Josette Schoenmakers Profile picture
Feb 4, 2023 10 tweets 6 min read Read on X
#kiemsurveiilance
Het @rivm heeft deze week weer een interessante speurtocht uitgezet!

Maar ik denk dat ik de schat gevonden heb. Een snel groeiende XBF!

Zie de lichtblauwe stipjes onderin voor het resultaat en de 🧵 voor mijn zoektocht.
1/9
XBF laat al een tijd een flinke groei zien in de wereld.

In Victoria/Australië is XBF inmiddels dominant en in de rest van het land lijkt ie inmiddels ook BR.2.1 voorbij te gaan.

In andere landen, zoals Zweden, zien we ook een flinke groei van XBF.
cov-spectrum.org/explore/World/…
2/9
De speurtocht begon vorige week met mijn (onbeantwoorde) vraag wat die mysterieuze samples waren, die geen Omicron zouden zijn.

Te veel voor XBC en XAY en geen XBF, dacht ik, want dat zijn wel Omicron.
3/9
Deze week wel een nieuwe categorie in de tabel.

'Omikron recombinanten'.

Als ik die (71) op tel bij Omikron (308), dan kom ik precies uit op het totaal aantal samples (379).
En aangezien XBB (54) ook een Omikron recombinant is, hou ik er dan nog 17 (71-54) over voor XBF+?
4/9
Dit resulteert in de volgende tabellen voor de kiemsurveillance, waarbij 'XBF+XB?' dus Omikron recombinanten - XBB is.

Let op, de blauwe lijn in het laatste plaatje loopt vreemd, omdat er ook Omicron recombinanten zijn die zijn daalden in deze weken

Inclusief Deltacron XBC?
5/9
Zoals jullie zien, staat CH.1.1 er niet bij. Deze destileerde ik eerder uit andere bestanden van het RIVM.

Zou ik dat nu ook met XBF kunnen doen?

Helaas... Daar hebben ze deze week geen nieuwe bestanden geplaatst maar juist oudere!
data.rivm.nl/covid-19/
6/9
Op GISAID had ik al wel een hard groeiende XBF opgemerkt.

10 voor wk 2 en 17 voor wk 3, terwijl week 3 juist nog lang niet compleet is!

Let op, niet alles wat op GISAID staat is kiemsurveillance en niet alle ks samples staan op GISAID.

Maar daarom graag XBF in de tabel!
7/9
CH.1.1 lijkt dus inmiddels licht te dalen, maar de percentages voor week 3 zullen zeker nog veranderen.

Naast XBF, zie ik in Nederland ook XBB.1.9.1 en XBK en in mindere mate XBC, XBG en XBP als recombinanten.

Geen XAY.2 nog, die hard groeit in Denemarken.
8/9
Ineens zag ik XBF wel in de prognose grafiek van het RIVM staan.

In die prognose is BA.2.75* als overduidelijke winnaar inmiddels vervangen door XBB.1.5 (wie mij volgt wist al dat dat zou gaan gebeuren).

Of XBF daar echt een stokje voor kan steken? Mwa.

Maar laat het zien!
9/9

• • •

Missing some Tweet in this thread? You can try to force a refresh
 

Keep Current with Josette Schoenmakers

Josette Schoenmakers Profile picture

Stay in touch and get notified when new unrolls are available from this author!

Read all threads

This Thread may be Removed Anytime!

PDF

Twitter may remove this content at anytime! Save it as PDF for later use!

Try unrolling a thread yourself!

how to unroll video
  1. Follow @ThreadReaderApp to mention us!

  2. From a Twitter thread mention us with a keyword "unroll"
@threadreaderapp unroll

Practice here first or read more on our help page!

More from @JosetteSchoenma

Jan 20, 2023
#kiemsurveillence #Nederland

CH.1.1* en XBB.1.5* stijgen flink, terwijl de rest van de BA.2.75* en XBB* gemiddeld licht dalen.

Maar let op, er stijgen er waarschijnlijk nog meer, zoals XBF en XBB.1.9.1, maar die staan niet in de tabellen en bestanden.
1/8 Image
Ik heb CH.1.1* en XBB.1.5* nog even los in een logaritmische schaal gegoten, om te kunnen zien welke het hardst stijgt.

Tja. Zeg het maar!

*De meest recente incomplete week heb ik eraf gehaald, omdat die meestal geen representatief beeld geeft van de groei.
2/8 Image
Een licht voordeel voor XBB.1.5, zou ik denken.

Maar wat gebeurt er als je BA.2.75* en XBB* als een geheel neemt?

Dan lijkt BA.2.75* duidelijk harder te groeien, omdat CH.1.1 nu op een hoger percentage zit.

Dat betekent dus niet persee dat BA.2.75 uiteindelijk zal winnen!
3/8 Image
Read 8 tweets
Jan 18, 2023
In de laatste random samples van @amsterdamumc en @inBiome is CH.1.1 nog steeds de meest voorkomende groeiende variant, maar XBB.1.5 lijkt aan de crowd van groeiende varianten te ontsnappen en op weg om CH.1.1 in te halen 👀.

