#kiemsurveillence #Nederland

CH.1.1* en XBB.1.5* stijgen flink, terwijl de rest van de BA.2.75* en XBB* gemiddeld licht dalen.

Maar let op, er stijgen er waarschijnlijk nog meer, zoals XBF en XBB.1.9.1, maar die staan niet in de tabellen en bestanden.
1/8 Image
Ik heb CH.1.1* en XBB.1.5* nog even los in een logaritmische schaal gegoten, om te kunnen zien welke het hardst stijgt.

Tja. Zeg het maar!

*De meest recente incomplete week heb ik eraf gehaald, omdat die meestal geen representatief beeld geeft van de groei.
2/8 Image
Een licht voordeel voor XBB.1.5, zou ik denken.

Maar wat gebeurt er als je BA.2.75* en XBB* als een geheel neemt?

Dan lijkt BA.2.75* duidelijk harder te groeien, omdat CH.1.1 nu op een hoger percentage zit.

Dat betekent dus niet persee dat BA.2.75 uiteindelijk zal winnen!
3/8 Image
Maar...

Jullie raden het vast al. De prognose van het @rivm .

Tada!

(Deze gaan we er over een week of drie weer eens bij pakken...)
4/8 Image
Ik heb de afgelopen maanden er weer even bijgepakt. Van oud naar jong. Er zit er een tussen waarbij XBB nu al dominant zou zijn. Wel met een veel grotere onzekerheidsmarge. En terecht!

De bruine XBB lijn wordt steeds stijler, om vervolgens weer te dalen.
5/8 ImageImage
Vorige week dacht ik, het is onterecht dat alle BA.2.75 op een hoop gegooid worden, maar als je het doet, gaan niet door rise lijn echt wel wat hoger!

Zie hoeveel de roze punten boven de lijn zitten.

Maar goed, dat is deze week dubbel en dwars goedgemaakt. Helaas...
6/8 ImageImage
Begrijp me niet verkeerd. Voorspellen hoe het gaat lopen is tegenwoordig heel lastig!

Maar de ene BA.2.75 is gewoon echt de andere niet. En geen onderscheid maken tussen de verschillende belangrijke varianten kan gewoon niet!
7/8
Ook staat de CH.1.1*, met zijn aandeel van 12% nog steeds niet los in de gele @rivm tabel.
Ik heb de grafiek gemaakt door de aantallen los uit het data bestand te halen.

data.rivm.nl/covid-19/

De tabel en prognose komen hier vandaan.

rivm.nl/coronavirus-co…
8/8 Image

• • •

Missing some Tweet in this thread? You can try to force a refresh
 

Keep Current with Josette Schoenmakers

Josette Schoenmakers Profile picture

Stay in touch and get notified when new unrolls are available from this author!

Read all threads

This Thread may be Removed Anytime!

PDF

Twitter may remove this content at anytime! Save it as PDF for later use!

Try unrolling a thread yourself!

how to unroll video
  1. Follow @ThreadReaderApp to mention us!

  2. From a Twitter thread mention us with a keyword "unroll"
@threadreaderapp unroll

Practice here first or read more on our help page!

More from @JosetteSchoenma

Jan 18
In de laatste random samples van @amsterdamumc en @inBiome is CH.1.1 nog steeds de meest voorkomende groeiende variant, maar XBB.1.5 lijkt aan de crowd van groeiende varianten te ontsnappen en op weg om CH.1.1 in te halen 👀.

Een 🧵 over de data in Nederland!
1/12
Ook in de landelijke surveillence is de XBB.1.5 in opkomst, maar het beeld is daar minder duidelijk.

Ik wil hier dan ook een paar nadelen van de kiemsurveillence bespreken.

Ten eerste kun je zien dat de grafiek hier t/m week 52 loopt en die van Amsterdam t/m week 1.
2/12
Verder heb ik de CH.1.1 data van de data website moeten halen, omdat die nog niet opgenomen zijn in de kiemsurveillence tabel.

De kleinere groeiende varianten, die soms elders op de wereld al dominant zijn, worden in beide niet genoemd!

data.rivm.nl/covid-19/
3/12
Read 13 tweets
Jan 6
XBB.1.5 is not the only fastly growing variant we should be keeping an eye on!

Fortunately Denmark is still sequencing a lot of samples fast. Around 3k per week!

Plus, they have many of those variants around.

