Thread by @SaiyanBio

🚨Thread important🚨 : Estimation de la charge virale dans le temps Delta vs. Omicron
Données de mon labo, 545 échantillons

On va voir que :
1️⃣ Il y a ↘️ avec Omicron
2️⃣ connaître la cinétique doit conduire à revoir nos politiques de tests
3️⃣le nasopharynx, c’est pas la narine

✍️Méthode :
Résultats de la S50 de 2021, dernière semaine où
i) le dépistage des cas contacts était cohérent (J7)
ii) le criblage était exhaustif
iii) pas de difficulté pour avoir un rdv de PCR
iv) circulation Delta et Omicron, permettant d’apparier par préleveur / site / jour

📊Résultats !
Dans l’axe vertical on a les Ct : + c’est haut, moins on a de matériel viral détecté sur l’écouvillon de prélèvement (on dira « charge virale » par abus de langage par la suite)

1️⃣Evolution de le temps de la charge virale :
pour Delta ET Omicron, on a un pic au moment de l’apparition des symptômes.
De façon intéressante, le pic semble disparaître encore + vite avec Omicron
On a la même chose avec la normalisation utilisant un gène humain

2️⃣ Comparaison Delta vs. Omicron
quelque soit le moment du prélèvement, on a pratiquement toujours + de charge virale avec Delta qu’Omicron
👉l’extrême contagiosité d’Omicron est liée à son accroche bien meilleure sur nos cellules, pas la quantité de virus

MAIS !
↘️ virus c’est mécaniquement une ↘️ des performances des tests antigéniques / autotests 😱 (car ils ont besoin de + de virus pour se positiver)

On redit que le gouvernement bascule tout sur ces tests actuellement ? Qui n’étaient déjà pas extraordinaires (pour rappel 👇)

Focus sur Omicron :
- on sait que les symptômes apparaissent + tôt (srtt si vacciné ?)
- on voit que la charge virale à J7 du contact = celle d’un symptomatique depuis qq jours

➡️il faut s’isoler dès qu’on est cas contact ‼
➡️ pas de test à J0, et pas d’autotest à J2-4 (😘DGS)

Conséquence sur les tests n°1️⃣ :
les autotests détectent le virus + tardivement (cf 👇). Car il faut que s’accumulent bcp de virus, et qu’ils «migrent» jusque dans la narine.
➡️ on va rater les premiers jours de forte charge virale, là où potentiellement on est le + contagieux..

.. c’est ce qui explique le «j’avais des symptômes, mais le test ne s’est positivé qu’au bout de x jours»

Et c’est le même soucis pour tous ceux qui prélèvent mal pour les PCR : j’ai des valeurs ↗️ ↗️ en NASOPHARYNGÉ. On ne « loupe » pas le diagnostic avec une PCR BIEN PRÉLEVÉE

Conséquence sur les tests n°2️⃣ :
- ça sert ENCORE moins de faire un « mauvais » test comme un autotest, srtt à J2-J4
- il faut que le test soit au contraire profond pour détecter tôt le virus
car on sait bien que l’isolement dès les symptômes, c’est au pays des Bisounours 😘

Comparaison avec des données disponibles :
- l’étude en NBA trouvait un pic de sécrétion + faible et + court
- l’étude japonaise indiquait au contraire une qté similaire pendant 7 jours, sur un faible effectif ()
et ps en nasopharyngé dans les 2 cas ?

Conclusion :
- en nasopharyngé, j’ai bien un pic viral DÈS le début des symptômes avec Omicron
- il y a moins de quantité Omicron / Delta : importance encore + grande d’un « bon » test au « bon » moment et « bien » prélevé

#spoil :
Demain si j’ai le temps vous aurez quelques exemples illustratifs qui prouvent que, non, ce n’est pas parce qu’on a un autotest négatif qu’on est pas contaminant (oui, un ministre a sorti cette énormité)