Tässä THL:n Leinon haastattelussa Yle:lle kiteytyy niin monta pielessä olevaa ajattelumallia ja virhellistä tietoa, että itsekin hämmästyin - vaikka odotukset eivät ole korkealla. Perataanpa tätä vähän. 🧵 Hihaan yskiminen ja käsienpesu ovat hyviä juttuja, mutta eivät auta pääasiassa ilmalevitteistä tautia vastaan. Yksilön pääasiallinen keino suojautua koronalta on tunkkaisen ilman välttely ja/tai hyvinistuva FFP2-maski. Miten THL ei saa tätä suoraan sanottua?

En kannata Kiinasta tulevien testauspakkoa ja matkustusrajoituksia. Koko länsimaailma kuhisee koronaa omasta takaa siinä määrin, että matkailijoiden tartunnat ovat pisara meressä. Testauspakko on poliittista teatteria, jolla yritetään kääntää huomio omista epäonnistumisista. 🧵👇 Lasketaanpa esimerkki: Jos EU:n 450M asukkaasta esim. 1% saisi koronatartunnan per viikko = 4.5M kotoperäistä tartuntaa. Kiinan matkailijoiden pitäisi tuoda satojatuhansia tartuntoja viikossa, jotta nämä luvut edes värähtäisivät ylöspäin. Tämä ei ole realistista. Pisara meressä.

Helsingin Sanomat jatkaa tutulla pandemialinjallaan: koronan vaikutusten systemaattista vähättelyä tarkoin valituin sanakääntein, logiikka- ja asiavirheitä, ja Eroon koronasta -verkoston mustamaalaamista virheellisin väittein. 🧵 @AMutanen hs.fi/tiede/art-2000… Hesarin pääteesi on yli vuoden ollut "Pandemian on ohi, tartunnoista ei ole enää vaaraa", mutta nyt hälyyttävien kuolleisuuslukujen kiusallisessa valossa on saumattomasti siirrytty selittämään, että totta kai pandemiassa kuollaan edelleen, se on ihan odotettua.

Olin New Yorkissa. Siellä korona ei ole ohi, vaikka varsinaisia rajoituksia ei juuri ole. Kukaan ei puhu luonnonbuustereista ja lapsille vaarattomasta taudista, ja tartuntoja pyritään ehkäisemään suht haitattomien suojatoimien avulla. 🧵 kuinka asioita voi tehdä toisin kuin 🇫🇮🇸🇪: 1) Maskeja käytetään edelleen hyvin laajalti (80%+) joukkoliikenteessä ja ruuhkaisemmissa sisätiloissa, näistä suurin osa FFP2. Uuden omikron-aallon myötä työpaikalla palautettiin maskipakko, suosituksena FFP2; sitä ennenkin aika moni piti maskia töissä.

Salmisen ja @THLorg koronalinjaukset ovat järkyttäviä ja vastoin kahden vuoden aikana kertynyttä parempaa tietoa. Mitään ei muka 1) tarvitse eikä 2) voida tehdä sille, että epidemia tappaa laajalti ja tekee tuhoa yhteiskunnassa.
hs.fi/kotimaa/art-20…
verkkouutiset.fi/a/koronakuolem… Suuri kuolleisuus ei heitä huolestuta, koska suurin osa on iäkkäitä ja/tai sairaita. Mutta heilläkin on oikeus elämään ja terveyden suojeluun. THL:n maalailema kuva ihan viimeisillään kituvien menehtymisestä ei edes näytä pitävän paikkaansa:

https://twitter.com/lasleh/status/1510526357931012098?s=24

Sekavan koronastrategian taustalla on osittain se, että keskipitkän tähtäimen näkymät ovat sumeat. Kukaan ei tiedä, mitä vuosina 2022-2023 on edessä, mutta joitakin skenaarioita voimme hahmotella. Kuinka toivotaan parasta mutta valmistaudutaan pahempaankin: 🧵 1) On mahdollista, että tulevien varianttien ja immuniteetin yhdistelmä ei jatkossa tuota uusia isoja, yhteiskuntaa vahingoittavia aaltoja 🤞. Mutta ei ole käsittääkseni mitään merkkejä, että viruksen evoluutio on saavuttanut lakipisteensä. Immuniteetin hiipuminen on jo koettu.

