Eran Segal Profile picture
Scientist at the Weizmann Institute. Microbiome, Genetics, Nutrition, Machine learning. Marathon runner (2h 56m)
poles lion Profile picture bubba_brooks Profile picture Drorly Profile picture ernestofabianuber Profile picture marco donadelli Profile picture 6 subscribed
Dec 30, 2021 6 tweets 2 min read
מה צפוי בשבועות הקרובים?

הדבקות: שבירת שיאי תחלואה, מעריך ש 20-40% מכלל האוכלוסייה יידבקו לפני שהמקדם ירד מתחת ל-1. העלייה צפויה לפחות ב-3 השבועות הקרובים ואחריה תיתכן תחילת הירידה

חולים קשה: צפויה עליה משמעותית. ייתכן שלא נעבור את שיאי הגלים הקודמים אבל עוד מוקדם לומר >>> בצד ההדבקות, בקצב ההכפלה הנוכחי תוך שבוע נגיע למעל 10,000 מאומתים ליום, ועד אמצע ינואר למעל 2 מיליון נדבקים במצטבר. זו כמות מחלימים שתתחיל כבר להשפיע על מקדם ההדבקה והקצב ירד. ייתכן וזה יספיק, ואם לא, אז בהכפלה וקצת נוספת נגיע ל-4 מיליון נדבקים סה״כ וזה עשוי להספיק >>> Image
Sep 18, 2021 6 tweets 2 min read
החלטת ה-FDA תואמת את המסקנות מישראל לגבי דעיכת החיסון והצורך במנה 3, ולכן תומכת במדיניות כאן של פקיעת התוקף של התו הירוק כעבור 6 חודשים מ-2 מנות החיסון הראשונות

לראיה, ה-FDA ממליץ לחסן בני 65+ ועובדי בריאות >>> ארה״ב חיסנו כ-3 חודשים אחרינו, ולכן הדעיכה אצל היותר צעירים פחות נראית שם בינתיים. זה יגיע, וסביר שאז גם הם ימליצו לצעירים יותר על מנה 3 >>>
Aug 30, 2021 9 tweets 2 min read
זה תרחיש הבלימה שהצגנו לקבינט ב-10 לאוגוסט, לפני שהתחילה הירידה במקדם

הניתוח התבסס על השפעת החיסונים והמחלימים שאסביר כאן

הערכת התרחיש הייתה שנהיה מתחת לסף הספיקה, אם הבוסטר יורחב לגילאי 40+

בינתיים התחלואה יורדת אפילו מהר יותר מהתרחיש, נקווה שימשיך ככה >>> בהסבר פשטני, הניתוח הניח שדרושים עוד כ-1.2 מיליון מוגנים (מחלימים או מחוסנים) כדי להוריד את מקדם ההדבקה ב-20% מ-1.3 (הערך בגל דלתא) לאזור 1 (בלימה)

למה 1.2 מיליון ואיך מגיעים לשם? >>>
Aug 7, 2021 5 tweets 1 min read
מי שחושב שאם רק היה כאן תו ירוק מוקדם יותר היינו במקום אחר כנראה לא היה לאחרונה בארוע או בקניון

צריך תו ירוק, מתוך תקווה שזה יאט במשהו ואולי יביא עוד מתחסנים אבל נאיבי לחשוב שזה היה מביא את הבלימה

הכשל העיקרי הוא בזה שיש עדיין 1.1 מיליון לא מחוסנים >>> בזבזנו חודשיים יקרים, כי עם שיעור גבוה של מתחסנים מתוך ה-1.1 מליון היינו במקום אחר. הקמפיינים והתוים הירוקים כמעט שלא הביאו מתחסנים

היינו כבר צריכים לעלות מדרגה כמו במדינות אחרות, שם יש דרישה מעובדי בריאות להיות מחוסנים, יש חברות פרטיות שלא מכניסות עובדים לא מחוסנים למשרד, >>>
Aug 6, 2021 5 tweets 2 min read
שרשור על השוואה לעולם של 18 מדינות עם רמת חיסון דומה לשלנו, אם כי אצלנו החיסון ניתן 2-4 חודשים לפני

