Thread by @JosetteSchoenma

#kiemsurveiilance
Het @rivm heeft deze week weer een interessante speurtocht uitgezet!

Maar ik denk dat ik de schat gevonden heb. Een snel groeiende XBF!

Zie de lichtblauwe stipjes onderin voor het resultaat en de 🧵 voor mijn zoektocht.
1/9

XBF laat al een tijd een flinke groei zien in de wereld.

In Victoria/Australië is XBF inmiddels dominant en in de rest van het land lijkt ie inmiddels ook BR.2.1 voorbij te gaan.

In andere landen, zoals Zweden, zien we ook een flinke groei van XBF.
cov-spectrum.org/explore/World/…
2/9

De speurtocht begon vorige week met mijn (onbeantwoorde) vraag wat die mysterieuze samples waren, die geen Omicron zouden zijn.

Te veel voor XBC en XAY en geen XBF, dacht ik, want dat zijn wel Omicron.
3/9

https://twitter.com/JosetteSchoenma/status/1619447501156933632?t=joEmOBl_ebRAm2aa_BoZBA&s=19

Deze week wel een nieuwe categorie in de tabel.

'Omikron recombinanten'.

Als ik die (71) op tel bij Omikron (308), dan kom ik precies uit op het totaal aantal samples (379).
En aangezien XBB (54) ook een Omikron recombinant is, hou ik er dan nog 17 (71-54) over voor XBF+?
4/9

Dit resulteert in de volgende tabellen voor de kiemsurveillance, waarbij 'XBF+XB?' dus Omikron recombinanten - XBB is.

Let op, de blauwe lijn in het laatste plaatje loopt vreemd, omdat er ook Omicron recombinanten zijn die zijn daalden in deze weken

Inclusief Deltacron XBC?
5/9

Zoals jullie zien, staat CH.1.1 er niet bij. Deze destileerde ik eerder uit andere bestanden van het RIVM.

Zou ik dat nu ook met XBF kunnen doen?

Helaas... Daar hebben ze deze week geen nieuwe bestanden geplaatst maar juist oudere!
data.rivm.nl/covid-19/
6/9

Op GISAID had ik al wel een hard groeiende XBF opgemerkt.

10 voor wk 2 en 17 voor wk 3, terwijl week 3 juist nog lang niet compleet is!

Let op, niet alles wat op GISAID staat is kiemsurveillance en niet alle ks samples staan op GISAID.

Maar daarom graag XBF in de tabel!
7/9

CH.1.1 lijkt dus inmiddels licht te dalen, maar de percentages voor week 3 zullen zeker nog veranderen.

Naast XBF, zie ik in Nederland ook XBB.1.9.1 en XBK en in mindere mate XBC, XBG en XBP als recombinanten.

Geen XAY.2 nog, die hard groeit in Denemarken.
8/9

Ineens zag ik XBF wel in de prognose grafiek van het RIVM staan.

In die prognose is BA.2.75* als overduidelijke winnaar inmiddels vervangen door XBB.1.5 (wie mij volgt wist al dat dat zou gaan gebeuren).

Of XBF daar echt een stokje voor kan steken? Mwa.

Maar laat het zien!
9/9

Bron o.a:
rivm.nl/coronavirus-co…