Cell type composition is really a key factor for expression variation across tissues. We show that cell type interaction QTLs resolve multiple eQTLs for the same gene, and the improved resolution adds many new GWAS colocalizations.
@silvakasela mapped population-biased eQTLs for the main paper, finding a handful where effect size differs between Eur/Afr Americans. She also showed the convergence of disease signal for eQTLs & sQTLs and eQTLs & rare coding variants for the same gene.
Different variants with a different molecular effect on a gene showing a concordant GWAS signal is really exciting: such genes are gold-standard causal genes with multiple lines of info, and indicate potential for allelic series of the relationship b\w molecular vs GWAS effect.
@EliseScience described in the main paper how a breast cancer eQTL for CBX8 seems to be due to a SNP that disrupts EGR1 binding. She also showed that eQTL effect size & eGene expression often (anti)correlate: the strongest eQTL can be in the lowest expr tissue or the opposite.
In a @GenomeMedicine companion, Margot Brandt led the work to experimentally test GTEx eQTLs and nonsense variants. With an allelic polyclonal CRISPR assay, we were able to see eQTL effects and esp nonsense-mediated decay, including in Mendelian genes. genomemedicine.biomedcentral.com/articles/10.11…
@stephanecastel led the tissue-specificity work of the main paper. His thread has more details; one highlight is that sQTLs are more shared than eQTLs - likely because of higher tissue sharing of post-transcriptional effects gene regulation.
We also contributed to the sex specificity paper, led by Meritxell Oliva and @be_stranger, with @skimhellmuth leading the sex-interacting eQTL mapping. One of the highlights for me was seeing how cell type composition underlies sex interactions. science.sciencemag.org/lookup/doi/10.…
I also just learned that the @GenomeBiology and @GenomeMedicine papers aren't online yet, so you may need to wait a while (they should be up in 24h if not before).
• • •
Missing some Tweet in this thread? You can try to
force a refresh
Tässä THL:n Leinon haastattelussa Yle:lle kiteytyy niin monta pielessä olevaa ajattelumallia ja virhellistä tietoa, että itsekin hämmästyin - vaikka odotukset eivät ole korkealla. Perataanpa tätä vähän. 🧵
Hihaan yskiminen ja käsienpesu ovat hyviä juttuja, mutta eivät auta pääasiassa ilmalevitteistä tautia vastaan. Yksilön pääasiallinen keino suojautua koronalta on tunkkaisen ilman välttely ja/tai hyvinistuva FFP2-maski. Miten THL ei saa tätä suoraan sanottua?
Leino antaa pariin otteeseen ymmärtää, että nykymenon ainoa vaihtoehto ovat kokoontumisrajoitukset. Tämä on olkiukko ja puhdas vale, jota THL on toki viljellyt vuosikausia.
En kannata Kiinasta tulevien testauspakkoa ja matkustusrajoituksia. Koko länsimaailma kuhisee koronaa omasta takaa siinä määrin, että matkailijoiden tartunnat ovat pisara meressä. Testauspakko on poliittista teatteria, jolla yritetään kääntää huomio omista epäonnistumisista. 🧵👇
Lasketaanpa esimerkki: Jos EU:n 450M asukkaasta esim. 1% saisi koronatartunnan per viikko = 4.5M kotoperäistä tartuntaa. Kiinan matkailijoiden pitäisi tuoda satojatuhansia tartuntoja viikossa, jotta nämä luvut edes värähtäisivät ylöspäin. Tämä ei ole realistista. Pisara meressä.
Ulkoa tulevien tartuntojen minimointi on tärkeää, jos epidemia yritetään paikallisesti tukahduttaa. Mutta jos epidemia laukkaa vapaana, matkustusrajoituksilla ja rajatestauksella ei saavuteta muuta kuin resurssien haaskausta, turhaa byrokratiaa ja ihmisten kiusaamista.
