les obscurantistes.
theguardian.com/theobserver/co…
211/ Une fois de plus, les données montrent que l'Ecole (les cantines scolaires sans investissement dans la ventilation, les masques mal portés ou l'absence de masque) a été vecteur de la sous-épidémie.
Et une fois de plus ce fait a été occulté.
ons.gov.uk/peoplepopulati…
212/ La zone bleu-ciel.
213/ En France, l'information dont on dispose:
• le nombre de clusters de variant indien en fonction du jour du mois de mai, a cru linéairement.
• plusieurs clusters ne sont pas liés à des voyageurs depuis l'Inde. Donc le variant circule déjà…
214/ Sur l'excellent blog de @MarcGozlan
Covid-19 : moindre sensibilité du variant indien B.1.167.2 aux vaccins et aux anticorps monoclonaux.
lemonde.fr/blog/realitesb…
215/ Un nouvelle vague de Covid enfle, qui est pour l'instant localisée mais va déferler, comme les vagues précédentes. Et l'exécutif anglais (mais on croirait le cabinet Véran ou Blanquer) se refuse à faire quoi que ce soit…
theguardian.com/world/2021/may…
216/ Le variant indien B.1.617 présente la mutation P681R, qui rend son site furine encore plus polybasique et rend le variant encore plus transmissible.
biorxiv.org/content/10.110…
217/ L'alpha et l'oméga.
L'OMS a choisi d'ajouter une lettre grecque à chaque variant menaçant.
218/ Petit coup au cœur en. regardant le site "covariants". Le vert… c'est Delta = B.1.617.2 = 21A/S:478K
Mais l'évolution est donnée par… 7 séquençages.
covariants.org/per-country
219/ United Kingdom: données remarquables.
220/ Je finis par oublier que certains n'ont pas encore intégré le principe multiplicatif de l'épidémie ("l'exponentielle"): ce n'est pas parce que le taux d'incidence est bas, comme en janvier-février dernier, que l'épidémie n'est pas en train de gonfler.
221/ Et je finis par oublier que personne au sein de l'exécutif n'est encore capable de comprendre la somme d'une constante et d'une exponentielle, dans la phase précédent l'hégémonie d'un nouveau mutant…
En Angleterre, ça approche et delta=1.617.2 ne va pas s'endiguer tout seul
222/ Que faire?
D'abord informer… En Angleterre, on se plaint de l'opacité sur la contagion en milieu scolaire — à la Blanquer. Mais en France on a une opacité généralisée puisqu'il y a un blocage du simple fait de séquencer pour savoir où on en est.
independent.co.uk/news/uk/home-n…
223/ Et ensuite?
Investir dans la réduction de risque dans les milieux clos et équiper les espaces en extérieur, bon sang de merde. On a toute la techno pour le faire, même dans les espaces les plus difficiles à sécuriser sanitairement: restos et cantines.
cdc.gov/coronavirus/20…
224/ Investir.
Investir.
Investir.
Pour garantir une qualité de l'air équivalente à la qualité de l'eau.
Pour prévenir les maladies respiratoires.
Pour empêcher les prochaines épidémies.
225/ J'ai déjà écrit 5 ou 6 fois le même thread avec des mesures à prendre vite. On a avancé sur:
❎La reconnaissance du moindre risque en extérieur (les terrasses)
❎La vaccination, maintenant très efficace et organisée.
Mais il faut le reste, bon sang…
226/ Je lis sur Twitter, ici ou là, ce commentaire: "en Angleterre, le nombre de cas de variant indien est tout petit, en fait, et les alarmistes cachent ça en ne montrant que des pourcentages"
Mais putain, il faut que ça se reproduise combien de fois pour comprendre?
Combien?
227/ A gauche la fraction de vaccinés (2 doses+15 jours) à Bolton. A droite, l'âge des contaminés. 5-18 ans et leurs parents.
Le vaccin marche, mais ne suffit pas: il faut de l'investissement dans des mesures de réduction du risque environnemental.
Bordel.
228/ Je mets quelques jurons de bricolage — ça fait moins mal, le coup de marteau sur les doigts, quand on jure. Puissent les frangines ne pas en prendre ombrage.
Aération.
