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Apr 11 • 26 tweets • 12 min read
Hace dos años propusimos un plan para crear una red de vigilancia genómica de SARS-CoV-2 en Perú. Este mes cerramos el proyecto y agotamos los últimos recursos disponibles. Va un resumen del trabajo y lecciones aprendidas en dos años de estudiar genomas en pandemia. 🧵
1/24
Este post se basa en nuestra presentación hace unas semanas en el evento organizado por @Concytec y @UKinPeru. Aquí la nota de prensa.
gob.pe/institucion/co…
2/
Empezamos en abril 2020 con la primera ronda de proyectos de emergencia COVID-19 del @Concytec. En la primera fase, optimizamos métodos para secuenciar el genoma de SC-2 y estudiar su evolución local. La meta fue generar 1,000 genomas virales en 2020.
3/
 fondecyt.gob.pe/convocatorias/…
En mayo, INS había reportado el primer genoma en Perú e iniciaba su propia estrategia de vigilancia genómica.
4/
 doi.org/10.1128/MRA.00…
En julio, al fin obtuvimos todos los reactivos y permisos para iniciar. Los primeros análisis confirmaron la introducción del SC-2 desde Europa y la dominancia temprana del linaje B.1.1.1, que meses después evolucionaría hacia una forma más contagiosa.
5/
Cerramos 2020 con 1200+ genomas entre INS+UPCH y noticias de variantes más transmisibles desde Inglaterra, Sudáfrica y Brasil. Cerraba el proyecto y nos quedamos sin fondos cuando más necesitábamos monitorear la entrada de nuevas variantes en el país.
6/
 larepublica.pe/domingo/2021/0…
En marzo 2021, obtuvimos S/800,000 adicionales de Concytec para escalar y descentralizar nuestra estrategia de vigilancia. Se unían nuevos colaboradores de UNSA, UNTRM y UNMSM.
7/
Por entonces, llegábamos al pico de la segunda ola en Perú y la cosa pintaba muy mal. Se pensaba que la variante Gamma, importada desde Brasil, sería responsable de la nueva ola de contagios.
8/
En abril 2021, reportamos un nuevo linaje, C.37, que se expandía rápidamente en Peru, Chile y Argentina y competía con Gamma en la región. Inicialmente se le llamó ‘Variante Andina’.
9/
Al comienzo, INS minimizó los resultados. En mayo, luego escalar sus sistema de vigilancia a nivel nacional, empezaron a generar 1000+ genomas por mes y confirmaron la presencia de C.37 en 70%+ de sus muestras.
10/
 web.ins.gob.pe/es/prensa/noti…
web.ins.gob.pe/index.php/es/p…
En junio 2021, luego de varias discusiones con expertos en la región, OMS designó a C.37 como ‘Variante de Interés Lambda’ 6+ meses después de haberse identificado por primera vez y luego exportarse a 30+ países.
11/
 who.int/en/activities/…
(El paper sobre Lambda, ya revisado por pares, fue publicado en Octubre en el journal Microbiology Spectrum de @ASMicrobiology)
12/
 doi.org/10.1128/Spectr…
En mayo, llegarían los primeros casos de Delta a Perú, que reemplazaría lentamente a Lambda, Gamma y Mu hasta volverse la variante dominante en la región a finales de 2021.
13/
En agosto, ya con los casos de bajada, pudimos completar la transferencia de protocolos a nuestros amigos de UNSA en Arequipa, generando las primeras secuencias fuera de Lima.
14/
En octubre, terminamos de implementar los métodos en Chachapoyas, gracias a la colaboración con UNTRM y DIRESA Amazonas.
15/
En noviembre aparece Omicron. Su rápida identificación es posible gracias al excelente trabajo de científicos en Sudáfrica. El mundo les responde con cierre de vuelos que no funcionaron: Omicron llegaría a todos los países para enero 2022.
16/
En febrero, nuestros colaboradores en San Marcos empiezan a generar nuevos datos de vigilancia en Lima y reportamos los primeros casos de Omicron BA.2 en Perú junto a INS.
17/
 gestion.pe/peru/covid-19-…
Marzo 2022: Entre UPCH, PUCP, UNMSM, UNSA, UNTRM logramos descentralizar la vigilancia genómica y aportamos 2500+ genomas de casos en Amazonas, Arequipa, Cusco, Lima y Callao, que representan el 12% de los casi 20,000 genomas peruanos reportados en GISAID desde 2020.
18/
No hemos podido conseguir financiamiento para mantener la red en funcionamiento y ahora toda la vigilancia de SC-2 queda en manos de INS. Esperemos que MINSA y autoridades sigan financiando este programa y que aprecien el aporte de las universidades en los dos últimos años.
19/
Más allá del Covid, esta red de universidades y laboratorios regionales puede ayudar ante la amenaza de nuevas pandemias. Respondimos muy lento frente el Covid y debemos ser más eficientes ante futuros virus de potencial pandémico.
20/
 technologyreview.com/2022/02/23/104…
OMS acaba de lanzar una estrategia global de 10 años para la vigilancia genómica de patógenos, enfatizando la necesidad de desarrollar capacidades locales y promover #datosabiertos para mejorar la capacidad de respuesta de todos los países.
21/
 who.int/news/item/30-0…
La pandemia no ha terminado. Llegarán nuevas olas y variantes mientras el virus se siga transmitiendo y no haya una distribución justa de vacunas a nivel global. Debemos seguir rastreando la evolución del virus. No es momento de bajar la guardia.
22/
Todo nuestro agradecimiento a las personas e instituciones que hicieron posible este trabajo. Tenemos una red sólida de científicos peruanos que aún tiene mucho por aportar. Si conocen de fundaciones o empresas que quieran financiar nuestro trabajo, ¡pasen la voz!
23/
Y un agradecimiento especial a este maravilloso grupo de jóvenes científicxs que tengo el honor de dirigir en @CayetanoHeredia. Nada de esto sería posible sin ellos. Seguiremos informando🖖

24/
 Fin.
¡Muchas gracias por todo el apoyo! Una de las cosas más bonitas en estos dos años ha sido conocer a tanta gente nueva y poder mostrar que científicxs + universidades podemos aportar desde lo nuestro.

