Thread by @MartinaSisters

LA VERDAD SIEMPRE SE ABRE PASO. ✨♥️

Este hilo os va a resultar extraño, científicamente… ¿extraordinario?

A veces la vida trae detalles sorprendentes.

Creo que ya he averiguado ¡dónde está el Quinto aminoácido que falta!

Y es curioso, lo estaba buscando mal.
Abro hilo 👇

Llevo diciendo desde el principio que a la secuencia PRRARS le faltaba una R y debía ser PRRARR.

¿Por qué esa fijación? Por 2 motivos:
1.- científico.
2.- filosófico.

Sí, el 2 con una pequeña ayuda sorprendente, es lo que me ha hecho darme cuenta de mi error.

Aunque os parezca increíble tengo un blog en el que hasta 2020 ayudaba a gatos de Refugio a encontrar hogar. Lo hacía con diálogos divertidos de mis 5 gatos. El blog se llama “Cuatro gatos y el quinto elemento” y lo tengo abierto desde 2013.

Sí, el quinto elemento, sí. 😉

Cuando ha sucedido todo lo de este virus y mis hallazgos iban encaminados a que faltaba un aminoácido en la Spike del genoma de este virus ha habido varias personas que han notado esa coincidencia y bromeaban conmigo. ¡Mira, el 5° elemento que falta! Gracias @MiMigaPetJewels 🤗

Ese 5° elemento es mi gato Ronnie, sí con R.😉 Eso me ha animado a investigar secuencias del virus de la Pif para intentar entender si este virus estaba incompleto o se escapó antes de terminarse.

Os dejo aquí la investigación que realicé para determinar que faltaba un elemento.

Hace unos días @IagoNieto81 con ese entusiasmo que le caracteriza 🤗 me envió un documento con una curiosa tabla de Excel, en la que aparece la frecuencia de aminoácidos estudiada en 768 muestras de virus SC2 y sus posiciones clave en FCS: de la 680 a la 686.

Le había llamado la atención que justo en las 5 posiciones, los aminoácidos pudieran ser variables o incluso no haber (se marca con un 1).¿Esto indica claramente que en 4 de esas 5 posiciones PRRA se pueden insertar aminoácidos fácilmente? ¿Lo deberían de saber los científicos?🤨

Me estaba volviendo loca intentando cuadrar 5 aminoácidos. Si las posiciones 681, 682, 683 y 684 son susceptibles de sufrir cambio de aminoácido o en ellas puede haber deleciones (que no aparezca ninguno), con ello se pueden hacer varias combinaciones de secuencia como muestro.👇

Pero la posición 685 (que en Excel lleva un 0) significaba que allí tenía que estar, sí o sí, siempre un aminoácido. Mayoritariamente una Arginina (R). Entonces mi idea de que la secuencia PRRAR/S debía ser PRRARR/S no me cuadraba, ya que ese aminoácido de más no tenía espacio.

Pero ha sucedido algo ¿gracioso? 😉 Ya sabéis que hay unos científicos que han creado una página parecida a la mía para burlarse de la Pif y de mí y hace poco alguien me ha enviado por MD (gracias 🤗) unos de esos comentarios despreciativos que hacen en ella. Lo leí y lo capturé.

Lo curioso es que al volver a leerlo me quedé sorprendida‼️ 😳 si os fijáis, al burlarse, AMBOS científicos nombran la secuencia como PRARR. Pero…¡¡esa no es la secuencia de ESTE virus!! ¡¡ni de la Pif! La secuencia es PRRAR.

¿Traición del subconsciente o ayudita del karma? 😉

Al ver PRARR escrito así… ¡¡he entendido dónde estaba el fallo!! El aminoácido que falta no es el quinto elemento, ¡¡es el cuarto!!

Es decir no es PRRAR(R) como yo decía es PRRA(R)R!!

