Dvir Aran Profile picture
Jul 21, 2021 17 tweets 4 min read Read on X
Are we seeing immunity waning in Israel? The MoH shared some raw data, and together with @geller_mic we tried to get a qualitative answer to this question. TL;DR – it seems that there is immunity waning, increasing risk of infection of early vaccinated by ~80%. ==>
Several remarks before we start:
1. This is a qualitative analysis. We don’t have data on individuals, only very limited information shared by the MoH.
2. We are talking about immunity waning, not vaccine effectiveness. Delta may affect VE, but data here is independent of that
3. The analysis below is on the risk of infection, not severe disease. I wrote about VE of severe disease in a different thread.
4. This is twitter science, take it as it is. There are many assumptions and caveats to this analysis.
After we cleared the table, let's dive into the data. By the end of January ~1.8 million Israeli already received their second dose. Below is data of confirmed cases in this cohort (left >60+, right 16-59). Image
Let’s start with the younger group, about 770K individuals. It says 16 and older, but almost all are 20+. In the week of July 4-10 there were 350 cases. In all of the vaccinated population in this age group there were 1056 cases (33%), so 706 cases in “late” vaccinated.
The problem is that it's not clear what proportion of the population was vaccinated early. 770K is 18%, but this is problematic. It includes non-vaccinated, ultra-orthodox and Arab citizens (the current wave has not spread to those groups yet).
We looked at how many were vaccinated in “general” pop cities, and we estimate it at about 22%. If this is the background that we need to compare to, it means that early vaccinated are at ~75% higher risk for infection. If VE is ~90%, after half a year it drops to ~82.5%.
An explanation on the calculation: based on those numbers our expectation in early group is = 706 cases * 0.22/0.78 ~= 200 --> 350/200 = 1.75
Now to adults. Here we have 370 cases in early vaccinated from 421 total (88%). What is the expected rate? We estimate it at about 79% of 60+ in the general population. This translates to about a factor of 2 in risk, or if VE is 90% then after half a year later it drops to 80%.
We also looked at the week of July 11-17. The results from that week are more or less the same. This brings us to about 80% increased risk for early vaccinated vs. late vaccinated in both age groups.
Delta might affect VE, but it's very hard to estimate it based on Israeli data. The data suggest that non-vaccinated adult individuals are reluctant to get tested, which skews calculations towards very low levels of VE.
I personally think that Delta VE is still around 90% for infection, but we will have to wait for better studies. Our analysis does show that after half a year or so this 90% drops to around 82%. It’s a significant reduction, but not a game-changer.
Note that we are comparing here vaccinated individuals to vaccinated individuals. It still might be that “late” vaccinated individuals tend to get tested at lower rates or other biases we can’t assess here.
In conclusion, we are seeing immunity waning. It's disturbing on its own, however it is likely that the vaccine is still working quite well. More rigorous research is required to confirmed our estimates.
and now from the MoH released their analyses.

• • •

Missing some Tweet in this thread? You can try to force a refresh
 

Keep Current with Dvir Aran

Dvir Aran Profile picture

Stay in touch and get notified when new unrolls are available from this author!

Read all threads

This Thread may be Removed Anytime!

PDF

Twitter may remove this content at anytime! Save it as PDF for later use!

Try unrolling a thread yourself!

how to unroll video
  1. Follow @ThreadReaderApp to mention us!

  2. From a Twitter thread mention us with a keyword "unroll"
@threadreaderapp unroll

Practice here first or read more on our help page!

More from @dvir_a

Jun 3
היום מסתיים כנס ASCO בשיקגו, הכנס הרפואי המרכזי באונקולוגיה. זה האירוע המרכזי בו מדווחים החברות וקבוצות המחקר על תוצאות חדשות. אני לא שם השנה (שלחתי נציג, ראו בסוף), אבל מהמעקב שלי מרחוק עולה תמונה מפתיעה ומעניינת. אם אתם עוקבים אחרי פיד האונקולוגים הישראלי (@IdoWolf1 @Dr_Doc_ ) אתם רואים שאין כמעט שום דבר חדש, הרבה עוד מאותו דבר. ממה כן יש התלהבות? מניסויים קליניים שאינם של תרופות. זה מעניין מאוד -->
ניסויים קליניים רנדומיים עולים המון כסף (מאות מליונים עד מליארדים) וממומנים בדרך כלל על ידי חברות תרופות גדולות. מדי פעם ארגוני רופאים מצליחים להרים ניסוי קליני על נושא שלא מעניין חברות תרופות, אבל זה אירוע יוצא דופן. השנה, שני הסיפורים שהקפיצו הכי הרבה תשומת לב אלו שני ניסויים כאלו:
1. אימון גופני לאחר הבראה בסרטן מעי הגס מקטין סיכוי לחזרה של המחלה. עשו פה ניסוי קליני שבו חילקו לכאלו שקיבלו הדרכה לאימון גופני לעומת כאלו שקיבלו הדרכה כללית על בריאות. התוצאות חד משמעיות. הניסוי הזה מומן על ידי איגוד אונקולוגים בקנדה.
Read 8 tweets
Apr 9
האמת שחשבתי שנכון להתעלם, אבל אני ממשיך לראות פרסומים מתלהבים מהסיפור הזה, אז בואו נעשה קצת סדר.
לפני מספר ימים יצאה הכתבה הזו בטיים על זאב הבלהות על ידי חברה שמנסה להחזיר לטבע חיות שנכחדו. הישג מדעי מרשים? בהחלט. קשר בין ההודעות בעיתונות בטוויטר לבין מה שעשו באמת? אין. מדע בדיוני שהופך למציאות? לא ממש.
מההודעות לעיתונות אפשר להבין שביצעו עריכה גנטית של 20 אתרים בגנום של הזאב האפור כדי שיתאימו לדנ״א של זאב הבלהות. זה בהחלט מרשים לעשות כל כך הרבה עריכות, אבל זה ממש לא הופך אותו לזאב בלהות. =>
ב-2021 פורסם בנייצ׳ר מחקר על הדנ״א של זאב הבלהות. הממצא של המחקר הזה הוא שלמרות הדמיון המורפולוגי לזאב האפור, הם קרובי משפחה מאוד רחוקים. למעשה, האב הקדמון המשותף של שניהם חי לפני כ-5.7 מליון שנים! זה לא רחוק מהאב הקדמון המשותף שלנו ושל השימפנזים. החישוב הזה של 5.7 מליון שנים מבוסס על מספר ההבדלים בדנ״א וזה מליונים רבים, לא 20. =>