Europe is lost, America lost, London lost
Still we are clamouring victory
229/ La drôle de guerre contre B.1.617.2. L'expression de Roland Dorgeles est assez juste, entre propagande et ligne Maginot. Qui sont nos Gamelin, Doumenc, Georges, Billotte? A quand le Blitzkrieg?
lemonde.fr/planete/articl…
230/ Pour les comiques troupier, j'ai bien une petite idée…
Il faut voir la traduction de "Des signaux d'alerte se font jour dans certains territoires." en langue de signes. C'est éloquent.
231/ Je trouve même qu'on comprend mieux en coupant le son, tellement la traductrice est expressive. Ca, ça veut dire: R>1.
232/ L'état de Victoria dont Melbourne est la capitale, connait un épisode très probable de B.1.617.2:
- contamination 2h après le passage d'un contaminé dans une pièce
- contamination pendant un diner en extérieur
Pourquoi donc sont-ils surpris?
news.com.au/national/victo…
233/ Percée de B.1.617.2 en Ontario.
thestar.com/news/gta/2021/…
234/ En Angleterre, la croissance "exponentielle" de B.1.617.2 n'est maintenant plus masquée par le variant B1.1.1.7 en décroissance.
235/ Simultanément, l'Angleterre connait une journée sans mort du Covid et le Pays de Galles connait un niveau d'admission record à l'hosto… vers le bas.
bbc.com/news/uk-wales-…
236/ Didier Couteaud, délégué départemental de l'ARS dans les Landes: "On ne connaît pas encore le vecteur de transmission."
Lui, il a dû être briefé par le cabinet Véran pour être à ce niveau…
actu.orange.fr/france/landes-…
137/ No shit, Sherlock.
ouest-france.fr/sante/virus/co…
138/ B1.617.2=Delta=variant "indien" arrive à Bristol.
Les écoliers servent de canaris dans la mine: quand ils sont touchés, c'est que la vague épidémique arrive.
theguardian.com/world/2021/jun…
139/Comment répérer Delta=B1.617.2=variant "indien". Facile, nous explique Sibylle Bernard Stoecklin, de la direction des maladies infectieuses de SPF: il est classé "absence de variant", c'est-à-dire souche Wuhan-1.
Mouahahahaha.
C'est HENAURME!
huffingtonpost.fr/entry/variant-…
140/ Un nouveau concept: "les variants de variants indiens".
241/ Munis de la clé d'interprétation "absence de variant"="Wuhan-1" ou "variant indien", tout s'éclaire… On voit la disparition en France de Wuhan-1 et une montée jusqu'à 50% des cas dans les Landes, entre le 21 avril et le 21 mai…
242/ Récit de l'évènement superpropagateur qui a initié une vague au Vietnam, et de la tentative d'endiguement.
nytimes.com/2021/06/02/wor…
243/ Retour en Angleterre avec un nouveau point sur le variant B1.617.2=Delta=variant indien.
Un thread d'analyse détaillée.
⬇️
244/ Le variant atteint maintenant 75% des cas. Il faudrait regarder, mais on est à peu près mi-février pour B1.1.7, avec une dynamique plus concentrée dans l'espace mais semblable in fine. La vaccination est compensée par la virulence plus grande.
assets.publishing.service.gov.uk/government/upl…
245/ Je ne veux pas dire par là que le vaccin (deux doses + 15 jours) ne protège pas (il protège) mais que le taux de croissance épidémique est proportionnel à la fraction de la population non immunisée (plus petite que pour B1.1.7) et à un facteur lié au virus (plus grand).
246/ L'une des légendes de la virologie s'effondre: celle considérant que l'évolution virale va toujours vers des variants plus transmissibles (vrai) mais moins virulents (faux). Pour l'instant, plus la charge virale est grande, plus il est transmissible ET plus il envoie en réa.
247/ Le variant Delta=1.617.2=indien a bien été détecté dans l'Etat de Victoria, mais ne constitue pas le gros de la reprise épidémique que l'Australie est en train d'endiguer.
abc.net.au/news/2021-06-0…
248/ Contact tracing: quels sont les lieux accueillant du public qui ont produit la circulation du variant Delta=1.617.2=indien?
Ecole, collège, lycée, université.
Quand vont-ils comprendre, ici, ceci: investir dans la réduction de risque?
