Thread by @UDOWave

Aujourd'hui nous allons discuter du raisonnement et des conclusions présentés dans cet article tout beau tout chaud sorti il y a une semaine : 1/

https://x.com/sudokuvariante/status/1790079909710172457

Pour pouvoir en discuter et comprendre la suite, je vous conseille de relire ce thread qui contient la majorité des thèmes que nous allons aborder. 2/

https://x.com/UDOWave/status/1656327247005982721

En particulier nous allons parler :
- d'expression génique (2 à 11)
- de promoteur (12 à 17)
- de plasmide (20 à 29).
Allez-y, prenez le temps de revoir tout ça je vous attends. 3/

Vous êtes prêts ? Très bien c'est parti ! On va commencer par résumer le message de l'article. Leurs auteurs souhaite démontrer que le vaccin Pfizer (Comirnaty) contient des traces d'ADN excédant la dose réglementaire de 10ng prévue par la législation. 4/

En effet, on rappelle que le vaccin est créé par transcription in vitro. Cela signifie que Pfizer a créé un plasmide qui n'est autre qu'un ADN circulaire, qui contenait une séquence codant pour la Spike ainsi qu'un promoteur T7. 5/

Ainsi, si vous avez lu mon précédent thread, vous comprenez que Pfizer peut créer des ARNm de Spike pour son vaccin en utilisant le promoteur T7 avec une ARN polymerase.

C'est fou tout ce qu'on peut faire dans un simple tube en plastique c'est magique ! 6/

Une fois que l'ARN polymerase a fait son travail et qu'on a plein d'ARNm vaccinal, Pfizer utilise ce qu'on appelle une DNAse. C'est une protéine capable de découper l'ADN. Elle va détruire le plasmide pour en faire des petits copeaux de 2, 3 nucléotides de longueur.

S'il n'y a pas assez de DNAse I, il peut effectivement rester quelques fragments plus long, c'est ceux que l'on appelle "oligonucleotides". Si vous avez besoin de petits rappels sur l'ADN, je vous renvoie à ce thread (P1C1 à 16): 8/

https://x.com/UDOWave/status/1760339777558085764

Une fois le plasmide découpé, la solution est filtrée pour retirer les petits bouts d'ADN et de plasmide restants. Ensuite, les ARNm sont couplés à des particules lipidiques qui permettent l'entrée de l'ARNm dans la cellule. 7/

L'article que nous avons là veut donc démontrer que l'étape de filtration et l'étape de vérification de la contamination par ADN sont insuffisantes pour la sûreté du vaccin et ils entendent le démontrer en mesurant la quantité d'ADN restante dans un flacon de vaccin. 8/

Et nous n'allons même pas questionner ce fait. Nous n'allons ni critiquer le résultat obtenu, ni la méthodologie pour obtenir ce résultat. Pour une fois nous allons prendre ce résultat tel quel et considérer qu'il est valide. 9/

Nous allons partir du postulat donc que oui, les auteurs ont détecté de l'ADN en quantité supérieure à la dose réglementaire et nous n'allons pas questionner ce fait.

Car vous l'avez deviné je pense, le vrai problème est ailleurs. 10/

Alors comment Pfizer vérifie t-il la validité de ses échantillons ? L'article décrit leur méthode. Une fois l'ADN découpé et filtré, ils font une qPCR. C'est à dire qu'ils vont amplifier un ADN cible. Et la cible qu'ils cherchent est le promoteur T7 du plasmide. 11/

C'est le principe de la photocopieuse. On met une feuille dedans puis on appuie sur le bouton et on obtient pleins de copies. Pfizer considère que si qPCR fonctionne et qu'on trouve des copies de T7, c'est que le flacon est contaminé par de l'ADN et n'est pas utilisable. 12/

En revanche, si on appuie et que rien ne se passe, cela signifie qu'on a tout simplement pas mis de feuille à copier dans l'appareil. S'il n'y a pas de promoteur T7, la qPCR ne peut pas l'amplifier puisqu'il a été détruit par la DNAse I puis filtré. 13/

C'est là l'une des critiques principales de l'article : Pfizer ne vérifie que la présence ou l'absence du promoteur T7 et pas la quantité effective d'ADN dans l'échantillon. Et en soit, c'est vrai. Pfizer ne mesure pas la quantité d'ADN final dans ses tubes. 14/

Mais les auteurs oublient 2 points essentiels :

1 - Pourquoi Pfizer réalise ce test en particulier et pas celui des auteurs ?
2 - Est-ce que la quantité d'ADN qui reste dans le tube a un impact sur la qualité du produit ? 15/

Procédons par ordre et répondons à la première question. Comme indiqué plus haut dans mon autre thread... Quoi ? Vous l'avez pas lu ? Je vous avais dis que c'était important ! 16/

Reprenons, comme je l'ai dis dans mon ancien thread, le plasmide est un simple ADN inactif. Ce qui le rend utilisable, c'est le promoteur T7. C'est ce promoteur qui permet la production d'un ARNm et donc d'une protéine qui peut avoir des conséquences fonctionnelles. 17/

Ainsi, sans promoteur T7, l'ADN plasmidique n'est rien de plus qu'une feuille illisible. Et qui plus est, découpée en de multiples morceaux par la DNAse I. On ne peut rien en faire, la cellule ne peut rien faire avec ça. Ce sont des petits bouts de papiers mouillés. 18/