ב-4 מדינות ההתפשטות נבלמה בינתיים (בריטניה, פורטוגל, הולנד, ספרד), תוך 20-55 ימים, ושיא המאומתים היה נמוך מהשיא בכל המגיפה

>>> Image בפינלנד ויוון מספר המאומתים קרוב לשיא המגיפה

פינלנד בתהליך ההתחסנות, רק 36% חוסנו מלא, והיא נמצאת כעת 92% משיא המאומתים

ביוון יש האטה וייתכן והיא קרובה לבלימה (50% מחוסנים מלא), עוד מוקדם לקבוע

>>> Image
Jun 25, 2021 13 tweets 3 min read
Israel: Surge in Delta variant cases

Is Israel in danger of a return to many (>500) critically ill patients? I think chances are low

Yet, some steps should be taken to prevent the surge

And remember that all Covid-19 analyses are true for their time and subject to change

>>> Why many severe cases are unlikely:

1. Pfizer's vaccine is as effective on Delta as on the existing strain in preventing serious illness (tinyurl.com/484bcpm2), Israel leads the world in % fully vaxed (>90% in people 50+ y/o). And evidently, still no rise yet in severe cases
Jun 24, 2021 9 tweets 2 min read
וריאנט דלתא:

מה הסיכוי לעליה משמעותית בתחלואה הקשה (500-1000 קשים בבי״ח) והתמותה? לדעתי נמוכה

ועדיין, צריך לנקוט בצעדים מסויימים ומידתיים למניעת עליה במאומתים

ותמיד לזכור, הכל בקורונה נכון לשעתו, ועשוי להשתנות, כי יש הרבה אי וודאות

>>> סיבות לכך שלא צפויה עליה גדולה בחולים קשה:

1. יעילות חיסון פייזר נגד דלתא דומה ליעילותו נגד הזן הקיים במניעת תחלואה קשה (tinyurl.com/484bcpm2), וישראל עדיין מובילה בעולם באחוז המחוסנים מלא (כ-60%) ובאחוז המחוסנים מקבוצת הסיכון (כ-90%). ולראייה, אין כרגע עליה בתחלואה קשה

>>>
Feb 25, 2021 6 tweets 4 min read
Thoughts on vaccine effects:

When evaluating the effects of vaccines there are two complementary forms of evaluation:

1. Measuring the direct effects of the vaccine on the individuals vaccinated

2. Measuring the overall impact of the vaccine program on an entire population

>> We focused on #2, aiming to show the real-life impact of a vaccination campaign on the dynamics of the COVID-19 pandemic at the entire population / country level

Preprint here: tinyurl.com/jyjho4v9

>>>
Feb 6, 2021 5 tweets 1 min read
יוצאים מהסגר עם מקדם הדבקה 1. מה צפוי לנו?

פתיחה תייצר יותר מגעים בין אנשים, R יעלה מעל 1 ותהיה עליה במאומתים. מישהו חושב אחרת?

השאלה הגדולה היא מה יקרה לחולים קשה

מצד אחד, החיסונים עובדים ויורידו את מספר החולים קשה החדשים. מצד שני, העליה במאומתים תעלה בסוף גם את החולים קשה
>> איזו מהמגמות תנצח?

אף אחד לא יודע

כי למרות שהחיסונים עובדים, אנחנו לא יודעים בכמה הם מורידים הדבקות ובכמה תחלואה קשה (80%, 95% או אולי אפילו 98%?)

ואת גודל העליה במאומתים גם אי אפשר לדעת, כי זה תלוי בכמה יפתחו ובאיך אנשים יתנהלו

>>>
Jan 31, 2021 12 tweets 4 min read
Israel: Signs of vaccines affecting national pandemic dynamics

Drop in cases & hospitalizations of 60+ y/o in cities vaccinated early

Stronger than in late-vaccinated cities

Stronger than in younger people (only recently eligible)

Not seen in previous lockdown

**Caveats**
>> Joint work with @ShalitUri, @GorfineMalka, @H_Rossman

Situation in Israel today:
Jan 14, 2021 5 tweets 2 min read
Israel:

1.95 million vaccinated (~22% pop.)

