Share this page!

Enter URL or ID to Unroll

You can paste full URL like: https://x.com/threadreaderapp/status/1644127596119195649
or just the ID like: 1644127596119195649

How to get URL link on X (Twitter) App

  1. On the Twitter thread, click on or icon on the bottom
  2. Click again on or Share Via icon
  3. Click on Copy Link to Tweet
  4. Paste it above and click "Unroll Thread"!
  5. More info at Twitter Help
Josette Schoenmakers Profile picture
Josette Schoenmakers
@JosetteSchoenma
3 subscribers
Feb 4, 2023 • 10 tweets • 6 min read
#kiemsurveiilance
Het @rivm heeft deze week weer een interessante speurtocht uitgezet!

Maar ik denk dat ik de schat gevonden heb. Een snel groeiende XBF!

Zie de lichtblauwe stipjes onderin voor het resultaat en de 🧵 voor mijn zoektocht.
1/9 XBF laat al een tijd een flinke groei zien in de wereld.

In Victoria/Australië is XBF inmiddels dominant en in de rest van het land lijkt ie inmiddels ook BR.2.1 voorbij te gaan.

In andere landen, zoals Zweden, zien we ook een flinke groei van XBF.
cov-spectrum.org/explore/World/…
2/9
Jan 20, 2023 • 8 tweets • 5 min read
#kiemsurveillence #Nederland

CH.1.1* en XBB.1.5* stijgen flink, terwijl de rest van de BA.2.75* en XBB* gemiddeld licht dalen.

Maar let op, er stijgen er waarschijnlijk nog meer, zoals XBF en XBB.1.9.1, maar die staan niet in de tabellen en bestanden.
1/8 Image Ik heb CH.1.1* en XBB.1.5* nog even los in een logaritmische schaal gegoten, om te kunnen zien welke het hardst stijgt.

Tja. Zeg het maar!

*De meest recente incomplete week heb ik eraf gehaald, omdat die meestal geen representatief beeld geeft van de groei.
2/8 Image
Jan 18, 2023 • 13 tweets • 8 min read
In de laatste random samples van @amsterdamumc en @inBiome is CH.1.1 nog steeds de meest voorkomende groeiende variant, maar XBB.1.5 lijkt aan de crowd van groeiende varianten te ontsnappen en op weg om CH.1.1 in te halen 👀.

Een 🧵 over de data in Nederland!
1/12 Ook in de landelijke surveillence is de XBB.1.5 in opkomst, maar het beeld is daar minder duidelijk.

Ik wil hier dan ook een paar nadelen van de kiemsurveillence bespreken.

Ten eerste kun je zien dat de grafiek hier t/m week 52 loopt en die van Amsterdam t/m week 1.
2/12
Jan 6, 2023 • 6 tweets • 3 min read
XBB.1.5 is not the only fastly growing variant we should be keeping an eye on!

Fortunately Denmark is still sequencing a lot of samples fast. Around 3k per week!

Plus, they have many of those variants around.

A 🧵 on BR.2.1, CH.1.1(.1), XAY.2, XBB.1.5, XBC.1, XBF and XBK!
1/6 CH.1.1* has the highest percentage of those. That makes sense, since it's very common in the UK.
But it doesn't seem to grow as fast as DeltaOmicron recombinant descendant XBC.1, which was very common in the Philippines and which is common and growing in Western Australia
2/6
Jan 6, 2023 • 4 tweets • 3 min read
Joehoe! 🥳

Nog niet alle varianten die ik graag zou zien, maar XBB.1.5 staat erbij!

De weken kloppen ook niet, maar misschien was het een haastklus 😉. Daar hoor je mij niet over klagen.
En in de te downloaden tabel staan de weken wel goed.

Maarre XBB.1.5 🚀
1/3 Ook in de inschatting voor de toekomst staan CH.1.1, XBB.1.5 en XBF nog niet, dus die mag ook 🚮.

Maar in de Saltro XBF tabel lijkt SGTF door te dalen. Boven de lijnen zitten XBB*, BA.2.75* (CH.1.1 en BR.2.1), XBF allemaal bij elkaar.
2/3
Jan 6, 2023 • 10 tweets • 5 min read
'Kuipers wil dat eerste Kamer terugkomt van reces om coronamaatregelen China'

1- Hypocriet om China op te voeren, omdat ze nu doen wat wij allang deden.

2-En dat terwijl we zelf niet eens de kiemsurveillence op orde hebben!

Een schoffering naar de GGD en labs die sequencen!🧵 Waarom een schoffering? Omdat er echt nog wel veel mensen zijn die hun best doen om te zorgen dat wij zicht op dit virus houden!