On comprend ainsi pourquoi Pfizer fait un test qPCR et non une détection d'ADN comme les auteurs. Les auteurs font du cherrypicking en vérifiant s'il existe de l'ADN dans le vaccin. Pfizer lui vérifie si l'ADN qui reste dans le tube est fonctionnel ou pas. 19/

La question n'est donc pas la même. Si Pfizer détecte une amplification de promoteur T7 après une qPCR. C'est que la digestion et la filtration ont laissé un plasmide encore utilisable dans le flacon. Celui-ci est donc inutilisable. 20/

Si la qPCR n'amplifie pas le T7, alors cela indique déjà que la DNAse I a été efficace car le promoteur T7 est dégradé. Mais en plus, cela montre que le plasmide n'est plus réactif et est devenu inutilisable. 21/

Ainsi, même s'il reste de petits di ou tri nucléotides dans le flacon, ceux-ci sont bien détectables par les auteurs, mais ils n'ont rien de dangereux. Hum ? Pardon ? Vous voulez une preuve que ce n'est pas dangereux ? Ok, si vous voulez. 22/

Je vous renvoie donc à ce papier-ci. Il explique comment les cellules détectent les petits ADN double brins et les conséquences qui s'ensuivent. 23/sciencedirect.com/science/articl…

En gros, ces petits ADN de faible taille sont détectés et activent un processus qu'on appelle l'autophagie. Qu'est-ce que c'est que l'autophagyie? Ce sont les éboueurs de la cellule. Littéralement, c'est le traitement des déchets. 24/

La cellule considère ces petits morceaux comme des déchets à recycler et les réutilise selon ses besoins. C'est beau la nature hein ? 25/

Ainsi, vous comprenez donc que cet article, peu importe si le résultat qu'il présente est vrai ou non, n'a en réalité aucun impact sur la fiabilité du vaccin car il ne démontre aucune conséquence fonctionnelle de l'ADN qu'ils détectent dans les flacons. 26/

Ainsi, que ces petits fragments d'ADN soient là ou pas, ils n'ont aucune espèce d'importance et c'est la raison pour laquelle Pfizer réalise un test de nature fonctionnelle et pas de détection directe de l'ADN. 27/

Pour finir, nous allons répondre aux questions posées par les auteurs :

1 - Quels fragments d'ADN sont formés par la DNAse ? 28/

On l'a déjà dit et une petite recherche internet de 5 minutes suffit à y répondre. La DNAse I coupe l'ADN de façon non spécifique. Autrement dit elle coupe à peu près partout dès qu'on lui donne une séquence d'au moins 3 nucléotides. 28/

Elle a apparemment une simple petite préférence pour les séquence purine (A ou G)-pyrimidine (C ou T) autrement dit : AC, AT, CA, TA, GC, GT, CG, CT. Chaque fois que la DNAse I rencontre une de ces séquences, elle a une chance de pouvoir découper l'ADN. 29/

L'ADN étant composé de ATCG en assemblage aléatoires, je vous laisse imaginer le nombre de fois où elle va couper l'ADN. Elle en laisse que des copeaux. 30/

2 - Quelle est l'influence de la transcription in vitro sur la séquence du T7 ? En particulier, les auteurs suggèrent que la polymerase pourrait protéger le promoteur T7 de la qPCR. 31/

Malheureusement, ce petit détail oublie qu'une qPCR commence toujours par une étape de dénaturation à 95°C pendant environ 5 minutes. Vous pouvez voir mon thread incomplet sur la PCR ici. Faudra que je pense à le finir un jour. 32/

https://x.com/UDOWave/status/1760621478058336296

Or, la T7 polymerase est inactivée à 70°C pendant 10 minutes. Ainsi, il suffit d'1 à 2 cycles de PCR pour dénaturer l'enzyme et lui faire perdre sa conformation qui lui permet de s'associer à l'ADN. 33/

Donc, la T7 n'a probablement aucun impact sur la qPCR et la majorité des T7 sont de toute façon filtrées puisque ce sont des protéines.
3 - Est-ce que la séquence cible, longue de 69 nucleotides, est en quantité proportionnelle aux autres séquences ? 34/

Comme expliqué plus tôt, on s'en fiche en fait. La DNAse I n'est pas séquence spécifique. Elle coupe partout. Et même si elle laissait de grands morceaux, ceux-ci seraient inertes car ils n'auraient pas de promoteurs liés et fonctionnels qui permettraient leur transcription. 35/

Ainsi, même si l'article suggère que de l'ADN est présent dans le vaccin, les contrôles effectués par Pfizer confirme que cet ADN est inoffensif. 36/

Pour terminer ce thread, je voudrais souligner la mauvaise foi des auteurs qui demandent quels types de fragments sont présents dans le vaccin. 37/

En effet, ils auraient pu répondre à cette question par eux même avec un simple gel d'agarose tel que les 3/4 des labos de biologie dans le monde le font tous les jours. 38/

J'ai ainsi moi-même réalisé des transcriptions in vitro suivant un protocole similaire à Pfizer et j'ai testé si mes ARNm étaient dégradables par une nucléase différente de la DNAse I. 39/

Vous pouvez alors constater en comparant les puits à gauche et ceux à droite, que quand j'ajoute ma nucléase, des fragments de différentes tailles se forment, montrant ainsi que les auteurs auraient pu faire cette vérification eux-même. 40/

Voilà c'est tout pour moi ! Merci de m'avoir suivi jusqu'ici ! J'en profite pour faire un petit coucou aux gens qui ça pourrait intéresser. Et bien sûr n'hésitez pas à faire votre petite peer-review si vous avez des commentaires ou des précisions à ajouter.

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