🚨New preprint alert. GPT-4 has been shown to work well for diagnostics, but rarely as a clinical decision-support tool. In joint work with @ShellyShahar from @RambamHCC we used it to decide how to treat patients with stroke. How did it do? Amazingly well! medrxiv.org/content/10.110…
We collected 100 cases of patients arriving at the ER with stroke symptoms. The data was routine ER charts, notes, and brain CT evaluations. Outcomes were whether the patient was treated, and if so with EVT, tPA or both. An expert also reviewed the cases and made his evaluations.

ראיתי פה ממש מעט על החדשות המדהימות שפורסמו בשבוע שעבר על הניסוי של GRAIL, וחשבתי שכדאי לכתוב על זה.
לפני שבוע פורסמו התוצאות הסופיות של ניסוי קליני ענק שכלל 6,662 איש מעל גיל 50 לגילוי מוקדם של סרטן. בניסוי, ביצעו בדיקת דם שבודקת סמנים אפיגנטיים על דנ״א חופשי, >> והתוצאות מדהימות! 92 איש קיבלו תוצאה חיובית, ול-35 מהם הסתבר שבאמת יש סרטן. זה PPV של 38% שזה בלתי נתפס, בטח ביחס למה שהיה עד היום. הבדיקה הזו, שנקראת Galleri, יכולה לזהות 50 סוגי סרטן שונים, וזה ממש גיים צ׳יינגר.

Real word cancer data meetup by #DMCI on the roof of VIM in TLV.First speaker is @IdoWolf1 talking about their use of RWD in @tasmc1. Not your regular academic meeting 😉

קראתי את דיוני הועדה ואת הנתונים שהציגו מודרנה ופייזר, וצריך להודות שמתנגדי החיסונים צודקים הפעם בביקורת שלהם. הם כמובן איבדו אותנו בזעקות הזאב זאב שלהם לאורך כל הדרך, וברור שכלל לא מעניין אותם הנתונים האמיתיים, אבל הפעם יש אמת בכך שהניסויים הקליניים לא מרשימים בלשון המעטה. >>

https://twitter.com/LiorHecht/status/1538215730352640005

הניסוי הקליני של פייזר כשל. ראשית ניתן לראות את הנוגדנים המנטרלים: לא היתה תגובה אחרי שתי מנות מול אומיקרון. כדי להציל את הניסוי הם הוסיפו מנה שלישית (שלא היתה בתוכנית המקורית) ושם כן ראו תגובה מול אומיקרון.

Another exciting milestone 🔥. Our #SingleR paper just crossed the 1K citation threshold!
@MallarBhattach1 @atulbutte @NatImmunol
nature.com/articles/s4159…

>>

https://twitter.com/dvir_a/status/1348880164734849024

In this paper, we introduced #SingleR, an R package for annotating cells in scRNA-seq data, and used it to identify a novel transitional profibrotic macrophage state. bioconductor.org/packages/relea…

עברתי בקצרה על המאמר. בסך הכל מאמר מעניין, ואני חושב ששימוש בקריאות למד״א זו בהחלט תוספת ראויה.
כבר דיברנו בעבר על כל החולשות של מאמר מהסוג הזה - נתונים אגרטיביים ואין מידע אישי על חיסונים, סיווג קריאות של מד״א, ועוד ועוד. אבל עכשיו כשיש נתונים אפשר גם להתייחס לנתונים >>

https://twitter.com/JScholar/status/1519890194501091329

בעיני המודלים הסטטיסטיים על 5 החודשים של 2019 ל-2021 או על שנה שלמה הם חלשים מאוד ולא מעניינים. קל לראות מ-figure 1 שמספר הקריאות לא תלוי בזמן של השנה (ב-2019 היו מעט בינואר-מאי והרבה ביולי-דצמבר). זאת לא השוואה מעניינת. הסתכלות רציפה כן מעניינת ורואים את השיא בפברואר 2021.

Getting ready to #DMCI after dark from the top of Tel-Aviv. I’ll try to live tweet the talks. View from the venue.

@NadavSharon3 kicking off the faculty of biology @TechnionLive 50th annual retreat! @LabPMelamed on transcription regulation of hormones expression

נראה לי שחלק מהשרשור פה מתייחס לביקורת שלי, אז אגיב בקצרה, ואשמח לדיון ענייני ומכבד.
אני רוצה להדגיש פה את הצד הענייני של המחלוקת ומה אפשר ללמוד מכך לגלים הבאים. המחלוקת בינינו נסובה סביב שלוש אמירות שלהבנתי נטענו:
>>

https://twitter.com/segal_eran/status/1493211186728423446

1. הגל יהיה קצר, צפוי להסתיים עד סוף ינואר
2. לא נחצה את סף הספיקה בבתי חולים
3. אין איך להאט את אומיקרון ללא סגר מלא

במבט לאחור ניתן לבחון את הטענות:

בשעה טובה נראה שעברנו את שיא הגל במאומתים. אפשר לראות זאת במספר המבוגרים 60+ שאומתו היום, ולראשונה יש ירידה לעומת השבוע הקודם. אמנם ירידה קלה של רק 6%, שחלקה אולי מוסברת מיעילות הבוסטרים, ועדיין, נראה שהשיא כבר מאוחרינו.
>> אבל צריך להסביר משהו - בגל, השיא תמיד מגיע באותו הזמן. כל המודלים (סגל, גזית ודה-ליאון) חזו את השיא השבוע. על זה קשה מאוד להשפיע. על מה אפשר להשפיע? על השיא שלו. במחדל שלנו קבענו את שיא הגל כך שיהיה גבוה יותר מכל מדינה אחרת.

