Israel: What went wrong?

How did we come to lead the COVID-19 cases chart? What caused the 2nd wave, why was it so bad, and is the lockdown working?

A thread on Israel, the first country to impose a second lockdown, with lots of (don’t do) lessons to teach the world

@EricTopol Image
I will start with a summary of the key take-homes:

1. Don’t open schools with a high number of daily cases and high infection rates (R-naught around 1). This will fuel a further surge, and anyway be ineffective due to many quarantines of kids and teachers
2. Don’t manage the pandemic based on the capacity of your healthcare system. You are bound to reach it. At that point, the outbreak will reach record levels, a high death toll, lockdown will be needed, and it will take very long to bring the numbers down. Act early
3. An outbreak in the younger population will inevitably reach the elderly within weeks
4. An outbreak in some cities will inevitably spread to other cities, due to population mixing. We had localized outbreaks but could not implement differential lockdown due to political reasons, and they eventually spread
5. In a heterogeneous population, lockdowns can have different effects on different groups due to different behaviors of these populations. Two weeks into the lockdown, the outbreak halted in the general population but continues to spread in the Orthodox
Now in detail. Zooming in, following a rise to 1500 daily cases, far more than the first wave, the government imposed restrictions on gatherings, after which we saw stability, which we all said is too high and fragile Image
Indeed, it was fragile and unfortunately “broke” upwards. The trigger was the opening of schools. First the orthodox boys, where positivity rate surged from 5% to 25% just 7–10 days after their opening

But two weeks later, the outbreak in the young spread to the older orthodox Image
This graph of testing positivity rates in orthodox men clearly shows the spread, across time, within the orthodox population, from the young to the old Image
And the spread also reached orthodox women, with lower positivity rates but still very high, above 20% across most age groups Image
Schools in the general population also resulted in further outbreaks. Many cases were found, many teachers and tens of thousands of kids were quarantined so schooling was both ineffective as well as sparked further outbreaks
Not surprisingly, critical cases in hospitals accumulated. Around mid-July, with 200 critically ill, a major concern rose around reaching 800, the maximal capacity that the ministry of health set, above which care will deteriorate Image
In view of this concern, we developed a model for predicting the future number of critically ill patients we expect in hospitals. Incredible work by my students @H_Rossman & @tomer1812!

I will elaborate, as our model can be useful for others until we find time to write it up
We first had to decide how far in the future we predict. We reasoned that it is relatively easy to predict how many of those infected will become critically ill, because we can use past data on the time it takes someone to become critically ill >>>
This turns out to depend heavily on age and gender, as in this graph, and the probability of becoming critically ill also decreases by >50% after 5 days from testing positive Image
So based on this, it seemed that it should be relatively easy to predict one week ahead. This also matches the rough approximation of 2–3% of those infected becoming critically ill within 8 days, as we saw in Israel throughout the pandemic Image
On the other hand, to predict more than a week ahead you need to predict future infections and that’s hard… it depends on people’s behavior, government actions, and so many other unknowns. So we decided to focus on the modest task of predicting just one week ahead
We reasoned that we could go from cases to how many newly critically ill patients there will be. We then had to model the rate of release from a critically ill status to either recovery or death. We learned these rates from hospitalisation data Image
Overall the model has two parts and is quite simple. Given the COVID-19 positive cases, we predict how many will be critically ill, and from there the transitions to death, recovery, and ventilated states Image
This model works surprisingly well!

Since August, we posted 14 predictions on Twitter, always a week in advance. All are on my Tweeter feed

Except for one prediction early on, all predictions were within the range we gave, with an average error of 17 critically ill patients Image
As cases were rising and were at 1500 in mid-July, we also used the model to assess how many daily infected people Israel can handle without reaching its capacity of 800 critically ill patients
@RonnyLinder wrote about our analysis that we could reach 4000 daily cases at steady state and still not reach the limit. At the time, with “only” 1500 which was considered very high, 4000 sounded crazy

Israel did get there and it was still below capacity as we predicted Image
This is the story (Hebrew) themarker.com/coronavirus/.p…
Given the accuracy of the predictions, our model was adopted and presented (still is) regularly to the government
As the outbreak continued, on Sep. 17, still with 500 critically ill, we predicted that even if with a strict lockdown then, we will still rise to 900–1000 critically ill, as it will take time for the lockdown to lower cases and then more until the critically ill will drop
We are now three weeks after that prediction and we are indeed above 900 critically ill patients

The story (in Hebrew)
themarker.com/coronavirus/.p…
Our dire prediction, along with several other bad indicators, finally pushed the government to implement its second lockdown on Sep. 19, the Jewish New Year’s eve. One week later, it further tightened the lockdown to a very strict one
Two weeks into the lockdown, is it working?

