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Anderson F. Brito 

Aug 25, 2021 • 13 tweets • 6 min read • Read on X

Qualquer vírus em circulação acumula mutações. A evolução nunca para. É como a construção de uma via: começa pequena, se subdivide, aumenta de tamanho… mas também diminui, e se extingue.

O sistema Pango de nomenclatura do SARS-CoV-2 visa acompanhar essas mudanças. 🧵👇

Quando o SARS-CoV-2 emergiu, gerando grandes surtos no início de 2020, o sistema começou classificando o vírus em duas linhagens ('ruas'): A e B.

Este artigo explica como o sistema dinâmico funciona: nature.com/articles/s4156…

Com mais casos de COVID-19 acontecendo, cientistas vêm sequenciando genomas do SARS-CoV-2,sempre com novas mutações que surgem naturalmente durante infecções.

Logo identificamos a expansão de certas sublinhagens, que a princípio têm o mesmo nome das linhagem da qual derivam.

@PangoNetwork

A medida que mais sublinhagens (novas 'ruas') vão surgindo, em algum ponto se faz necessário atribuir novos nomes.

O time de voluntários da @PangoNetwork, do qual faço parte, fica a cargo de monitorar e nomear o surgimento de novas linhagens.

É comum que linhagens do SARS-CoV-2 surjam, aumentem e diminuam em frequência, até eventualmente serem tão raras, a ponto de não serem mais detectadas (podendo até se extinguir).

Usuários do sistema Pango diariamente reportam novas linhagens usando um sistema no GitHub.

Como explico acima, a evolução do coronavírus é muito dinâmica: estamos sempre detectando novas linhagens por meio do sequenciamento genético de amostras de COVID

Mantendo um sistema de nomenclatura dinâmico, todas as linhagens são registradas neste site: cov-lineages.org

Sublinhagens são nomeadas em formato alfanumérico, até o quarto nível de subdivisão, quando podem receber uma nova nomenclatura em primeiro nível. Foi assim com a linhagem das variantes Delta:

B → B.1 → B.1.617 → B.1.617.2 →→→ AY

Mais informações: pango.network/new-ay-lineage…

Toda essa dinâmica evolutiva explica por que hoje temos tantas linhagens, como: B.1.1.7, B.1.617.2, P.1 (derivada da B.1.1.28.1).

O sistema é alfanumérico pois se adequada bem as subdivisões filogenéticas, e é neutro, para evitar estigmas ("variante indiana", "britânica", etc).

Acompanhar a evolução viral de perto, e atribuir nomenclatura neutra e sistemática às novas linhagens do SARS-CoV-2, é essencial para evitar designações inadequadas, que geram confusão e ansiedade desnecessárias, como "Delta Plus", que não significa nada.
technologyreview.com/2021/08/13/103…

Existem no momento 3 principais sistemas de nomenclatura do SARS-CoV-2.

Pango: pango.network
Nextclade: clades.nextstrain.org
WHO: who.int/en/activities/…

Os sistemas têm similaridades, e o mesmo objetivo: nos orientar ao longo do complexo caminho evolutivo do vírus

@PangoNetwork

O sistema Pango é mantido por voluntários da @PangoNetwork: pango.network/committees/com…

Na matéria abaixo é possível entender como é o trabalho da rede de pesquisadores que atuam diariamente para nomear linhagens do coronavírus.
technologyreview.com/2021/07/26/103…

https://twitter.com/AndersonBrito_/status/1341589500435320834

Quer saber mais sobre evolução viral, mutações e novas linhagens? Explico neste outro fio.

https://twitter.com/AndersonBrito_/status/1341589500435320834

https://twitter.com/AndersonBrito_/status/1430888559150391310

Este fio também está disponível numa versão em Inglês.

https://twitter.com/AndersonBrito_/status/1430888559150391310

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Anderson F. Brito 

@andersonfbrito_

Jun 10

Um grupo de pesquisadores internacionais empenhou esforços para desenvolver um sistema de nomenclatura de linhagens do vírus da dengue (DENV), essencial para facilitar a comunicação e a pesquisa sobre o vírus.

Quer saber mais? Segue o fio. 🧵👇🏾

O DENV possui quatro sorotipos (DENV-1 a DENV-4), cada um com múltiplos genótipos. A evolução do vírus envolve mutações frequentes durante as infecções, traços genéticos que são monitoráveis quase em tempo real. O vírus acumula cerca de ~7 mutações por ano.

