Share this page!

Enter URL or ID to Unroll

You can paste full URL like: https://x.com/threadreaderapp/status/1644127596119195649
or just the ID like: 1644127596119195649

How to get URL link on X (Twitter) App

  1. On the Twitter thread, click on or icon on the bottom
  2. Click again on or Share Via icon
  3. Click on Copy Link to Tweet
  4. Paste it above and click "Unroll Thread"!
  5. More info at Twitter Help
Dvir Aran Profile picture
Dvir Aran
@dvir_a
Biomedical Data Science Lab; Assistant Professor @ Technion, Israel.
5 subscribers
Jun 3 • 8 tweets • 3 min read
היום מסתיים כנס ASCO בשיקגו, הכנס הרפואי המרכזי באונקולוגיה. זה האירוע המרכזי בו מדווחים החברות וקבוצות המחקר על תוצאות חדשות. אני לא שם השנה (שלחתי נציג, ראו בסוף), אבל מהמעקב שלי מרחוק עולה תמונה מפתיעה ומעניינת. אם אתם עוקבים אחרי פיד האונקולוגים הישראלי (@IdoWolf1 @Dr_Doc_ ) אתם רואים שאין כמעט שום דבר חדש, הרבה עוד מאותו דבר. ממה כן יש התלהבות? מניסויים קליניים שאינם של תרופות. זה מעניין מאוד --> ניסויים קליניים רנדומיים עולים המון כסף (מאות מליונים עד מליארדים) וממומנים בדרך כלל על ידי חברות תרופות גדולות. מדי פעם ארגוני רופאים מצליחים להרים ניסוי קליני על נושא שלא מעניין חברות תרופות, אבל זה אירוע יוצא דופן. השנה, שני הסיפורים שהקפיצו הכי הרבה תשומת לב אלו שני ניסויים כאלו:
Apr 9 • 5 tweets • 2 min read
האמת שחשבתי שנכון להתעלם, אבל אני ממשיך לראות פרסומים מתלהבים מהסיפור הזה, אז בואו נעשה קצת סדר.
לפני מספר ימים יצאה הכתבה הזו בטיים על זאב הבלהות על ידי חברה שמנסה להחזיר לטבע חיות שנכחדו. הישג מדעי מרשים? בהחלט. קשר בין ההודעות בעיתונות בטוויטר לבין מה שעשו באמת? אין. מדע בדיוני שהופך למציאות? לא ממש.
מההודעות לעיתונות אפשר להבין שביצעו עריכה גנטית של 20 אתרים בגנום של הזאב האפור כדי שיתאימו לדנ״א של זאב הבלהות. זה בהחלט מרשים לעשות כל כך הרבה עריכות, אבל זה ממש לא הופך אותו לזאב בלהות. => ב-2021 פורסם בנייצ׳ר מחקר על הדנ״א של זאב הבלהות. הממצא של המחקר הזה הוא שלמרות הדמיון המורפולוגי לזאב האפור, הם קרובי משפחה מאוד רחוקים. למעשה, האב הקדמון המשותף של שניהם חי לפני כ-5.7 מליון שנים! זה לא רחוק מהאב הקדמון המשותף שלנו ושל השימפנזים. החישוב הזה של 5.7 מליון שנים מבוסס על מספר ההבדלים בדנ״א וזה מליונים רבים, לא 20. =>

