Thread by @SaiyanBio

⚠️ Thread important du jour :
Pourquoi il faut dès le 15/10 arrêter les tests antigéniques (TAG) COVID et repasser en 100% PCR

(Un peu provoc’, mais en lisant vous allez voir les pb que cela peut conduire)

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On va s’intéresser aux performances pour détecter des cas + (sensibilité) et de ne pas rendre un résultat + si le patient n’est pas porteur du virus (spécificité)

☝️les notices fournisseurs ne veulent quasiment rien dire, la norme CE actuelle permettant tous les biais possibles.

1️⃣ la SENSIBILITÉ

Prenons la seule étude française publiée menée sur plusieurs kits (aphp.fr/sites/default/…)
Si on regarde par exemple le TAG Biosynex (un des + utilisés actuellement), on a une sensibilité inférieure à 60%
[et une spécificité de 98,5%, on y reviendra]

Nota : ne me parlez pas du seuil des Ct pour artificiellement améliorer les résultats de ces tests (plus aucun biologiste ou infectiologue ne devrait soulever ce débat, qui a fait le lit des complotistes en tout genre)
Ou venez m’en parler si vous avez encore des pb…

La conclusion de cette étude de l’APHP a une conclusion sévère (mais juste ?) de la part des auteurs : 👇

(il n’y a pas eu d’autres études de cette ampleur depuis, et la @HAS_sante a juste changé sont interprétation des faits au fur et à mesure des besoins politiques)

On peut opposer que les nouveaux variants en circulation ont une charge virale + élevée, donc probablement des performances meilleures.

Voici donc une une étude Suisse faite pendant la circulation du variant alpha (de charge virale proche du delta) : pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34242764

Leur étude, avec un kit Roche, montre une sensibilité de seulement 65% 👇

Conclusion 1️⃣ : ces tests ne permettent pas de détecter au moins 3 ou 4 positifs sur 10

2️⃣la SPÉCIFICITÉ (ou son corollaire la VALEUR PRÉDICTIVE POSITIVE = probabilité d’être réellement porteur si mon test est +)

La spécificité a beau être bonne, sauf qu’en pratique avec un faible taux de circulation elle pose soucis :
pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34242764/

Si on reprend notre Biosynex / APHP, pour une prévalence de 1% (actuellement en France), on a sur
22 patients détectés Pos
7 patients réellement porteurs du virus du COVID
et 15 qui ne l’ont pas, déclarés à tort !!
(et 4 patients non détectés, faussement rassurés)

Ces données « vie réelle » d’une forte proportion de faux positifs ont d’ailleurs été retrouvé dans la vraie vie :
Ici une étude française trouvant 63% de faux positifs avec les TAG (mais on pouvait suspecter un conflit d’intérêt éventuel…)
biogroup.fr/actualites/tes…

Mais on a également une grande étude allemande indépendante qui trouve 50% de faux positifs :

sciencedirect.com/science/articl…

Les auteurs indiquent que le nombre de faux + est globalement stable, et donc quand le taux de circulation réelle du SARS-CoV-2 diminue, la proportion de faux + augmente mécaniquement,

👉Le pb des faux positifs pose un souci de suivi de la dynamique de la maladie,

mais surtout un coût sociétal (fermeture de classes), et économique (arrêt de 10 j pour nos 15 patients faux positifs pour seulement 7 réellement atteints..?)

Conclusion 2️⃣ : en période de faible diffusion, si vous êtes positif avec un TAG, il y a davantage de chance que vous ne soyez pas porteur du virus que d’en être porteur !!

[⚠️faites pas les cons, isolez vous quand même et faites un test PCR]

Donc, rationnellement : les TAG, en période de faible diffusion, loupent 40% des positifs, et donnent d’avantages de faux Pos que de vrais Pos

Donc :
- puisque nous avons toujours de grosses capacités de PCR
- puisque quasi toutes les PCR sont rendues < 24h (12h chez moi)
…

Je ne vois plus aucune cohérence scientifique à continuer à intégrer les TAG dans nos stratégies tester / tracer / isoler

(Qui aurait dû être depuis le départ : isoler / tester / tracer)

Histoire de chasse pour illustrer :
dans mon labo on fait les TAG seulement pour les non sympto / non cas contact (juste pour aller au resto ou aller en consultation à l’hôpital quoi).

Une tech était cas contact. Elle voulait seulement un TAG - j’ai donc refusé (1/2)

Elle a fait 3 (!!) TAG ailleurs (en pharmacie je suppose). Tous nég. Elle revient 2 heures après pour que je lui fasse finalement une PCR : Positif (à 28 Ct pour ceux qui y attachent une importance)

(2/2)

PS: je rappelle, pour rester dans le COVID, que les tests sérologiques «au bout du doigt» (- sensibles, - spécifiques, pas quantitatifs) sont proposés gratuitement lors de la vax (sans tenir compte du délai de 2 mois) alors que les «vraies» sérologies sont à la charge du patient.

PPS : on a des tests antigéniques pour la grippe depuis des années (on faisait ensuite la PCR pour les hospitalisés chez tous les nég), et on avait une sensibilité de 50% également.

Je crois qu’on a « oublié » de demander leur avis et expériences aux biologistes sur ce coup..