“En la nao Victoria, en el mar Pacífico, a un grado de la línea equinoccial, a veinte e seis días del mes de julio, año del Señor de mil e quinientos e veinte e seis e en presencia de mi, Iñigo Cortés de Perea, Contador de la dicha Nao Capitana…”
En esta trágica expedición hacia las Molucas, Urdaneta era muy joven, 16 ó 17 años, y se embarcó como paje o grumete, al lado de Elcano y absorbiendo conocimientos.
A la iglesia de Nuestra Señora de Heçiar lega “cuarenta ducados de oro para que hagan con ellos unos ornamentos…"
No se casó aunque tuvo diversos amoríos y descendencia.
En su testamento cita en primer lugar a María Hernández de Hernialde, y lo hace de manera muy gráfica, “madre de Domingo del Cano, mi hijo, cient ducados de oro por cuanto seyendo moza virgen hube…”
Juan Sebastián Elcano detalla en su testamento todos los bienes y objetos que posee, dando precisas instrucciones sobre su destino. También concreta la cantidad que según él le debe su Majestad, 1.484 ducados, una elevada cuantía.
Por los documentos que se conservan, sabemos que su madre, Catalina del Puerto, fue una mujer muy longeva para la época y vivió al menos 30 años más.