The Sato Lab (Kei Sato) Profile picture
東京大学医科学研究所システムウイルス学分野教授 The Genotype to Phenotype Japan (G2P-Japan) Consortium主宰 一般社団法人G2P-Japan代表理事 週プレNEWSでコラム連載中→https://t.co/zLvSNcurTq
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Jan 9 12 tweets 3 min read
BREAKING🔔 The 32nd paper from G2P-Japan🇯🇵 is out at Lancet Infectious Diseases @TheLancetInfDis. We show the breadth of antisera induced by XBB.1.5 monovalent vaccine - comparison between infection-naïve and XBB-infected individuals. Please repost🔥 1/
thelancet.com/journals/lanin… To control SARS-CoV-2 infection, the XBB.1.5 monovalent vaccine is now available. However, we found that natural infection with XBB subvariants, including XBB.1.5, does not efficiently induce humoral immunity against the infecting XBB subvariants, e.g. 2/
Jan 4 7 tweets 3 min read
BREAKING🔔 The 33rd paper from G2P-Japan🇯🇵 is out at Lancet Infectious Diseases @TheLancetInfDis. We elucidated the virological characteristics of SARS-CoV-2 JN.1 - a progeny of BA.2.86 (#Pirola). Please retweet/repost 1/
thelancet.com/journals/lanin… This is JN.1 (aka BA.2.86.1.1; in spike, JN.1 = BA.2.86 + S:L455S. We remember that the L455 substitution, S:L455F, was observed in the XBB lineage (e.g., HK.3 and these are known as "FLip" subvariants). 2/ Image
Dec 10, 2023 8 tweets 3 min read
#拡散希望 速報🔔 G2P-Japan🇯🇵の新しいプレプリント「JN.1のウイルス学的特性の解明」を、bioRxiv @biorxivpreprint に発表しました。本研究では、最近増加傾向にある、BA.2.86(俗称 #ピロラ)の子孫株である新しい変異株JN.1の特性を検証しました。1/
biorxiv.org/content/10.110… JN.1とは、S:L455Sという変異を獲得したBA.2.86の子孫株です。こんな変異を持っています。
JN.1 S = BA.2.86 S + S:L455Sです。2/ Image
Dec 10, 2023 7 tweets 3 min read
BREAKING🔔 A new study from G2P-Japan🇯🇵 is out at bioRxiv @biorxivpreprint. We elucidated the virological characteristics of SARS-CoV-2 JN.1 - a progeny of BA.2.86 (#Pirola). Please RT🔥 1/
biorxiv.org/content/10.110… Cf. This is JN.1 (aka BA.2.86.1.1; in spike, JN.1 = BA.2.86 + S:L455S. Importantly, we remember that the L455 substitution, S:L455F, was observed in the XBB lineage (e.g., HK.3 and these are known as "FLip" subvariants). 2/ Image
Nov 30, 2023 11 tweets 3 min read
BREAKING🔔 A new study from G2P-Japan🇯🇵 is out! The preprint will be out so soon, but we first show our results on the efficacy of XBB.1.5 monovalent vaccine - comparison between infection-naïve and XBB-infected individuals. Please retweet/repost🔥 1/ XBB.1.5 monovalent mRNA vaccine has been available since September 2023. However, we found that breakthrough infection with XBB subvariants, including XBB.1.5, does not efficiently induce humoral immunity against the infecting XBB subvariants. e.g., 2/
Nov 30, 2023 7 tweets 1 min read
#拡散希望 速報🔔 ちょっと遅れましたが、G2P-Japan🇯🇵の新しい研究成果「XBB.1.5単価ワクチンで誘導される中和抗体の機能の評価」を報告します。プレプリントは投稿中なので、近日中に公開されるかと思いますが、それに先立って速報します🔥 1/ 本年9月から、XBB.1.5対応単価ワクチンの接種が始まりました。期待を持たれるこのワクチンですが、我々の先行研究の結果を見ると、XBB亜株にブレイクスルー感染しても、XBBに対する中和抗体が充分に誘導されないことがわかっています。2/
Nov 4, 2023 7 tweets 3 min read
BREAKING🔔 A new study from G2P-Japan🇯🇵 is out at bioRxiv @biorxivpreprint. We elucidated the virological characteristics of SARS-CoV-2 BA.2.86 (aka #Pirola).
*BA.2.86 is has >30 mutations in the genome.
Please RT🔥 1/
biorxiv.org/content/10.110…