Talento y ganas, hay. Pero aún falta bastante apoyo.
Recuerdo que hace un año varios candidatos a presidente y congreso hablaban de apoyar a los científicos locales. Y que la toma de decisiones para el manejo de la pandemia se basaría en evidencia científica. ¿Qué fue de ellos?

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Dec 23, 2021
Hace un mes nos enteramos de la existencia de Omicron. Hoy, está en 90+ países, creciendo exponencialmente en los que pueden pueden registrarlo. También sabemos un poco más sobre la nueva variante, y esto no pinta nada bien para las próximas semanas. 🧵
1/n
Primero: La evidencia es preliminar y aún es temprano para sacar conclusiones definitvas. Mi interpretación de los datos puede ser pesimista y es posible que el impacto de Omicron sea menor al del resto de variantes. Pero ante la incertidumbre prefiero actuar con cautela.
2/
Se han reportado varios estudios epidemiológicos, de laboratorio y de modelamiento (a una velocidad alucinante) que confirman que Omicron es preocupante. Empecemos por este resumen de @UKHSA del 15-dic. assets.publishing.service.gov.uk/government/upl…
3/
Read 31 tweets
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Nov 29, 2021
Sabemos muy poco sobre la nueva variante Omicron / B.1.1.529. Va un resumen de la limitada evidencia disponible y por qué, en mi opinión, debemos ser cautos pero no alarmistas sobre su llegada a la región.
1/24🧵
2. Los primeros casos de un nuevo linaje llamado B.1.529 se reportaron en muestras colectadas en Sudáfrica y Botswana el 12-20 de noviembre.
3. Hoy se reportan en GISAID 176 genomas Omicron de Sudáfrica (n=124), Botswana (n=19) y viajeros provenientes de Africa en Holanda, Hong Kong, Australia, Inglaterra, Canada, Italia, Alemania, Israel, Bélgica y Austria.
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Nov 22, 2021
Tomó un tiempo, pero Delta ya es la variante de SARS-CoV-2 que domina en Sudamérica. Y ahora, ¿Qué sigue en los próximos meses?
1/n 🧵
2. La llegada de Delta a desde junio coincide con una caída sostenida de nuevos casos luego de los picos de abril-mayo en varios países de la región. Nuestra calma actual contrasta con la alarmante situación de varios países de Europa.
3. La reducción de casos también coincide con el rápido aumento de la vacunación en la región, a pesar de las marcadas diferencias entre países de mayores y menores recursos. Noten también la injusta y alarmante situación de la África frente al resto de regiones.
Read 30 tweets
Pablo Tsukayama Profile picture
Sep 14, 2021
Va un resumen sobre Mu, Lambda, Gamma y otras variantes de SARS-CoV-2 de origen Sudamericano, y una discusión sobre cómo éstas pueden competir con Delta en las próximas semanas.
1. ImageImage
América Latina ha sido un epicentro de COVID-19 desde inicios de la pandemia. Tenemos un 8% de la población mundial (660M) pero acumulamos más del 25% de muertes por COVID (1.4M).
2. Image
Brasil y México han tenido el mayor exceso de muertes por COVID en América Latina. Sin embargo, per capita, varios países más han tenido epidemias tanto o más severas (ej. Perú).
3.
 ft.com/content/a2901c… ImageImageImageImage
Read 35 tweets
Pablo Tsukayama Profile picture
Sep 8, 2021
Hello from Peru. Recently, there's been some buzz about Lambda, Mu, and variants coming out of South America. Here's a summary of the variant landscape in the region where Delta is yet to dominate (but will soon), as we prepare for a new wave of cases in the following weeks.
1/n
Let me first bring your attention to Latin America, an epicenter for COVID-19 since the start of the pandemic. We have around 8% of the world population (660M) yet accumulate 25+% (1.4M) of COVID deaths.
ft.com/content/a2901c…
2/
While much attention has focused on Brazil due to the magnitude of its epidemic (584k+ COVID deaths, pop. 210M+), relative to pop size, many countries in the region have had similar or worse epidemics.
3/
Read 31 tweets
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May 20, 2021
Hace un mes reportamos una nueva variante de SARS-CoV-2 que se expande rápidamente en Sudamérica. Le llamamos C.37, aunque algunos ya le llaman "variante andina". Les cuento lo que sabemos hasta hoy.
1/25
Empecemos diciendo que preferimos no llamar a las variantes SARS-CoV-2 por su país de orígen (británica, sudafricana, etc) ya que asume que la evolución de variantes es responsabilidad de estos países y alimenta nacionalismos innecesarios en respuesta a un desafío global.
2/
Este update se basa en datos subidos a @GISAID. Podemos analizar secuencias genómicas de todo el mundo porque los países e investigadorxs que los generan los comparten de forma abierta y transparente. ¡Van 1,6 millones de genomas publicados!
3/
Read 31 tweets

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