nature.com/articles/s4158…Image
Jan 27, 2024 • 13 tweets • 4 min read
🚨New preprint alert. GPT-4 has been shown to work well for diagnostics, but rarely as a clinical decision-support tool. In joint work with @ShellyShahar from @RambamHCC we used it to decide how to treat patients with stroke. How did it do? Amazingly well! medrxiv.org/content/10.110…
Image We collected 100 cases of patients arriving at the ER with stroke symptoms. The data was routine ER charts, notes, and brain CT evaluations. Outcomes were whether the patient was treated, and if so with EVT, tPA or both. An expert also reviewed the cases and made his evaluations. Image
Sep 19, 2022 • 7 tweets • 2 min read
ראיתי פה ממש מעט על החדשות המדהימות שפורסמו בשבוע שעבר על הניסוי של GRAIL, וחשבתי שכדאי לכתוב על זה.
לפני שבוע פורסמו התוצאות הסופיות של ניסוי קליני ענק שכלל 6,662 איש מעל גיל 50 לגילוי מוקדם של סרטן. בניסוי, ביצעו בדיקת דם שבודקת סמנים אפיגנטיים על דנ״א חופשי, >> והתוצאות מדהימות! 92 איש קיבלו תוצאה חיובית, ול-35 מהם הסתבר שבאמת יש סרטן. זה PPV של 38% שזה בלתי נתפס, בטח ביחס למה שהיה עד היום. הבדיקה הזו, שנקראת Galleri, יכולה לזהות 50 סוגי סרטן שונים, וזה ממש גיים צ׳יינגר.
Sep 19, 2022 • 4 tweets • 3 min read
Real word cancer data meetup by #DMCI on the roof of VIM in TLV.First speaker is @IdoWolf1 talking about their use of RWD in @tasmc1. Image Not your regular academic meeting 😉 Image
Jun 18, 2022 • 9 tweets • 3 min read
קראתי את דיוני הועדה ואת הנתונים שהציגו מודרנה ופייזר, וצריך להודות שמתנגדי החיסונים צודקים הפעם בביקורת שלהם. הם כמובן איבדו אותנו בזעקות הזאב זאב שלהם לאורך כל הדרך, וברור שכלל לא מעניין אותם הנתונים האמיתיים, אבל הפעם יש אמת בכך שהניסויים הקליניים לא מרשימים בלשון המעטה. >> הניסוי הקליני של פייזר כשל. ראשית ניתן לראות את הנוגדנים המנטרלים: לא היתה תגובה אחרי שתי מנות מול אומיקרון. כדי להציל את הניסוי הם הוסיפו מנה שלישית (שלא היתה בתוכנית המקורית) ושם כן ראו תגובה מול אומיקרון.
Jun 16, 2022 • 4 tweets • 4 min read
Another exciting milestone 🔥. Our #SingleR paper just crossed the 1K citation threshold!
@MallarBhattach1 @atulbutte @NatImmunol
nature.com/articles/s4159…

>> Image In this paper, we introduced #SingleR, an R package for annotating cells in scRNA-seq data, and used it to identify a novel transitional profibrotic macrophage state. bioconductor.org/packages/relea… Image
Apr 29, 2022 • 8 tweets • 3 min read
עברתי בקצרה על המאמר. בסך הכל מאמר מעניין, ואני חושב ששימוש בקריאות למד״א זו בהחלט תוספת ראויה.
כבר דיברנו בעבר על כל החולשות של מאמר מהסוג הזה - נתונים אגרטיביים ואין מידע אישי על חיסונים, סיווג קריאות של מד״א, ועוד ועוד. אבל עכשיו כשיש נתונים אפשר גם להתייחס לנתונים >> בעיני המודלים הסטטיסטיים על 5 החודשים של 2019 ל-2021 או על שנה שלמה הם חלשים מאוד ולא מעניינים. קל לראות מ-figure 1 שמספר הקריאות לא תלוי בזמן של השנה (ב-2019 היו מעט בינואר-מאי והרבה ביולי-דצמבר). זאת לא השוואה מעניינת. הסתכלות רציפה כן מעניינת ורואים את השיא בפברואר 2021.
Apr 5, 2022 • 15 tweets • 6 min read
Getting ready to #DMCI after dark from the top of Tel-Aviv. I’ll try to live tweet the talks. Image View from the venue. Image
Mar 13, 2022 • 5 tweets • 3 min read
@NadavSharon3 kicking off the faculty of biology @TechnionLive 50th annual retreat! @LabPMelamed on transcription regulation of hormones expression
Feb 14, 2022 • 11 tweets • 2 min read
נראה לי שחלק מהשרשור פה מתייחס לביקורת שלי, אז אגיב בקצרה, ואשמח לדיון ענייני ומכבד.
אני רוצה להדגיש פה את הצד הענייני של המחלוקת ומה אפשר ללמוד מכך לגלים הבאים. המחלוקת בינינו נסובה סביב שלוש אמירות שלהבנתי נטענו:
>> 1. הגל יהיה קצר, צפוי להסתיים עד סוף ינואר
2. לא נחצה את סף הספיקה בבתי חולים
3. אין איך להאט את אומיקרון ללא סגר מלא

