Thread by @pablotsukayama

Va un resumen sobre Mu, Lambda, Gamma y otras variantes de SARS-CoV-2 de origen Sudamericano, y una discusión sobre cómo éstas pueden competir con Delta en las próximas semanas.
1.

América Latina ha sido un epicentro de COVID-19 desde inicios de la pandemia. Tenemos un 8% de la población mundial (660M) pero acumulamos más del 25% de muertes por COVID (1.4M).
2.

Brasil y México han tenido el mayor exceso de muertes por COVID en América Latina. Sin embargo, per capita, varios países más han tenido epidemias tanto o más severas (ej. Perú).
3.
ft.com/content/a2901c…

Hemos tenido niveles muy altos de transmisión en varios países y no sorprende que nuevas variantes aparte de Gamma hayan originado en la región, usualmente en presencia de una alta seroprevalencia por la primera ola de 2020.
4.
go.nature.com/3DXhrJR
bit.ly/3yVcGww

Sudamérica tiene una capacidad muy limitada de vigilancia genómica. Contribuimos menos del 2% de los datos en GISAID (65k genomas al 13-sep), que representan menos del 1% de casos reportados en los últimos meses.
5.

Más información sobre la disparidad global en capacidad de vigilancia genómica en este post + preprin de Anderson.
6.

https://twitter.com/AndersonBrito_/status/1431235752944340992?s=20

La variante P.1 / Gamma ya es conocida por todos. Su origen en Manaos y posterior exportación ha sido descrita en detalle por colegas en @CaddeProject, Fiocruz y varios más en Brasil.
7.
science.org/doi/full/10.11…
nature.com/articles/s4159…

Gamma ha generado múltiples sublinajes, ha sido exportada a 80+ países y es quizá la variante más exitosa en la región.
8.
cov-lineages.org/lineage.html?l…
outbreak.info/situation-repo…

También en Brasil apareció la variante P.2 / Zeta, de origen independiente a P.1, y que presenta la mutación S:E484K pero no N501Y ni K417N. Alcanzó su pico a inicios de 2021 pero ya ha sido reemplazada por P.1 en Brasil.
9.
journals.asm.org/doi/pdf/10.112…

Uruguay contuvo la pandemia en 2020, pero los casos empezaron a subir en diciembre junto a P.6, una variante con las mutaciones S:Q675H+Q677H. P.6 fue desplazada por P.1 desde marzo, coincidiendo con un rápido aumento de casos y muertes.
10.
wwwnc.cdc.gov/eid/article/27…

Un caso similar ocurrió en México con B.1.1.519, que se convirtió en la variante dominante en el primer trimestre de 2021. Ya ha sido reemplazada por Delta, que ha generado un nuevo aumento de casos desde julio.
11.
pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34448936/

Pasemos a C.37 / Lambda, que reportamos inicialmente en abril y de la cual tenemos bastante información reciente.
12.
medrxiv.org/content/10.110…

C.37 ha sido exportada a 38 países y alcanzó su mayor frecuencia en junio de 2021, coincidiendo con el pico de casos en la región.
13.

Lambda presenta una constelación única de mutaciones en el gen S, entre las que destacan: Δ247-253 en el dominio N-terminal y L452Q (similar a L452R en Delta) + F490S en el dominio de unión al receptor. Comparte la deleción ORF1a:Δ3675-3677 con Alpha, Beta, Gamma, Eta e Iota.
14.

Reportamos el primer caso de C.37 en Lima a finales de diciembre. Para abril, en el pico de la 2da ola en Perú, Lambda ya era el 80% de los casos secuenciados.
15.

Para entonces, C.37 ya estaba aumentando en frecuencia en Chile y Argentina durante varias semanas, incluso en presencia de las variantes Alpha y Gamma, lo que ya sugería una mayor transmisibilidad sobre las variantes de 2020.
16.
virological.org/t/novel-sublin…

Debido a su temprano crecimiento y su frecuencia máxima (casi 80%), creemos que C.37 se originó en Perú. Sin embargo, la primera secuencia C.37 se reporta desde Buenos Aires el 8-nov (EPI_ISL_2158693, aunque esta es idéntica al siguiente reporte en el país, del 29-enero).
17.

