Are we seeing immunity waning in Israel? The MoH shared some raw data, and together with @geller_mic we tried to get a qualitative answer to this question. TL;DR – it seems that there is immunity waning, increasing risk of infection of early vaccinated by ~80%. ==>
Several remarks before we start: 1. This is a qualitative analysis. We don’t have data on individuals, only very limited information shared by the MoH. 2. We are talking about immunity waning, not vaccine effectiveness. Delta may affect VE, but data here is independent of that
3. The analysis below is on the risk of infection, not severe disease. I wrote about VE of severe disease in a different thread. 4. This is twitter science, take it as it is. There are many assumptions and caveats to this analysis.
After we cleared the table, let's dive into the data. By the end of January ~1.8 million Israeli already received their second dose. Below is data of confirmed cases in this cohort (left >60+, right 16-59).
Let’s start with the younger group, about 770K individuals. It says 16 and older, but almost all are 20+. In the week of July 4-10 there were 350 cases. In all of the vaccinated population in this age group there were 1056 cases (33%), so 706 cases in “late” vaccinated.
The problem is that it's not clear what proportion of the population was vaccinated early. 770K is 18%, but this is problematic. It includes non-vaccinated, ultra-orthodox and Arab citizens (the current wave has not spread to those groups yet).
We looked at how many were vaccinated in “general” pop cities, and we estimate it at about 22%. If this is the background that we need to compare to, it means that early vaccinated are at ~75% higher risk for infection. If VE is ~90%, after half a year it drops to ~82.5%.
An explanation on the calculation: based on those numbers our expectation in early group is = 706 cases * 0.22/0.78 ~= 200 --> 350/200 = 1.75
Now to adults. Here we have 370 cases in early vaccinated from 421 total (88%). What is the expected rate? We estimate it at about 79% of 60+ in the general population. This translates to about a factor of 2 in risk, or if VE is 90% then after half a year later it drops to 80%.
We also looked at the week of July 11-17. The results from that week are more or less the same. This brings us to about 80% increased risk for early vaccinated vs. late vaccinated in both age groups.
Delta might affect VE, but it's very hard to estimate it based on Israeli data. The data suggest that non-vaccinated adult individuals are reluctant to get tested, which skews calculations towards very low levels of VE.
I personally think that Delta VE is still around 90% for infection, but we will have to wait for better studies. Our analysis does show that after half a year or so this 90% drops to around 82%. It’s a significant reduction, but not a game-changer.
Note that we are comparing here vaccinated individuals to vaccinated individuals. It still might be that “late” vaccinated individuals tend to get tested at lower rates or other biases we can’t assess here.
In conclusion, we are seeing immunity waning. It's disturbing on its own, however it is likely that the vaccine is still working quite well. More rigorous research is required to confirmed our estimates.
🚨New preprint alert. GPT-4 has been shown to work well for diagnostics, but rarely as a clinical decision-support tool. In joint work with @ShellyShahar from @RambamHCC we used it to decide how to treat patients with stroke. How did it do? Amazingly well! medrxiv.org/content/10.110…
We collected 100 cases of patients arriving at the ER with stroke symptoms. The data was routine ER charts, notes, and brain CT evaluations. Outcomes were whether the patient was treated, and if so with EVT, tPA or both. An expert also reviewed the cases and made his evaluations.
For each patient we asked GPT-4 whether to treat or monitor and with which treatment. We designed the prompt to return a scaled response (1-7) instead of yes/no. This had many advantages: identify uncertainty, use ROC-AUC, and reduce hallucinations by replicating the question.
ראיתי פה ממש מעט על החדשות המדהימות שפורסמו בשבוע שעבר על הניסוי של GRAIL, וחשבתי שכדאי לכתוב על זה.
לפני שבוע פורסמו התוצאות הסופיות של ניסוי קליני ענק שכלל 6,662 איש מעל גיל 50 לגילוי מוקדם של סרטן. בניסוי, ביצעו בדיקת דם שבודקת סמנים אפיגנטיים על דנ״א חופשי, >>
והתוצאות מדהימות! 92 איש קיבלו תוצאה חיובית, ול-35 מהם הסתבר שבאמת יש סרטן. זה PPV של 38% שזה בלתי נתפס, בטח ביחס למה שהיה עד היום. הבדיקה הזו, שנקראת Galleri, יכולה לזהות 50 סוגי סרטן שונים, וזה ממש גיים צ׳יינגר.