249/ De mauvaises nouvelles, j'en ai peur, dans The Lancet. La neutralisation du virus Delta=1.617.2=indien est mauvaise en première dose, mais même en seconde dose, elle décroit avec le temps et avec l'âge.
Il faut prévoir des doses de "booster"…
thelancet.com/journals/lance…
250/ Données et discussion dans ce thread.
251/ Le variant Delta=B.1.617.2=indien est entre 50% et 70% plus transmissible que la souche du Alpha=Kent=anglais=B1.1.7.
2.7x plus de risque d'entrer à l'hôpital quand on est contaminé.
252/
Tiens tout a changé ce matin
Je n'y comprends rien
C'est la fête, la fête !
253/
Et j'me souviens
J'me souviens très bien de c'que j't'ai dit ce matin-là
Il y a un an, y'a un siècle, y a une éternité
254/ Le nombre de cas est en hausse de 40% en une semaine, maintenant que le variant Delta=etc représente 3/4 des cas.
leparisien.fr/societe/aucun-…
255/ En Angleterre, on teste beaucoup dans les écoles. Cependant, le taux de croissance est, lui, indépendant de ce fait. Delta=variant "indien"=B.671 est une horreur:
- variant "anglais"=Alpha au carré, x1,6
- grosse transmission en milieu scolaire
- entrées à l'hosto x2,7
256/ J'ai représenté la prévision pour la France de la fraction de B.671.2=Delta=indien par rapport à B.671.2+B1.1.7=Alpha=anglais pour montrer l'incertitude. L'étude flash #9, c'est la courbe noire: 0,1% à la mi-mai (aucune donnée depuis).
Percée prévue début septembre (+90 j).
257/ En rouge, j'ai mis la même chose, en supposant que dans les Landes, le "non-variant" est bien B.671.2=Delta=indien. Et là, ça pète dans les Landes dans un mois. Début juillet.
C'est de l'inconscience, de ne pas mesurer, de ne pas ni séquençage, ni criblage… Rouge ou Noir?
258/ Là, on vient de voir pendant 5 semaines que vivre en extérieur, ne pas invite les potes mais aller en terrasse, et limiter la cantine au collège et au lycée, ça marche. La réduction de risque marche.
Le 9 juin, tout ouvre, donc ça repart jusqu'aux vacances scolaires.
259/ Le scenario médian, c'est qu'on soit déjà à 1% parce que le séquençage n'est pas fait sur un nombre assez grand de personnes et que Delta reste concentré.
Ca nous fait une percée début aout, percée que tout le monde laissera pisser.
Coquillages et crustacés.
260/ Delta, le 'variant indien' a été repéré dans les Landes. Deux cas ont été détectés par séquençage mercredi. "L'ARS estime qu'il pourrait y en avoir actuellement une cinquantaine." En tendant le doigt bien haut dans le vent
Quelle bande de clowns…
lefigaro.fr/sciences/covid…
261/ Le gouvernement britannique est accusé d’avoir caché des informations sur le variant Delta chez les enfants.
letemps.ch/sciences/gouve…
262/J'insiste.
Au n° 241 de ce thread, figurait la part de "non variant" dans les Landes, après que l'on a appris que Delta=B1.671.2=indien serait dans cette catégorie.
Et là, on apprend que dans les Landes, il y a bien une irruption épidémique de Delta.
ouest-france.fr/sante/virus/co…
263/ Vous voyez, ça c'est un truc de scientifique. Tu penses comprendre un truc mais enfin c'est une hypothèse. Tu en tires des conséquences logiques (si "non variant"=indien=delta ALORS ca pète dans les Landes). Et paf, ça se vérifie…
Donc, Delta est à 34% dans les Landes…
264/ Et une fois que vous avez une première confirmation que "non variant"=B1.617.2=Delta="indien" et bien vous pouvez pousser un peu. A-t-on des clusters dans les Pyrénées Atlantiques (tiens, c'est à côté des Landes), l'Ariège, les Deux-Sèvres, le Val de Marne et Paris?
265/ Ah, tiens? Les Pyrénées Atlantique, c'est justement là où il y a une reprise épidémique.
Si oui, alors en Ile-de-France, B1.617.2=Delta="indien" est à 4% des cas, environ. Pas 0,1% comme annoncé.
lemonde.fr/planete/articl…
266/ Doigt mouillé, suite.