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Epidemic dynamics modeling by @jampei2 and @JarelElgin showed that the relative effective reproduction number (Re) of BA.2.86 is 1.07-fold higher than that of the currently predominant EG.5.1, suggesting that BA.2.86 has the potential to become the next predominant one. 2/ Image
Sep 19, 2023 8 tweets 3 min read
BREAKING🔔 The 28th paper from G2P-Japan🇯🇵 is out at Lancet Infectious Diseases @TheLancetInfDis. We elucidated the virological characteristics of new SARS-CoV-2 variant under monitoring, BA.2.86 (aka #Pirola). Please retweet/repost🔥 1/
thelancet.com/journals/lanin… Here I summarized the mutations detected in BA.2.86. 2/ Image
Sep 12, 2023 11 tweets 4 min read
BREAKING🔔 The 27th paper from G2P-Japan🇯🇵 is out at Lancet Infectious Diseases @TheLancetInfDis. We elucidated the virological characteristics of new SARS-CoV-2 variant of interest, EG.5 (aka #Eris) Please RT🔥 1/
thelancet.com/journals/lanin… Currently, a subvariant of XBB.1.9, EG.5 (aka XBB.1.9.2.5) is well documented in Twitter (maybe aka #X) and elsewhere. 2/
* EG.5.1 S = XBB.1.9.2 S + #Q52H + #F456L
* XBB.1.9.2 S = XBB.1.5 S.

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Sep 7, 2023 9 tweets 3 min read
BREAKING🔔 A new study from G2P-Japan🇯🇵 is out! The preprint will be out so soon, but first we show our results on BA.2.86 - transmissibility, infectivity and immune resistance. This would be the 4th non-peer-reviewed🗒, but includes some new stuff. Please retweet/repost🔥 1/ Cf. Non-peer-reviewed works on BA.2.86:
The 1st🗒 from @yunlong_cao :


The 2nd🗒 from @BenjMurrell :


The 3rd🗒 from @BarouchLab :


Here I summarized the mutations detected in BA.2.86. 2/


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Aug 9, 2023 11 tweets 4 min read
BREAKING🔔 A new preprint from G2P-Japan🇯🇵 is out at bioRxiv @biorxivpreprint. We evaluated the antiviral humoral immunity induced by breakthrough infection (BTI) of XBB subvariants and its effect against a new one, EG.5. Please RT. 1/
biorxiv.org/content/10.110… Currently, a subvariant of XBB.1.9, EG.5 (aka XBB.1.9.2.5) is well documented in Twitter (maybe aka #X) and elsewhere.
EG.5.1 S = XBB.1.9.2 S + Q52H + F456L, and XBB.1.9.2 S = XBB.1.5 S. 2/
https://t.co/Tm6soayTIV
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Aug 9, 2023 11 tweets 3 min read
#拡散希望 速報🔔 G2P-Japan🇯🇵の新しいプレプリント「XBB亜系統のブレイクスルー感染で惹起される液性免疫とEG.5」を、bioRxiv @biorxivpreprint に発表しました。本研究は、最近増加傾向にある新しい変異株EG.5と、XBBブレイクスルー感染の関係を検討しました。1/
biorxiv.org/content/10.110… 最近、XBB.1.9の亜系統「EG.5(XBB.1.9.2.5)」の感染拡大が、国内外(やツイッター)で話題になっています。特にEG.5.1は、XBB.1.9.2(スパイクはXBB.1.5と同じ)のスパイクに、Q52HとF456Lというふたつの変異が追加されたものです。2/
https://t.co/0muHApwNVb
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Aug 5, 2023 10 tweets 3 min read
ここのところいろいろなところでツイートされてよく見かけるこの論文(の解説和訳)に関連して、基礎ウイルス学的観点(と、これまでのG2P-Japan🇯🇵の研究成果)から、新型コロナのこれまでの進化の変遷について簡単にちょっとまとめてみようと思います🎐1/
rplroseus.hatenablog.com/entry/2023/05/… 2021年末のオミクロンBA.1、その直後の2022年初頭のBA.2、そして2022年夏のBA.5までは、出現から全世界規模での流行まで、「全とっかえ」状態でした。つまり、「最強ががすべてを制する」という構図が繰り返されました。これはオミクロン以前の、アルファ、デルタでも同じ構図でした。2/
Jun 29, 2023 11 tweets 3 min read
BREAKING🔔 The 23rd paper from G2P-Japan🇯🇵 is out at Journal of Infectious Diseases @JIDJournal. Using animal model, we assessed the impact of imprinted immunity induced by mRNA vaccine. The result is striking, but this thread should be read to the end🧵1/
academic.oup.com/jid/advance-ar… First, in the case of unvaccinated animals, natural SARS-CoV-2 infection efficiently induced antiviral humoral immunity against the variant infected (B.1.1, BA.2, BQ.1 or XBB.1). 2/

