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BREAKING🔔 A new study from G2P-Japan🇯🇵 is out! The preprint will be out so soon, but first we show our results on BA.2.86 - transmissibility, infectivity and immune resistance. This would be the 4th non-peer-reviewed🗒, but includes some new stuff. Please retweet/repost🔥 1/
Cf. Non-peer-reviewed works on BA.2.86:
The 1st🗒 from @yunlong_cao :


The 2nd🗒 from @BenjMurrell :


The 3rd🗒 from @BarouchLab :


Here I summarized the mutations detected in BA.2.86. 2/


Image
1⃣Transmissibility/fitness (Re):
Analysis by Jumpei @jampei2 using the data from 🇩🇰 showed that BA.2.86's Re is greater than XBB.1.5 and comparable to or even greater than EG.5.1. 3/ Image
2⃣Infectivity (pseudovirus):
BA.2.86 is ~20-fold LESS infectious than EG.5.1. 4/ Image
3⃣Immune resistance:
All vaccine sera tested (monox3, monox4, BA.1 bivalent, and BA.5 bivalent) showed NO neutralizing activity against BA.2.86 (and EG.5.1). 5/ Image
Three monoclonal antibodies (Bebtelovimab, Sotrovimab, Tixagevimab) that were antiviral against the parental BA.2 (see the G2P-Japan 9th paper) did NOT work against BA.2.86 AT ALL. 6/

Image
Finally, the anti-BA.2.86 activity of XBB breakthrough infection sera was PRETTY POOR, and BA.2.86 was significantly (1.6-fold) more resistant to these sera than EG.5.1. 7/ Image
Altogether, it is suggested that BA.2.86 is one of the most highly immune evasive variants ever and should have the potential to be considered as a variant of interest. 8/
Btw, 2 inturnship students from 🇮🇩 and 🇬🇧, Olivia and Yoonjin, did a great job in this urgent project. A great summer labwork🌊!! 9/

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Aug 9
BREAKING🔔 A new preprint from G2P-Japan🇯🇵 is out at bioRxiv @biorxivpreprint. We evaluated the antiviral humoral immunity induced by breakthrough infection (BTI) of XBB subvariants and its effect against a new one, EG.5. Please RT. 1/
biorxiv.org/content/10.110…
Currently, a subvariant of XBB.1.9, EG.5 (aka XBB.1.9.2.5) is well documented in Twitter (maybe aka #X) and elsewhere.
EG.5.1 S = XBB.1.9.2 S + Q52H + F456L, and XBB.1.9.2 S = XBB.1.5 S. 2/
https://t.co/Tm6soayTIV
Image
On July 19, #WHO has classified EG.5 as a ‘variant under monitoring’. 3/
Read 11 tweets
Aug 9
#拡散希望 速報🔔 G2P-Japan🇯🇵の新しいプレプリント「XBB亜系統のブレイクスルー感染で惹起される液性免疫とEG.5」を、bioRxiv @biorxivpreprint に発表しました。本研究は、最近増加傾向にある新しい変異株EG.5と、XBBブレイクスルー感染の関係を検討しました。1/
biorxiv.org/content/10.110…
最近、XBB.1.9の亜系統「EG.5(XBB.1.9.2.5)」の感染拡大が、国内外(やツイッター)で話題になっています。特にEG.5.1は、XBB.1.9.2(スパイクはXBB.1.5と同じ)のスパイクに、Q52HとF456Lというふたつの変異が追加されたものです。2/
https://t.co/0muHApwNVb
Image
EG.5は、東京都感染症対策センター(東京iCDC)の情報でも、割合の増加が報告されています。このような国内外の状況を受け、#WHO は7月19日に、この株を‘variant under monitoring’に分類しています。3/
Read 11 tweets
Aug 5
ここのところいろいろなところでツイートされてよく見かけるこの論文(の解説和訳)に関連して、基礎ウイルス学的観点(と、これまでのG2P-Japan🇯🇵の研究成果)から、新型コロナのこれまでの進化の変遷について簡単にちょっとまとめてみようと思います🎐1/
rplroseus.hatenablog.com/entry/2023/05/…
2021年末のオミクロンBA.1、その直後の2022年初頭のBA.2、そして2022年夏のBA.5までは、出現から全世界規模での流行まで、「全とっかえ」状態でした。つまり、「最強ががすべてを制する」という構図が繰り返されました。これはオミクロン以前の、アルファ、デルタでも同じ構図でした。2/
この構図があやふやになってきたのが、2022年下半期です。BA.2.75の出現を挟み、BQ系統とXBB系統の台頭とそれらの多様化、そして、それらのさまざまな系統でR346T, K444T, N460K変異などの共通の変異が獲得されるという「収斂進化イベント」が起こりました。3/
Read 10 tweets
Jun 29
BREAKING🔔 The 23rd paper from G2P-Japan🇯🇵 is out at Journal of Infectious Diseases @JIDJournal. Using animal model, we assessed the impact of imprinted immunity induced by mRNA vaccine. The result is striking, but this thread should be read to the end🧵1/
academic.oup.com/jid/advance-ar…
First, in the case of unvaccinated animals, natural SARS-CoV-2 infection efficiently induced antiviral humoral immunity against the variant infected (B.1.1, BA.2, BQ.1 or XBB.1). 2/

Strikingly, however, in the case of animals vaccinated with 3 doses of mRNA vaccine, the sera of the hamsters with breakthrough XBB.1 infection showed very weak anti-XBB.1 activity (indicated with red arrow)!! 3/

Read 11 tweets
Jun 29
速報🔔 G2P-Japan🇯🇵の論文第23弾「“imprinted immunity(刷り込み免疫)“の可能性の検証」を、Journal of Infectious Diseases @JIDJournal に発表しました。ややショッキングな内容かもですが、最後までお読みいただき、くれぐれも誤解・齟齬のないようお願いいたします🧵 1/
academic.oup.com/jid/advance-ar…
まず、ワクチン接種なしの感染ハムスターの場合、感染した変異株(B.1.1, BA.2, BQ.1 or XBB.1)に対する液性免疫(中和抗体)がちゃんと誘導されました。2/

しかし、驚くべきことに、mRNAワクチンを3回接種した後にXBB.1株を感染させたハムスターの場合、XBB.1株に対する液性免疫がほとんど誘導されませんでした(図中赤矢印)。3/

Read 10 tweets
May 16
#拡散希望 速報🔔 G2P-Japan🇯🇵の論文第21弾「組換えによって誕生した新しいオミクロン亜株XBBの特性解析」を、Nature Communications @NatureComms に発表しました。本研究では、#遺伝子組換え で誕生した #オミクロン XBB株(俗称 #グリフォン)の特性を解明しました。 1/
nature.com/articles/s4146…
2022年後半、BA.5株以降、世界を席巻する新しい変異株の出現が見られず、また逆に、世界中でさまざまな #オミクロン亜株 が多様化していました。2/
本研究ではまず、@jampei2@SpyrosLytras による分子系統学と流行ダイナミクスの学際融合解析によって、XBB株は、昨夏、BJ.1とBM.1.1.1(BA.2.75の子孫)というふたつのオミクロン亜株の組換えによって誕生したことを明らかにしました。4/ Image
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