Cornelius Roemer Profile picture
Physicist & Data Scientist Working in Epidemiology and Science Communication Educated @Cambridge_Uni @MIT @KU_Leuven @MRC_LMB
Κασσάνδρα Παρί پری Profile picture .... Profile picture Daniel Brockmann Ernährungs Coaching Profile picture Maxe Schulte #Black Lives Matter Profile picture President_Elect Thomas Trothe Profile picture 6 added to My Authors
11 Jul
So ein Mist.
Natürlich ist die Steigung aussagekräftig. Eine Verdopplung führt weiterhin zu einer Verdopplung der schweren Fälle.
Nur ist Inzidenz 100 jetzt eben wie 25 vor 6 Monaten. 1000 wie 250.
Ein Anstieg ist weiterhin ein Anstieg
Ich kann das auch mathematisch begründen 1/6
Krankenhausaufnahmen (K) = Inzidenz (I) * Hospitalisierungsrate (R)
Die Rate ist jetzt 4 mal kleiner
Wenn die Inzidenz steigt, steigen aber weiterhin auch die Aufnahmen.
Leiten wir das Mal nach der Zeit ab.
K' = I' * R + I * R'
Teilen wir durch K für die relative Veränderung 2/6
K'/K = I' * R / (I * R) + I * R' / (I * R) weil K = I*R
R und I kürzen sich jeweils weg.
Also:
K'/K = I'/I + R'/R
Die rel wöchentliche Veränderung der Aufnahmen ist also die Summe der Tel wöchentlichen Veränderungen von Inzidenz und Hospitalisierungsrate. 3/6
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8 Jul
2 Denkfehler:
Erstens haben @HeikoMaas & #Kubicki anscheinend nicht verstanden, dass es (außer bei J&J) 2 Dosen für einen guten Schutz braucht.
Selbst wenn alle die wollen (inkl. 12-18J) bis Ende August die erste Impfung haben, dauert es nochmal 1 Monat bis zur Zweiten. 1/
Zweitens gibt es starke politische & rechtliche Gründe, warum auch nach Angebot eines vollen Impfschutzes Maßnahmen nötig sein könnten:
a) U12 haben noch keinen zugelassenen Impfstoff
b) 4. Welle kann das Gesundheitssystem so überlasten dass auch Geimpfte beeinträchtigt werden 2/
Man muss nur nach England schauen. Trotz
i) Sommer
ii) hoher Impfquote
iii) hoher Zahl Genesener
fangen Krankenhäuser an überlastet zu werden, mit der Konsequenz, dass Chemotherapien und Operationen für Unschuldige verschoben werden. 3/
independent.co.uk/news/health/le…
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11 Jun
Wenn man ein logistisches Modell an die Ausbreitung von Delta in Deutschland fittet (seit Anfang Mai) wird der momentane Delta-Anteil (in Proben von heute) auf 5-8% geschätzt.
Übertragungsvorteil 3-5% pro Tag.
Im August würde Delta dominant
Caveats: Vorteil kann sich verändern 1/
Mit steigender Impfquote könnte sich der Übertragungsvorteil von Delta erhöhen.
Eintragungen aus UK & anderen Delta-Ländern könnten zunehmen.
Neue noch fittere Varianten können jederzeit auftauchen.
Mit den Modellparametern kann man hier selbst spielen: cov-spectrum.ethz.ch/explore/German… 2/
Ein Problem, dass ich bei Delta sehe, ist dass sie eine höhere Sterblichkeit zu haben scheint.
Für die Nicht-Immunen (nicht geimpft/genesen oder Impfversager) wird das also unangenehm. 3/
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10 Jun
Wie kommt die STIKO auf die Aussage, dass die IFR bei Jugendlichen bei 0,001% liegt? Das unterschätzt um Faktor 2 bis 8!
Dieser Meta-Review zeigt folgende IFRs, und das für den Wildtyp (mit B.1.1.7 +50%, mit Delta +100%)
Alter 12: 0,002%
Alter 17: 0,004%
link.springer.com/article/10.100…
In einer Impfempfehlung für 12-17-Jährige hat die IFR von 12-17-Jährigen zu stehen. Nicht ein Durchschnitt inklusive Jüngeren.