הבדיקה מגלה את המחלה בשלבים מאוד מוקדמים, שבהם הטיפולים מאוד אפקטיביים. היא גם מגלה את המחלה בסוגי סרטן שאין בהם בכלל בדיקה רוטינית (כמו ממוגרפיה ודם בצואה) ולכן מזוהות בדרך כלל בשלבים מאוחרים מדי (למשל סרטן לבלב). news-medical.net/news/20220913/…
Real word cancer data meetup by #DMCI on the roof of VIM in TLV.First speaker is @IdoWolf1 talking about their use of RWD in @tasmc1.
Not your regular academic meeting 😉
Next up Dr. Shlomit Farkash-Amar @FarkashShlomit from Carelon Israel. Shlomit talks about how RWD can complement RCT to improve clinical decision making in oncology.
קראתי את דיוני הועדה ואת הנתונים שהציגו מודרנה ופייזר, וצריך להודות שמתנגדי החיסונים צודקים הפעם בביקורת שלהם. הם כמובן איבדו אותנו בזעקות הזאב זאב שלהם לאורך כל הדרך, וברור שכלל לא מעניין אותם הנתונים האמיתיים, אבל הפעם יש אמת בכך שהניסויים הקליניים לא מרשימים בלשון המעטה. >>
הניסוי הקליני של פייזר כשל. ראשית ניתן לראות את הנוגדנים המנטרלים: לא היתה תגובה אחרי שתי מנות מול אומיקרון. כדי להציל את הניסוי הם הוסיפו מנה שלישית (שלא היתה בתוכנית המקורית) ושם כן ראו תגובה מול אומיקרון.
אבל מספר הילדים שקיבלנו מנה שלישית, וזמן המעקב אחריהם היה קצר ולכן המספר של 80% הגנה מבוסס על בסך הכל 10 ילדים שנדבקו משתי הקבוצות ובעל סטיית תקן של 14%-97%. זו תוצאה שלילית.
In this paper, we introduced #SingleR, an R package for annotating cells in scRNA-seq data, and used it to identify a novel transitional profibrotic macrophage state. bioconductor.org/packages/relea…
This couldn't have happened without the help of Aaron Lun who took it upon himself to rewrite the package for @Bioconductor, continues to maintain it, and wrote this awesome SingleR book. bioconductor.org/books/release/…
עברתי בקצרה על המאמר. בסך הכל מאמר מעניין, ואני חושב ששימוש בקריאות למד״א זו בהחלט תוספת ראויה.
כבר דיברנו בעבר על כל החולשות של מאמר מהסוג הזה - נתונים אגרטיביים ואין מידע אישי על חיסונים, סיווג קריאות של מד״א, ועוד ועוד. אבל עכשיו כשיש נתונים אפשר גם להתייחס לנתונים >>
בעיני המודלים הסטטיסטיים על 5 החודשים של 2019 ל-2021 או על שנה שלמה הם חלשים מאוד ולא מעניינים. קל לראות מ-figure 1 שמספר הקריאות לא תלוי בזמן של השנה (ב-2019 היו מעט בינואר-מאי והרבה ביולי-דצמבר). זאת לא השוואה מעניינת. הסתכלות רציפה כן מעניינת ורואים את השיא בפברואר 2021.
השיא של מספר הקריאות לדום לב (אדום) בתקופה הזו קורה בדיוק בזמן מבצע החיסונים. בזום על תקופת החיסונים (סגול מנה 1, כחול מנה 2) רואים שהפיק האדום מגיע בדיוק עם הפיק של מנה 2 וזה מתאים למחקרים של משה״ב שרוב מקרי המיוקרדיטיס הגיעו כשבועיים אחרי מנה 2. אבל גם רואים פיק במאי, מה קרה?