Esta semana iniciamos en @CayetanoHeredia el proyecto de vigilancia genómica de coronavirus en Perú. Secuenciaremos 1,000 genomas de SARS-CoV-2 para estudiar la transmisión y evolución del virus en los primeros meses de la epidemia. #CienciaPeruana #TusImpuestosEnAccion (1)
Esta es una colaboración con @TropicalesUPCH @PUCP e @INS_Peru. Nos apoyan investigadores del @sangerinstitute @MRCClimb de Inglaterra y @UAntwerpen de Bélgica. Financian @FondecytPeru y @VLIRUOS. (2)
Nuestro objetivo es establecer un sistema de procesamiento, secuenciamiento y análisis de genomas de SARS-CoV-2 para generar información epidemiológica que sea interpretable y accionable por organismos de salud pública. (3)
Somos un equipo de biólogxs, veterinarixs, epidemiólogxs, tecnólogxs y médicxs de @CayetanoHeredia, @UNMSM_ @UPeUOficial y @UNFVoficial que aportan experiencia en biología molecular, bioinformática, evolución y control de enfermedades infecciosas. (4) 
Creemos que la Ciencia debe ser abierta, diversa y colaborativa. Especialmente en tiempos de pandemia. (5)
Pero, ¿Qué es un genoma? ¿Y por qué es importante tener genomas peruanos? Mi colega @quipupe lo explica muy bien en este hilo: (6)
A la fecha, 90 países han compartido 66,000+ genomas de coronavirus. Esta semana, con un poco de presión en twitter, el @INS_Peru compartió 10 genomas de los primeros casos peruanos en marzo. Es un avance y espero compartan más secuencias en los siguientes días. (7)
¿Para qué queremos 1,000 secuencias? Necesitamos muchos genomas más para entender la epidemia de un país con 340,000 casos (sub)reportados. Este gráfico de @nextstrain indica que sólo 11 de 705 genomas de Sudamérica provienen de Perú. Queremos cambiar eso. (8)
Los países que han invertido en vigilancia genómica pueden entender mejor sus epidemias y utilizan esta información para guiar la toma de decisiones, como en el caso de los Países Bajos. nature.com/articles/s4159… (9)
También ha permitido estudiar el inicio de epidemias en Nueva York (science.sciencemag.org/content/369/65…), Islandia (nejm.org/doi/full/10.10…) y Brasil (medrxiv.org/content/10.110…) y varios otros países (10)
¿Por qué empezamos recién en Julio?¿No deberíamos tener ya esa información? Iniciar un proyecto en tiempos de Covid requiere aprobación de fondos, acuerdos de transferencias de muestras, adecuación de laboratorios y compra de reactivos que tardan 4-6 semanas en llegar a Lima (11)
Esta semana recibimos todos los reactivos e @INS_Peru nos transfirió las primeras 120 muestras de pacientes positivos. ¡Con esto empezamos! (12)
¿Cuál es el costo por muestra? En Perú, unos $150 por genoma. Un motivo más para colaborar y compartir datos. Estamos trabajando con la capa de @MarianaLeguia en @PUCP en optimizar el protocolo, reducir costos y adecuarnos a reactivos disponibles en el mercado local. (13)
También queremos descentralizar la vigilancia y crear una red de laboratorios regionales que nos ayuden a estudiar brotes locales y futuras epidemias utilizando nuevas tecnologías de secuenciamiento portátil. (14)
En octubre organizaremos en UPCH un taller gratuito de 4 días para capacitar a equipos de diagnóstico de otras instituciones y regiones. DM si tienen acceso a muestras en sus laboratorios y desean colaborar con nosotros. (15)
Esperamos tener las primeros 100 genomas y análisis preliminares en un mes. Desde aquí nos comprometemos a subir todos los datos a repositorios públicos (previo QC, claro) y colaborar con otros grupos que quieran trabajar con estos datos. (16)
Para más información del proyecto, les dejo esta entrevista con @ConcytecPeru de hace unas semanas. (17)
Todo mi agradecimiento a @quipupe @reymonera @davilabarclay @Guillermo_S_S_R @chrisdelgador @MarianaLeguia y al resto de este increíble equipo de trabajo. Seguiremos informando. (18)