~76% of all 60+ years old

First signs of efficacy:

2-weeks after 30% of 60+ vac., drop of 25% in % of 60+ critically ill out of all cases

Cities with higher vac. rates have fewer critically ill

But many caveats and issues

>>> Image Caveats:

1.5% critically ill 60+ years old of all cases is low, but we reached this number several months ago. So while good and the timing consistent with a vaccine effect, it may also be due to pandemic fluctuations

>>>
Jan 9, 2021 4 tweets 2 min read
ניתחנו את ההשפעה של סגר הדוק לשבועיים ולאחריו חזרה מדורגת ולהערכתנו זה עשוי להספיק בהתמודדות מול הזן הבריטי

גם בלי הסגר, בתחלואה הקשה צפויה בלימה תוך כשבוע, אבל בגלל הסגר והחיסונים תיבלם עלית הזן הבריטי שהייתה קורית בלי סגר

כל זה גם עם 20% שכיחות ו-50% יותר הדבקה לזן הבריטי
>>> קצב החיסונים מאד משפיע. הנחנו סה״כ 3 מיליון שיקבלו מנה 1 עד סוף ינואר ועוד 2 מיליון עד סוף פבר׳ אבל ה-2 מיליון של פבר׳ ישפיע רק על התחלואה במרץ

הנחנו שכיחות של 10% או 20% של הזן הבריטי מבין המאומתים של היום, והדבקה של 30%, 40% או 50% יותר

>>>
Jan 8, 2021 10 tweets 4 min read
Israel explained:

1.7M vaccinated (20% of pop.)

>70% of all 60+ years old

Currently a major surge, but we project a plateau in critically ill in a week

Despite all this, Israel tightened its 3rd lockdown today

A thread on why this was the right decision to make now

>>> Image In 1-2 weeks, we expect a plateau in the critically ill due to:

1. Effect of the less strict lockdown imposed 10 days ago

2. Start of the vaccines effect

3. Striking similarity in critically ill rise in the 2nd and 3rd lockdowns. If a rerun, then plateau is a few days away Image
Dec 26, 2020 11 tweets 5 min read
Israel's Covid-19 end game: Lockdown + Rapid vaccination

Israel is the first to enter a 3rd lockdown but is also #2 in vaccines per capita with 2.4% vaccinated and a daily date of 1.1%

This strategy may end our Covid-19 fatalities by March. We modeled how this may play out

>>> First, how did we reach a 3rd wave and 3rd lockdown?

Simple: we never ended the 2nd wave and still carry the burden of those mistakes:

Numbers were still high when we exited 2nd lockdown
Dec 26, 2020 10 tweets 5 min read
קצב החיסונים המהיר משנה דרמטית את התמונה

ניתחנו מה צפוי (מאומתים, קשים, נפטרים) בתרחיש:
1. הסגר המתוכנן
2. ללא סגר

מדגיש שאלו תרחישים שתלויים בהנחות על קצב החיסון ומקדם ההדבקה

תחת הנחות שהן לדעתנו ריאלויות (תרחישים 2a ו-2b), לא חייבים סגר, אבל יש לזה מחיר בחיי אדם

>>> הנחנו:

-- חיסון האוכלוסייה בקצב של 100,000 ליום החל מה-27 לדצ׳

-- אנשים מעל גיל 60 יחוסנו ראשונים

-- החיסון יהיה יעיל שבועיים לאחר מתן המנה הראשונה

-- יעילות החיסון 95% במניעת תחלואה קשה, ו-65% במניעת הדבקה

-- רק כ-80% מהציבור בכל שכבת גיל יבחר להתחסן
Dec 5, 2020 11 tweets 4 min read
התחלואה עולה, אבל בקרוב מתחילים לחסן

מה עושים?

