Thread by @SaiyanBio

🚨Thread sur les « faux négatifs » des PCR COVID :

Est-ce que ça existe ? Pourquoi on a des prélèvements chez un même individu avec négatif / positif / négatif / positif ?

Avec des jolis exemples illustrés pour que même mon chat puisse suivre ! ⤵️

Préambule (1) :
- Les PCR détecteront toujours mieux le virus que les tests antigéniques (TAG). Donc les raisonnements suivants vaudront également pour eux
- il n’y a pas de faux négatifs en France liés à un variant nouveau : on a entre 2 et 4 cibles « au cas où »

Préambule (2) :
- on parlera ici de la quantité recueillie lors du prélèvement (= le temps passé à « tourner au fond »)

Evidemment, le lieu du prélèvement est primordial : on perd 1/4 des positif si on ne va pas assez loin 👇(probablement pire avec Omicron)

En PCR, on détecte le matériel génétique du virus en l’amplifiant et en mesurant un signal (lumineux)
Pas de virus = pas de lumière
Virus présent = lumière

- je simplifie, pour ceux qui veulent + de détails, @Locuste_ a fait un joli thread :

SAUF que :
- on a toujours du signal dans les puits négatifs : microcontaminations, fuites de lumières, bruits électronique, pb d’amorces,…
- si on fait des tests de dilution, on peut avoir : signal des puits négatifs > signal de la présence de rares virus
=> seuil de détection

Contrairement à ce qu’on pourrait penser et la SFM a bien mis le bouzin), ce seuil peut varier (légèrement) d’une manip à l’autre.
Je rend donc parfois « douteux » quand on est dans cette zone intermédiaire (plutôt que de rendre à tort pos ou nég, parfois on ne peut pas trancher)

Et si vous vous posez la question de l’intérêt d’être capable de détecter de si faibles quantité de virus :
- parce qu’une faible quantité le lundi n’exclut pas qu’on est une quantité très importante le mardi !

@Antibiogramme a tout expliqué dans son argumentaire ici 👇

Et ces « douteux »… ils ont explosé avec Omicron !
A taux de positivité proche des vagues précédentes, j’ai environ 3 fois + de cas où je ne peux pas conclure :

Les raisons sont simples :
- ↘️ de la quantité de virus avec Omicron
- grand n’importe quoi des consignes de tests de la DGS : on teste trop tôt après un contact à risque, ou trop tard (le temps que l’autotest se décide enfin à virer après 7 jours de symptômes)

J’ai des kits qui évaluent également les cellules humaines = témoin que l’on a récupéré des cellules sur l’écouvillon (et que le tube n’a pas trop souffert dans le transport)

=> si pas assez de cellules humaine : «échec », pas de résultat rendu

Mais évidemment qu’un résultat sera d’autant + fiable qu’on a de cellules humaines dans le tube.
Pour la suite, j’ai représenté la valeur « brute » de détection du virus par un trait, l’incertitude liée à la quantité (faible mais « acceptable ») de cellules par une barre :

Cas 1️⃣ : le + fréquent : on a un signal « douteux » non confirmé par la suite, et sans apparition d’anticorps
➡️ probable signal non significatif
➡️ ou virus qui n’a pas pu se multiplier chez ce patient (= le vaccin a aussi ça comme effet 👍)

Cas 2️⃣ patient douteux, puis négatif, puis positif ??
➡️ oui, mais le prélèvement était de bien meilleure qualité lors du test positif, on passe « sous le seuil » de détection le jour du J5 (ce serait pire avec un TAG)

Cas 3️⃣ patient Pos, puis nég, puis douteux : considéré à tort comme un faux positif (!!!) par l’EHPAD.. et a contaminé ses copains
➡️ J5 à la limite du seuil d’acceptation
➡️ pas d’intérêt de retester un pos… le lendemain on fait « moins mal » au patient ou celui-ci se raidit

Cas 4️⃣ patient douteux / nég / douteux et finalement positif !
➡️ problématique de la qualité du prélèvement (nette amélioration après changement de préleveur)
➡️ difficulté à prélever « au bon moment » ici avec multiples contacts à risque

J’ai encore beaucoup + d’exemples avec des situations où j’ai rendu « échec » (car pas assez de cellules humaines).. avec des patients qui ont été positifs sur le prélèvement suivant.

Cela représente environ 1 à 2% des échantillons…

Certains labos (et TOUS les antigéniques) n’évaluent pas la présence de cellules humaines. Donc on peut avoir un prélèvement « aller retour » sans cellules.. donc sans virus.

Il faut au moins 5 à 10 secondes d’écouvillonnage ferme.

Pour la petite histoire, cette évaluation des cellules recueillies:
-permet d’évaluer le respect des gestes des préleveurs au labo
-nous a fait «perdre des marchés» au profit de labos ne les recherchant pas « il n’y a jamais d’échecs chez eux ! ». Ben oui. Mais t’es en aveugle.

Je ne donne cependant pas cette incertitude liée au nombre de cellules sur mon compte rendu, car le principal facteur limitant c’est le site de prélèvement (rien ne me permet de dire que les cellules que je vois sont du nasopharynx, et pas du bord de la narine)

A retenir :
- si doute (symptômes) : refaire une PCR 48h après la première
- on peut estimer sur certaines PCR la qualité du prélèvement, pas sur toutes et sur aucun test antigénique
- la qualitayyy du prélèvement, c’est la base de tout

Ah ! et si vous avez un soucis de cohérence de résultats, contactez votre biologiste préféré pour qu’il vous interprète avec le contexte (#labiologiecestunmétier)

Et s’il vous sort des graphiques comme ceux + haut, vous m’aurez démasqué…

Bonus : cas « classique » d’un positif.
Sa positivité est franche.. mais n’a pas déclenchée de réaction immunitaire (Anti-N non détectable 4 sem après, anti-S pas fait avant/après).

Ces infections « courtes » sont elles vraiment équivalentes à un rappel vaccinal 🤔 ?