Tal día como hoy, 6 de junio 1554, el Emperador y Rey Carlos reconoció como hijo al q sería el héroe de Lepanto. Hijo natural del César y de Bárbara Bloomberg fue bautizado como Jeromín. El rey Felipe II le cambió el nombre a Juan de Austria por parecer "más masculino". (sigue) 
El Emperador y Rey Carlos reconoció a D. Juan como hijo suyo en un codicilo fechado el 6 de junio de 1554: "por quanto estando yo en Alemania, después que embiudé, huve un hijo natural de una mujer soltera, el que se llama Gerónimo".
El Rey Nuestro Señor Felipe II no se enteró de la existencia de su hermano Juan hasta que falleció su padre Carlos y se leyó su testamento. Felipe, siguiendo las indicaciones de su padre Carlos, reconoció al niño como miembro de la Familia Real.
Teniendo unos 4 años de edad, el Emperador y Rey Carlos ordenó que Jeromín se criara a España. Sus primeros años en España los pasó en Leganés, pueblo cercano a Madrid, a cargo de Francisco Massy, violista de la corte imperial, y su mujer Ana de Medina.
A partir del verano de 1554 se hicieron cargo de su educación el mayordomo real Luis de Quijada y su mujer Margarita de Ulloa. D. Juan completó sus estudios en la Universidad de Alcalá de Henares donde coincidió con dos de sus familiares: el príncipe Carlos y Alejandro Farnesio.
Felipe II trató de inclinar a su hermano hacia el sacerdocio a Juan. Fue imposible, pues el hijo natural del César gustaba de gozar de la compañía femenina y más que iniciar una carrera religiosa deseaba con todas fuerzas comenzar la carrera de las armas.
De hecho, enterado en el año 1565 que los turcos estaban asediando la isla de Malta trató de incorporarse a la flota que fue enviada en auxilio maltés a pesar de no contar con la autorización de su hermano. Llegó a viajar a Barcelona con el propósito de embarcarse.
En el año 1568 su hermano le nombró Capitán General del Mar, con mando pleno sobre la Armada del Mediterráneo con la misión de combatir a los corsarios. Durante tres meses recorrió toda la costa y llegó a desembarcar en Orán y Melilla.
La primera operación de relevancia que le fue confiada por el Rey tuvo lugar en tierra firme: sofocó la rebelión de unos 25.000 moriscos en la Alpujarra. En aquellas luchas perdió la vida su otrora tutor Luis de Quesada.
En el año 1571 le fue encomendado a D. Juan de Austria el estandarte de la Liga Santa, la coalición cristiana que hizo frente a la temida flota otomana en Lepanto, "la más alta ocasión que vieron los siglos".
Aconsejado entre otros por Alvaro de Bazán, impuso su plan: buscar la flota turca allá donde estuviera y destruirla, lo cual ocurrió el 7 de octubre de 1571 en el golfo de Lepanto. Con 24 años era un héroe para la cristiandad. Pio V: "Hubo un hombre querido de Dios llamado Juan”.
En la primavera de 1576 accedió al deseo de su hermano de convertirse en gobernador de los Países Bajos, cargo militar a la par que diplomático. La muerte le sobrevino el 1 de octubre de 1578 a los 32 años de edad a causa de unas fiebres tifoideas. Está enterrado en El Escorial.
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