במבט לאחור ניתן לבחון את הטענות:
Jan 27, 2022 • 9 tweets • 3 min read
בשעה טובה נראה שעברנו את שיא הגל במאומתים. אפשר לראות זאת במספר המבוגרים 60+ שאומתו היום, ולראשונה יש ירידה לעומת השבוע הקודם. אמנם ירידה קלה של רק 6%, שחלקה אולי מוסברת מיעילות הבוסטרים, ועדיין, נראה שהשיא כבר מאוחרינו.
>> אבל צריך להסביר משהו - בגל, השיא תמיד מגיע באותו הזמן. כל המודלים (סגל, גזית ודה-ליאון) חזו את השיא השבוע. על זה קשה מאוד להשפיע. על מה אפשר להשפיע? על השיא שלו. במחדל שלנו קבענו את שיא הגל כך שיהיה גבוה יותר מכל מדינה אחרת.
Jan 25, 2022 • 5 tweets • 1 min read
האם אנחנו בשיא המאומתים ומפה תתחיל ירידה? עוד לא. הראשונים לרדת צריכים להיות המבוגרים 60+, בגלל הבוסטר וזהירות יתר. כך היה בכל הגלים. עדיין לא רואים ירידה בקבוצה זו. יציבות עם עליה מתונה, אבל עכשיו כשאנחנו יודעים שבוסטר 4 יעיל בכ-50% סביר שבשאר הגילאים אנחנו עדיין בעליה.
>> 1. כמות המבוגרים המאומתים היא מדד טוב לאיפה אנחנו עומדים בגל. עד כה אומתו באומיקרון כ7.5% מהמבוגרים. אצל מבוגרים יש מעט מאוד אסימפטומטים לא מאובחנים. כדי להגיע לחסינות עדר זמנית מעריכים שצריך שרבע-שליש מהאוכלוסיה תדבק, כלומר עוד הכפלה אחת לפחות (בהינתן הבוסטר). בהצלחה לנו.
Jan 24, 2022 • 6 tweets • 1 min read
״אי אפשר לעצור את האומיקרון. תראה את הולנד״ Image מבין שבפורמט טוויטר תמיד חייבים הסבר מלא: לא, אני לא רוצה שנחכה את הולנד. אני רק יוצא נגד המיסקונספציה שאי אפשר לעשות כלום נגד אומיקרון כפי שהסבירו לנו מתחילת הגל הזה.
Jan 16, 2022 • 10 tweets • 3 min read
מתווה הבידודים והבדיקות שיש כרגע בישראל מנותק מהמדע ופוגע בכלכלה. גם אוכלים את הדגים המסריחים וגם מגורשים מהעיר. פרסמנו היום מתווה בידוד 72 שעות אחרי חשיפה לכולם, כולל מחוסנים.

>> ראשית, אנחנו חושבים שהדבקה המונית מסוכנת לבריאות הציבור ומערכת הרפואה. בנוסף, היא גם מסכנת את הכלכלה שלא יכולה לתפקד בהדבקה המונית. אם אתם חושבים אחרת, אז כל זה לא רלוונטי עבורכם. מסיבת הדבקה מהנה.
Jan 14, 2022 • 11 tweets • 2 min read
זהירות, שרשור ארוך.
מתווה חסינות העדר: אחרי מתווה ההדבקות בכיתה (כיתה ירוקה בשמו המכובס), ביטול הבידודים למחוסנים שנחשפו למאומת, מתווה בדיקות האנטיגן לפני שאפשר לצאת חיובי, אתמול הגיע מתווה ההדבקות החדש – יציאת מאומתים מבידוד במנגנון שבו בין רבע לשליש עדיין מדבקים.

>> אין מנוס מלהבין שהמדינה החליטה ללכת בכל הכח על מתווה הדבקה המונית של האוכלוסיה כדי להגיע לחסינות עדר. אנא מכם, הפסיקו לצמצם מגעים. צאו לעבוד, לכו לבית ספר. אחרת אתם סתם מאריכים את הגל הזה.
Jan 11, 2022 • 14 tweets • 5 min read
מצרף את המצגת המלאה שהפצנו אמש וקצת רקע: לפני כשבוע הקמנו קבוצה של רופאים ומדענים מודאגים שמוטרדים שההחלטות המתקבלות לא תואמות את המודלים והמדע. דוגמא בולטת היא שלפי ההנחיות ניתן לעשות בדיקה שעה אחר חשיפה, לצאת שלילי ואין צורך בכל בידוד, למרות שברור שהבדיקה הזו חסרת ערך.

