Parece que tenemos una nueva variante del covid made in Peru. Se llama omicron DJ.1, ha estado creciendo en las últimas semanas y podría estar detrás de la ola actual de casos.🧵

1/n Este análisis se basa en el último set de #datosabiertos disponibles para Perú, generado por lxs colegas de @INS_Peru y compartidos en @GISAID. Llegan hasta la última semana octubre y se suben nuevas secuencias todas las semanas.

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Hace un par de semanas, luego de 2.5 años de cuidados, llegó el covid a esta casa. Aquí la experiencia de un científico ligeramente obsesionado con el virus.
🧵 Mi esposa y mi suegro fueron los primeros en caer. Un análisis poco riguroso de entrevistas y rastreo de contactos sugiere que se contagiaron 4 días antes, durante un pandero en un chifa de la Av. Aviación: 4 personas en la mesa dieron positivo.

Los casos de covid aumentan en todo el mundo debido a las nuevas sub-variantes de Omicron. Se anticipa un pico menor de casos y hospitalizaciones que a inicios de año porque las vacunas y la inmunidad colectiva están haciendo su trabajo.

Un hilo.

1/n Desde que 'saltó' de un hospedero animal a un humano hace casi 3 años, el virus SC-2 ha ido acumulando cambios en su genoma que le permite transmitirse cada vez mejor en la población humana.
nextstrain.org/ncov/gisaid/gl…

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Hace dos años propusimos un plan para crear una red de vigilancia genómica de SARS-CoV-2 en Perú. Este mes cerramos el proyecto y agotamos los últimos recursos disponibles. Va un resumen del trabajo y lecciones aprendidas en dos años de estudiar genomas en pandemia. 🧵
1/24 Este post se basa en nuestra presentación hace unas semanas en el evento organizado por @Concytec y @UKinPeru. Aquí la nota de prensa.
gob.pe/institucion/co…
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Hace un mes nos enteramos de la existencia de Omicron. Hoy, está en 90+ países, creciendo exponencialmente en los que pueden pueden registrarlo. También sabemos un poco más sobre la nueva variante, y esto no pinta nada bien para las próximas semanas. 🧵
1/n Primero: La evidencia es preliminar y aún es temprano para sacar conclusiones definitvas. Mi interpretación de los datos puede ser pesimista y es posible que el impacto de Omicron sea menor al del resto de variantes. Pero ante la incertidumbre prefiero actuar con cautela.
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Sabemos muy poco sobre la nueva variante Omicron / B.1.1.529. Va un resumen de la limitada evidencia disponible y por qué, en mi opinión, debemos ser cautos pero no alarmistas sobre su llegada a la región.
1/24🧵 2. Los primeros casos de un nuevo linaje llamado B.1.529 se reportaron en muestras colectadas en Sudáfrica y Botswana el 12-20 de noviembre.

https://twitter.com/nicd_sa/status/1463833794276900864

Tomó un tiempo, pero Delta ya es la variante de SARS-CoV-2 que domina en Sudamérica. Y ahora, ¿Qué sigue en los próximos meses?
1/n 🧵 2. La llegada de Delta a desde junio coincide con una caída sostenida de nuevos casos luego de los picos de abril-mayo en varios países de la región. Nuestra calma actual contrasta con la alarmante situación de varios países de Europa.

