Thread by @SaiyanBio

[Mini-Thread] : on va débunker les articles qui pullulent disant « avec Omicron, la salive est meilleure pour le détecter ! »

Pourquoi c’est factuellement faux ?
Pourquoi ce n’est pas transposable en France ?
Et surtout : est-ce que mon chat sait saliver ?

C’est parti ! ⤵️⤵️

Petit rappel : on ne confond pas le SITE de prélèvement de la TECHNIQUE permettant la mise en évidence du virus.

Cf. une synthèse des reco actuelles en France
- « Autorisé » : 1er choix
- « Toléré » : si le site « autorisé » n’est pas possible

On commence avec la 1️⃣ère étude, au titre racoleur :
« Les écouvillonnages de salive sont l’échantillon de choix pour la détection d’Omicon »
(en analyse PCR)

Voyons les limites _et_ les conclusions erronées de cette étude (oui, je spoil)

medrxiv.org/content/10.110…

Limite n°1 : les auteurs ont comparé des prélèvements de salive avec des « Midturbinate », ce qui veut dire « nasal » et pas « nasopharyngé » (NP)
➡️en France, on fait en priorité du NP
➡️on perd 1/4 des positifs en nasal vs. NP !

pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32596725/
pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33203496/

Pour illustrer :
- 1ère image : nasal (et encore, nasal profond, vous n’irez jamais aussi loin en auto-prélèvement)
- 2nde image : nasopharyngé (on est juste en haut de la gorge)

Ici, on voit que sur les effectifs :
- il n’y a pas de différence statistiquement significative de performances de détection entre le nasal et le salivaire pour Omicron (nasal > salivaire pour Delta)

- idem pour la quantité : il y a la même « charge virale » sur un écouvillon issu de la salive et nasal pour Omicron que sur de la salive Delta… mais en nasal Delta était ↗️

=> ce n’est pas la salive qui est mieux pour Omicron, c’est le nasal qui est moins bien que pour Delta!

La publi n°2️⃣ a cherché à déterminé la cinétique de détection du virus entre la salive et… un prélèvement nasal (vous savez désormais maintenant 1 limite déjà de cette étude)

journals.asm.org/doi/epdf/10.11…

Pour faire simple ici :
- les auteurs jouent entre les limites de détection / limites de sensibilité pour s’arranger avec les données
- toutes les cinétiques ne sont pas superposables entre le patients : parfois c’est le nasal le premier à être identifié !

Conclusion:
-aucune étude n’a montré que salive (PCR) > nasopharyngé (PCR)
au mieux on a salive (PCR) = nasal (PCR)
-je n’ai pas parlé des nombreuses études qui montrent que salive (PCR) > nasal (Ag).. mais parce que PCR > Ag !
Soyez 🧐

Pour ceux qui veulent explorer la salive👇

https://twitter.com/saiyanbio/status/1466826743130603526