CH.1.1* en XBB.1.5* stijgen flink, terwijl de rest van de BA.2.75* en XBB* gemiddeld licht dalen.
Maar let op, er stijgen er waarschijnlijk nog meer, zoals XBF en XBB.1.9.1, maar die staan niet in de tabellen en bestanden. 1/8
Ik heb CH.1.1* en XBB.1.5* nog even los in een logaritmische schaal gegoten, om te kunnen zien welke het hardst stijgt.
Tja. Zeg het maar!
*De meest recente incomplete week heb ik eraf gehaald, omdat die meestal geen representatief beeld geeft van de groei. 2/8
Een licht voordeel voor XBB.1.5, zou ik denken.
Maar wat gebeurt er als je BA.2.75* en XBB* als een geheel neemt?
Dan lijkt BA.2.75* duidelijk harder te groeien, omdat CH.1.1 nu op een hoger percentage zit.
Dat betekent dus niet persee dat BA.2.75 uiteindelijk zal winnen! 3/8
Maar...
Jullie raden het vast al. De prognose van het @rivm .
Tada!
(Deze gaan we er over een week of drie weer eens bij pakken...) 4/8
Ik heb de afgelopen maanden er weer even bijgepakt. Van oud naar jong. Er zit er een tussen waarbij XBB nu al dominant zou zijn. Wel met een veel grotere onzekerheidsmarge. En terecht!
De bruine XBB lijn wordt steeds stijler, om vervolgens weer te dalen. 5/8
Vorige week dacht ik, het is onterecht dat alle BA.2.75 op een hoop gegooid worden, maar als je het doet, gaan niet door rise lijn echt wel wat hoger!
Zie hoeveel de roze punten boven de lijn zitten.
Maar goed, dat is deze week dubbel en dwars goedgemaakt. Helaas... 6/8
Begrijp me niet verkeerd. Voorspellen hoe het gaat lopen is tegenwoordig heel lastig!
Maar de ene BA.2.75 is gewoon echt de andere niet. En geen onderscheid maken tussen de verschillende belangrijke varianten kan gewoon niet!
7/8
Ook staat de CH.1.1*, met zijn aandeel van 12% nog steeds niet los in de gele @rivm tabel.
Ik heb de grafiek gemaakt door de aantallen los uit het data bestand te halen.
In de laatste random samples van @amsterdamumc en @inBiome is CH.1.1 nog steeds de meest voorkomende groeiende variant, maar XBB.1.5 lijkt aan de crowd van groeiende varianten te ontsnappen en op weg om CH.1.1 in te halen 👀.
Een 🧵 over de data in Nederland!
1/12
Ook in de landelijke surveillence is de XBB.1.5 in opkomst, maar het beeld is daar minder duidelijk.
Ik wil hier dan ook een paar nadelen van de kiemsurveillence bespreken.
Ten eerste kun je zien dat de grafiek hier t/m week 52 loopt en die van Amsterdam t/m week 1.
2/12
Verder heb ik de CH.1.1 data van de data website moeten halen, omdat die nog niet opgenomen zijn in de kiemsurveillence tabel.
De kleinere groeiende varianten, die soms elders op de wereld al dominant zijn, worden in beide niet genoemd!
XBB.1.5 is not the only fastly growing variant we should be keeping an eye on!
Fortunately Denmark is still sequencing a lot of samples fast. Around 3k per week!
Plus, they have many of those variants around.
A 🧵 on BR.2.1, CH.1.1(.1), XAY.2, XBB.1.5, XBC.1, XBF and XBK! 1/6
CH.1.1* has the highest percentage of those. That makes sense, since it's very common in the UK.
But it doesn't seem to grow as fast as DeltaOmicron recombinant descendant XBC.1, which was very common in the Philippines and which is common and growing in Western Australia 2/6
I left out CH.1.1 and XAY.2. (XAY is originally from South Africa), to get a clearer view.
You can see BR.2.1 growing as well, but not as fast as XBF. Those both come from Australia and are competing there, while BR.2.1 is the biggest in New South Wales and XBF in Victoria. 3/6
Nog niet alle varianten die ik graag zou zien, maar XBB.1.5 staat erbij!
De weken kloppen ook niet, maar misschien was het een haastklus 😉. Daar hoor je mij niet over klagen.
En in de te downloaden tabel staan de weken wel goed.
I have made graphs about the variant soup in Australia, because of 2 new variants that are gaining ground there.
BR.2.1 is found mostly in New South Wales and XBF in Victoria. But other states and countries are following!
They both look really fast, but it's still early. 1/4
I didn't make graphs for Australia for a while, because there is bias in the data, because certain samples are prioritised for sequencing. Like samples of people that are hospitilised, from travellers and SGTP samples. At least in NSW.
So please keep that in mind! 2/4
I took parental lineages to show in the graph. This might mean growth underestimation.
BR.2* instead of BR.2.1, because BR.2.1's have an extra ORF8 mutation, but since ORF8 is not always being sequenced, they cannot be distinguished, eg. 3/4
Let op, BQ.1* betekent BQ.1 en al zijn sublineages, dus ook BQ.1.1.
Zoals altijd is de laatste week voorlopig, omdat er nog samples bij gaan komen. 1/4
Op log-schaal kun je zien dat BQ.1.1* ietsje harder groeit dan BQ.1* en dat XBB de laatste week ook flink gegroeid is. Maar die lijn is niet vloeiend en de aantallen zijn nog klein. Even afwachten nog wat dat gaat worden.
Dat laatste geldt voor BA.2.75*/BN.1*. 2/4
XBB* en BA.2.75* waren samen een kleine 5% van de samples in week 43 (laatste week van oktober). Er waren verder weinig andere BA.2-achtigen, maar volgens de SGTF data maakten BA.2-achtigen in (het begin van) week 45 zo'n 10% van de samples uit.