nature.com/articles/s4158…Image
כדי להבהיר את הנקודה, תיאורטית אפשר לקחת את גנום האדם ולעשות בו עריכות שונות שאולי יגרמו לנו לגדל זנב (ראו למשל את המאמר המגניב הזה של @ItaiYanai, אבל ברור לנו שזה לא יהפוך אותנו לשימפנזות, גם אם נעשה 20 עריכות כאלה.
nature.com/articles/s4158…
Read 5 tweets
Jan 27, 2024
🚨New preprint alert. GPT-4 has been shown to work well for diagnostics, but rarely as a clinical decision-support tool. In joint work with @ShellyShahar from @RambamHCC we used it to decide how to treat patients with stroke. How did it do? Amazingly well! medrxiv.org/content/10.110…
Image
We collected 100 cases of patients arriving at the ER with stroke symptoms. The data was routine ER charts, notes, and brain CT evaluations. Outcomes were whether the patient was treated, and if so with EVT, tPA or both. An expert also reviewed the cases and made his evaluations. Image
For each patient we asked GPT-4 whether to treat or monitor and with which treatment. We designed the prompt to return a scaled response (1-7) instead of yes/no. This had many advantages: identify uncertainty, use ROC-AUC, and reduce hallucinations by replicating the question. Image
Read 13 tweets
Sep 19, 2022
ראיתי פה ממש מעט על החדשות המדהימות שפורסמו בשבוע שעבר על הניסוי של GRAIL, וחשבתי שכדאי לכתוב על זה.
לפני שבוע פורסמו התוצאות הסופיות של ניסוי קליני ענק שכלל 6,662 איש מעל גיל 50 לגילוי מוקדם של סרטן. בניסוי, ביצעו בדיקת דם שבודקת סמנים אפיגנטיים על דנ״א חופשי, >>
והתוצאות מדהימות! 92 איש קיבלו תוצאה חיובית, ול-35 מהם הסתבר שבאמת יש סרטן. זה PPV של 38% שזה בלתי נתפס, בטח ביחס למה שהיה עד היום. הבדיקה הזו, שנקראת Galleri, יכולה לזהות 50 סוגי סרטן שונים, וזה ממש גיים צ׳יינגר.
הבדיקה מגלה את המחלה בשלבים מאוד מוקדמים, שבהם הטיפולים מאוד אפקטיביים. היא גם מגלה את המחלה בסוגי סרטן שאין בהם בכלל בדיקה רוטינית (כמו ממוגרפיה ודם בצואה) ולכן מזוהות בדרך כלל בשלבים מאוחרים מדי (למשל סרטן לבלב). news-medical.net/news/20220913/…
Read 7 tweets
Sep 19, 2022
Real word cancer data meetup by #DMCI on the roof of VIM in TLV.First speaker is @IdoWolf1 talking about their use of RWD in @tasmc1. Image
Not your regular academic meeting 😉 Image
Next up Dr. Shlomit Farkash-Amar @FarkashShlomit from Carelon Israel. Shlomit talks about how RWD can complement RCT to improve clinical decision making in oncology. Image
Read 4 tweets
Jun 18, 2022
קראתי את דיוני הועדה ואת הנתונים שהציגו מודרנה ופייזר, וצריך להודות שמתנגדי החיסונים צודקים הפעם בביקורת שלהם. הם כמובן איבדו אותנו בזעקות הזאב זאב שלהם לאורך כל הדרך, וברור שכלל לא מעניין אותם הנתונים האמיתיים, אבל הפעם יש אמת בכך שהניסויים הקליניים לא מרשימים בלשון המעטה. >>
הניסוי הקליני של פייזר כשל. ראשית ניתן לראות את הנוגדנים המנטרלים: לא היתה תגובה אחרי שתי מנות מול אומיקרון. כדי להציל את הניסוי הם הוסיפו מנה שלישית (שלא היתה בתוכנית המקורית) ושם כן ראו תגובה מול אומיקרון.
אבל מספר הילדים שקיבלנו מנה שלישית, וזמן המעקב אחריהם היה קצר ולכן המספר של 80% הגנה מבוסס על בסך הכל 10 ילדים שנדבקו משתי הקבוצות ובעל סטיית תקן של 14%-97%. זו תוצאה שלילית.
Read 9 tweets

Did Thread Reader help you today?

Support us! We are indie developers!


This site is made by just two indie developers on a laptop doing marketing, support and development! Read more about the story.

Become a Premium Member ($3/month or $30/year) and get exclusive features!

Become Premium

Don't want to be a Premium member but still want to support us?

Make a small donation by buying us coffee ($5) or help with server cost ($10)

Donate via Paypal

Or Donate anonymously using crypto!

Ethereum

0xfe58350B80634f60Fa6Dc149a72b4DFbc17D341E copy

Bitcoin

3ATGMxNzCUFzxpMCHL5sWSt4DVtS8UqXpi copy

Thank you for your support!

Follow Us!

:(