"Les variants sont très transmissibles, mais heureusement ils restent aux alentours des 4-5 % dans la région."
C'est l'avantage de ne pas mesurer par des séquençages: les "spécialistes" peuvent donner leurs chiffres…
20minutes.fr/societe/305448…
267/ Ce document vidéo sera important dans quelques jours. D'un côté, je veux bien croire Véran quand il dit que le contact tracing est fait sérieusement. De l'autre, il n'y a pas de séquençage et le criblage suggère 40% de Delta dans les Landes…
268/ Comment Delta=variant indien s'est-il propagé en Angleterre? Par les 11-18 ans.
269/ L'hospitalisation de jeunes gens a fortement augmenté. Le directeur du CDC milite pour la vaccination des adolescents.
washingtonpost.com/health/2021/06…
270/ Quelle est l'activité sociale la plus citée par ceux qui ont été testé positif, correspondant à la date probable de contamination?
271/ Variant Delta="indien"=B1.617.2 : le Royaume-Uni envisage de retarder la fin du confinement.
courrierinternational.com/article/pandem…
272/ Dans les Landes, l'ARS a une suspicion de variant "indien" Delta B.1.617.2 pour 50 patients, pour un taux d'incidence hebdomadaire au dessus de 100.
Et voilà…
leparisien.fr/societe/sante/…
273/ "Rien d'inquiétant à ce stade, selon le professeur Bruno Lina, virologue au CHU de Lyon (Rhône). D'autant que la France vient d'autoriser de nouveaux tests qui devraient lui donner une longueur d'avance."
lci.fr/sante/variant-…
274/ Et oui, il ne faut pas tout confondre. "En Angleterre, ils ont augmenté l'incidence du virus" nous dit Véran, tandis que nous, nous voyons uniquement se multiplier le nombre de foyers de contamination…
Nuance de taille.
275/ Tout est magnifique dans ce compte-rendu de LCI.
Des "foyers inexplicables"…
Enfin uniquement explicables par l'absence de toute communication sur la transmission aéroportée et par l'absence d'investissement dans la réduction de risque.
lci.fr/sante/variant-…
276/ Communiqué de presse de l'ARS Nouvelle Aquitaine.
Protocole irréprochable, avec rétro-tracing, pour tenter d'endiguer le variant Delta.
On va voir si cette technique, qui aurait dû être mise en place en mars 2020, fonctionne. J'espère que oui.
nouvelle-aquitaine.ars.sante.fr/communique-de-…
277/ Un putain de cauchemar.
Delta=B.671.2
telegraph.co.uk/global-health/…
278/ Un bon gros putain de cauchemar.
⬇️
279/ Delfraissy est conscient qu'il y aura une vague de Delta à l'automne, avec ceci de particulier qu'une moitié de la population sera protégée par le vaccin mais qu'on aura un variant plus de deux fois plus virulent.
Et donc? Donc?
280/ Pourquoi ne dit-il pas qu'il faut investir dans la réduction de risque maintenant pour ne pas avoir cette quatrième vague de variant Delta="indien" ET les tensions sociales associées?
Pourquoi?
C'est si dur que ça à penser et à dire?
281/ A Melbourne, on enquête pour trouver d'où vient la faille de sécurité sanitaire dans l'hôtel de quarantaine, qui a laissé passer le variant Delta, obligeant à un endiguement.
Par l'air…
abc.net.au/news/2021-06-0…
282/ Vous êtes ici.
283/ Et le mutant indien conquit l'Amérique.
284/ Les projections du 282 sont en Angleterre, AVEC l'effet de la vaccination. Le taux de croissance est:
- proportionnel à la population non immunisée (~50%)
- proportionnel au R0 intrinsèque (x 2,4 par rapport à la souche sauvage)
Il est donc ~identique à l'automne.
285/ Quelle conséquences sociales à l'automne avec:
- une fraction de la population vaccinée (2 doses + 15 jours) et donc qui veut retrouver une vie normale
- une fraction de la population non vaccinée au sein de laquelle se propage un variant plus contagieux
- de l'échappement
286/ Le vaccin ne suffira pas. Il faut des mesures d'investissement dans la réduction de risque.
Regardez les USA. 42% de vaccinés, essentiellement dans l'électorat démocrate.