Mensen die zich laten PCR testen, GGD-en die testen afnemen, (ziekenhuis-)labs en @rivm
die samples sequencen.

En wat doen we met de resultaten?
Nov 14, 2022 • 4 tweets • 2 min read
I have made graphs about the variant soup in Australia, because of 2 new variants that are gaining ground there.

BR.2.1 is found mostly in New South Wales and XBF in Victoria. But other states and countries are following!

They both look really fast, but it's still early.
1/4 Image I didn't make graphs for Australia for a while, because there is bias in the data, because certain samples are prioritised for sequencing. Like samples of people that are hospitilised, from travellers and SGTP samples. At least in NSW.

So please keep that in mind!
2/4 ImageImage
Nov 11, 2022 • 4 tweets • 2 min read
Kiemsurveillence.

BQ.1* heeft BF.7* in week 43 bijgehaald.

Let op, BQ.1* betekent BQ.1 en al zijn sublineages, dus ook BQ.1.1.

Zoals altijd is de laatste week voorlopig, omdat er nog samples bij gaan komen.
1/4 Image Op log-schaal kun je zien dat BQ.1.1* ietsje harder groeit dan BQ.1* en dat XBB de laatste week ook flink gegroeid is. Maar die lijn is niet vloeiend en de aantallen zijn nog klein. Even afwachten nog wat dat gaat worden.
Dat laatste geldt voor BA.2.75*/BN.1*.
2/4 Image
Oct 4, 2022 • 4 tweets • 2 min read
Ik geef BQ.1/BQ.1.1 in Nederland de grootste kans om binnenkort dominant te worden. Omdat ze heel hard groeien en al regelmatig gevonden zijn in Nederland. En daar lijkt de immuniteit na basis vaccinaties en BA.1 infectie dus minder goed tegen te beschermen dan immuniteit na BA.5 Image Maar ik herhaal nogmaals dat ik denk dat een BA.1 vaccin nemen beter is dan helemaal geen vaccin nemen.
Jul 20, 2022 • 5 tweets • 4 min read
My view and data on BA.2.75:
- India is a very big country, best to look at regions.
- Even regions are big and city's can differ a lot and will not be equaly fast at sequencing.
- Total numbers of sequenced samples are low compared to ☝️
- ☝️big influence of clusters on rate
1/5 - cases are often only rising once new variants become dominant, which might not be the case yet in several regions.

Looking at 8 graphs I conclude that regions differ, BA.5 and BA.2.75 rates are growing overall and in most regions BA.2.75 seems to grow faster than BA.5.
2/5
May 30, 2022 • 9 tweets • 4 min read
Very nice and recent view of the different variants/mutations that are found in Amsterdam by PCR variant screening.

Will BA.2.12.1 try and take over from BA.4/5?

Some more European data in this thread.
1/6 In the Netherlands, in data from random surveillence (2 weeks behind on ☝️) BA.2.12.1 has the most samples of the 3 main growing variants recently, but BA.5 seems to grow a littlebit faster.
2/6
May 30, 2022 • 7 tweets • 6 min read
Mooie weergave van de opkomst van verschillende varianten in Amsterdam en daarmee de snelle vermindering van de BA.2's zonder gemuteerde L425!

BA.2.12.1 (L452Q) lijkt toch nog een poging te willen wagen tegenover BA.4/5 (L452R).
L452M lijkt het te gaan afleggen.
1/7 Dit is het beeld in de kiemsurveillence (random) voor Nederland (tot aan week 19 i.p.v. 21).
Hierin zijn BA.4 en BA.5 los te zien. BA.2.12.1 kwam het meest voor, maar BA.5 lijkt het snelst te groeien.

Let op, nog steeds onverklaarbaar veel onbekende samples. @RIVM?
2/7
May 11, 2022 • 16 tweets • 8 min read
Maar even een draadje 🧵.

Ik heb de laatste tijd niet meer wekelijks de Nederlandse cijfers geplaatst met grafieken. Dat komt niet omdat ik de cijfers niet meer analyseer, maar omdat ik het steeds lastiger vind worden om zicht te hebben.

Hieronder wat voorbeelden daarvan.
1/13 Waar ik o.a. veel naar heb gekeken zijn recombinanten. Die waarbij het eerste stukje BA.1 is en de rest BA.2, komen veel voor.