Warum wird das Risiko untertrieben?
Nutzt man etwa die Ioannidis-Studie?
Oder zählen nur Deutsche Daten?
Tatsache. In der STIKO-Begründung wird die IFR lediglich anhand der deutschen Meldedaten abgeschätzt, so Pi mal Daumen. Der Meta-Review von oben wird überhaupt nicht zitiert. Die internationale epidemiologische Literatur wird ignoriert.
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9 Jun
Welche Bundesländer sequenzieren am meisten?
Hier ist der Anteil der Fälle von vor 15-21 Tagen, die sequenziert und auf @GISAID geteilt wurden.
HH 13.4%
NW 12.2%
BW 10.1%
SN 5.3%
BE 5.1%
TH 5.0%
RP 4.6%
HE 4.1%
NI 2.7%
SL 2.1%
BR 2.1%
HB 1.8%
MV 1.6%
ST 0.9%
BY 0.6%
SH 0.1%
Hier das Ergebnis für den Zeitraum 22-28 Tage.
Viele Bundesländer brauchen 3-4 Wochen, das ist zu langsam. Bayern ist großer Flop!
HH 17.7%
NW 13.4%
BW 11.6%
ST 8.1%
SN 8.1%
SL 7.3%
HB 5.0%
BE 5.0%
HE 4.7%
TH 4.5%
NI 3.9%
RP 3.8%
BR 2.1%
BY 2.1%
MV 1.8%
SH 1.0%
Die Ungleichverteilung ist ziemlich erschreckend für mich.
NRW und BaWü machen zusammen 65% der Sequenzen für den Zeitraum 27. Mai bis 2. Juni aus.
Da kann man die Repräsentativität total knicken.
Der Bund zahlt 220 Eur bis 10% der Fälle. Das ist viel und reicht trotzdem nicht!
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4 Jun
Klasse 7-11 in UK läuft gerade schnell in eine neue Welle.
Bereits jetzt 1 Jugendlicher in 200 pro Woche infiziert und der Anstieg ist exponentiell.
Bemerkenswert: Inzidenz in Altersgruppe der Eltern 35-49 ist am Zweithöchsten und steigt gleich schnell.
news.sky.com/story/76-5-inc… Image
Ich kann den Zusammenhang nicht beweisen, aber da die jüngeren Erwachsenen 25-34 und die älteren 50+ kein so schnelles Wachstum haben, sind Schulkinder für mich eine offensichtliche Erklärung.
Klasse 7-11 sind körperlich fast ausgewachsen -> ähnlich infektiös wie Erwachsene
In Baden-Württemberg, dem Bundesland mit der mittlerweile höchsten Inzidenz sind Sommerferien übrigens erst in fast 2 Monaten.
Keine gute Kombination.
Krankenhausaufnahmen steigen in UK übrigens wieder, trotz steigender Impfquote. In Schottland Verdopplung in wenigen Wochen.
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28 May
Um Gottes Willen.
Das @rki_de ist doch just erst mit einer schlechten Prognose an die Wand gefahren.
Was draus gelernt?
Anscheinend nicht wenn man sich diese "Prognose" anschaut.
Methodisch unterirdisch. Wurde da quadratisch gefittet? 🤦‍♂️
Das können Bachelorstudenten besser.
Diese handwerklich katastrophale Prognose sagt aus, dass in 20 Tagen mit 75% Wahrscheinlichkeit 0 Patienten auf Intensiv liegen.
Das ist vermutlich die schlechteste Analyse, die ich je in einem RKI-Bericht gesehen hab.
Und der Standard ist nicht hoch.
Schaut da niemand mit irgendeinem Verstand drauf und sagt, sorry damit blamieren wir uns, lieber nicht publizieren?
Man hätte zumindest mal @matthiaslinden fragen können. Der macht seit Monaten nichts anderes als Intensivkapazitäten zu prognostizieren.
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27 May
Ich habe soeben die P.1 Inzidenzen in verschieden Ländern ausgerechnet, nachdem mir aufgefallen ist, dass Argentinien eine sehr hohe Inzidenz und hohen P.1 Anteil hat, aber NICHT auf der @rki_de Variantenliste ist.