האם אנחנו בשיא המאומתים ומפה תתחיל ירידה? עוד לא. הראשונים לרדת צריכים להיות המבוגרים 60+, בגלל הבוסטר וזהירות יתר. כך היה בכל הגלים. עדיין לא רואים ירידה בקבוצה זו. יציבות עם עליה מתונה, אבל עכשיו כשאנחנו יודעים שבוסטר 4 יעיל בכ-50% סביר שבשאר הגילאים אנחנו עדיין בעליה.
>> 1. כמות המבוגרים המאומתים היא מדד טוב לאיפה אנחנו עומדים בגל. עד כה אומתו באומיקרון כ7.5% מהמבוגרים. אצל מבוגרים יש מעט מאוד אסימפטומטים לא מאובחנים. כדי להגיע לחסינות עדר זמנית מעריכים שצריך שרבע-שליש מהאוכלוסיה תדבק, כלומר עוד הכפלה אחת לפחות (בהינתן הבוסטר). בהצלחה לנו.

״אי אפשר לעצור את האומיקרון. תראה את הולנד״ מבין שבפורמט טוויטר תמיד חייבים הסבר מלא: לא, אני לא רוצה שנחכה את הולנד. אני רק יוצא נגד המיסקונספציה שאי אפשר לעשות כלום נגד אומיקרון כפי שהסבירו לנו מתחילת הגל הזה.

מתווה הבידודים והבדיקות שיש כרגע בישראל מנותק מהמדע ופוגע בכלכלה. גם אוכלים את הדגים המסריחים וגם מגורשים מהעיר. פרסמנו היום מתווה בידוד 72 שעות אחרי חשיפה לכולם, כולל מחוסנים.

>> ראשית, אנחנו חושבים שהדבקה המונית מסוכנת לבריאות הציבור ומערכת הרפואה. בנוסף, היא גם מסכנת את הכלכלה שלא יכולה לתפקד בהדבקה המונית. אם אתם חושבים אחרת, אז כל זה לא רלוונטי עבורכם. מסיבת הדבקה מהנה.

זהירות, שרשור ארוך.
מתווה חסינות העדר: אחרי מתווה ההדבקות בכיתה (כיתה ירוקה בשמו המכובס), ביטול הבידודים למחוסנים שנחשפו למאומת, מתווה בדיקות האנטיגן לפני שאפשר לצאת חיובי, אתמול הגיע מתווה ההדבקות החדש – יציאת מאומתים מבידוד במנגנון שבו בין רבע לשליש עדיין מדבקים.

>> אין מנוס מלהבין שהמדינה החליטה ללכת בכל הכח על מתווה הדבקה המונית של האוכלוסיה כדי להגיע לחסינות עדר. אנא מכם, הפסיקו לצמצם מגעים. צאו לעבוד, לכו לבית ספר. אחרת אתם סתם מאריכים את הגל הזה.

מצרף את המצגת המלאה שהפצנו אמש וקצת רקע: לפני כשבוע הקמנו קבוצה של רופאים ומדענים מודאגים שמוטרדים שההחלטות המתקבלות לא תואמות את המודלים והמדע. דוגמא בולטת היא שלפי ההנחיות ניתן לעשות בדיקה שעה אחר חשיפה, לצאת שלילי ואין צורך בכל בידוד, למרות שברור שהבדיקה הזו חסרת ערך.

>> ביום ראשון בערב נפגשנו עם השרה פרקש-הכהן. השרה היתה קשובה, אבל הבנו מהפגישה שהמידע שהשרים מקבלים ועל פיו מקבלים את ההחלטות חלקי ולא תואם את המציאות. התפתחה שם קונספציה שיהיו מלא נדבקים (יותר מ2 מליון), וזה מצוין. לא יהיה עומס בבתי חולים, לא יהיו חולים קשה. יאללה, חסינות עדר.

