Thread by @C_A_G0101

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En début d'année, j'avais fait un thread à propos du poids relatif de SARS-CoV-2 et des virus Influenza parmi les malades dépistés pour les virus respiratoires.
Voici une mise à jour intermédiaire (alors que la vague annuelle des virus Influenza entre en ↘️)...

https://twitter.com/C_A_G0101/status/1743976511953051811

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La comparaison s'appuie sur le dépistage SYNDROMIQUE des virus respiratoires.
Intérêt+++ pour comparer les prévalences/incidences respectives de chaque virus car tous les taux de dépistage sont les MÊMES (panel PCR où toutes les cibles sont testées systématiquement)...

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C'est donc bien plus représentatif des % respectifs de chaque virus dans la population, que les données habituellement présentées dans les bulletins épidémiologiques qui ne s'appuient que sur des PCR ciblées, dont les taux de dépistage varient+++ d'un virus à l'autre...

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Les données de suivi syndromique sont dispo ici (actualisées au 8 mars 2024) :


Et la comparaison des AUC (% respectifs de chaque virus), est faite via l'analyse graphique à l'aide du logiciel ImageJ ()... syndromictrends.com
imagej.net/ij/index.html

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La comparaison porte sur 6 paramètres :
A) SARS-CoV-2
B) 5 catégories rattachées aux virus grippaux :
Influenza A (no subtype)
Influenza A H1
Influenza A H1-2009
Influenza A H3
Influenza B
(parmi les 22 cibles du panel RP2.1 utilisé : ) biofiredx.com/products/the-f…

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On peut alors comparer l'AUC de ces 2 groupes (SARS-CoV-2 versus cumul des virus Influenza), et donc comparer les % respectifs de ces virus, parmi les MALADES testés, tout en ayant strictement les MÊMES taux de dépistage pour tous ces virus...

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On commence par les virus Influenza, du plus vers le moins prévalent.
À gauche les courbes "brutes".
À droite l'AUC correspondante.
Le point de départ est le début de la vague Influenza 2023-2024.

Tout d'abord pour Influenza A H1-2009.
AUC = 32003 UA (unité arbitraire)

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Ensuite, Influenza B.
AUC = 17813 UA

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Ensuite, Influenza A H3.
AUC = 17629 UA

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Puis Influenza A (no subtype).
AUC = 1878 UA

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Et Influenza A H1.
AUC = 260 UA.

Soit un total de :
32003+17813+17629+1878+260 = 69583 UA pour l'ensemble des virus Influenza.

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Sur la même période, pour SARS-CoV-2, on mesure une AUC de 71030 UA 🤷‍♂️
Ceci pour 1 seul virus (et ~1 seul variant = JN.1), versus au moins 3 virus Influenza pendant leur unique vague annuelle...

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Quand vous entendez que la Grippe est plus fréquente que la Covid, c'est faux.
Même en pleine vague grippale annuelle, SARS-CoV-2 reste plus prévalent que les virus Influenza.
De plus SARS-CoV-2 va continuer à circuler toute l'année... pas les virus Influenza 🤷‍♂️

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D'où l'intérêt des panels PCR syndromiques, qui montrent le % respectif de chaque virus parmi les malades dépistés, grâce des taux de dépistage strictement IDENTIQUES pour tous les virus testés !
Pas "d'effet loupe" sur telle ou telle étiologie en fonction de la période🤷‍♂️

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C'est d'ailleurs un atout pour améliorer la pertinence des diagnostics en infectiologie, et donc également pour rationaliser les traitements :
A) dépistage plus exhaustif
B) avec meilleure sensibilité
C) résultats plus rapides

https://x.com/CIDRAP/status/1765497788480004398?s=20