Bien ahora faltaba comprobarlo de manera seria, con datos científicos ¡¡y lo he hecho!! 😊👇

Si os fijáis en ese excel se explica que la posición 681 puede ser silenciosa (con un 1) es decir que los nucleótidos que forman P se pueden silenciar en la traducción. Eso significaría que el CCT del ADN que corresponde con Prolina no se traduciría en el ARN. ¡No habría Prolina!

¿Qué sucede en coronavirus felino si no hay Prolina? Pues que estamos ante un virus entérico, un FCeV, un virus leve localizado en heces y sin capacidad infectiva mortal.Un RRARR como el UU7. Y dejo estudio de muestra de heces con residuo core (P) en UU18. arxiv.org/pdf/1412.4034.…

He creado tabla, por frecuencia de muestras:
- 680, en 768 es Serina (S)
- 681, en 767 es Prolina (P)
- 682, en 763 es Arginina (R)
- 683, en 764 es Arginina (R)
- 684, en 767 es Alanina (A)
- 685, en 765 es Arginina (R)
- 686, en 768 es Serina (S)

1 rojo es que puede no haber

Entonces pensé, si la posición 681 no aparece en realidad todas las posiciones se corren una posición hacia atrás por tanto quedaría:
680( S)
681 (R) (no hay Prolina, P)
682 (R)
683 (A)

685 (R) porque tiene que tener un aminoácido!!
686 (S)

y… ¿¿dónde estaría la 684?? 😳

Aquí viene algo curioso. Recordé lo que había estudiado y saqué hace tiempo en otro hilo sobre la coincidencia en el estudio del virus de hepatitis murina MHV en 2004 y la posición 684 en la que han estudiado cómo el cambio de un residuo por Arginina repercute en su virulencia.

¿Adivináis en qué posición lo estudiaron? ¡Exacto! Incluyeron un residuo de Arginina (R) ¡en la posición 684!

Un momento, 👀 entonces, vamos al gráfico. Si en el 684 estudiaron meter ese cambio… 🤔
680 -S
681 - R (no hay Prolina)
682 -R
683 -A
684 -R!!
685 -R
686 -S
S/RRARR/S⁉️

Y aquí tenéis, muy probablemente, el motivo por el que esos científicos se han equivocado y han escrito PRARR, en lugar de escribir PRRAR…

Porque la secuencia canónica en coronavirus felinos y de otros animales es: RARR / RSRR.

¿Fue error o lo sabían y se han callado? 😔

¿Conclusión? ¡¡Estaban haciéndolo virulento cuando se escapó!!

¿Se había expresado la Prolina, P y estaban en un pase zoonótico (tal como comentó @BidoliNicola 🤗) con la deleción del 4° aminoácido (R)?

¡Con TODA la secuencia RRARR no nos infectaría! Y sin la P ¡sería un FCeV!

Y creo que ESE es el motivo por el que la variante de la India (Delta) cambió la P por la R, la mutación P681R e infectó más, porque ¡¡el virus intenta volver a su estado original, porque en esa posición debía de haber una R!! (¿Programado o no programado que eso sucedería? 🤔)

Os dejo este estudio de Japón por si ayuda a entender mejor lo que supone esta mutación.
Está estudiado en la Pif que el residuo en P6 es core (altamente conservado).

¿Por qué cambió entonces en UK por H y en India por R?

notiulti.com/los-cientifico…

biorxiv.org/content/10.110…

Todo el afán chino es que no se vea ese vacío de R y los papers en donde eso se pueda apreciar se cambian o no son publicados con revisión por pares.😔

Tan sencillo y deshonesto como eso. Os dejo una secuencia BIEN alineada (manualmente) con HKU1A.

BLASTp no las crea así 😔

Tal vez si se estudia el motivo de secuencia con los 5 aminoácidos como deben ir RRARR, se pueda llegar a encontrar solución para que ESTE virus NO infecte célula humana y con ello no haya propagación del virus o sea como un FCeV, un entérico que nuestras defensas anulen. Ojalá.