ניתחנו שתי חלופות מבחינת השפעתן על מאומתים, חולים קשה, ונפטרים:

1. סגר מונע החל משבוע הבא

2. המשך המאמצים (שהנחנו שלא יצליחו) להורדת התחלואה בלי הגבלות נוספות, והורדת התחלואה בעזרת החיסון

>>> את הניתוחים עשינו בעזרת מודל מלא של תהליך המחלה של אדם מאבחון PCR חיובי, והערכת הפרמטרים נעשתה לפי נתונים היסטוריים של כלל המאומתים בישראל

המודל פותח עם @GorfineMalka @ShalitUri @jonathansomer1 @RomGutman Asaf Ben Arie
@H_Rossman @tomer1812

פירוט:

>>> Image
Oct 20, 2020 19 tweets 6 min read
Second lockdown?

In Israel, the first to impose a 2nd lockdown:

1. Surprisingly, the 2nd lockdown worked faster and more effectively than the 1st, despite being less tight

2. The effect differed across subpopulations, suggesting that differential policies may be effective Lockdown is always indicative of failure to manage the pandemic

In Israel, managing the pandemic based on the capacity of the healthcare system was the one major mistake from which all else followed

Define a capacity and you will reach it, at record levels and high death toll
Oct 18, 2020 5 tweets 4 min read
באופן שהפתיע את כולם, ברמה הארצית, קצב הירידה בסגר השני מהיר יותר מבסגר הראשון

הירידה החלה גם מוקדם יותר. 10 ימים אחרי הסגר השני כבר ראו ירידה במאומתים לעומת 20 יום שלקח למאומתים לרדת אחרי הסגר הראשון

אבל ההבדל בין המגזרים מאד גדול

@guyzo @KerenMarc @Nadav_Eyal @RonnyLinder ImageImage לגבי ההבדל בין המגזרים:

ערב הסגר הראשון, כמעט כל המאומתים היו במגזר הכללי

כמעט שלא היו מאומתים במגזר החרדי והעליה שם התחילה רק אחרי הסגר

במגזר הערבי כמעט שלא היו מאומתים לאורך כל הגל הראשון

>>> ImageImageImage
Oct 14, 2020 5 tweets 2 min read
Lesson from Israel: Do not open schools with a high number of daily cases and high infection rates (R around 1). This will fuel a further surge

Analysis of two populations (secular and orthodox) who opened schools at different times, reaching similar outcomes >>>

@EricTopol In the secular (non-arab, non-orthodox) population:

1. Surge started a few days after school opening

2. Rise started in kids (including 0–10 years of age), and only then spread to the adults

3. The spread was faster in kids than adults and was highest in kids 0–10 years of age Image
Oct 12, 2020 6 tweets 4 min read
Our new paper on using >2 million national symptom surveys to devise an algorithm for predicting the probability of an individual to test positive for COVID-19 based on answers to 9 simple questions (age, gender, and symptoms)

cell.com/med/fulltext/S… Image We validated our model on held-out individuals from Israel (auROC of 0.737) and on independently-collected dataset from the U.S., U.K. and Sweden by @timspector Image
Oct 12, 2020 11 tweets 5 min read
תעלומה: איך ייתכן שאחוז החולים קשה והנפטרים החרדים מבין המאומתים נמוך יותר מהאחוז הזה במגזר הכללי גם כשמשווים מאומתים באותם גילאים?

מחשבות שלנו על החידה >>>

@yaircherki @guyzo @kerenmarc @RonnyLinder @Nadav_Eyal קודם כל למה זו תעלומה?

כי אחוז הבדיקות החיוביות במגזר החרדי גבוה בהרבה משאר המגזרים וזה לכאורה עדות לתחלואה חבויה גבוהה -- הרבה נדבקים שלא אותרו

ואם יש הרבה שלא אותרו, הרי שאחוז הקשים והנפטרים מבין אלו שכן אותרו צריך להיות גבוה יותר אצל החרדים

>>>