A forma tradicional de nomenclatura de linhagens de DENV tem limitações, como a inconsistência global e a resolução insuficiente, que agrupa grande diversidade genética em poucas categorias, dificultando a detecção de novas linhagens.

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Anderson F. Brito 

@andersonfbrito_

Jan 7, 2022

Programo em Python. Adoro resolver problemas que envolvem programação. Mas se tem uma coisa que detesto é gastar horas tentando entender falhas (bugs) nos códigos. As vezes perco a esperança de achar a causa do problema, e no fim descubro que foi um 'espaço' fora do lugar. 😵‍💫💢🪲

Comecei a programar no mestrado em Microbiologia na USP. Queria tentar MSc em Bioinformática, mas o programa exigia alto nível de conhecimento em computação.

Hoje programo por que aprendi durante o PhD no Reino Unido, onde eu NÃO precisava chegar sendo especialista em computação

Como biólogo que programa, devo admitir: tenho os dois pés atrás perante alguns programadores profissionais.

Sem generalizar, mas com frequência me deparo com profissionais arrogantes, que tratam iniciantes como idiotas ('noobs'), em razão de dúvidas simples sobre programação.

Read 7 tweets

Anderson F. Brito 

@andersonfbrito_

Jan 3, 2022

"Flurona": importante esclarecer sobre esse termo (inadequado) usado para designar coinfecções pelos vírus Influenza e SARS-CoV-2

1⃣ Não, não existe um vírus híbrido da gripe/COVID
2⃣ Infecções simultâneas por vírus que se disseminam juntos acontecem: é normal, porém indesejável

É importante ter muito cuidado ao inventar termos não-oficiais para designar doenças ou patógenos. Termos como "flurona", "Delta plus" só geram confusão e ansiedade desnecessárias: "vírus híbrido", "super doença", "vírus mais agressivo".

Usem conceitos, não termos "criativos".

https://twitter.com/pedreco/status/1478034985311420418?s=20

Deixemos os neologismos para a Literatura. Funcionam bem por lá. Em saúde pública, quanto mais nos atermos aos conceitos e termos oficiais, menos ruídos e interpretações equivocadas geramos.

Podemos usar "coinfecção", "dupla infecção". Temos opções.

https://twitter.com/pedreco/status/1478034985311420418?s=20

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Anderson F. Brito 

@andersonfbrito_

Nov 13, 2021

@ECDC_EU

O cenário atual da pandemia na Europa, revelado com dados do @ECDC_EU, serve de alerta:

→ A desigualdade da cobertura vacinal é um problema global. Países com baixa cobertura têm sido duramente afetados com aumento de casos E óbitos.👇🏾🧵

A baixa cobertura vacinal em alguns países da Ásia, América Latina, Leste Europeu e em especial no continente africano tem que ser vista como um problema de todos nós.

Enquanto tivermos populações não vacinadas, o SARS-CoV-2 seguirá se disseminando mundialmente e causando danos.

Alguns países no leste europeu tem menos de 50% da população totalmente vacinada. Somada à baixa cobertura vacinal, medidas como uso de máscara e distanciamento foram negligenciadas.

Resultado: aumento nos casos, hospitais saturados, e aumento nos óbitos.

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Anderson F. Brito 

@andersonfbrito_

Oct 7, 2021

Vigilância genômica no Brasil: semanas 31 a 38 🧬🇧🇷

Variantes detectadas nas 5 regiões brasileiras, de 1/8/2021 a 25/9/2021, com 7.150 genomas sequenciados por laboratórios independentes:

🔹Delta = 5.210 (72.9%)
🔹Gamma = 1.909 (26.7%)
🔹Outras = 31 (0.4%)

Nos painéis abaixo, vemos as proporções de cada sublinhagem das principais variantes em circulação no Brasil. Tais proporções devem ser avaliadas com cautela, pois não sabemos ao certo quais estratégias de amostragem foram usadas. Logo, existem vieses.

Proporções (%) das variantes detectadas no Brasil em cada semana (datas = último dia das semanas). No mapa, o tamanho dos círculos (pizzas) denotam a quantidade de genomas amostrados nos estados, e as cores indicam as variantes.

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