Methode wird hier im Thread erklärt. 🧵👇 Image
Die Art wie das RKI momentan Variantegebiete ausweist scheint sehr erratisch zu sein. Es gibt keine objektiven Kriterien. Das ist schlecht. Hier mein Vorschlag.
Schritt 1: Welche Varianten sind VOC? Das wird bereits gut gemacht, insbesondere in England. Image
Schritt 2: Was ist die Inzidenz der entsprechenden Variante im entsprechenden Land?
Es kommt nicht auf den Anteil an, sondern auf die Inziden einer Variante im Land.
Singapur hat zwar 75% B.1.617.2, das ist aber kein Problem, weil die Inzidenz unter 1 ist.
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26 May
Chise @sailorrooscout is a very popular account tweeting positive news about vaccines.
Unfortunately, she usually omits all caveats balanced reviews of the studies contain.
I therefore recommend everyone to read her tweets with a big grain of salt. Here's a case study thread. Image
Today, Chise tweeted the following positive news.
Before I looking at her thread in detail, let's first have a look at what the underlying study says. I will use the excellent @nytimes article referenced by Chise as my source: nytimes.com/2021/05/26/hea… Image
The headline contains a really good, balanced summary:
"Immunity to the Coronavirus May Persist for Years, Scientists Find
Important immune cells survive in the bone marrow of people who were infected with the virus or were inoculated against it, new research suggests." Image
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9 May
Der Anstieg des Anteils der indischen Variante B.1.617.2 rund um die Welt macht mir Sorgen.
In Großbritannien ist der Anteil vor 1 Woche landesweit bereits um die 10% gewesen. In London gar 35-50%.
So etwas haben wir seit B.1.1.7 nicht mehr gesehen. 1/
THREAD
Es gibt grundsätzlich zwei mögliche Erklärungen:
a) die Variante B.1.617.2 ist übertragbarer und/oder Immune-Escaping
b) es ist ein Eintragungseffekt aus Indien
Die Experten sind sich (noch) nicht sicher, dass b) auszuschliessen ist. Deshalb sind die Warnungen verhalten.
Es ist durchaus möglich, dass es sicher hier um einen Eintragungseffekt zusammen mit einem Selection-Bias der Proben handelt. Aber für mich wird das jeden Tag, an dem der Anteil in UK und anderswo steigt unwahrscheinlicher.
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7 May
Ich mag diese Grafik nicht. Warum?
Der Nutzen der Impfung wird unterschätzt.
Die Impfung schützt nicht nur mich, sondern verhindert auch Übertragung an mein Umfeld (Familien, Freunde), verringert R.
Dieser Nutzen wird NICHT eingerechnet.
Dabei ist dies genauso wichtig.
Selbst Egoisten wollen nicht ihre Familie anstecken.
Wer altruistisch denkt, für den kommt noch dazu, dass die Impfung R senkt.
Das ist der größte Vorteil der Impfung. Deshalb sind in Israel die Bars offen.
Grafik suggeriert fälschlicherweise, dass es sich für Junge kaum lohnt.
Die Massenimpfung bringt mir selbst fast gar nichts. Weil es praktisch keine Masern gibt!
Aber sie hilft der Gesellschaft, weil durch die Impfung es zu keiner Verbreitung kommt.
Bitte sagt das, wenn ihr die Grafik teilt.
Sie unterschätzt den Nutzen!
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7 May
Varianten-Alarm von @PHE_uk
Die Variante B.1.617.2 (Indien) wird als besorgniserregende Variante eingestuft, neben P.1 und B.1.351
Es gebe Evidenz für erhöhte Übertragbarkeit
Hälfte der Fälle könne nicht auf Kontakt mit Reisenden zurückgeführt werden -> Community Transmission
318 neue Fälle wurden in einer Woche gefunden. Mehr als eine Verdopplung gegenüber der Vorwoche.
Das ist wirklich besorgniserregend.
Deutsche Labore sollten sofort anfangen, wie bei B.1.1.7 alle PCR-Positiven auf L452R-Mutation zu screenen um spezifische Massnahmen zu ergreifen
Nicht nur Public Health England ist besorgt, auch Experten in der Schweiz
Ich persönlich bin bereits seit einigen Tagen besorgt, weil der starke Anstieg in @GISAID-Sequenzen auf outbreak.info absehbar war
Siehe Entwicklung in Großbritannien
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6 May
Wie wichtig ist die Haftungsfrage bei Impfungen? Oder was ist der Geldwert der Haftung die man bei Astra U60 aufgibt?