De combien cela abaisse la transmission? De 42%…
x0.56 sur le taux de croissance épidémique.
287/ C'est suffisant pour qu'avec un peu de mesures complémentaires (le masque), Alpha=B1.1.7="anglais" descende. Delta arrive et… se répand vite.
Pourquoi? Parce qu'il est plus contagieux et qu'il a de l'échappement vaccinal (pas beaucoup; surtout avec AZ).
288/ En Angleterre, il suffit de regarder la contamination par classe d'âge pour comprendre pourquoi la quatrième vague monte.
289/ Pourquoi la part exacte du variant delta dans les Landes reste-t-elle inconnue ?
liberation.fr/societe/sante/…
290/ Delta: la nouvelle menace — surtout pour ceux qui ne sont pas vaccinés.
washingtonpost.com/opinions/globa…
291/ Le retour de Neil Ferguson, avec les extrapolations de l'équipe d'Imperial College annonçait une énorme vague si le déconfinement a lieu trop tôt.
Avant que vous posiez la question: oui, en prenant en compte la vaccination.
bbc.com/news/health-57…
292/ Pour mémoire Neil Ferguson avait co-écrit ce rapport donnant les deux stratégies:
- la mauvaise = la mitigation (flatten the curve=stop-N-go=freiner quand on est dans le mur)
- la bonne = Zéro covid = test-trace-isolate + réduction de risque
imperial.ac.uk/media/imperial…
293/ Pour une raison qui reste à comprendre les politiciens avaient ignoré la bonne recommandation et fait comme s'il n'y avait que la mitigation comme voie… Résultat: des centaines de milliers de mort.
L'épisode consternant de la démission de Ferguson…
telegraph.co.uk/news/2020/05/0…
294/ Tests de neutralisation des différents variants par le vaccin Pfizer. Plutôt de bonnes nouvelles.
nature.com/articles/s4158…
295/ Le criblage porte désormais sur trois mutations qui devraient permettre de suivre la croissance de Delta pendant l'été.
santepubliquefrance.fr/les-actualites…
296/ Point sur la circulation du variant Delta=B.1.617.2 mais comme on ne connait pas la stratégie de séquençage, la seule info c'est qu'il circule.
santepubliquefrance.fr/maladies-et-tr…
297/ La nouveauté avec la quatrième vague, de Delta="indien", c'est l'évolution des sous-populations vaccinées et non. Je n'y vois pas seulement la bonne nouvelle égoïste que dans 35 jours, je serai protégé, mais une perspective de tensions sociales à l'automne…
298/ Le variant Delta="indien" en croissance masquée sous l'épidémie décroissante de Alpha="anglais", a conduit à l'Angleterre a revenir à un doublement épidémique tous les 5 ou 6 jours.
299/ Le variant Delta=B1.671.2=indien représente maintenant 95% des contaminations en Angleterre.
assets.publishing.service.gov.uk/government/upl…
300/ La croissance est maintenant hors des effets de petite taille où les hétérogénéités jouent un rôle. Une fois de plus, dans une reproduction parfaite de ce qui s'est passé pour alpha=B1.1.7=anglais, les questions (légitimes) dans la phase initiale ont empêché l'endiguement.
301/ Pourquoi les gouvernements anglais et français, qui ont en partage l'incapacité scientifique et logistique, réagissent toujours trop tard, une fois dans le mur, quand l'endiguement du virus devient si couteuse?
Bonne question.
302/ On connait les moyens une flambée épidémique de Delta: il faut l'endiguer maintenant, et vite. La vaccination importe, en effet, pour l'hiver prochain, mais c'est irresponsable de penser que c'est la réponse à une flambée de variant Delta.
sudouest.fr/sante/coronavi…
303/ Même avec 43% de vaccination, les commentateurs étatsuniens les plus scientistes et les plus optimistes commencent à regarder l'Angleterre: en une semaine 12131 -> 42323 cas. 60% plus transmissible qu'alpha. 2,2x plus d'hospitalisation.
ft.com/content/5e4dd1…
304/ Les premiers morts du variant Delta. Les nombres sont petits, donc il y a des incertitudes statistiques mais regarder quand même la dernière ligne. Il y a un bug. La fraction vacciné (surtout AZ)/non vacciné est embêtante.
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