Tuuli Lappalainen Profile picture
May 9, 2019 6 tweets 3 min read Read on X
Next at #BoG19: My brilliant student Elise Flynn (@EliseScience) talks about mechanisms of tissue-specificity of cis-eQTLs. Using #GTEx data, focusing on transcription factors.
@EliseScience analyzes tissue variability in eQTL effect size - measured by allelic fold change (developed by @Pejminister) that can be calculated from GTEx eQTLs from 49 tissues, also from ASE data. #bog19
It's common (10%) that eQTL effect size is correlated (pos or neg) with target gene expression across tissues.
Hypothesis: TFs underlie many eQTLs via allelic difference in binding - and then the activity of the TF would drive variable eQTL effect sizes. So do we see a relationship between TF expression (proxy for activity) and eQTL effect size?
@EliseScience finds correlation between TF expression and eQTL size across tissues, with promising enrichment in TF binding sites. Analogous correlations between individuals within tissues, using ASE data from eQTL heterozygotes. Validation analyses underway. #bog19
From hundreds of loci, we found a clear signal of PU.1 correlation with eQTL effect size for CAD-colocalized eQTL for LIPA gene. Creates binding site, allelic binding. Novel putative causal variant & mechanism which experts on this locus had missed. Experiments ongoing #bog19

• • •

Missing some Tweet in this thread? You can try to force a refresh
 

Keep Current with Tuuli Lappalainen

Tuuli Lappalainen Profile picture

Stay in touch and get notified when new unrolls are available from this author!

Read all threads

This Thread may be Removed Anytime!

PDF

Twitter may remove this content at anytime! Save it as PDF for later use!

Try unrolling a thread yourself!

how to unroll video
  1. Follow @ThreadReaderApp to mention us!

  2. From a Twitter thread mention us with a keyword "unroll"
@threadreaderapp unroll

Practice here first or read more on our help page!

