Thread by @UDOWave

@histojolie @duxpacis @lupolynesia @KcLoradrenaline @LapiGreg @lionel_case @pallia_doc @SaiyanBio Étant donné que @histojolie a été assez gentille pour nous fournir ce document analysons le. "Cross-reactivity" indique que ce chapitre va nous parlez des potentiels cibles non spécifique du kit donné. On voit qu'une liste de 43 pathogènes ont été testés. 1/n

@histojolie @duxpacis @lupolynesia @KcLoradrenaline @LapiGreg @lionel_case @pallia_doc @SaiyanBio les résultats sont donnés juste en dessous. On nous dis que parmis tous ces organismes testés, l'amorce forward a 80% d'homologie avec Neisseria Elongata tandis que la sonde et l'amorce reverse partagent 36% d'homologie. Kezako ? Une PCR Taqman a besoin de 3 choses. 2/n

@histojolie @duxpacis @lupolynesia @KcLoradrenaline @LapiGreg @lionel_case @pallia_doc @SaiyanBio Une amorce dite Forward, en amont de la séquence voulue. Une amorce dites Reverse à la fin de la séquence et une sonde fluorescente entre les deux. Pour qu'une PCR Taqman fonctionne et donne un signal, il faut que les 3 parviennent à se fixer et dans cet ordre précis. 3/n

@histojolie @duxpacis @lupolynesia @KcLoradrenaline @LapiGreg @lionel_case @pallia_doc @SaiyanBio L'homologie de l'amorce reverse et de la sonde étant faible, le document indique que le risque de faux positif sur le gène N est faible. Pourquoi spécifier le gène N ? Parce que pour que le test soit positif, on test non pas 1, ni 2 mais 3 gènes du SARS-CoV2 : N, ORF1ab, S. 4/n

@histojolie @duxpacis @lupolynesia @KcLoradrenaline @LapiGreg @lionel_case @pallia_doc @SaiyanBio Par conséquent même une amplification faible sur N seul ne suffirait pas à rendre le test positif.

Continuons d'analyser les résultats. On nous dis qu'une analyse sur Blast a monté 80% d'homologie d'un des composants (forward, sonde ou reverse) pour certains isolats. 5/n

@histojolie @duxpacis @lupolynesia @KcLoradrenaline @LapiGreg @lionel_case @pallia_doc @SaiyanBio Et on nous reprécise comme je le fais plus haut que même une forte homologie sur un seul des composants ne peut donner un signal positif sur la PCR. Donc pas d'inquiétude à avoir. (Pour BLAST, c'est un logiciel d'alignement de séquences biologique accessible à tous. Il permet 6/n

@histojolie @duxpacis @lupolynesia @KcLoradrenaline @LapiGreg @lionel_case @pallia_doc @SaiyanBio de vérifier si des organismes partagent des séquences ADN, ARN ou protéiques similaires. blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi )
Pour finir, on nous indique que parfois, des microorganismes d'une même espèce mais d'une lignée différentes avaient également une homologie forte avec l'un des 7/n

@histojolie @duxpacis @lupolynesia @KcLoradrenaline @LapiGreg @lionel_case @pallia_doc @SaiyanBio 3 composants de la PCR. Mais comme il s'agit de lignées différentes, il ne peut pas y avoir d'amplification dans l'échantillon. Le rapport conclut donc que la qPCR donnée est spécifique. C'est tout ! 8/8

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