Va un resumen sobre Mu, Lambda, Gamma y otras variantes de SARS-CoV-2 de origen Sudamericano, y una discusión sobre cómo éstas pueden competir con Delta en las próximas semanas.
1. América Latina ha sido un epicentro de COVID-19 desde inicios de la pandemia. Tenemos un 8% de la población mundial (660M) pero acumulamos más del 25% de muertes por COVID (1.4M).
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Hello from Peru. Recently, there's been some buzz about Lambda, Mu, and variants coming out of South America. Here's a summary of the variant landscape in the region where Delta is yet to dominate (but will soon), as we prepare for a new wave of cases in the following weeks.
1/n Let me first bring your attention to Latin America, an epicenter for COVID-19 since the start of the pandemic. We have around 8% of the world population (660M) yet accumulate 25+% (1.4M) of COVID deaths.
ft.com/content/a2901c…
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Hace un mes reportamos una nueva variante de SARS-CoV-2 que se expande rápidamente en Sudamérica. Le llamamos C.37, aunque algunos ya le llaman "variante andina". Les cuento lo que sabemos hasta hoy.
1/25 Empecemos diciendo que preferimos no llamar a las variantes SARS-CoV-2 por su país de orígen (británica, sudafricana, etc) ya que asume que la evolución de variantes es responsabilidad de estos países y alimenta nacionalismos innecesarios en respuesta a un desafío global.
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Esta semana reportamos la identificación de un nuevo linaje (variante) de SARS-CoV-2 que parece expandirse rápidamente en Perú y Chile. Le llamamos C.37. Les cuento lo que sabemos y no sabemos al respecto. 🧵
1/25 El anuncio fue publicado en virological.org, donde virólogos de todo el mundo discuten sus resultados preliminares. No es un pre-print, no ha sido revisado por pares y requerimos más datos para verificar estas observaciones. bit.ly/3gyZZBZ
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Concytec financiará el proyecto de #VigilanciaGenomica de SARS-CoV-2. ¡Gracias! Los fondos permitirán mantener el equipo de trabajo y secuenciar 1,500 genomas en 2021 en laboratorios académicos de Lima, Arequipa y Chachapoyas. 🧵
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bit.ly/3ct1KgE 2/12
Entre marzo 2020 y enero 2021, INS y UPCH han generado 970+ genomas de casos en 16 regiones. Reportamos 49 linajes circulantes, incluyendo B.1.1.7 🇬🇧 y P.1 🇧🇷. Pueden explorar los datos en la página de @nextstrain que mantiene @quipupe

bit.ly/3bKfe8w

Sobre vigilancia genómica y variantes importadas vs. variantes locales del virus. 🧵
1/13 El secuenciamiento genómico nos sirve para detectar el ingreso de las nuevas variantes B.1.1.7 🇬🇧, B.1.351 🇿🇦 y P.1 🇧🇷, pero también para monitorear la transmisión y evolución de las *cientos* de variantes que ya circulan activamente en el país desde hace meses.
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Esta semana generamos 89 genomas SARS-CoV-2 de casos en Lima del 10-13 de diciembre 2020. Identificamos 16 linajes y NO encontramos las variantes de interés B.1.1.7 (UK), B.1.351 (Sudáfrica) o P.1 (Brasil). Las secuencias ya se encuentran en @GISAID.
1/15 Con esto sumamos 440 genomas peruanos publicados. Pueden explorar los datos en este build de @nextstrain creado por @quipupe.
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nextstrain.org/community/quip…

Algunos comentarios post-anuncio del @Minsa_Peru sobre la variante británica del virus #B117 en Perú. 1/12 El genoma fue secuenciado en los laboratorios de @INS_Peru Entiendo que están trabajando con @DGE_MINSA y tienen acceso a muestras de viajeros que recientemente dieron positivo + sus contactos. 2/12

Sobre vigilancia genómica del coronavirus y la nueva variante del Reino Unido.
Resumen: La estamos buscando pero se acabaron los fondos. #SinCienciaNoHayFuturo🇵🇪
1/n La vigilancia genómica es el análisis sistemático de genomas de patógenos para entender su evolución y transmisión a escala local e internacional. nytimes.com/es/interactive…
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A 2+ meses de iniciar el proyecto de vigilancia genómica, el equipo en @CayetanoHeredia ha secuenciado 131 genomas peruanos de SARS-CoV-2 de marzo-agosto 2020. Junto a 146 secuencias del @INS_PERU nos permiten entender los eventos iniciales de la pandemia en Perú. 1/ El proyecto inició como una colaboración con @PUCP e INS. Ahora se suman @UNMSM_, @UNSA_Oficial de Arequipa, @untrm de Chachapoyas, @tumigenomics y el @sangerinstitute de Inglaterra. Financian @FondecytPeru, @VLIRUOS y @IDB_Lab 2/

Esta semana iniciamos en @CayetanoHeredia el proyecto de vigilancia genómica de coronavirus en Perú. Secuenciaremos 1,000 genomas de SARS-CoV-2 para estudiar la transmisión y evolución del virus en los primeros meses de la epidemia. #CienciaPeruana #TusImpuestosEnAccion (1) Esta es una colaboración con @TropicalesUPCH @PUCP e @INS_Peru. Nos apoyan investigadores del @sangerinstitute @MRCClimb de Inglaterra y @UAntwerpen de Bélgica. Financian @FondecytPeru y @VLIRUOS. (2)