Als ik een query op @covSpectrum draai met de eerste specifieke BA.1 mutatie en de laatste van BA.2, dan krijg ik dit.
cov-spectrum.org/explore/Nether… 2/13
Mar 12, 2022 • 5 tweets • 3 min read
Mensen die geen bloedgroep A en/of B antigenen uitscheiden in hun speeksel (en longen/darmen etc.) hadden significant minder kans om Covid-19 te ontwikkelen. Dat zijn dus mensen die bloedgroep O hebben en/of FUT2 non secretors zijn. (En voor mij geldt beide. 🙂) ImageImage Er zijn al eerder onderzoeken geweest met een vergelijkbaar resultaat. AA zijn hier FUT2 non secretors (niet uitscheiden), en AG en GG secretors.
(In Azië bepaald een andere homozygote mutatie of men een non secretor is dan in Europa)
Jan 21, 2022 • 10 tweets • 4 min read
Time for a new world update on BA.2.

A 🧵 this time. I always mention that the latter weeks are not complete and that this differs per country/region. I am including the regions this time, to show that.

Also, these samples are not solely collected randomly. So, be aware of bias Japan has a good border surveillence system and publishes the countries the travelers went to and which variant they carried.

In January (BA.2/total):
Philippines 109/112 (97%)
India 78/110 (71%)
Nepal 4/7
South Korea 1/1
Sri Lanka 1/2
Bangladesh 2/7
Dec 22, 2021 • 5 tweets • 2 min read
Snel onderzoek in Nederland 👏.
Volledig gevaccineerden en eerder geïnfecteerden personen hadden, als ze geïnfecteerd raakten, ongeveer 5x zoveel kans dat dat (hoogstwaarsch.) met de Omicron was.
Zij waren dus waarschijnlijk een stuk minder beschermt tegen Omicron dan tegen Delta SGTF = S Gene Target Failure
Een specifiek stukje Spike wordt met een speciale PCR test niet gevonden in verreweg de meeste Omicrons. Terwijl dit wel gevonden wordt bij verreweg de meeste Delta's.
Vaccine status naive (groen) betekent niet eerder geïnfecteerd of gevaccineerd.
Dec 20, 2021 • 4 tweets • 3 min read
Ik heb even naar de Omicrons gekeken die inmiddels op @GISAID staan. Meeste samples voor 20-34 jarigen, maar ook andere groepen doen mee.
Door lage aantallen misschien niet representatief. @GGDAmsterdam / @amsterdamumc geeft helaas geen leeftijden, dus die zijn niet meegenomen.> Omicron is inmiddels in alle provincies, behalve Drenthe en Friesland, gevonden. In provincies met veel inwoners worden vaak ook meer samples gesequenced, dus dat levert natuurlijk bias op.
Samples gevonden na screening door @amsterdamumc en na vluchten zijn er, denk ik, uit.
Dec 15, 2021 • 5 tweets • 2 min read
@attjekuiken @jpaternotte @Lisawesterveld
Ter informatie en misschien nog voor een vraag aan van Dissel. De meeste besmettingen van Omicron zitten in Denemarken NIET bij de 70 plussers en kunnen dus ook niet het gelijke/hogere aantal ziekenhuisopnames met Omicron verklaren!
Nov 1, 2021 • 4 tweets • 2 min read
Omdat de nieuwe samples van het RIVM nog niet op GISAID staan (gebeurt meestal op vrijdag) ben ik even gaan kijken hoe het in de ons omringende landen gaat, qua AY.4.2.
Zijn groei lijkt niet beperkt te blijven tot de UK.
Zie hier België, Duitsland, Zwitserland en de UK. >>> Denemarken lijkt een beetje een vreemde eend in de bijt, maar ik verwacht dat ze daar wat clusters gesequenced hebben, toen de AY.4.2 net op kwam. >>>
Oct 29, 2021 • 5 tweets • 3 min read
Gelukkig lijkt dit met de nieuwe cijfers niet meer het geval. Toch een lichtpuntje! AY.4.2 lijkt toch niet ziekmakender/dodelijker dan Delta in zijn geheel. 🤞
assets.publishing.service.gov.uk/government/upl… ImageImage De SAR blijft wel nog steeds hoger voor AY.4.2 dan voor Delta.
Image
Oct 24, 2021 • 14 tweets • 6 min read
Draadje.
Van de laatste (+- 1000) samples die het RIVM op GISAID heeft gezet, waren er 8 AY.4.2. Daarmee komt het totaal voor Nederland op 25, 6 kwamen er uit Friesland, van 9 en 11 oktober, dus dat zou een cluster kunnen zijn. De andere 2 kwamen uit Zuid-Holland en Utrecht. >>> Delta bestaat uit B.1.617.2 en afgeleiden daarvan. Deze laatsten worden AY.x.x genoemd. AY.4.2 is dus eigenlijk B.1.617.2.4.2. Zie hier de volledige reeks Delta en nog een paar niet Delta die de laatste tijd in Nederland gevonden, gesequenced en op GISAID gezet zijn. >>>