במודלים שהוצגו לקבינט מעריכים שבעוד שבועיים יהיו 300 אלף מאומתים ביממה. המפתח שהוצג בממשלה הוא 2 חולים קשה לכל 1000 מאומתים. בחישוב פשוט זה 600 חולים קשה ביממה!
אגב, המסקנה שהוצגה לקבינט - אל דאגה, יהיו מעט חולים.
ynet.co.il/news/article/h… מישהו פה התבלבל. למבוגרים יש 700 מיטות אשפוז פנויות לחולים קשה בסך הכל. איפה הם יאושפזו?
לפי המודלים שלהם, שוב, לא שלי, עד סוף החודש ידבקו מליון ילדים. לפי החישוב הזה, בתוך זמן קצר יהיו 400 ילדים עם PIMS. איפה בדיוק הם יאושפזו?

מאוד מעריך את פרופ׳ סגל, אבל בפוסט הזה יש לפחות 3 טעויות:
1. חו״ל: ההנחה המובלעת היא שמאומתי חו״ל לא יוצרים שרשאות הדבקה משלהם. ההשפעה של זה בימים האחרונים כשיש הרבה מאומתים נמוכה, אבל היתה עצומה לפני שבוע+. הוספה של שרשראות אלו תקטין מאוד את קצב ההכפלה.
>>

https://twitter.com/segal_eran/status/1477739876225368064

2. דלתא: הנחה נוספת היא שדלתא יציב, אך זה לא המצב. דלתא גם הוא בעליה. הוספת העליה של דלתא גם כן מקטינה משמעותית את קצב ההכפלה.
3. זמן דור: לצמצום מפגשים אין קשר לזמן ההכפלה, אלא ל-R. ה-R המחושב לפי זמן דור של 4 ימים נמצא על משהו כמו 1.7, אבל ידוע לנו היום שזמן הדור קצר יותר.

האם התפשטות זן האומיקרון מוכפלת בישראל כל יומיים? קשה לי להאמין. המספר האמיתי הוא כנראה כל 4-5 ימים.
שמעתי הסבר למספר הזה שאומר שלפני 10 ימים היו 20 הדבקות בקהילה ואתמול 450, שזה יחס של 22.5, או 4.5 הכפלות, שזה אפילו קצת יותר מהכפלה כל יומיים. אלו הנתונים, אז מה הבעיה? >>

https://twitter.com/IsraelMOH/status/1475069570071281666

זה כמובן מתעלם לחלוטין מכניסה מבחוץ של מאומתים חדשים שמייצרים שרשראות הדבקה משלהם. בכל יום נכנסים יותר מ-100 מאומתים לאומיקרון. נניח שלפני 10 ימים 20 מתוכם יצרו התפרצות משלהם. בום, הכפלה של ״כל יומיים״ היא כבר בעצם ״כל שלושה ימים״...

האם אומיקרון גורם לפחות אשפוזים? נסיון שני.
קודם אני רוצה להסביר משהו שאני חושב שמתפספס: נניח שמתוך 100 מחוסנים שנחשפו לנגיף, וריאנט א׳ מדביק 10 ו-2 מגיעים לאשפוז, וריאנט שני מדביק 50 מתוכם אבל עדיין 2 מגיעים לאשפוז. וריאנט א׳ שולח 20% מהנדבקים לאשפוז, ב׳ רק 4%. מי יותר מסוכן? אלו דלתא ואומיקרון. בגלל שרוב האוכלוסיה מחוסנת או מבריאה יחס המאושפזים למאומתים ירד משמעותית. אבל גם מהכותרות המפוצצות בסופ״ש מאנגליה וגם ממקומות אחרים בעולם, קשה מאוד להסיק שאומיקרון פחות מסוכן לנדבק הנאיבי (התשובה היא שכנראה לא).

האם אומיקרון גורם פחות למחלה קשה? אמל״ק: לא יודע, עוד לא ראיתי נתונים רלוונטיים. הנתונים המוצגים בשלל הציוצים והמחקרים אינם רלוונטיים כדי להבין את גדול הסכנה.

>> הנתונים מאנגליה ודרא״פ ברורים – אחוז האשפוזים והתמותה מכלל הנדבקים נמוך משמעותית מגלים קודמים, ואפילו ביחס לדלתא בגלים הנוכחיים. אבל, לאומיקרון יש תכונה שאין לדלתא – הוא מדביק מחוסנים בתוקף ומחלימים הרבה יותר.

ראיתי פה פוסטים מצוינים רבים (@erlichya @LiorHecht @StavKislev) על המאמרים שפורסמו ביממה האחרונה על יעילות החיסון נגד אומיקרון. התוצאות מהאמרים הללו מדכאות למדי, אבל במחקרים הללו יש מגבלות רבות. בשעות האחרונות יצאו נתונים מרתקים מפייזר, ושווה להתעכב עליהם >> בזמנו, ראינו שדלתא חומק ממנה אחת, אבל שתי מנות מגנות מפניו. עכשיו רואים שאומיקרון חומק משתי מנות, אבל שלוש מנות מגנות מפניו - לפי הנתונים הללו שלוש מנות מיצרות נוגדנים מנטרלים ברמה זהה לשתי מנות עבור דלתא. נתונים מאוד מעודדים. >>