Thread by @IhisTeemu

Variantit tulee.
”Ne jyrää meitin! Ne jyrää meitin!”

”Paikoillanne! Ei ne mitään jyrää, meillä on rokotteet!”

Eli mitä ovat nuo SARS-CoV-2 variantit, varsinkin nk. delta-variantti ja miksi siitä voi olla ihan oikeasti huolissaan. Pitkähkö ketju.

Variantit ovat siis viruksen muunnoksia, jotka toimivat jollain tapaa eri tavalla, kuin aikaisemmat versiot. Jotta varianttien eroja voi ymmärtää, täytyy tietää pääpiirteissään, miten tämä koronavirus toimii solutasolla.

(Tämä tieto on siis saatu aikaisemman tylsän, turhan ja epäkaupallisen koronaviruksiin liittyvän perustutkimuksen avulla, sekä viimeisen 1.5 vuoden aikana tehdystä SARS-CoV-2 ja Covid-19 tutkimuksesta, jota on siis valtavasti.)

SARS-CoV-2, kuten muutkin virukset, on eräänlainen solutason loinen, itseään kopioiva ”nanokone”. Se käyttää (ihmisen)soluja monistumiseen ja sitä ei kiinnosta mitä niille soluille tai ihmiselle käy. Se ei siis ole meille tahallaan ilkeä, se ei vain välitä.

Ja pienihän se on, kooltaan n. 120nm, eli niitä voisi pinota melkein 10 000 kappaletta ja jonon korkeus olisi silloin 1 millimetri. Soluja menisi tuohon pinoon alle 100 kpl, joten virus on soluihinkin nähden todella pieni ja hankala tutkittava. Piirsin pienen kuvan kokoeroista.

Kun virusta monistetaan solujen sisällä, niin monistamisessa tapahtuu virheitä, viruksen perimään tulee mutaatioita. Tällöin kaikki viruksen jälkipolvet ovat perimältään erilaisia. Jotkin muutoksista vaikuttaa sitten viruksen toimintaankin, osa haitallisesti, osa hyödyllisesti.

Tämä on siis varianttien syntymisen polttoaine. Jos viruksessa tapahtuu muutos, joka jollain tapaa lisää tämän tuottamien virusten mahdollisuuksia tuottaa taas lisää viruksia, alkaa se yleistymään. Kyseessä on siis evoluutiota kauheimmillaan.

Deltavariantin kanssa näyttäisi tilanne olevan se, että siihen muodostuneet mutaatiot lisäävät viruksen soluihin tarttumista. Tästä syystä voi spekuloida, että pienempikin virusmäärä riittää infektioon ja infektio voi alkaa nopeammin. Selitän alla miten tämä ehkä menee.

Virus pystyy monistamaan itseään siis vain elävien solujen sisällä, solujen ulkopuolella se on ”kuollut” partikkeli, joka vain ns. menee virran mukana, kunnes törmää sopivaan soluun. Tämä koronavirus tunnistaa kohteensa yhden solun pinnan rakenneosan, tietyn proteiinin avulla.

Tämä tunnistus tapahtuu vähän kuin avain-lukko-kättely. Solun pinnalla pyöriessään viruksen pinnassa olevat 20-40 ”avainta” (S-proteiinia) osuvat solun ”lukkoihin” (pinnan proteiinit). Kuvassa on itse virus ja nämä sen pinnan ”avaimet” ovat punaisella.

Jos sieltä solun pinnasta löytyy viruksen avaimelle sopiva lukko, ns. reseptori molekyyli (ACE2), tarttuminen ja eräänlainen kättely tapahtuu. Tämä on kriittinen hetki infektiolle, jos sitoutumista ei tapahdu, niin virus ei pääse solun sisään ja infektio ei voi alkaa.

Koronavirukselle tämä on varmaan yksi infektion ”pullonkauloista”, sillä monilla varianteilla juuri tämä avain-lukko sitoutuminen on tehostunut. Sekä alfa että delta varianteilla viruksen pinnan ”avain” (S-proteiinin RBD) on ilmeisesti enemmän ulkona, mikä parantaa sitoutumista.

