Thread by @eorphelin

⬇️ A dérouler ⬇️

Quelle est la méthode exacte de calcul du R utilisée par le gouvernement et comment la reproduire facilement chez vous pour étudier l’évolution de l’épidémie ?

1/19

Nous avons parlé plusieurs fois du R, de ce qu’il signifie et de différentes démarches pour l’estimer. Si cela vous intéresse, vous pouvez relire ce thread :

https://twitter.com/eorphelin/status/1260274505223745541?s=20

2/19

Le 28 mai, lors de la présentation de la deuxième phase du déconfinement, le Ministre de la Santé Olivier Véran a dévoilé un graphique présentant l’évolution du R tel qu'estimé par le gouvernement

3/19

La question suivante s’est alors posée : comment est calculé ce nombre ?

La méthode est communiquée dans le point épidémiologique de Santé Publique France publié le 4 juin :

santepubliquefrance.fr/maladies-et-tr…

4/19

A la page 11 de celui-ci, on trouve une présentation du «R effectif», au niveau national et régional

5/19

Mais on trouve aussi la présentation de la méthode de calcul

Le R est estimé :
- "Selon la méthode de Cori, avec une fenêtre temporelle mobile de 7 jours"
- A partir du nombre quotidien de passages aux urgences pour suspicion de COVID-19

6/19

Cette « méthode de Cori » est présentée dans un article de 2013 publié dans l’American Journal of Epidemiology intitulé « A New Framework and Software to Estimate Time-Varying Reproduction Numbers During Epidemics », écrit par A. Cori, N. Ferguson, C. Fraser et S. Cauchemez

7/19

Le but de cette étude était de développer un outil robuste et générique pour évaluer le coefficient de reproduction, implémenté notamment… sur Excel.

8/19

Ces chercheurs ont mis à disposition un fichier permettant d’estimer le R – avec la même méthode que celle utilisée le gouvernement.

Celui-ci est disponible à cette adresse : tools.epidemiology.net/EpiEstim.xls

9/19

Je n’ai pas la prétention d’expliquer le fonctionnement de celui-ci ; je ne suis ni épidémiologiste, ni statisticien.

Mais si ce sujet vous intéresse, vous retrouverez l’article à cette adresse : ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/P…

10/19

Revenons-en à notre fichier Excel : son utilisation est expliquée (en anglais) sur l’onglet « Read me »

11/19

Il suffit d’entrer les données sur lesquelles faire le calcul (ici les passages aux urgences pour suspicion COVID-19, disponibles ici : geodes.santepubliquefrance.fr/#c=indicator&f…), de choisir les paramètres… et d’appuyer sur le bouton.

12/19

Une fois l’échelle changée, voici le résultat que l’on obtient, qui se rapproche très fortement de celui présenté par le gouvernement

13/19

Cet outil est simple à utiliser, alors n’hésitez pas à le prendre en main : dans votre région, votre département, vous pouvez utiliser toutes les données disponibles sur geodes.santepubliquefrance.fr/#c=indicator&v… pour essayer d’estimer le R.

14/19

Cette estimation n’est ni une vérité absolue, ni le seul facteur à regarder.

Comme le précise le rapport , « les valeurs de R ne doivent pas être interprétées de façon isolée, mais doivent être mises en perspective avec les autres données épidémiologiques disponibles. »

15/19

Cependant, il est intéressant d’essayer de faire ce calcul, et surtout de parler de ce dernier et de ce qu’il signifie : Je pense que la pédagogie est très importante dans ces temps d’incertitude !

16/19

J’aimerais souligner encore une fois le travail de @santeprevention qui rend de très nombreuses données et analyses disponibles, sur la plateforme Géodes et dans ses points épidémiologiques. Merci beaucoup à eux

17/19

Parmi d'autres exemples, on pourrait citer l’étude Coviprev qui s’intéresse à la santé psychologique des français pendant le confinement… N’hésitez pas à lire tous ces documents qui sont très riches en enseignements

18/19

Merci beaucoup d’avoir pris le temps de lire ce long Thread, j’espère qu’il vous sera utile. Bonne soirée

19/19