>> ביום ראשון בערב נפגשנו עם השרה פרקש-הכהן. השרה היתה קשובה, אבל הבנו מהפגישה שהמידע שהשרים מקבלים ועל פיו מקבלים את ההחלטות חלקי ולא תואם את המציאות. התפתחה שם קונספציה שיהיו מלא נדבקים (יותר מ2 מליון), וזה מצוין. לא יהיה עומס בבתי חולים, לא יהיו חולים קשה. יאללה, חסינות עדר.
Jan 10, 2022 • 4 tweets • 1 min read
במודלים שהוצגו לקבינט מעריכים שבעוד שבועיים יהיו 300 אלף מאומתים ביממה. המפתח שהוצג בממשלה הוא 2 חולים קשה לכל 1000 מאומתים. בחישוב פשוט זה 600 חולים קשה ביממה!
אגב, המסקנה שהוצגה לקבינט - אל דאגה, יהיו מעט חולים.
ynet.co.il/news/article/h… מישהו פה התבלבל. למבוגרים יש 700 מיטות אשפוז פנויות לחולים קשה בסך הכל. איפה הם יאושפזו?
לפי המודלים שלהם, שוב, לא שלי, עד סוף החודש ידבקו מליון ילדים. לפי החישוב הזה, בתוך זמן קצר יהיו 400 ילדים עם PIMS. איפה בדיוק הם יאושפזו?
Jan 3, 2022 • 10 tweets • 2 min read
מאוד מעריך את פרופ׳ סגל, אבל בפוסט הזה יש לפחות 3 טעויות:
1. חו״ל: ההנחה המובלעת היא שמאומתי חו״ל לא יוצרים שרשאות הדבקה משלהם. ההשפעה של זה בימים האחרונים כשיש הרבה מאומתים נמוכה, אבל היתה עצומה לפני שבוע+. הוספה של שרשראות אלו תקטין מאוד את קצב ההכפלה.
>> 2. דלתא: הנחה נוספת היא שדלתא יציב, אך זה לא המצב. דלתא גם הוא בעליה. הוספת העליה של דלתא גם כן מקטינה משמעותית את קצב ההכפלה.
3. זמן דור: לצמצום מפגשים אין קשר לזמן ההכפלה, אלא ל-R. ה-R המחושב לפי זמן דור של 4 ימים נמצא על משהו כמו 1.7, אבל ידוע לנו היום שזמן הדור קצר יותר.
Dec 26, 2021 • 4 tweets • 1 min read
האם התפשטות זן האומיקרון מוכפלת בישראל כל יומיים? קשה לי להאמין. המספר האמיתי הוא כנראה כל 4-5 ימים.
שמעתי הסבר למספר הזה שאומר שלפני 10 ימים היו 20 הדבקות בקהילה ואתמול 450, שזה יחס של 22.5, או 4.5 הכפלות, שזה אפילו קצת יותר מהכפלה כל יומיים. אלו הנתונים, אז מה הבעיה? >> זה כמובן מתעלם לחלוטין מכניסה מבחוץ של מאומתים חדשים שמייצרים שרשראות הדבקה משלהם. בכל יום נכנסים יותר מ-100 מאומתים לאומיקרון. נניח שלפני 10 ימים 20 מתוכם יצרו התפרצות משלהם. בום, הכפלה של ״כל יומיים״ היא כבר בעצם ״כל שלושה ימים״...
Dec 26, 2021 • 4 tweets • 1 min read
האם אומיקרון גורם לפחות אשפוזים? נסיון שני.
קודם אני רוצה להסביר משהו שאני חושב שמתפספס: נניח שמתוך 100 מחוסנים שנחשפו לנגיף, וריאנט א׳ מדביק 10 ו-2 מגיעים לאשפוז, וריאנט שני מדביק 50 מתוכם אבל עדיין 2 מגיעים לאשפוז. וריאנט א׳ שולח 20% מהנדבקים לאשפוז, ב׳ רק 4%. מי יותר מסוכן? אלו דלתא ואומיקרון. בגלל שרוב האוכלוסיה מחוסנת או מבריאה יחס המאושפזים למאומתים ירד משמעותית. אבל גם מהכותרות המפוצצות בסופ״ש מאנגליה וגם ממקומות אחרים בעולם, קשה מאוד להסיק שאומיקרון פחות מסוכן לנדבק הנאיבי (התשובה היא שכנראה לא).