Yes

The rise in cases stopped. The rate of decline is lower than the first lockdown but the trend is downward, both in cases and in the more reliable measure of new critically ill patients ImageImage
However, when breaking this into populations, the effect of the lockdown is clear in both the Arab and general population, but the cases in the orthodox population continue to rise Image
Per capita, Orthodox have 5 times more cases than the general population, and despite being 12% of the population, they currently account for 45% of all cases
As expected from the time delay, the number of critically ill is still rising in both the general and Orthodox population, but more sharply in the Orthodox population Image
The amount of unaccounted for cases in the Orthodox population is also very high, evident by their very high testing positivity rate which reached 25% in both the first wave and currently Image
Finally, by mobility data, we also see the effect of the lockdown, with a 60% decline, somewhat less than the 75% decline following the first lockdown. There is some variability between cities, especially touristic cities like Eilat with >80% decline Image
Where is this going?

Eventually the numbers will go down, and hopefully we will be smarter in following a strategy for safely exiting this lockdown which is being devised these days

Last time we did not have an exit strategy...

• • •

Missing some Tweet in this thread? You can try to force a refresh
 

Keep Current with Eran Segal

Eran Segal Profile picture

Stay in touch and get notified when new unrolls are available from this author!

Read all threads

This Thread may be Removed Anytime!

PDF

Twitter may remove this content at anytime! Save it as PDF for later use!

Try unrolling a thread yourself!

how to unroll video
  1. Follow @ThreadReaderApp to mention us!

  2. From a Twitter thread mention us with a keyword "unroll"
@threadreaderapp unroll

Practice here first or read more on our help page!

More from @segal_eran

18 Sep
החלטת ה-FDA תואמת את המסקנות מישראל לגבי דעיכת החיסון והצורך במנה 3, ולכן תומכת במדיניות כאן של פקיעת התוקף של התו הירוק כעבור 6 חודשים מ-2 מנות החיסון הראשונות

לראיה, ה-FDA ממליץ לחסן בני 65+ ועובדי בריאות >>>
ארה״ב חיסנו כ-3 חודשים אחרינו, ולכן הדעיכה אצל היותר צעירים פחות נראית שם בינתיים. זה יגיע, וסביר שאז גם הם ימליצו לצעירים יותר על מנה 3 >>>
ההמלצה של ה-FDA לחסן עובדי בריאות תביא לחיסון של הרבה צעירים ואז גם לארה״ב יהיו נתוני בטיחות משלהם. סביר שבדומה לכאן הם יראו שהחיסון בטוח בצעירים וזה יעזור להם בקבלת ההחלטה. גם בישראל התהליך בוצע בהדרגה ומשראו שהחיסון בטוח הרחיבו אותו לצעירים יותר >>>
Read 6 tweets
30 Aug
זה תרחיש הבלימה שהצגנו לקבינט ב-10 לאוגוסט, לפני שהתחילה הירידה במקדם

הניתוח התבסס על השפעת החיסונים והמחלימים שאסביר כאן

הערכת התרחיש הייתה שנהיה מתחת לסף הספיקה, אם הבוסטר יורחב לגילאי 40+

בינתיים התחלואה יורדת אפילו מהר יותר מהתרחיש, נקווה שימשיך ככה >>>
בהסבר פשטני, הניתוח הניח שדרושים עוד כ-1.2 מיליון מוגנים (מחלימים או מחוסנים) כדי להוריד את מקדם ההדבקה ב-20% מ-1.3 (הערך בגל דלתא) לאזור 1 (בלימה)

למה 1.2 מיליון ואיך מגיעים לשם? >>>
1.2 מיליון כי הערכנו שאפקטיבית, יש כ-6 מיליון שמפשטים את המגיפה (למה 6 מיליון מוסבר למטה), ואם 20% מהם יהיו מוגנים אז זה שקול לכך שכל אדם פוגש 20% פחות אנשים שמפשטים את המגפה ולכן המקדם R (מספר האנשים שמאומת מדביק בממוצע) יורד ב-20% >>>
Read 9 tweets
7 Aug
מי שחושב שאם רק היה כאן תו ירוק מוקדם יותר היינו במקום אחר כנראה לא היה לאחרונה בארוע או בקניון

צריך תו ירוק, מתוך תקווה שזה יאט במשהו ואולי יביא עוד מתחסנים אבל נאיבי לחשוב שזה היה מביא את הבלימה

הכשל העיקרי הוא בזה שיש עדיין 1.1 מיליון לא מחוסנים >>>
בזבזנו חודשיים יקרים, כי עם שיעור גבוה של מתחסנים מתוך ה-1.1 מליון היינו במקום אחר. הקמפיינים והתוים הירוקים כמעט שלא הביאו מתחסנים