No niin, virus on tarttunut soluun, vielä pitäisi päästä sisään. Koronavirushan on rakenteeltaan vähän kuin rasvakupla, sen pinta on solun pinnan tapaan ohut rasvakalvo. Nämä rasvakalvot voivat yhdistyä, vähän kuin kaksi saippuakuplaa, mutta se ei ole kovin suoraviivaista.

Tämä prosessi tehostuu, kun solun pinnasta löytyvä proteiini leikkaa viruksen pinnan ”avaimesta” palan pois. Se vetää viruksen rasvakalvon ja solun rasvakalvon lähelle toisiaan, mikä johtaa niiden yhteensulautumiseen. Tämän jälkeen viruksen perimä vapautuu solun sisään.

Btw, soluthan kauhovat ylipäätään aika sokeasti kaikkia nanokoon partikkeleita sisäänsä, joten SARS-CoV-2 voi päätyä solun sisään myös muita reittejä (endosytoottisesti). Nämä reitit ovat kuitenkin huomattavasti hitaampia ja epävarmempia viruksen kannalta.

Tämä kalvojen yhdistyminen näyttäisi olevan erittäin tehokasta nimenomaan hengitystiesolujen pinnalla, koska niillä on paljon sopivaa reseptoria ja tuota viruksen ”avainta” muokkaavaa proteiinia. Eli näissä soluissa virus käyttää nopeampaa reittiä päästä soluihin.

(Ja tästä syystä se hydroksiklorokiini ei toimi, se estää nimenomaan tuota ”hitaampaa sisäänmenoreittiä”, jota SARS-CoV-2 ei juurikaan ilmeisesti käytä, toisin kuin aikaisempi SARS-CoV)

Sisään päästyään virus muuttaa solun virustehtaaksi, joka alkaa tuottaa valtavat määrät uusia viruksia. Siihen prosessiin liittyy vielä paljon tutkittavaa. Lopulta kuitenkin uudet virukset pullahtelevat solusta ulos, mutta niitä tuunataan vielä vähän.

Solun pinnalle päästyään, uusien virusten pinnan ”avaimia” pitää vielä vähän muokata tai aktivoida, että ne ovat valmiita sitoutumaan uusiin lukkoihin seuraavissa soluissa. Tästä muokkauksesta vastaa jälleen eräs solun pinnalta löytyvä proteiini.

Tämäkin prosessi on ilmeisesti tehostunut delta variantilla. Jos aikaisemmilla virusmuodoilla vain pieni osa ”avaimista” muokattiin valmiiksi uuteen sitoutumiseen, deltalla ilmeisesti suurin osa avaimista on aktiivisia. Tämä lisää infektion tehokkuutta.

(Ja tämä on hyvä esimerkki siitä, että emme voi tuijottaa tutkimuksissa vain virusgenomin määrää, kun puhumme viruksen ”tehokkuudesta”, me emme tiedä viruksen rakennetta ja vaikkapa S-proteiinin ”aktiiviisuutta”, mikä vaikuttaa valtavasti infektiokykyyn)

Eli nykytiedon mukaan delta variantin toiminta on muuttunut varsinkin soluihin sitoutumisen kannalta, eli siihen miten virus leviää. Suurempia virusperimän määriä on myös mitattu delta potilaista, mikä voi viitata tehostuneeseen virustuottoon, mutta tämä on vielä epävarmaa.

(Tämä on minusta loogista. Viruksen leviämistä on yritetty estää kokoajan, joten variantit joissa leviäminen tehostuu saavat kilpailuedun muihin virusmuotoihin nähden. Pian alkaa varmaan putkahdella variantteja jotka väistävät rokotuksia paremmin, valitettavasti)

Joka tapauksessa on selvää, että SARS-CoV-2 on alati muuttuva virus, mikä tarkoittaa sitä että joudumme reagoimaan ja muuttamaan käyttäytymistämme uusien virusmuutosten kanssa. Varmaa on vain muutos. END

Ja pahoittelen kirjoitusvirheitä, varsinkin yhdyssanat on haasteellisia.

Ei sitä ole äikän tukiopetuksessa turhaan oltu.