Thread by @Pr_Logos

1/ J'ai repoussé le moment de faire une extrapolation de courbes, redoutant d'alerter à mauvais escient, dans une situation où on sait trop peu, où on n'a pas assez de fiabilité. Voilà une extrapolation de normand, une coupe de poire en deux, discutée et expliquée ci-dessous.

2/ Pourquoi repousser? Parce que beaucoup de monde croit dans l'existence des "experts", c'est-à-dire de personnes dont la parole est fiable, non pas par les preuves qu'ils avancent, mais par leur personne.

Comme j'ai alerté à bon escient pour B1.1.7 …

https://twitter.com/Pr_Logos/status/1347215026596302850

3/ …comme le ratage de l'alerte par l'exécutif a engendré des dizaines de milliers de mort et des centaines de milliers de poumons détruits, trop de monde a RT le début d'alerte sur P.1 (Manaus) et ça donne une responsabilité qui n'est pas facile à gérer.

https://twitter.com/Pr_Logos/status/1381277291666366467

4/ Recevoir des DM de journalistes me disant que l'alerte sur le variant brésilien, puis la fermeture des lignes aériennes, a été initiée par mon thread, cela me stresse énormément.

Et le variant indien…
Et l'incertitude sur le niveau de vaccination…

https://twitter.com/Pr_Logos/status/1383128201963180032

5/ Ni P.1 (Manaus) ni B.1.617.2 (Inde) n'étant détectés spécifiquement en France (on n'a pas la qualité des données anglaises), j'ai tracé la fraction de tout ce qui n'est ni la souche sauvage (Wuhan) ni B1.1.7 (anglais) en fonction du temps, en jour. Le zéro est au 12 mai 2021.

6/ En gris, l'Ile-de-France, où P.1 de Manaus (ou le sud-africain) a fait un énorme percée dans la couronne paupérisée de Paris.
En orange, la France.

Qu'est-ce qui est en sus de P.1?
Soit B.1.617.2 (Inde), soit un variant nouveau, non répertorié.

7/ Pour reconstituer les données, j'ai du faire des extrapolations pour la souche de Wuhan et ça fait que mes % passent en dessous de 0: c'est du bruit. Ca n'entache pas la partie de la courbe qui a du sens.

Faire P.1 + B.1.617.2 suppose qu'ils ont des contagiosités semblables.

8/ En rouge et bleu, la forme la plus simple supposant un écart de R constant entre les nouveaux mutants et les vieilles souches (Wuhan et anglaise et le reste). Cela donne un avantage de +0,3 sur R, ce qui est plus faible que mesuré en Inde et à Manaus.

9/ Comme l'épidémie a décru à R=0.9, cela signifie que la sous-épidemie croit à R=1.2 pour l'instant. On parviendra à 50%-50% dans 3 semaines en Ile-de-France (début juin) et dans 6 semaines en France globalement (fin juin). La vaccination peut accélérer un peu ce remplacement.

10/ Pourquoi est-ce une prédiction de normand? Parce que je ne veux pas produire d'extrapolation du nombre de cas pour l'instant: comme je milite pour la sécurisation sanitaire, je veux garder intacte la possibilité qu'on "déconfine" bien.

11/ Il reste que l'arithmétique n'est pas bonne: si rien n'est fait en complément de la vaccination, on va au scenario d'une vague qui sera perceptible fin juin, pendant la campagne électorale, et qui risque de nous pourrir la rentrée de septembre, malgré la vaccination.

12/ Dans l'autre sens, on peut garder espoir que la vaccination conduise à éviter une vague en réanimation et à limiter les Covid longs. On n'a pas des données publiques assez bonnes et on paye le prix d'avoir de la com' au lieu d'une information scientifique transparente.

13/ En conclusion partielle, je vous donne mes biais de subjectivité:
- on ne me propose toujours pas de dose de vaccin et je ne veux prendre la dose de personne
- la rentrée à l'Université se fera avec des étudiants peu vaccinés a priori

Correctif: plutôt R=0.8 depuis quelques semaines et donc R=1.1 pour la sous-épidémie.

14/ Le monde scientifique alerte les décideurs sur la nécessité de séquencer beaucoup et mieux — que ni les porteurs du variant de Manaus P.1, ni ceux du variant indien B.1.617.2 ne soient encore dénombrés en France est incroyable.
nytimes.com/2021/05/12/sci…