A 🧵 on BR.2.1, CH.1.1(.1), XAY.2, XBB.1.5, XBC.1, XBF and XBK!
1/6
CH.1.1* has the highest percentage of those. That makes sense, since it's very common in the UK.
But it doesn't seem to grow as fast as DeltaOmicron recombinant descendant XBC.1, which was very common in the Philippines and which is common and growing in Western Australia
2/6
I left out CH.1.1 and XAY.2. (XAY is originally from South Africa), to get a clearer view.
You can see BR.2.1 growing as well, but not as fast as XBF. Those both come from Australia and are competing there, while BR.2.1 is the biggest in New South Wales and XBF in Victoria.
3/6
Read 6 tweets
Jan 6
Joehoe! 🥳

Nog niet alle varianten die ik graag zou zien, maar XBB.1.5 staat erbij!

De weken kloppen ook niet, maar misschien was het een haastklus 😉. Daar hoor je mij niet over klagen.
En in de te downloaden tabel staan de weken wel goed.

Maarre XBB.1.5 🚀
1/3
Ook in de inschatting voor de toekomst staan CH.1.1, XBB.1.5 en XBF nog niet, dus die mag ook 🚮.

Maar in de Saltro XBF tabel lijkt SGTF door te dalen. Boven de lijnen zitten XBB*, BA.2.75* (CH.1.1 en BR.2.1), XBF allemaal bij elkaar.
2/3
Hier de 2 tabellen. In de gele kloppen de weken dus niet.

rivm.nl/coronavirus-co…
3/3
Read 4 tweets
Jan 6
'Kuipers wil dat eerste Kamer terugkomt van reces om coronamaatregelen China'

1- Hypocriet om China op te voeren, omdat ze nu doen wat wij allang deden.

2-En dat terwijl we zelf niet eens de kiemsurveillence op orde hebben!

Een schoffering naar de GGD en labs die sequencen!🧵
Waarom een schoffering? Omdat er echt nog wel veel mensen zijn die hun best doen om te zorgen dat wij zicht op dit virus houden!

Mensen die zich laten PCR testen, GGD-en die testen afnemen, (ziekenhuis-)labs en @rivm
die samples sequencen.

En wat doen we met de resultaten?
Zeer weinig!

Voor de gelegenheid heb ik de data die vanmiddag in de kiemsurveillence komen, zelf verwerkt.
Maar, verrassing!
Los:

Geen CH.1.1 (England)
Geen XBB.1.5 (New York)
Geen BR.2.1 (NSW)
Geen XBF (Victoria)
BR.2.1 en XBF clashen in Australië.

Screenshots van CovSpectrum
Read 10 tweets
Nov 14, 2022
I have made graphs about the variant soup in Australia, because of 2 new variants that are gaining ground there.

BR.2.1 is found mostly in New South Wales and XBF in Victoria. But other states and countries are following!

They both look really fast, but it's still early.
1/4 Image
I didn't make graphs for Australia for a while, because there is bias in the data, because certain samples are prioritised for sequencing. Like samples of people that are hospitilised, from travellers and SGTP samples. At least in NSW.

So please keep that in mind!
2/4 ImageImage
I took parental lineages to show in the graph. This might mean growth underestimation.

BR.2* instead of BR.2.1, because BR.2.1's have an extra ORF8 mutation, but since ORF8 is not always being sequenced, they cannot be distinguished, eg.
3/4
Read 4 tweets
Nov 11, 2022
Kiemsurveillence.

BQ.1* heeft BF.7* in week 43 bijgehaald.

Let op, BQ.1* betekent BQ.1 en al zijn sublineages, dus ook BQ.1.1.

Zoals altijd is de laatste week voorlopig, omdat er nog samples bij gaan komen.
1/4 Image
Op log-schaal kun je zien dat BQ.1.1* ietsje harder groeit dan BQ.1* en dat XBB de laatste week ook flink gegroeid is. Maar die lijn is niet vloeiend en de aantallen zijn nog klein. Even afwachten nog wat dat gaat worden.
Dat laatste geldt voor BA.2.75*/BN.1*.
2/4 Image
XBB* en BA.2.75* waren samen een kleine 5% van de samples in week 43 (laatste week van oktober). Er waren verder weinig andere BA.2-achtigen, maar volgens de SGTF data maakten BA.2-achtigen in (het begin van) week 45 zo'n 10% van de samples uit.

Waar zal dit heen gaan?
3/4 ImageImage
Read 4 tweets

Did Thread Reader help you today?

Support us! We are indie developers!


This site is made by just two indie developers on a laptop doing marketing, support and development! Read more about the story.

Become a Premium Member ($3/month or $30/year) and get exclusive features!

Become Premium

Don't want to be a Premium member but still want to support us?

Make a small donation by buying us coffee ($5) or help with server cost ($10)

Donate via Paypal

Or Donate anonymously using crypto!

Ethereum

0xfe58350B80634f60Fa6Dc149a72b4DFbc17D341E copy

Bitcoin

3ATGMxNzCUFzxpMCHL5sWSt4DVtS8UqXpi copy

Thank you for your support!

Follow Us on Twitter!

:(