Olen yli 10 v kouluttanut opiskelijoita datan analyysissa ja tulkinnassa. Jos opiskelijani toisi minulle sellaisen analyysin kuin @THLorg Sarvikivi ja Helve, niin saisi aikamoisen luennon ja moitteet datan vääristelevästä ja valikoivasta tulkinnasta. 🧵:
julkari.fi/bitstream/hand… Vaatii aikamoista pokkaa tutkijakoulutuksen saaneilta henkilöiltä kirjoittaa ao. datan kuvauksena: "Kun tarkastellaan vain rokottamatonta väestöä, alle 12-vuotiaiden ilmaantuvuus on ollut kautta linjan matalampi kuin alle 50-vuotiaiden aikuisten." Tässä on ehkä uusi 🍒picking SM:

Missä vaiheessa THL:n tehtäväksi on annettu kansanterveysarvioiden lisäksi/sijasta kokonaisvaltainen strategian lobbaaminen ja jopa laillisuusvalvonta? Pidän tätä toimintatavaltaan ja sisällöltään pyöristyttävänä:
is.fi/politiikka/art… THL on tutkimuslaitos, jonka tarkoitus on tuottaa tietoa päätöksenteon tueksi. Sillä ei ole asiantuntemusta koko yhteiskunnan kentältä. Kuuluuko hybridistrategian vastustaminen tai toimien oikeasuhtaisuuden arviointi THL:n tontille? Kuka heille on tällaisen vallan myöntänyt?

Testaa-jäljitä-eristä on keinojen kuningas, koska sillä kohdistetaan rajoitukset altistuneisiin eikä koko kansaan. Mutta kun tartuntoja on liikaa ja jäljitys pettää, tulvapato on auki, ja yleiset rajoitukset on ainoa keino hidastaa leviämistä.

Elämme vaarallisia aikoja. 1/4 Tavoitteet tartuntojen suhteen on nyt täysin hukassa. Vapaata leviämistä ei sairaalat kestä. Kun tartuntoja on siis pakko torjua, se on HELPOMPAA ja HALVEMPAA jos niitä on esim. 100/päivä (jäljitys toimii) kuin jos niitä on 1000/päivä. Tätä on @eroonkoronasta sanonut 1.5 v.
2/4

Uusi muistio @eroonkoronasta-asiantuntijaryhmältä! Tarjoamme suuntaa-antavan arvion syksyn-talven mahdollisen epidemia-aallon terveystaakasta. Se ei ole pieni, rokotuksista huolimatta, jos tartuntoja on paljon! Ne kannattaa siis edelleen pitää kurissa. 🧵
eroonkoronasta.fi/muistio-korona… Keskustelua koronastrategiasta on haitannut mutuilu ja konkretian puute, mitä olen itsekin tuskaillut. Jos tartunnoilla ei muka ole väliä ja niiden annetaan levitä, mitkä ovat seuraukset? Kun (julkisia) laskelmia ei näkynyt, lopulta sisuunnuimme ja teimme oman laskelman. 💪🤓

Vuoden aikana koronaviruksesta on opittu paljon. Valitettavasti moni varhainen, vääräksi osoittautunut käsitys kummittelee sitkeästi - mutta usein epäsuorasti - päättäjien ja virkamiesten puheissa ja teoissa. Ketju virheoletuksista, jotka pitäisi tunnistaa ja hylätä:
1/9 Käsihygieniaa korostuu kaikkialla, kouluista tartuntatautilakiin. Mutta tämä perustuu vuodentakaiseen tietoon. Olemme tienneet jo pitkään, että pintojen kautta korona ei juurikaan leviä, vaan hengitysteistä ilmaan leviävistä pisaroista ja aerosoleista.
2/9

Sulkutoimista, niiden hyödyistä, haitoista, ja ajoituksesta puhutaan nyt paljon. Tässä ketjussa pohdin, miten sulkutoimia käytetään strategisesti eikä paniikkinappulana. Mitä Suomen epidemian tukahduttaminen mahdollisimman pian ennakoivilla sulkutoimilla tarkoittaisi? 1/9 Sulkutoimia on kahdenlaisia: 1) tukahdutusstategian ennakoiva circuit breaker, jolla painetaan alkava epidemia nolliin (U-Seelanti, Australia), 2) hätä-lockdown sairaaloiden kriisiydyttyä, mitä helpotetaan heti kun akuutein kriisi on ohi - ja epidemia palaa (Belgia, UK ym.). 2/9

Suomen koronatoimissa on edistystä, mutta selvän tavoitteen puuteen lisäksi ongelmana on keinovalikoiman jämähdys viime kevään raskaisiin, isoja haittoja aiheuttaviin työkaluihin. Lisätehoja torjuntaan voisi puristaa monesta paikasta. Ketju: Yleinen ongelma on ilmalevitteisten tartuntojen vähättely. Käsienpesu on hyvä juttu, mutta pintatartunnat ovat tutkimusten mukaan aika pienessä roolissa. Jos pestään pintoja mutta unohdetaan ilmanvaihto ja maskit, on luotu väärää turvallisuuden tunnetta.
theatlantic.com/ideas/archive/…

I'm excited to share our new preprint, led by my postdoc @g_dafni and @beryl_bbc in collaboration with Garrett Garborcauskas, @dgmacarthur, @nanopore and others: Transcriptome variation in human tissues revealed by long-read sequencing.