Helsingin Sanomat jatkaa tutulla pandemialinjallaan: koronan vaikutusten systemaattista vähättelyä tarkoin valituin sanakääntein, logiikka- ja asiavirheitä, ja Eroon koronasta -verkoston mustamaalaamista virheellisin väittein. 🧵 @AMutanenhs.fi/tiede/art-2000…
Hesarin pääteesi on yli vuoden ollut "Pandemian on ohi, tartunnoista ei ole enää vaaraa", mutta nyt hälyyttävien kuolleisuuslukujen kiusallisessa valossa on saumattomasti siirrytty selittämään, että totta kai pandemiassa kuollaan edelleen, se on ihan odotettua.
Kirjoitus sisältää sekamelskan erinäisiä ylikuolleisuusarvioita eri tahoilta, yrittäen esittää asian kovin monimutkaisena ja epäselvänä. Tosiasiassa näistä kaikista loistaa kirkkaasti selvä lopputulos: Suomessa on huomattavaa ylikuolleisuutta. Tästä ei ole epäselvyyttä.
Olin New Yorkissa. Siellä korona ei ole ohi, vaikka varsinaisia rajoituksia ei juuri ole. Kukaan ei puhu luonnonbuustereista ja lapsille vaarattomasta taudista, ja tartuntoja pyritään ehkäisemään suht haitattomien suojatoimien avulla. 🧵 kuinka asioita voi tehdä toisin kuin 🇫🇮🇸🇪:
1) Maskeja käytetään edelleen hyvin laajalti (80%+) joukkoliikenteessä ja ruuhkaisemmissa sisätiloissa, näistä suurin osa FFP2. Uuden omikron-aallon myötä työpaikalla palautettiin maskipakko, suosituksena FFP2; sitä ennenkin aika moni piti maskia töissä.
2) Työpaikan jokaisessa kahvihuoneessa hurisee ilmanpuhdistin, ja työpaikat on lailla velvoitettu huolehtimaan ilmahygieniasta. Myös monet kaupat, baarit ym. pitävät tarkkaan huolta tuuletuksesta; kantapaikassamme on ollut kaksi isoa puhdistinta nyt jo kaksi vuotta.
Salmisen ja @THLorg koronalinjaukset ovat järkyttäviä ja vastoin kahden vuoden aikana kertynyttä parempaa tietoa. Mitään ei muka 1) tarvitse eikä 2) voida tehdä sille, että epidemia tappaa laajalti ja tekee tuhoa yhteiskunnassa. hs.fi/kotimaa/art-20… verkkouutiset.fi/a/koronakuolem…
Suuri kuolleisuus ei heitä huolestuta, koska suurin osa on iäkkäitä ja/tai sairaita. Mutta heilläkin on oikeus elämään ja terveyden suojeluun. THL:n maalailema kuva ihan viimeisillään kituvien menehtymisestä ei edes näytä pitävän paikkaansa:
Kuolemien vähättelyn lisäksi sivuutetaan koronatartuntojen muut terveysvaikutukset: akuutti tauti joka on monelle varsin ikävä, sairaaloiden kuormitus, long covid... Epidemia on iso kansantarveydellinen taakka, josta välittäminen on THL:n lakisääteinen tehtävä.
Sekavan koronastrategian taustalla on osittain se, että keskipitkän tähtäimen näkymät ovat sumeat. Kukaan ei tiedä, mitä vuosina 2022-2023 on edessä, mutta joitakin skenaarioita voimme hahmotella. Kuinka toivotaan parasta mutta valmistaudutaan pahempaankin: 🧵
1) On mahdollista, että tulevien varianttien ja immuniteetin yhdistelmä ei jatkossa tuota uusia isoja, yhteiskuntaa vahingoittavia aaltoja 🤞. Mutta ei ole käsittääkseni mitään merkkejä, että viruksen evoluutio on saavuttanut lakipisteensä. Immuniteetin hiipuminen on jo koettu.
Esimerkiksi Ruotsissa on 06/2020 lähtien toivottu, että immuniteetti (tartunnoista ja sittemmin myös rokotteista) säästää tulevilta aalloilta, mutta pettymys seuraa toistaan. Toivon todellakin, että isot aallot ovat omikronin jälkeen ohi, mutta tämän varaan on vaarallista laskea.