Wie viel würde man bekommen bei Impfschaden? Sagen wir 1 Mio €.
Was ist das Risiko? 1 in 100.000
Versicherung ist also 10€ Wert.
Eine Pizza beim Italiener.
10€ ist so so wenig Geld, dass es überhaupt keine Sinn macht, dafür mit der Wimper zu zucken.
Wert der Impfung ist viel höher.
Wie viel ist es mir Wert Covid nicht zu bekommen? Sicher mindestens 1000€.
Impfung gibt mindestens 50% Schutz.
Und Ansteckungsrisiko 10%.
Also 50€.
Dass man 1 Mio € vom Bund bekommt halte ich für sehr optimistisch. Eher 250k€
Mir persönlich wäre es auch sicher eher 5k€ Wert Covid sicher zu vermeiden.
Macht also Kosten 2,50€ vs 500€
Absoluter No-Brainer. Vergiss die Haftungsfrage.
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6 May
Was für eine Witzfigur Trump geworden ist.
Er hat sich jetzt sein "eigenes Twitter" gebastelt.
In Wirklichkeit einfach ein Blog ohne jegliche Interaktionsmöglichkeiten.
Clickt man auf "Like" passiert... nichts. Ein Bug? Peinlich. Dabei ist Trump doch ein ach so toller Dealmaker.
Das Twitter-Feeling mit Retweets, Likes, Kommentaren fehlt. Die Texte sind seltsam lang, eher wie eine mäandernde Trump-Rede als die typische Knackigkeit der 280 Zeichen.
Das ganze ist eingebettet in eine Kampagnenwebsite.
Man kann spenden und den Newsletter abonnieren. Das wars.
Wirklich lächerlich das Ganze. Trump ist komplett durch. Das sind jetzt nur noch die Nachwehen.
Ich hätte nicht gedacht wie effektiv der Ausschluss von Twitter und Facebook ist. Auf einen Schlag hört man nichts mehr von ihm.
donaldjtrump.com/desk
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6 May
Meine Hochachtung gilt @Chrissip81 für diese einfach verständliche Erklärung und Kampagne, warum wir 15% mehr verimpfen könnten.
Wenn jetzt endlich Druck auf die Politik kommt zu handeln, dann hat Christian an diesem Abend hunderte Leben gerettet.
Für mich ist sein Einsatz hier direkt Bundestverdienstkreuzwürdig.
Kann ihn bitte jemand offiziell vorschlagen?
Ärtzefunktionäre wie Gassen, die sowas eigentlich pushen sollten töten durch Wissenschaftsleugnung.
Christian macht das ehrenamtlich. Einfach so
Leider wird das wohl schwierig mit dem Bundesverdienstkreuz.
Ein Vorschlag ist ohne Probleme möglich.
Das Problem ist, dass die Ministerpräsidenten alleinig zuständig sind für Einwohner ihrer Bundesländer.
Da @Chrissip81 hier Söder kritisiert wird das nix.
bundespraesident.de/DE/Amt-und-Auf…
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5 May
Yes, this could still just be a travel effect.
But even then, therise in the Indian variant B.1.617.2 in the UK and US is stunning.
I'm watching this graph daily. Whether it's just travel or also higher transmissibility, we'll learn over the next 2 weeks.
outbreak.info/location-repor…
Because India is huge and sequencing very little, data from India needs to be taken with a grain of salt.
But I don't like what I'm seeing there.
B.1.1.7 has been present there since early December like in Europe.
Yet its share has been dropping recently.
outbreak.info/location-repor…
I see two possible explanations:
Option a) Indian sequencing is extremely biased. B.1.1.7 was only ever present in limited areas. It never made it to the areas that see a huge surge now, where B.1.617.1/2 just happened to already be present.
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5 May
Kompetenzsimulation in der CDU, Klappe die Zweite
Nach @_FriedrichMerz Liquiditätsfallen-Fiasko redet @HBraun lieber komplett am Thema vorbei, als zuzugeben, dass er die Details nicht kennt und eine schriftliche Antwort nachliefert.