היינו כבר צריכים לעלות מדרגה כמו במדינות אחרות, שם יש דרישה מעובדי בריאות להיות מחוסנים, יש חברות פרטיות שלא מכניסות עובדים לא מחוסנים למשרד, >>>
יש אוניברסיטאות שלא מכניסות סטודנטים ומרצים לא מחוסנים, ואפילו תמריצים כספיים למי שמתחסן:


במקום מגבלות על 1.1 מיליון שלא התחסנו ומסכנים את השאר, אנחנו הולכים למגבלות יותר ויותר נוקשות על מי שדאג לבריאותו בכך שהתחסן וגם על הדרך הפגין אזרחות טובה >>>
Read 5 tweets
6 Aug
שרשור על השוואה לעולם של 18 מדינות עם רמת חיסון דומה לשלנו, אם כי אצלנו החיסון ניתן 2-4 חודשים לפני

ב-4 מדינות ההתפשטות נבלמה בינתיים (בריטניה, פורטוגל, הולנד, ספרד), תוך 20-55 ימים, ושיא המאומתים היה נמוך מהשיא בכל המגיפה

>>> Image
בפינלנד ויוון מספר המאומתים קרוב לשיא המגיפה

פינלנד בתהליך ההתחסנות, רק 36% חוסנו מלא, והיא נמצאת כעת 92% משיא המאומתים

ביוון יש האטה וייתכן והיא קרובה לבלימה (50% מחוסנים מלא), עוד מוקדם לקבוע

>>> Image
ב-4 מדינות מספר המאומתים מעל 30% משיא המגיפה (ישראל, ארה״ב, נורבגיה, צרפת)

בצרפת יש האטה וייתכן והיא קרובה לשיא הגל הנוכחי אבל עוד מוקדם לקבוע

בנורבגיה רק 34% חוסנו מלא

>>> Image
Read 5 tweets
25 Jun
Israel: Surge in Delta variant cases

Is Israel in danger of a return to many (>500) critically ill patients? I think chances are low

Yet, some steps should be taken to prevent the surge

And remember that all Covid-19 analyses are true for their time and subject to change

>>>
Why many severe cases are unlikely:

1. Pfizer's vaccine is as effective on Delta as on the existing strain in preventing serious illness (tinyurl.com/484bcpm2), Israel leads the world in % fully vaxed (>90% in people 50+ y/o). And evidently, still no rise yet in severe cases
2. In countries with Delta and less vaccines than Israel, there is no increase in mortality:

UK: Delta is ~90% of cases, 46% are fully vaccinated, there is no increase in mortality

U.S.: Delta is ~20% of cases, 44% fully vaccinated, there is no increase in mortality
Read 13 tweets
24 Jun
וריאנט דלתא:

מה הסיכוי לעליה משמעותית בתחלואה הקשה (500-1000 קשים בבי״ח) והתמותה? לדעתי נמוכה

ועדיין, צריך לנקוט בצעדים מסויימים ומידתיים למניעת עליה במאומתים

ותמיד לזכור, הכל בקורונה נכון לשעתו, ועשוי להשתנות, כי יש הרבה אי וודאות

>>>
סיבות לכך שלא צפויה עליה גדולה בחולים קשה:

1. יעילות חיסון פייזר נגד דלתא דומה ליעילותו נגד הזן הקיים במניעת תחלואה קשה (tinyurl.com/484bcpm2), וישראל עדיין מובילה בעולם באחוז המחוסנים מלא (כ-60%) ובאחוז המחוסנים מקבוצת הסיכון (כ-90%). ולראייה, אין כרגע עליה בתחלואה קשה

>>>
2. במדינות עם פחות מחוסנים מישראל בהם וריאנט דלתא מתפשט אין עליה בתמותה:

באנגליה דלתא מהווה כ-90% מהמאומתים, 46% מחוסנים מלא, אין עליה בתמותה, והחיסון פחות יעיל (אסטרהזניקה)

בארה״ב דלתא כ-20% מהמאומתים, 44% מחוסנים מלא, אין עליה בתמותה

>>>
Read 9 tweets

Did Thread Reader help you today?

Support us! We are indie developers!


This site is made by just two indie developers on a laptop doing marketing, support and development! Read more about the story.

Become a Premium Member ($3/month or $30/year) and get exclusive features!

Become Premium

Too expensive? Make a small donation by buying us coffee ($5) or help with server cost ($10)

Donate via Paypal

Or Donate anonymously using crypto!

Ethereum

0xfe58350B80634f60Fa6Dc149a72b4DFbc17D341E copy

Bitcoin

3ATGMxNzCUFzxpMCHL5sWSt4DVtS8UqXpi copy

Thank you for your support!

Follow Us on Twitter!

:(