Thread by @OlgaVPettersson

С субботним утром, твиттеряне!

А не дать ли мне вам каникулы, и вместо сурового генетического научпопа рассказать пару баек из повседневной жизни нашего геномного центра?

2. Сегодня будет поучительная страшилка про неизвестную бактерию которую не знали как лечить.

Налейте себе кофе и рассаживайтесь поудобнее, лев Бонифаций приступает. 😉

3. Год был 2013, осень, пятница, скоро домой. Телефонный звонок. “Добрый день, вас беспокоит главный инфекционист академического госпиталя города N. У нас ситуация…”

4. Так мне обычно не звонят. Звонки бывают от врачей-клиников, которым нужно провести исследование какой-нибудь болезни. Или от генетиков с хитрым вопросом.

5. Или от экологов, которым надо промониторить как меняется видовой состав микоризы сосны на дерново-подзолистых почвах через год после пожара.

6. Напрягаюсь.

Врач, слегка взволнованно, объясняет ситуацию.

Гражданин Х пару месяцев назад вернулся из Тайланда, где он поранил руку. Рана не заживала, и он обратился к врачу дома, в Швеции. Эскулапы оказали первую медицинскую, рану очистили и обработали антисептиком.

7. Рана не заживает, кожа вокруг сильно раздражена и зудит. Начала шелушиться кожа. Врачи прописали антибиотики первой линии защиты. Прошло 10 положенных дней. Изменений ноль.

8. Взяли посев. Тест показал резистенцию к нескольким классам антибиотиков сразу. Диагноз - MRSA (метициллинрезистентный золотистый стафилококк). Т.е. все плохо (прогуглите).

9. Что делают шведские врачи в таких случаях? Случай нужно незамедлительно рапортовать в санэпидстанцию, а потом изолировать пациента до заживления раны.
Для всего этого существует протокол, которому наши бюрократопослушные врачи следуют до последней запятой.

10. Не буду врать какие именно в тот протокол входят тесты, т.к. я не врач. Но по определению, один специфический тест, ПЦР на ген mecA должен быть положительным. А вот в этом конкретном случае он негативен…

11. Лирика: mecA у золотистого стафилококка, это именно тот ген который делает его невосприимчивым к антибиотикам. Он, грубо говоря, стоит на страже бактериальной клетки и не дает молекулам того же пенициллина в нее попасть и исполнить свой священный долг.

12. Как его определяют? Тестом ПЦР, полимерaзной цепной реакции. В двух словах - хитрая биохимическая реакция, которая в геноме ищет ген с нужной последовательностью букв. Если она положительна, то ген есть. Если отрицательна, то гена нет.

13.Что имеем: все тесты положительные, кроме самого главного. Значит, по законам бюрократии, у врачей не примут рапорт. КАКИМ МАКАРОМ он негативен и бактерия при этом резистентна - никто не может понять. Переделывали тест несколько раз, с разными параметрами - результат прежний.

14. Нет гена - нет рапорта - пациента нельзя изолировать или перевести в специальное отделение.

15. Врач на другой стороне телефонной трубки имеет картину маслом: мужик бродит по городу с полумиллионным населением, у него отшелушивается кожа, ее ошметки с мультирезистентной бактерией летают по городу, и на перевязку ходит он через общий приемный покой…

16. Дома изолировать его официально нельзя, т.к. госпиталь без бумажки сверху не может/ не хочет выделить медсестру для надзора за ним (визиты, уколы, перевязки), т.к. это стоит ОЧЕНЬ много денег. Ну, вы поняли…

17. Врач: “Дайте мне что-нибудь что я могу ткнуть под нос санэпидстанции.” Выход один - расшифровать геном и понять что это за страшный зверь, который выглядит как MRSA, резистентен как MRSA, но не может быть MRSA по определению.

18. Договорились, что за выходные в госпитале вырастят свежую 12ти часовую культуру и выделят из нее ДНК, а в понедельник с утра к нам.

19. Сейчас, в 2020, такой анализ мы можем сделать менее чем за 6 часов. А тогда, в 2013, нам понадобилось 4 дня.

20. В понедельник мы сделали т.н. геномную библиотеку, т.е. подготовили ДНК к расшифровке (это не быстро). Во вторник отсеквенировали. В среду проанализировали. В 10 часов в четверг у нас на руках был ответ.

21. Эта, не побоюсь этого слова, зараза, таки действительно не имела mecA, от слова вообще. Т.е. ген даже не мутировал, его просто небыло. Но почему тогда она была невосприимчива к антибиотикам???

22. Оказалось, что у заразы этой имелась хитрая плазмида (малюхотная круговая хромосома что часто имеются у бактерий)...

23. На этой плазмиде, как утки на параде, копия за копией, сидел откопипащеный в несколько десятков экземпляров ген, который ращеплял пенициллин (beta-lactamase). Т.е., грубо говоря, эта зараза жрала пенициллин на завтрак.

24. Т.е. у всех MRSA двери в клетку на замке и пенициллин туда не заходит. А у этого гада, пенициллин любезно приглашали вовнутрь и им просто перекусывали.

25. Ну и еще пара интересных мутаций была у той дряни, но те были менее интересные гены. Т.е. они делали ее резистентной и к другим антибиотикам кроме пенициллина, но они довольно банальны. Так же нашли пару признаков по которым можно было подобрать лекарство.

26. Что стало с пациентом? Пока у врачей есть пара последних средств защиты от таких микробов. Тому гражданин выписали весьма зверское средство. Вангую, что проблемы с животом у него потом были нешуточные, и долго. Но он выжил.

27. Если MRSA не лечить, то можно лишиться конечности, заполучить заражение крови, множественный отказ отганов и, в результате, смерть.

28.Сразу после того, как мы сделали весь анализ, звонившая врач сделала специальный рапорт не на MRSA, а на ВRSA(borderline resistant staphylococcus aureus). Хоть какое-то имя дали той заразе, так и уже хорошо. Вследствие рапорта пациента изолировали дома. Никто больше не заболел

29. За время моей работы в геномном центре, мы отсеквенировали сотни (если не тысячи) мультирезистентных штаммов.

30. Синегноек, стрептококков, стафилококков, энтеробактеров, и прочей дряни. Короче, меньше знаешь - лучше спишь. Однако, мы иногда помогаем делать этот мир немножечко более безопасным.

31. Что можете сделать прямо сейчас ВЫ, чтобы изменить мир к лучшему? Говорите с людьми о мультирезистентных микробах.

32. Принимайте антибиотики ТОЛЬКО по назначению врача и ИМЕННО ТАК, как говорит врач. Не выбрасывайте остатки в мусор, и не спускайте в унитаз. Не используйте просроченные антибиотики.

33. Договорились? Тогда - приятных выходных!

34. Много вопросов, куда тогда девать старые антибиотики. В Евросоюзе есть практика, ей минимум 15 лет: старые лекарства сдают в аптеку для переработки. Какие именно правила в бывшем Союзе я, увы, не знаю. Но спросить в аптеке не помешает! Или отправить на сжигание.