Überheblichkeit statt bescheidener Ehrlichkeit.
Das Problem ist die inkorrekte Vermischung zweier Meldedaten: von Labor und ans RKI.
Anstatt konsistent zu sein und das Meldedatum ans RKI alleinig zu betrachten werden Fälle zum Teil aus der Berechnung gelassen, bei denen es Meldeverzug gab.
Verzögert ein Gesundheitsamt die Meldung um 2 Tage, sinkt die Inzidenz um 2/7, ca 30%.
Das macht das System anfällig für Manipulationen und verringert die Objektivität.
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4 May
If anybody wants to know the number of whole genome sequences uploaded per country to date (2021-05-02) I've created a sorted csv here. I'm using @GISAID data, processed by and accessed through the outbreak.info team and their fantastic API.
github.com/corneliusroeme…
Sars-CoV-2 sequences on @GISAID
1. United Kingdom 386k
2. United States 356k
3. Germany 76k
4. Denmark 51k
5. Switzerland 33k
6. Japan 31k
7. Canada 30k
8. Sweden 30k
9. France 27k
10. Netherlands 26k
11. Austria 25k
12. Italy 23k
13. Spain 23k
14. Australia 17k
15. Belgium 17k
16. Ireland 11k
17. India 11k
18. Slovenia 8k
19. Norway 8k
20. Poland 8k
21. Israel 7k
22. Mexico 7k
23. Brazil 6k
24. Portugal 6k
25. Lithuania 6k
26. Luxembourg 6k
27. South Africa 5k
28. Iceland 5k
29. South Korea 5k
30. Turkey 4k
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4 May
A thread on B.1.617.2 (indian) variant share plots and importation:
When a new variant pops up and the increase is driven by importation and not (yet) by local transmission what you're really measuring is the incidence of variant in export country times travel intensity divided..
... divided by the incidence in the home country.
Share ~ INC_VAR_FOREIGN * TRAVEL / INC_TOT_HOME
So you can't just look at the numbers shooting up really fast and be like: a new super mutant!
What else may be at play here?
If travel suddenly doubles, so does importation.
Is this relevant for the Indian variant B.1.617.x? I don't know. Any Indian experts here who can answer? There was a festival recently apparently, if people travelled to India for that and then returned it may be part of the explanation of the surge we see in UK, US, Bahrain...
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4 May
Glaubt jemand ernsthaft, dass wenn 30% der Bevölkerung von Regeln ausgenommen sind, die anderen 70% weiter mitmachen wie zuvor?
(Positiver) Gruppendruck, nicht die Polizei, hat geholfen, dass sich selbst Kritiker an Maßnahmen halten.
Das fällt sofort weg.
Das fällt sofort weg.
Die Compliance bei kaum einschränkenden Maßnahmen wie Masken ist dann im Eimer und muss durch Einschränkende wie Ausgangssperre kompensiert werden.
Bei den Ausnahmen muss man extrem aufpassen, dass sie nicht sichtbar sind.
Nur damit ich nicht falsch verstanden werde, individuelle Freiheitseinschränkungen sollten nur das letzte Mittel sein. Aber in dieser Pandemie ist es leider das einzige geworden (weil #NoCovid nicht gemacht wird).
Ausnahmen müssen mit Blick auf Gruppendynamik gewählt werden.
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3 May
Rather unknown until now: there are actually three Indian variants: B.1.617.(1/2/3)
.1 has been around for a while and is the one officially designated as VUI by @PHE_uk
.2 seems to be younger and spreading faster, especially internationally
B.1.617.2 <- world -> B.1.617.1 🧵👇 ImageImage
.1 contains the E484Q mutation, .2 doesn't
Which may be why .1 seemed to cause more concern.
Looking at the recent growth internationally I wonder whether .2 might not be the one to worry.
Especially because it hasn't been around for long.
B.1.617.2 <- UK -> B.1.617.1 ImageImage
The scales are always much shorter for .2 than for .1
So even thought .1 has the E484Q mutation, .2 may for some reason be the one that's more transmissible.
The @PHE_uk reports are interesting reading for those who want to understand this variant in depth
assets.publishing.service.gov.uk/government/upl… ImageImageImageImage
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