Thread 👇
biorxiv.org/content/10.110… We introduce the largest long-read transcriptome sequencing data from human tissues, from GTEx samples. The ONT technology provides an exciting opportunity for improved analysis of the real biological unit of the transcriptome: transcripts - not genes or splice junctions. 2/8

Epidemian tukahduttamisen vaikein kohta on ollut matkustuskontrolli, mutta nyt Suomesta on tehty saari. Tätä tilaisuutta ei saa hukata: jos tartunnat painetaan nyt nollan tuntumaan, Suomen sisällä selvitään kevyillä rajoituksilla nykyiseen löysän hirren ankeuteen verrattuna. 1/5 Tartuntojen painaminen alas vaatii hetkellistä tiukennusta. Ongelma-alueilla muutamaksi viikoksi ravintolat ym. kiinni, etäkoulu - ja sitten helpottaa. Harvat tartuntaketjut voidaan nitistää paljon tehokkaammin testaa-jäljitä-eristä -täsmätoimilla, nyt kun rajavuoto pienenee. 2/5

Mielenkiintoisia koronaskenaarioita VM:ltä. TL;DR: Nopeisiin, päättäväisiin toimiin kannustetaan 👍, mutta tukahdutus on jätetty arvioinnista pois, ja epidemian jojoilu näyttäytyy siten ideaalina 🤦‍♀️. Ketju 👇 vm.fi/-/10616/hallit… On hienoa, että on mallinnettu sekä taloudellisia, terveydellisiä että sosiaalisia vaikutuksia. Epidemian laaja leviäminen (skenaariot 2 ~Ruotsi?, 3 ~Belgia?) näyttäytyy huonoina vaihtoehtoina. Monia hyviä pointteja nostettu esiin - monet jo @eroonkoronasta muistioissa 😉 2/6

Koronan esiintyvyys on nyt Helsingissä suunnilleen sama kuin New Yorkissa ja kasvaa nopeammin. Mutta homma saataisiin siellä helposti haltuun, jos jaksaisitte edes muutaman viikon elää kuten me täällä elämme vuoden päivät. Ketju newyorkilaisten arjesta: Aluksi: Kaupungit ovat monin tavoin hyvin erilaisia, enkä tietenkään kannata New Yorkin toimien omaksumista Helsinkiin sellaisenaan. Muista maista ja kaupungeista voi kuitenkin saada perspektiiviä omaan menoon:

Happy to share our new preprint, led by @silvakasela & UCSF's Stephanie Christenson! We analyzed genetic and non-genetic factors affecting the expression of COVID-19 relevant genes in the large airway epithelium, leveraging respiratory disease cohorts.🧵: medrxiv.org/content/10.110… Back in March, we realized with lung disease collaborators that we have very relevant data on our hands: bronchial epithelium RNA-seq from lots of pre-COVID samples from 3 cohorts. Could this inform how COVID-19 risk factors affect molecular and cellular processes of infection?

Vahva lukusuositus - selkeytti omaakin ajattelua: Miksi korona leviää eri tavalla kuin influenssa, miten supertartuttajat luovat sattumalle ison roolin, ja kuinka suuri käytännön merkitys on supertartuntojen ehkäisyllä ja jäljityksellä. Lyhyt ketju: theatlantic.com/health/archive… Koronan saaneista n. 70% ei tartuta ketään toista! Suurin osa tartunnoista tulee harvoilta supertartuttajilta: virusta ehkä erittyy enemmän, ja tarvitaan myös paljon kontakteja. R-luku on keskiarvo joka ei kuvaa tätä viruksen käyttäytymistä. Influenssa leviää tasaisemmin.

In addition to my main GTEx thread, I’d like to highlight some of the work & companion papers from my lab by these awesome folks: @skimhellmuth @silvakasela Margot Brandt, @EinsonJ, @EliseScience @stephanecastel.

https://twitter.com/tuuliel/status/1304121094119526400?s=20

The cell type work in GTEx was led by @skimhellmuth who, together with @francoisaguet, computationally estimated the enrichment of 64 cell types in all GTEx samples & mapped cell type interacting eQTLs and sQTLs for 7 cell types. science.sciencemag.org/lookup/doi/10.… science.sciencemag.org/content/369/65…

Very happy and proud to present: The GTEx papers. This set of 15 papers published today describes the final phase of this 10-year effort, providing the genomics community an atlas of genetic regulatory variants and a deep dive into the biology behind it. sciencemag.org/collections/ge… In the main paper, co-led with @francoisaguet and @KArdlie, we introduce the data set of eQTLs and sQTLs in cis and trans from >15K samples from 49 tissues, analyze functional mechanisms, tissue- and cell-type specificity, GWAS interpretation, and more. science.sciencemag.org/content/369/65…