Fernández fue el fundador del Instituto Venezolano de Neurología e Investigaciones Cerebrales (IVNIC), precursor del actual Instituto Venezolano de Investigaciones
En el año 1954, Fernández vuelve a Caracas y convence a Pérez Jiménez sobre fundar el Instituto Venezolano de Neurología e Investigaciones Cerebrales (IVNIC), en el hermoso paisaje de Altos de Pipe (estado Miranda). Allí se creó la Biblioteca Científica
El 13 de enero de 1958, el entonces presidente Pérez Jiménez removió al General Néstor Prato Chacón como Ministro de Educación para nombrarlo Jefe
En 1962, Fernández fue contratado como profesor del Departamento de Biofísica de la Universidad de Chicago. donde concibió y desarrolló el ultramicroscopio electrónico de alta
En 1960 propuso por primera vez observar directamente muestras hidratadas congeladas (frozen-hydrated), construyendo el primer crio-microscopio electrónico y el primer crio-portamuestra, con lo que introduce el concepto de crio-microscopía electrónica
•Título de caballero de la Orden de la Estrella Polar, conferida por el rey de Suecia.
•Medalla Claude Bernard, entregada por la universidad de Montreal.
•Premio Médico del Año, otorgado por la universidad de Cambridge.
•Medalla John Scott 1967
•Centro de Biología Estructural Humberto Fernández del IVIC.
•Escuela Básica Estatal "Humberto Fernández" en Maracaibo.