More from @tuuliel

Nov 8, 2023
Tässä THL:n Leinon haastattelussa Yle:lle kiteytyy niin monta pielessä olevaa ajattelumallia ja virhellistä tietoa, että itsekin hämmästyin - vaikka odotukset eivät ole korkealla. Perataanpa tätä vähän. 🧵 Image
Hihaan yskiminen ja käsienpesu ovat hyviä juttuja, mutta eivät auta pääasiassa ilmalevitteistä tautia vastaan. Yksilön pääasiallinen keino suojautua koronalta on tunkkaisen ilman välttely ja/tai hyvinistuva FFP2-maski. Miten THL ei saa tätä suoraan sanottua? Image
Leino antaa pariin otteeseen ymmärtää, että nykymenon ainoa vaihtoehto ovat kokoontumisrajoitukset. Tämä on olkiukko ja puhdas vale, jota THL on toki viljellyt vuosikausia.
Read 10 tweets
Jan 1, 2023
En kannata Kiinasta tulevien testauspakkoa ja matkustusrajoituksia. Koko länsimaailma kuhisee koronaa omasta takaa siinä määrin, että matkailijoiden tartunnat ovat pisara meressä. Testauspakko on poliittista teatteria, jolla yritetään kääntää huomio omista epäonnistumisista. 🧵👇
Lasketaanpa esimerkki: Jos EU:n 450M asukkaasta esim. 1% saisi koronatartunnan per viikko = 4.5M kotoperäistä tartuntaa. Kiinan matkailijoiden pitäisi tuoda satojatuhansia tartuntoja viikossa, jotta nämä luvut edes värähtäisivät ylöspäin. Tämä ei ole realistista. Pisara meressä.
Ulkoa tulevien tartuntojen minimointi on tärkeää, jos epidemia yritetään paikallisesti tukahduttaa. Mutta jos epidemia laukkaa vapaana, matkustusrajoituksilla ja rajatestauksella ei saavuteta muuta kuin resurssien haaskausta, turhaa byrokratiaa ja ihmisten kiusaamista.
Read 5 tweets
Dec 31, 2022
Helsingin Sanomat jatkaa tutulla pandemialinjallaan: koronan vaikutusten systemaattista vähättelyä tarkoin valituin sanakääntein, logiikka- ja asiavirheitä, ja Eroon koronasta -verkoston mustamaalaamista virheellisin väittein. 🧵 @AMutanen hs.fi/tiede/art-2000…
Hesarin pääteesi on yli vuoden ollut "Pandemian on ohi, tartunnoista ei ole enää vaaraa", mutta nyt hälyyttävien kuolleisuuslukujen kiusallisessa valossa on saumattomasti siirrytty selittämään, että totta kai pandemiassa kuollaan edelleen, se on ihan odotettua.
Kirjoitus sisältää sekamelskan erinäisiä ylikuolleisuusarvioita eri tahoilta, yrittäen esittää asian kovin monimutkaisena ja epäselvänä. Tosiasiassa näistä kaikista loistaa kirkkaasti selvä lopputulos: Suomessa on huomattavaa ylikuolleisuutta. Tästä ei ole epäselvyyttä.
Read 5 tweets
Jun 2, 2022
Olin New Yorkissa. Siellä korona ei ole ohi, vaikka varsinaisia rajoituksia ei juuri ole. Kukaan ei puhu luonnonbuustereista ja lapsille vaarattomasta taudista, ja tartuntoja pyritään ehkäisemään suht haitattomien suojatoimien avulla. 🧵 kuinka asioita voi tehdä toisin kuin 🇫🇮🇸🇪:
1) Maskeja käytetään edelleen hyvin laajalti (80%+) joukkoliikenteessä ja ruuhkaisemmissa sisätiloissa, näistä suurin osa FFP2. Uuden omikron-aallon myötä työpaikalla palautettiin maskipakko, suosituksena FFP2; sitä ennenkin aika moni piti maskia töissä.
2) Työpaikan jokaisessa kahvihuoneessa hurisee ilmanpuhdistin, ja työpaikat on lailla velvoitettu huolehtimaan ilmahygieniasta. Myös monet kaupat, baarit ym. pitävät tarkkaan huolta tuuletuksesta; kantapaikassamme on ollut kaksi isoa puhdistinta nyt jo kaksi vuotta.
Read 9 tweets
Apr 3, 2022
Salmisen ja @THLorg koronalinjaukset ovat järkyttäviä ja vastoin kahden vuoden aikana kertynyttä parempaa tietoa. Mitään ei muka 1) tarvitse eikä 2) voida tehdä sille, että epidemia tappaa laajalti ja tekee tuhoa yhteiskunnassa.
hs.fi/kotimaa/art-20…
verkkouutiset.fi/a/koronakuolem…
Suuri kuolleisuus ei heitä huolestuta, koska suurin osa on iäkkäitä ja/tai sairaita. Mutta heilläkin on oikeus elämään ja terveyden suojeluun. THL:n maalailema kuva ihan viimeisillään kituvien menehtymisestä ei edes näytä pitävän paikkaansa:
Kuolemien vähättelyn lisäksi sivuutetaan koronatartuntojen muut terveysvaikutukset: akuutti tauti joka on monelle varsin ikävä, sairaaloiden kuormitus, long covid... Epidemia on iso kansantarveydellinen taakka, josta välittäminen on THL:n lakisääteinen tehtävä.
Read 10 tweets
Jan 14, 2022
Sekavan koronastrategian taustalla on osittain se, että keskipitkän tähtäimen näkymät ovat sumeat. Kukaan ei tiedä, mitä vuosina 2022-2023 on edessä, mutta joitakin skenaarioita voimme hahmotella. Kuinka toivotaan parasta mutta valmistaudutaan pahempaankin: 🧵
1) On mahdollista, että tulevien varianttien ja immuniteetin yhdistelmä ei jatkossa tuota uusia isoja, yhteiskuntaa vahingoittavia aaltoja 🤞. Mutta ei ole käsittääkseni mitään merkkejä, että viruksen evoluutio on saavuttanut lakipisteensä. Immuniteetin hiipuminen on jo koettu.
Esimerkiksi Ruotsissa on 06/2020 lähtien toivottu, että immuniteetti (tartunnoista ja sittemmin myös rokotteista) säästää tulevilta aalloilta, mutta pettymys seuraa toistaan. Toivon todellakin, että isot aallot ovat omikronin jälkeen ohi, mutta tämän varaan on vaarallista laskea.
Read 11 tweets

Did Thread Reader help you today?

Support us! We are indie developers!


This site is made by just two indie developers on a laptop doing marketing, support and development! Read more about the story.

Become a Premium Member ($3/month or $30/year) and get exclusive features!

Become Premium

Don't want to be a Premium member but still want to support us?

Make a small donation by buying us coffee ($5) or help with server cost ($10)

Donate via Paypal

Or Donate anonymously using crypto!

Ethereum

0xfe58350B80634f60Fa6Dc149a72b4DFbc17D341E copy

Bitcoin

3ATGMxNzCUFzxpMCHL5sWSt4DVtS8UqXpi copy

Thank you for your support!

Follow Us!

:(