Thread by @SaiyanBio

🥁on est vendredi, et le vendredi c’est…. DGS urgent !

le 131è de l’année (!) apporte les directives pour le changement des criblages des PCR COVID +

Est-ce qu’on va voir Omicron dès le criblage directement ? Est-ce que la politique de séquençage deviendra + cohérente ?

GO !

1️⃣On commence par un rappel, mais comme ce n’est pas fait dans 35% des cas on va prendre un tweet pour le répéter : il est OBLIGATOIRE de faire un nouveau prélèvement pour PCR si un test antigénique est positif

2️⃣Abandon de la recherche de mutation E484Q, et on a le choix (!) de 4 mutations différentes pour identifier Omicron

➡️avantage : possibilité d’avoir + de fabricants pouvant fournir des kits (ils avaient anticipé différents choix)

➡️inconvénient : tout sera remonté de façon identique dans SIDEP.. et toutes ces cibles ne sont pas équivalentes...
La del 69/70 n’est par exemple pas retrouvée dans le sous variant BA.2

➡️Sous estimation des Omicron

➡️ L’absence de mutation Omicron n’exclu pas un Omicron (!)

3️⃣Pas de criblage pour les échantillons avec une faible charge quantité de matériel génétique viral
➡️auparavant on tentait, « échec » si pas assez
➡️Désormais on ne tentera plus si Ct >30
(on peut regretter 1 seuil unique pour tous les kits, qui ont chacun leurs propres seuils)

4️⃣Modification des règles sur le séquençage :

➡️Pas de séquençage des suspicions Omicron (ou des loupés de suspicions, not. si pas de mutation L452R…)
➡️ mais maintien des séquençage si patient vacciné..??
on demande donc de séquencer des dizaines de milliers de delta / jour ?

bref, ça va encore être la m… dans les labos car on nous demande le vendredi soir de mettre en place
- une nouvelle technique
- avec des kits pas encore dispo
- et un nouveau paramétrage informatique
… pour lundi
*j’ai bien fait d’avoir fait mes achats de cadeau avant moi…*