Jun 29, 2023 10 tweets 2 min read
速報🔔 G2P-Japan🇯🇵の論文第23弾「“imprinted immunity(刷り込み免疫)“の可能性の検証」を、Journal of Infectious Diseases @JIDJournal に発表しました。ややショッキングな内容かもですが、最後までお読みいただき、くれぐれも誤解・齟齬のないようお願いいたします🧵 1/
academic.oup.com/jid/advance-ar… まず、ワクチン接種なしの感染ハムスターの場合、感染した変異株(B.1.1, BA.2, BQ.1 or XBB.1)に対する液性免疫(中和抗体)がちゃんと誘導されました。2/

May 16, 2023 8 tweets 5 min read
#拡散希望 速報🔔 G2P-Japan🇯🇵の論文第21弾「組換えによって誕生した新しいオミクロン亜株XBBの特性解析」を、Nature Communications @NatureComms に発表しました。本研究では、#遺伝子組換え で誕生した #オミクロン XBB株(俗称 #グリフォン)の特性を解明しました。 1/
nature.com/articles/s4146… 2022年後半、BA.5株以降、世界を席巻する新しい変異株の出現が見られず、また逆に、世界中でさまざまな #オミクロン亜株 が多様化していました。2/
May 16, 2023 8 tweets 5 min read
BREAKING🔔 The 21st paper from G2P-Japan🇯🇵 is out at Nature Communications @NatureComms . We illuminated the virological characteristics of SARS-CoV-2 XBB variant (aka #Gryphon), generated by the recombination of two #Omicron subvariants. Please RT! 1/
nature.com/articles/s4146… In late 2022, the Omicron subvariants have highly diversified. An example is BQ.1.1, which have convergently acquired amino acid substitutions at five critical residues in the spike protein: R346T, K444T, L452R, N460K & F486V. We reported it as below⬇️ 2/
May 11, 2023 9 tweets 4 min read
BREAKING🔔 The 20th paper from G2P-Japan🇯🇵 is out at Nature Communications @NatureComms. We illuminated the convergent evolution of #Omicron and characteristics of BQ.1.1 (aka #Cerberos). Please RT

20 papers in 28 months since the launch of G2P-Japan🎉 1/
nature.com/articles/s4146… In late 2022, the Omicron subvariants have highly diversified. However, some lineages have convergently acquired amino acid substitutions at five critical residues in the spike protein: R346, K444, L452, N460 and F486. 2/
May 11, 2023 11 tweets 5 min read
#拡散希望 速報🔔 G2P-Japan🇯🇵の論文第20弾「オミクロン亜株の収斂進化とBQ.1.1 (俗称 #ケルベロス)の特性解析」を、Nature Communications @NatureComms に発表しました。

G2P-Japan🇯🇵、発足から28か月で発表論文数20に到達です🎉 1/
nature.com/articles/s4146… 2022年後半、BA.5株以降、世界を席巻する新しい変異株の出現が見られず、また逆に、世界中で多様化した #オミクロン亜株#収斂進化 していることが指摘されていました。2/
May 3, 2023 12 tweets 7 min read
BREAKING🔔 The 19th paper from G2P-Japan🇯🇵 is out at Lancet Infectious Diseases @TheLancetInfDis . We elucidated the virological characteristics of new SARS-CoV-2 variant of interest, XBB.1.16 (aka #Arcturus) Please RT🔥 1/
thelancet.com/journals/lanin… XBB.1.16 = XBB.1 + #F486P, #E180V, and #T478K in spike.
cf. XBB.1.5 = XBB.1 + #F486P in spike (i.e., XBB.1.16 = XBB.1.5 + #E180V and #T478K in spike). 2/ Image
May 3, 2023 9 tweets 5 min read
#拡散希望 速報🔔 G2P-Japan🇯🇵の論文第19弾「オミクロン亜株XBB.1.16の特性解析」を、Lancet Infectious Diseases @TheLancetInfDis に発表しました。本研究では、世界で流行拡大中の #オミクロン XBB.1.16株(俗称 #アークトゥルス)の特性を解明しました。1/
thelancet.com/journals/lanin… 2022年末にアメリカ🇺🇸で突如感染爆発を始めたのがXBB.1.5です。この株は、XBB.1のスパイクに #F486P という変異を獲得したものです。それに対し、XBB.1.16のスパイクは、この #F486P に加えて、#E180V#T478R というふたつの変異を持っています。2/ Image