Een 🧵 over de data in Nederland!
1/12
Ook in de landelijke surveillence is de XBB.1.5 in opkomst, maar het beeld is daar minder duidelijk.

Ik wil hier dan ook een paar nadelen van de kiemsurveillence bespreken.

Ten eerste kun je zien dat de grafiek hier t/m week 52 loopt en die van Amsterdam t/m week 1.
2/12
Verder heb ik de CH.1.1 data van de data website moeten halen, omdat die nog niet opgenomen zijn in de kiemsurveillence tabel.

De kleinere groeiende varianten, die soms elders op de wereld al dominant zijn, worden in beide niet genoemd!

data.rivm.nl/covid-19/
3/12
Read 13 tweets
Jan 6, 2023
XBB.1.5 is not the only fastly growing variant we should be keeping an eye on!

Fortunately Denmark is still sequencing a lot of samples fast. Around 3k per week!

Plus, they have many of those variants around.

A 🧵 on BR.2.1, CH.1.1(.1), XAY.2, XBB.1.5, XBC.1, XBF and XBK!
1/6
CH.1.1* has the highest percentage of those. That makes sense, since it's very common in the UK.
But it doesn't seem to grow as fast as DeltaOmicron recombinant descendant XBC.1, which was very common in the Philippines and which is common and growing in Western Australia
2/6
I left out CH.1.1 and XAY.2. (XAY is originally from South Africa), to get a clearer view.
You can see BR.2.1 growing as well, but not as fast as XBF. Those both come from Australia and are competing there, while BR.2.1 is the biggest in New South Wales and XBF in Victoria.
3/6
Read 6 tweets
Jan 6, 2023
Joehoe! 🥳

Nog niet alle varianten die ik graag zou zien, maar XBB.1.5 staat erbij!

De weken kloppen ook niet, maar misschien was het een haastklus 😉. Daar hoor je mij niet over klagen.
En in de te downloaden tabel staan de weken wel goed.

Maarre XBB.1.5 🚀
1/3
Ook in de inschatting voor de toekomst staan CH.1.1, XBB.1.5 en XBF nog niet, dus die mag ook 🚮.

Maar in de Saltro XBF tabel lijkt SGTF door te dalen. Boven de lijnen zitten XBB*, BA.2.75* (CH.1.1 en BR.2.1), XBF allemaal bij elkaar.
2/3
Hier de 2 tabellen. In de gele kloppen de weken dus niet.

rivm.nl/coronavirus-co…
3/3
Read 4 tweets
Jan 6, 2023
'Kuipers wil dat eerste Kamer terugkomt van reces om coronamaatregelen China'

1- Hypocriet om China op te voeren, omdat ze nu doen wat wij allang deden.

2-En dat terwijl we zelf niet eens de kiemsurveillence op orde hebben!

Een schoffering naar de GGD en labs die sequencen!🧵
Waarom een schoffering? Omdat er echt nog wel veel mensen zijn die hun best doen om te zorgen dat wij zicht op dit virus houden!

Mensen die zich laten PCR testen, GGD-en die testen afnemen, (ziekenhuis-)labs en @rivm
die samples sequencen.

En wat doen we met de resultaten?
Zeer weinig!

Voor de gelegenheid heb ik de data die vanmiddag in de kiemsurveillence komen, zelf verwerkt.
Maar, verrassing!
Los:

Geen CH.1.1 (England)
Geen XBB.1.5 (New York)
Geen BR.2.1 (NSW)
Geen XBF (Victoria)
BR.2.1 en XBF clashen in Australië.

Screenshots van CovSpectrum
Read 10 tweets
Nov 14, 2022
I have made graphs about the variant soup in Australia, because of 2 new variants that are gaining ground there.

BR.2.1 is found mostly in New South Wales and XBF in Victoria. But other states and countries are following!

They both look really fast, but it's still early.
1/4 Image
I didn't make graphs for Australia for a while, because there is bias in the data, because certain samples are prioritised for sequencing. Like samples of people that are hospitilised, from travellers and SGTP samples. At least in NSW.

So please keep that in mind!
2/4 ImageImage
I took parental lineages to show in the graph. This might mean growth underestimation.

BR.2* instead of BR.2.1, because BR.2.1's have an extra ORF8 mutation, but since ORF8 is not always being sequenced, they cannot be distinguished, eg.
3/4
Read 4 tweets

Did Thread Reader help you today?

Support us! We are indie developers!


This site is made by just two indie developers on a laptop doing marketing, support and development! Read more about the story.

Become a Premium Member ($3/month or $30/year) and get exclusive features!

Become Premium

Don't want to be a Premium member but still want to support us?

Make a small donation by buying us coffee ($5) or help with server cost ($10)

Donate via Paypal

Or Donate anonymously using crypto!

Ethereum

0xfe58350B80634f60Fa6Dc149a72b4DFbc17D341E copy

Bitcoin

3ATGMxNzCUFzxpMCHL5sWSt4DVtS8UqXpi copy

Thank you for your support!

Follow Us!

:(