Thread by @EdMalagaTrillo

Con gran satisfacción comparto el último avance de nuestro proyecto de pruebas moleculares rápidas UPCH/UPC. Luego de confirmar el funcionamiento exitoso del prototipo el 18.06 nos abocamos a:

-iniciar su validación analítica (fase 1)

-planificar la validación clínica (fase 2)

Estas fases se llevan a cabo usando muestras clínicas de pacientes, a fin de obtener cuantitativamente el límite de detección del método y con que eficiencia reconoce el material genético viral

La madrugada de ayer superamos con éxito la fase 1. La data completa y análisis se presentarán en breve al INS. Junto con la data de fase 2, se incluirán en un preprint que someteremos a revisión por pares en una revista internacional indexada. Mientras tanto un breve adelanto:

La fase 1 inició el 1 de Julio luego de recibir del INS 100 muestras de hisopado de pacientes COVID peruanos, previamente analizadas por ellos usando el método "gold standard" (PCR en tiempo real)

El primer paso fue evaluar y documentar el estado de las muestras de hisopado recibidas. Por su aspecto, color y consistencia, resulta evidente su heterogeneidad (ejemplos selectos)

Luego se extrajo el material genético de las muestras utilizando métodos automatizados (robot) y se evaluó su calidad, concentración e integridad por medio de PCRs convencionales

Después de ello, confirmamos la presencia de 39 muestras positivas para SARS-CoV-2 por medio de experimentos de PCR tiempo real (kits diagnósticos certificados), con las réplicas, reproducciones y controles apropiados

A continuación procedimos a procesar las mismas muestras con nuestro método (amplificación isotérmica + detección CRISPR-Cas, además de verificarlos también por PCR convencional y electroforesis de agarosa

Principales resultados:

1. Concordancia total con el gold standard: 39 muestras positivas de 100 para genes virales y 98 para genes humanos (control de calidad de la muestra)

2. Sensibilidad: 100% (39/39). Especificidad: 100% (98/98)

3. Límite de detección: 50 copias virales / microlitro. Detección confiable de cargas virales altas, medias y bajas

4. Las dos muestras negativas para genes humanos indican la posible mala conservación de las correspondientes muestras originales de hisopado y abren la posibilidad de hasta un 2% de falsos negativos en el análisis del INS

5. El hallazgo de 39 muestras positivas para SARS-CoV-2 es importante porque según los registros del INS, deberían ser 50. Se concluye la presencia de 11 falsos positivos (22%) en el análisis del INS, posiblemente por heterogeneidad en el procesamiento de las muestras

Esto es consistente con resultados de otros colegas que analizaron muestras del INS y reportaron conclusiones similares el viernes pasado (ver más abajo)

6. La presencia de estos falsos positivos podría aclararse verificando la data clínica de dichos pacientes. Sin embargo, fuimos informados que debido a la diversidad del origen de las muestras tomadas por el INS, esa data es incompleta y en algunos casos errónea. Verificaremos

7. Ademas de esta validación, nos alegramos de reportar que la producción local de enzimas para estos procedimientos funciona perfectamente en el lab de @pmilonma, con calidad comprobada comparable a las enzimas comerciales

8. En este punto quiero agradecer especial y sinceramente a nuestro Pelotón COVID UPCH, que sorteó contratiempos inimaginables y trabajó sacrificadamente, día y noche las últimas semanas para llegar a este resultado, que no es el final pero sí nos acerca a la meta

Es extraordinario que estos cuatro jóvenes biólogos aún sin doctorado hayan sacado adelante un proyecto tan complejo que en otros países involucraría a equipos grandes de postdocs y científicos senior. Sin mencionar que son voluntarios y han asumido riesgos considerables

Con respecto a la validación clínica (fase 2), estamos aún a la espera de lograr una hoja de ruta por parte de DIGEMID y el INS. Después de muchos traspiés, felizmente el viernes tuvimos una reunión con colegas investigadores y con ambas instituciones

Estas mostraron gran disposición y se comprometieron a resolver el tema a la brevedad. Los investigadores contaron sus experiencias y supimos también de primera mano que la prueba del INS no entra aún a fase de validación, como se había entendido. Próxima reunión: este martes

Cuando esto haya sido resuelto, podremos retomar los pedidos de financiamiento a privados (YA NO TENEMOS FONDOS) y el convenio con @EsSaludPeru para fase 2 con muestras de saliva

Mientras tanto, seguimos avanzando con las gestiones para la producción masiva, distribución y comercialización, a cargo de empresas privadas lideradas por AC FARMA y con el apoyo en transferencia tecnológica de nuestras universidades

En nombre de nuestros cuatro laboratorios @malagatrillolab, @pmilonma, @cguerrag, #VanessaAdaui, y nuestro colaborador en USA @PiereBiophysics, agradecemos sinceramente el constante apoyo y aliento recibidos, y reiteramos nuestro compromiso de sacar adelante esta iniciativa 🇵🇪