Kota ialah perkataan Melayu untuk “kubu”, “pekan”, atau “bandar”.
Selain Jesselton, ada beberapa teori lain tentang nama asal Kota Kinabalu. Yang paling terkenal, seperti yang dinyatakan di atas, ialah Api-Api, atau hanya Api.
Syarikat Borneo Utara British (SBUB) telah mengasaskan sebuah penempatan kecil di kawasan yang dikenali sebagai Teluk Gaya yang didiami oleh suku kaum Bajau.
Ketika Perang Dunia Kedua, British telah membakar bandar Jesselton untuk mengelakkannya jatuh ke tangan Jepun. Ketika pendudukan Tentera Jepun nama Jesselton telah ditukar kepada Api.
Selepas perang tamat, SBUB kembali untuk mentadbir Jesselton tetapi tidak mampu untuk membiayai kos pembinaan semula yang sangat besar. Kawalan Borneo Utara diserahkan kepada Mahkota British (British Crown Colony) pada 15 Julai 1946.