C.37 ha acumulado mutaciones adicionales de potencial interés en Spike: (1) Una deleción adicional S:Δ63-75, (2) Q675H, (3) I714V.
18.
nextstrain.org/community/quip…

Muchos países en LATAM tienen limitada capacidad para realizar estudios epidemiológicos y de laboratorio que evalúen el efecto de las mutaciones de C.37 sobre su transmisibilidad, virulencia y potencial escape inmunológico. Aquí un resumen de la evidencia temprana por PHE.
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Nueva evidencia experimental para una mayor infectividad y afinidad por ACE2, mediada por L452Q.
20.
biorxiv.org/content/10.110…
medrxiv.org/content/10.110…

Evidencia de una reducción de la neutralización por anticuerpos a niveles similares a Gamma y Delta, mediada por Δ246-253, L452Q, F490S.
21.
biorxiv.org/content/10.110…
biorxiv.org/content/10.110…
medrxiv.org/content/10.110…
medrxiv.org/content/10.110…
biorxiv.org/content/10.110…

Según dos análisis globales recientes, las mutaciones S:452 y ORF1a:3675-3677 confieren una mayor transmisión y tasa de crecimiento.
22.
biorxiv.org/content/10.110…
medrxiv.org/content/10.110…

Por último, B.1.621 / Mu. Fue reportada inicialmente en Colombia y contiene las (ya famosas) mutaciones S:E484K, N501Y y P681H, que confieren mayor transmisibilidad y evasión de anticuerpos.
23.
virological.org/t/emergence-of…
medrxiv.org/content/10.110…

Colombia ha tenido dos picos de casos en 2021. El primero (febrero) estuvo asociado a Gamma y linajes de 2020. El segundo pico (junio-julio) estuvo asociado al rápido crecimiento de Mu.
24.

Datos de Public Health England y ensayos en pseudovirus indican una reducción en neutralización por suero convalecientes (post-infección) y post-vacunación a niveles mayores que Beta (la variante con mayor capacidad de escape inmunológico hasta hoy).
25.
biorxiv.org/content/10.110…

Sin embargo, un estudio usando aislado del virus (no pseudovirus) indica que NO hay una pérdida de neutralización en Mu.
26.

https://twitter.com/mugecevik/status/1435691103169228800?s=20

Mu parece tener una tasa de crecimiento mayor a la de Gamma y Lambda, pero menor a la de Delta.
27.
medrxiv.org/content/10.110…

La evidencia sobre Mu aún es escasa, por motivos similares a Lambda: (1) Capacidad limitada en la región para estudios de laboratorio, y (2) estas variantes no han causado problemas en países de altos recursos (como en el caso de Delta).
28.

¿Qué pasa en los países que no han generado variantes propias? Vemos mezclas de variantes locales junto a linajes importados (Alpha, Epsilon) como en los casos de Argentina, Chile y Ecuador. Varios países reportan menos de 1000 genomas, y es difícil evaluar su situación.
29.

Alpha dominó en casi todo el mundo a inicios de 2021. Es posible que no lo haya hecho en Sudamérica porque Gamma, Lambda y Mu impidieron su crecimiento, ya que pudieron transmitirse mejor en poblaciones con alta inmunidad natural producto de las olas iniciales de 2020.
30.

Pero es posible que una mayor evasión del sistema inmune NO sea suficiente para superar la alta transmisibilidad de Delta. Ya empezamos a ver reportes de Delta desplazando a (1) Gamma en Brasil, (2) Lambda en Peru, y (3) posiblemente Mu en Colombia en las próximas semanas.
31.

Aquí una buena discusión sobre el posible aumento de Delta en la región en 2021.
32.

https://twitter.com/santiak/status/1435643830502576134?s=20

En Sudamérica, casi 60% de la población ha recibido una dosis de la vacuna y un 35% ha completado dos dosis. Algunas poblaciones también presentan niveles muy altos de inmunidad natural por las grandes olas de 2020 y 2021 (aunque hay pocos estudios públicos y actualizados).
33.

Esto hace que sea muy difícil predecir el inicio de una tercera ola y su potencial efecto en la región. Es probable que el aumento de Delta provoque nuevos brotes en los próximos meses, abriendo nuevamente la posibilidad de evolución de nuevas variantes regionales.
34.

Es prácticamente imposible predecir la evolución del virus. Lo mejor que podemos hacer es fortalecer nuestros sistemas de vigilancia genómica para monitorear esta evolución en tiempo real, y usar esta información para diseñar mejores estrategias de prevención y control.
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